XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemCRISPick
通过基因组编辑成功实现高效基因重写
在使用 CRISPR/Cas9 或其变体进行基因重写时，使用一小段称为引导 RNA 的 RNA 来引导 CRISPR/Cas9（或其变体）到达基因组中想要重写的序列。研究小组首先尝试利用一个在网上公开、任何人都可以访问的程序（CRISPick）2）来筛选出一种有效的向导RNA，然后利用TPN方法重写基因。我们利用TPN法，对在培养的人体细胞中预先导入的特定基因的碱基置换进行修正，并用各种向导RNA测定了改写效率。结果发现，通过CRISPick程序筛选出的向导RNA如预期一样，实现了较高的改写效率。
用于人类基因中 CRISPRa sgRNA 设计的网络工具的计算机性能分析
血管生成基因过表达已成为众多血管再生基因治疗项目的主要策略。然而，大多数项目在临床试验中都失败了。CRISPRa 技术以最高的效率和安全性在 sgRNA 的识别基础上提高基因过表达水平。CRISPick 和 CHOP CHOP 是用于预测 sgRNA 的最广泛使用的 Web 工具。我们的研究目的是分析这两个平台对于涉及不同人类参考基因组（GRCH 37 和 GRCH 38）的血管生成基因（VEGFA、KDR、EPO、HIF-1A、HGF、FGF、PGF、FGF1）的 sgRNA 设计的性能。从不同方面分析了这两个工具提出的排名前 20 的 sgRNA。与 sgRNA 结合位点相关的 DNA 曲率没有发现显著差异，但使用 CRISPick 时，sgRNA 预测的靶向效率显著更高。此外，同一平台在 EPO、EGF、HIF-1A、PGF 和 HGF 中的平均排名变化较大，而在 KDR、FGF-1 和 VEGFA 中未达到统计显著性。不同平台之间排名位置的重排分析也不同。CRISPick 被证明在与更完整的基因组相关的最佳 sgRNA 建立方面更准确，而 CHOP CHOP 显示出更窄的分类重排。2022 由 Elsevier BV 代表计算和结构生物技术研究网络出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议 ( http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ ) 开放获取的文章。