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前言 为了实现印度空间研究组织的愿景“利用空间技术促进国家发展,同时进行空间科学研究和行星探索”,艾哈迈达巴德空间应用中心(SAC)是印度空间研究组织的主要研发中心之一。SAC 在开发空间和机载仪器/有效载荷方面拥有出色的核心竞争力,这些仪器/有效载荷可用于各种社会应用以及国家发展的战略目的。此外,SAC 还积极通过行星际科学任务和印度雄心勃勃的载人航天计划“Gaganyaan”为太空探索做出贡献,并为空间量子前沿和未来技术进行先进研发。今年是重要的一年,因为我们将庆祝 SAC 成立 50 周年。与全国各地学术界合作的“SAC 赞助研究”是其空间研究黄金之旅中不可或缺的一部分。赞助研究始于 1970 年代的 RESPOND 计划,在印度空间研究组织开展的多项能力建设计划下,该研究已成倍增长。这些计划包括 RESPOND、RESPOND Basket、印度顶尖理工学院 (IITs) 的空间技术小组 (STC)、印度理工学院班加罗尔分校和萨维特里拜·普勒浦那大学 (SPPU)、印度空间研究组织的区域空间学术中心 (RAC-S)、空间技术孵化中心 (S-TIC)、纳米科学与工程中心 (CeNSE)、印度空间科学技术研究所 (IIST) 的先进空间小组 (Thiruvananthapuram)。此外,SAC 还参与了印度政府教育部 Uchchtar Avishkar Yojna (UAY) 下开展的研发项目。
动机:生物学过程中的各种学科并分析了多个序列比对(MSA)和系统基因树,以评估其信息含量,推断进化事件和过程并预测基因功能。但是,由于缺乏统一的工具包,MSA和树木的自动处理仍然是一个挑战。为了填补这一差距,我们介绍了Phykit,这是一种使用30个处理MSA和树木的函数的工具包,包括但不限于估计突变率,序列组成偏见的评估,计算分子时钟的违规程度以及与下属的分子抗体(内部分支)(较低的支撑)。结果:为了证明Phykit的实用性,我们详细介绍了三种用例:(1)总结MSA和系统发育树中的信息内容,以诊断出序列或树数据的潜在偏见; (2)评估基因 - 基因的共同变异,以鉴定基因之间的功能关系,包括新颖的关系,以及(3)标志性的系统发育树中缺乏分辨率事件或多构象,这些事件暗示了快速辐射事件或缺乏数据。我们预计,植物会对处理,检查和得出生物学意义有用。可用性和实施:phykit在GitHub(https://github.com/jlsteenwyk/phykit),pypi(https://pypi.org/project/phykit/)和Anaconda Cloud(https://pro)云(https://p:org/project/phykit/)和Anaconda Cloud(https:httpps:htttps:/带有广泛文档和用户教程的Cense(https://jlsteenwyk.com/phykit)。联系人:jacob.steenwyk@vanderbilt.edu或antonis.rokas@vanderbilt.edu补充信息:补充数据可从Bioinformatics Online获得。