此问题旨在探索生物信息学和生物医学领域中先进语言模型(LLM)的革命性影响。llms最近对自然语言处理和计算机视觉等领域产生了深远的影响,这种进步已经转化为实际应用。llms现在正在迅速传播到生物信息学和生物医学领域,从而大大改善了对大量数据集的分析。最近,进展很快是由增加的多摩学生物学和其他相关数据以及高级LLM的开发驱动的。然而,专门在生物信息学和生物医学中的LLM的重点覆盖范围存在很大的差距。大多数现有文献都散布在各种AI和计算生物学期刊上,而没有专门的平台,用于有关LLM的全面讨论。本期特刊旨在强调LLM在生物信息学和生物医学应用中的进步和潜在影响,包括药物发现,基因组学,转录组学,蛋白质组学,单细胞分析等。我们期望涵盖这一特刊的文章有效地促进发展,这有助于我们揭示从DNA到人类生理学的复杂性的各种分子层中固有的复杂性,同时提供了有趣的见解或新的生物学观察。
BME Advisors 2025 AWAD,HANI MC 1-8531 3-5268 HANI.AWAD@ROCHESTER.EDU BROWN,EDWARD MC 5-6224A 3-5918 EDWARD_BROWN@URMC.ROCHESTER.ROCROWN.ROCHESTER.EDU GDOWSKI,GREG GOERGEN 310 5-250 MCDOWSKI,STEPHEN 310 5-250 MCEGEN。 Rochester.edu 2026 Herrera-Perez,Marisol Goergen 215 5-2312 Marisol.herreraperez@rochester.edu giacomelli,Michael MC 5-8527 6-6260 MGIACOMELI@ROCHESTER@ROCHESTER,MC。 Mc.rochester.edu Ganeshan,Veena Goergen 311 6-4628 veena.ganeshan@rochester.edu 2027 Lee,W。2027 W. 3843-43-43-43-3333-4363 mcgrath@bme.rochester.edu Nam,Jong-hoon Hopeman 212 3-4555 Jong-hoon Goergen,Goergen,Goergen。 。
主题在分子生物学中upv/ehu协调员电子邮件研讨会Ana zubiaga ana.zubiaga@ehu.ehu.eus omics:实验设计和数据分析begoñaJugobegonamarina.jugo@ehu.jugo@ehu.ehu.eus cellular-Molecular-Molecular-Molecia alineso alineso alineso aliciaso andso a elecolul andso aLICAILSO.ALNONO.ALNONO.ALNONO.ALONSO.ALONSO.ALONSO。 proliferation, differentiation and death josean rodríguez josean.rodriguez@ehu.eus proteomics in biomedicine nerea osinalde nerea.osinalde@ehu.eus Fundamentals of lipidomic and lipulation Patricia Aspichueta Patricia.aspichueta@ehu.eus neuroscience in Health and Disease Carlos Matute carlos.matute@ehu.eus分子和药物遗传学
KıvançBirsoy博士,2004年在土耳其的Bilkent University获得了他的分子遗传学学士学位,并获得了博士学位。从洛克菲勒大学(Rockefeller University)于2009年从杰弗里·弗里德曼(Jeffrey Friedman)实验室研究肥胖症的分子遗传学。 2010年,他加入了马萨诸塞州怀特黑德研究所(MIT)的戴维·萨巴蒂尼(David Sabatini)实验室,在那里他结合了前瞻性遗传学和代谢组学方法,以了解不同的癌症类型如何使他们的代谢如何重新代谢以适应养分贫于环境。 2015年,他加入了洛克菲勒教师,担任助理教授。 He received the Jane Coffin Childs Medical Fund Fellowship, Leukemia and Lymphoma Society Special Fellow award, Margaret and Herman Sokol Award, NIH Career Transition Award, Irma Hirschl/Monique Weill-Caulier Trusts Award, Sidney Kimmel Cancer Foundation Scholar Award, March of Dimes Basil O'Connor Scholar Award, AACR NextGen award for Transformative Cancer Research, Searle Scholar Award, Pew-Stewart学者奖,NIH导演的新创新者奖和潘兴广场Sohn奖。KıvançBirsoy博士,2004年在土耳其的Bilkent University获得了他的分子遗传学学士学位,并获得了博士学位。从洛克菲勒大学(Rockefeller University)于2009年从杰弗里·弗里德曼(Jeffrey Friedman)实验室研究肥胖症的分子遗传学。2010年,他加入了马萨诸塞州怀特黑德研究所(MIT)的戴维·萨巴蒂尼(David Sabatini)实验室,在那里他结合了前瞻性遗传学和代谢组学方法,以了解不同的癌症类型如何使他们的代谢如何重新代谢以适应养分贫于环境。2015年,他加入了洛克菲勒教师,担任助理教授。He received the Jane Coffin Childs Medical Fund Fellowship, Leukemia and Lymphoma Society Special Fellow award, Margaret and Herman Sokol Award, NIH Career Transition Award, Irma Hirschl/Monique Weill-Caulier Trusts Award, Sidney Kimmel Cancer Foundation Scholar Award, March of Dimes Basil O'Connor Scholar Award, AACR NextGen award for Transformative Cancer Research, Searle Scholar Award, Pew-Stewart学者奖,NIH导演的新创新者奖和潘兴广场Sohn奖。
图5在胃肠道中产生的微生物代谢产物具有多种功能。GI微生物组可以调节可能影响人类健康的人体内(微生物 - 微生物)和kInter-Kingdom(微生物宿主)相互作用。细菌参与了法定人数的感应,可以释放细菌素,过氧化氢和乳酸,这些氢在肠道微生物组和病原体上产生效率。In addition, bacteria can produce gamma-aminobutyric acid (GABA), tryptophan metabolites, histamine, polyamines, serpins, lactocepin, vitamins, short chain fatty acids (SCFA), long chain fatty acids (LCFA), and outer membrane vesicles (OMVs), which can have efects on the human host epithelium, immune细胞,间充质和肠神经元
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土壤压实,这是一个重大的农业问题,这是由于重型机械用途和频繁践踏,改变土壤特性的压力,导致侵蚀,养分耗竭和污染。诸如土壤水分含量,散装密度和质地之类的因素决定了土壤对压实的敏感性。本评论论文介绍了压实对土壤功能,作物产量和环境的影响的知识差距,重点是土壤微生物组,温室气体排放和碳储存。根穿透对于植物的生长至关重要,但是压实的土壤限制了水和养分的获取,从而降低了产量。土壤压实管理策略包括限制的交通模式,有机物的增加以及使用苜蓿等植物打破压实区域并促进大孔形成。earth活性和适当的作物管理也有助于减轻压实效果。土壤压实危害土壤微生物组在养分循环和植物生产力中的作用,破坏了土壤生育能力,碳储存和温室气体排放。它还阻碍了土壤碳固执,损害了潜在的碳水槽并有助于增加大气温室气体。这篇全面的审查论文为设计可持续的农业实践提供了宝贵的见解,优先考虑土壤健康,生态系统弹性和粮食安全。
趋化因子受体是细胞表面受体,在不同的生理过程中发挥着重要作用:胚胎发生、炎症反应、发育、白细胞归巢等。这些受体嵌入细胞膜,可形成同型二聚体、异型二聚体和寡聚体1,均为功能性构象。趋化因子受体在细胞膜上的组织和动力学影响其行为以及细胞对趋化因子梯度的反应2,3。肌动蛋白细胞骨架重塑、细胞膜脂质组成或寡聚化的改变会损害正常细胞反应。一些证据表明异二聚体具有功能性,因此有必要分析它们在细胞表面的动态,以及配体如何对其进行修饰。4,5 CXCR4(一种常规趋化因子受体)和非典型趋化因子受体 ACKR3 形成异二聚体。ACKR3 识别两种配体,CXCL11 和 CXCL12,而 CXCR4 仅识别 CXCL12。因此,这是一个非常好的系统,可以分析这两种受体在细胞表面的动态,以及配体如何对其进行修饰。4,5由于 CXCR4 和 ACKR3 共享一个配体,并通过不同的途径发出信号,该模型可以解释趋化因子受体异二聚体是否具有与单个受体形成的二聚体相似的动力学,或者相反遵循不同的特征,当与配体一起激活时,它如何影响复合物,以及产生的功能后果是什么。全内反射显微镜 (TIRF-M) 是一种新的先进荧光技术,在研究膜过程方面具有巨大潜力。2,3 当显微镜的入射光完全反射时,在盖玻片和细胞培养基之间的界面上会产生衰减波。这种物理现象允许与盖玻片接触的细胞荧光染料被激发,因此非常适合研究细胞膜相关现象。此外,TIRF-M 允许单粒子跟踪 (SPT)。在我们的案例中,对瞬时转染了与单体绿色荧光蛋白 (Ac-GFP) 偶联的趋化因子受体的细胞进行分类,以获得模拟生理条件的低受体表达细胞群。以人类 T 淋巴细胞为模型,我们研究了当人类 T 细胞表达两种受体 (CXCR4 和 ACKR3) 和仅表达 ACKR3 时 CXCR4 和 ACKR3 的动态。当人类 T 细胞不表达 CXCR4 时,ACKR3 寡聚化对共享配体 CXCL12 的响应要低得多。这些差异可能会影响信号传导特性和功能响应。
基因治疗是一种医疗技术,可通过补充缺失基因、沉默过度表达的基因或编辑基因组来治疗遗传疾病的起源。病毒载体通常用于将 DNA 有效载荷递送至细胞,其中重组腺相关病毒 (rAAV) 载体是治疗应用的旗舰载体。有效载荷可以是用于治疗遗传疾病的治疗基因或用于癌症免疫基因治疗的免疫刺激基因。重要的是,有许多 rAAV 衣壳变体可用于此类应用,并可确定载体与靶细胞的相互作用。
在本章中探讨了形状记忆聚合物(SMP)及其潜在应用的多功能性,特别着眼于它们在生物医学领域中的有前途的作用。SMP以其在特定刺激下经历形状变化的能力而闻名,由于它们在创建高级软机器人,促进可重复的驱动并启用多功能医疗设备方面的潜力而受到了吸引力。在生物医学领域中,SMP引起了重大兴趣,在不同地区找到了应用,例如可自使部支架,药物输送系统,自晶缝线,组织工程脚手架等。这些材料提供了微创使用,生物降解性,结构支持和受控治疗剂释放的优点。尽管这些发展有很大的希望,但本章强调了评估生物相容性,降解率和功能持续时间以进行安全实施的重要性。在一个前瞻性笔记上,本章强调了SMP在最小的侵入性程序中所扮演的重要作用及其在塑造生物医学应用未来的持续发展。