仪器安全。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。82一般。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。82身体伤害。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 83电气安全。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。82身体伤害。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。83电气安全。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。83清洁和净化。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。84紫外线(UV)安全。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。84
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离子Ampliseq社区面板的设计是由领先的疾病研究人员的意见,经过验证,可以进行性能,并可以完全定制,以帮助您满足您独特的项目要求;流行的社区小组支持乳腺癌和卵巢癌,心脏病,遗传性癌症,原发性免疫缺乏,肺部疾病,痴呆和药物基因组学研究
使用NF核心工作流程的NF核/Ampliseq版本2.8.0进行了使用,利用Bioconda和Biocontainers项目的可重复的软件环境[35-38]。使用FASTQC(版本0.12.1)评估数据质量,并用MultiQC(版本1.18)进行汇总[39]。序列,以消除Phix污染,修剪读数(以275 bp为单位读取和265 bp的反向读数;丢弃的读数短于265 bp),以> 2的预期错误,以更短的读数,以纠正错误,以纠正poirors real paie paik&remoge paik&remoge paike&删除paike&remaas chimeras chimeras chimeras chimeras。最终,在所有样品中获得了3880个扩增子测序变体(ASV)[40]。保留了每个样品读数的29.81%和44.06%(平均36.8%)。ASV计数表包含
摘要背景:我们已经报道,在基于人群的转移性结直肠癌 (mCRC) 患者队列中,BRAF V600E 突变和微卫星不稳定性高 (MSI-H) 比临床试验或医院患者组报告的更为普遍。目的是探索 mCRC 中的其他突变在这些队列中在错配修复状态和原发肿瘤位置方面的流行率是否不同,以及骨或脑转移的存在是否与任何突变有关。材料和方法:使用来自斯堪的纳维亚半岛三个地区的 798 名 mCRC 患者的人群队列。在定制设计的 Ampliseq 热点面板中研究了 44 种癌症相关基因。使用 Kaplan - Meier 估计量和 Cox 回归分析分析了生存期的差异。结果:在 449/501 名患者中可以确定 40/44 个基因的突变。除了 19% 的肿瘤中出现的 BRAF V600E 外,其他任何突变似乎都没有比试验队列中更普遍的。8% 的肿瘤中出现的 BRAF V600E 和 MSI-H 与不良预后有关,右侧原发肿瘤位置 (39%) 与左侧和直肠相比也与不良预后有关;然而,在多变量回归中,只有 BRAF 突变保留了其统计意义。没有其他突变与不良预后相关。如果在诊断时存在骨转移,则 ERBB2 改变更为常见(17% vs. 4%,p = .011)。未发现与脑转移有关。52% 的患者出现改变,可以通过 FDA 批准的靶向疗法治疗,主要是通过 EGFR 抑制剂治疗 RAS 野生型,以及通过检查点抑制剂治疗 MSI-H 肿瘤。结论:肿瘤位于右侧、存在 BRAF V600E 突变(但没有其他研究突变)和 MSI-H 在未经选择的队列中比临床患者队列中报告的更常见,可能是因为它们表明预后不良。一半患者的肿瘤可使用 FDA 已批准的针对 mCRC 的靶向药物治疗。
背景:通过鼻吸附对鼻衬液(NLF)采样最少侵入性且耐受性良好,但是使用此技术评估鼻微生物组的可行性尚不清楚。但是,低生物量使气道样品特别容易受到与污染物DNA有关的问题。在这项研究中,我们评估了使用方法学对低生物量呼吸样品分离的DNA的适用性,并评估了与传统的拭子采样方法相比,通过鼻吸附收集的衬里液的衬里如何捕获鼻微生物的多样性和组成。方法:从成年志愿者那里收集鼻拭子和NLF。DNA。评估DNA的质量和数量,并进行了短阅读16S rRNA测序,以评估可行性和提取偏见。然后使用优化的提取方法从NLF和鼻拭子中提取DNA,并且进行了全长16S rRNA测序,以比较NLF和鼻拭子之间的微生物谱。使用NF核/Ampliseq管道,PacificBiosciences/PB-16S-NF管道或软件EMU分类分类法分类,并使用R Packages Temages and Mixomics进行下游分析。结果:所有提取方法均从模拟群落中恢复了DNA,但仅基于降水的方法从NLF产生了足够的DNA。提取方法显着影响微生物谱,需要机械裂解以最大程度地减少针对特定属的偏差。曲线与长读测序相当。结论:我们的发现证明了使用通过鼻吸附收集的NLF分析鼻微生物组的可行性,并验证了两种提取方法,作为适合全长的16S rRNA测序的低生物量呼吸类样品的RRNA测序。我们的数据证明了在低生物量呼吸样品中无偏DNA提取方法的重要性,以及随后DNA提取对观察到的微生物谱的影响。此外,我们证明了NLF可能是使用16S rRNA测序评估鼻拭子的适当替代样品。
法医学中的下一代测序:一个引物解决了其针对法医科学应用的下一代测序(NGS)。本书的第一部分提供了人类认同方法的历史,包括VNTR,RFLP,STR和SNP DNA键入。它讨论了针对人DNA键入的测序历史,包括Sanger测序,快照,pyrosequencing和下一代测序的原理。这些章节概述了使用常染色体,Y和X染色体STR和SNP使用MISEQ FGX和ION TORRENT系统,概述了人类DNA键入的forenspo foseq,forenseq,forenseq,precision ID,powerSeq和QIASEQ面板。作者概述了在准备使用NGS试剂盒的库之前执行的DNA提取和DNA定量中包含的步骤。本书的后半部分详细介绍了ForenseQ和Precision ID的实现,以扩大和标记目标以创建库,丰富目标,以附加索引和适配器,执行库纯化和归一化,填充库,并将样品加载到墨盒上以在乐器上执行排序。覆盖范围解决了Miseq FGX和ION厨师的操作,包括创建样本列表,执行洗涤步骤,执行NG,了解仪器中的Run反馈文件以及故障排除。forenseq和精密ID面板数据分析将解释,包括如何分析和解释NGS数据以及输出图和图表。本书以线粒体DNA(mtDNA)测序和SNP分析结束,包括异质问题。最终章节回顾了微生物DNA,NGS在体液分析中的法医应用以及未来应用的挑战和考虑。特征 - 使用传统和NGS DNA键入方法针对人类识别,靶向短串联重复(Strs) - 将技术及其应用于执法调查,身份以及祖先的单核苷酸多态性(SNP)(SNP),以进行研究领导,大规模灾难和祖先的学生 - 在NG的习惯中,以实践为准。在法医计划中研究DNA这是第一本为从业人员准备并在其实验室中实施这项新技术的书籍,以进行案例工作,并强调了如何在法庭上使用NGS结果的早期应用。这本书可用于上级本科生和研究生,并参加了专注于NGS概念的课程。读者有望对分子和细胞生物学和DNA分类有基本的理解。
核糖核酸酶测定DRR:在37°C下将10 µL DRR与160 ng 2 Kb RNA转录物一起孵育10 µL DRR后,检测到无污染的RNase。对于DNase I:在37°C下以160 ng的2KB RNA转录本与160 ng的2KB RNA转录本孵育5U后,未检测到污染RNase 4小时。