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古细菌的后代的氧代谢 -
ǂ当前地址：微生物学系 - 荷兰尼亚梅根，拉德布德大学，荷兰通讯作者：嗜酸脂@gmail.com摘要Asgard Archaea在复杂的细胞生命的起源中至关重要。Hodarchaeales（Asgardarchaeota类Heimdallachaeia）最近被证明是真核生物的最亲近的亲戚。然而，这些古细菌的有限抽样限制了我们对它们的生态学和进化1-3的理解，包括它们在真核生态中的预期作用。在这里，我们几乎将Asgardarchaeota metagenome组装基因组（MAGS）的数量增加到869，其中包括136个新的Heimdallarchaeia（49 Hodarchaeales）和几个新型谱系。检查全球分布显示hodarcheales主要在沿海海洋沉积物中发现。对其代谢能力的详细分析显示，海姆达尔奇亚的行会与其他Asgardarchaeota不同。这些古细菌编码有氧真核生物的标志，包括电子传输链配合物（III和IV），血红素的生物合成以及对活性氧（ROS）的反应。Heimdallarchaeia膜结合的氢化酶的预测结构结构包括其他复合物样亚基，可能会增加质子的动力和ATP合成。Heimdallachaeia基因组编码COXD，该COXD调节真核生物中的电子传输链（ETC）。因此，在Asgard-e Cabaryotic祖先中可能存在有氧呼吸的关键标志。此外，我们发现Heimdallarchaeia存在于各种塞米亚海洋环境中。这种扩展的多样性揭示了这些古细菌在真核生物的早期阶段可能带来的能量优势，从而加剧了细胞复杂性。
快速发展的对准站点对于深层生命树的重建
摘要：在假设快速发展的位点没有保留由于取代而没有保留准确的系统发育信号的假设下，快速发展的位点（通常称为“缓慢”分析）广泛用于微生物系统发育重建。因此，删除经历了多次取代的地点将改善系统发育分析中的信噪比，其余较慢发展的位点保留了更可靠的进化关系记录。在这里，我们表明，与此假设相反，即使是经常在生命之树中使用的保守蛋白中存在的最快发展的位点，也包含可靠且有价值的系统发育信息，并且对此类部位的修剪也会对系统发育倒置的准确性产生负面影响。在生命研究中使用的核糖体蛋白数据集建模的模拟比对始终表明，慢速进化位点比甚至最快发展的位点恢复真正的两部分的可能性较小。此外，特定于位点的取代率与准确恢复的短分支两部分的频率呈正相关，因为在这些时间间隔内缓慢发展的位点不太可能在这些间隔内经历过替代。使用已发表的生命序列对准数据集，我们还表明，慢速和快速发展的站点都包含类似不一致的系统发育信号，对于快速发展的站点，这种不一致的不一致可以归因于较差的对齐质量。此外，修剪快速站点，缓慢的位点或两者都被证明对多个进化模型的系统发育重建产生了重大影响。这在真实的和asgardarchaeota群体的结果中最明显，这对于实施不同的修剪方案特别敏感。