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CENPF（+）癌细胞促进早期TP53突变体肺腺癌的恶性进展
以小结节（IA阶段）为特征的早期肺腺癌（LUAD）的预防和精确治疗仍然对临床医生来说是一个重大挑战，这在很大程度上是由于对对不稳定性腺癌的预旧植物范围内的致癌机制的有限理解。我们的研究强调了由TP53突变驱动的癌细胞表现出高表达的癌细胞（CENPF）的关键作用，在TP53突变驱动的过程中，在从质量研究到侵入性LUAD的过渡期间，这些突变变得越来越普遍。从生物学上讲，癌细胞（CENPF +）表现出强大的增殖和类似茎状的能力，从而推动了早期LUAD的恶性进展。在临床上，组织中针对CENPF的自身抗体和组织中的癌细胞（CENPF +）升高与早期LUAD的进展呈正相关，尤其是在IA阶段的早期LUAD的进展。我们的发现表明，癌细胞（CENPF +）在策划Luad的恶性进化中起着核心作用，并具有作为早期检测和治疗疾病的新生物标志物的潜力。
i-motif DNA：识别，形成和细胞函数
＃这些作者为这项工作做出了同样的贡献。*通信：wzhang25@njau.edu.cn（W.L.张）。抽象的i-motif（im）是一种四链（或四链体）DNA结构，它折叠了胞嘧啶（C） - 富序列。ims可以在体外的许多不同条件下折叠，这为它们在活细胞中形成的道路铺平了道路。被怀疑，IMS在各种DNA交易中起关键作用，特别是在基因组稳定性，基因转录和翻译，DNA复制，端粒和丝粒功能以及人类疾病的调节中起关键作用。我们在这里总结了用于评估IMS体外折叠的不同技术，并概述了影响其体内形成和稳定性的内部和外部因素。因此，我们描述了IM的可能生物学相关性，并提出了将其用作生物学目标的方向。关键字i -Motifs，方法论，基础修改，内部和外部条件，生物学意义突出显示 - 不同方法和分子工具的组合对于询问
适用于心电图图像的人工智能，用于可扩展的甲状腺素蛋白淀粉样蛋白心肌病
段。由参考基因组的定向，连续的基因组间隔，用⟨染色体，起始坐标，端坐标⟩表示。一个供体染色体被描述为段的有序序列。断点。通过一对非粘附坐标描述了一个断点，该坐标表示从一个段中的捐赠者中的一个段过渡到另一个段。染色体组。一组所有同源供体染色体具有相同的染色体认同。染色体认同是由最有代表的丝粒确定的，如果Chro-Mosome是分散的，则由其组成段的染色体起源最多。染色体簇。一对染色体组表示为依赖。染色体簇是依赖染色体组的连接成分。染色体簇通常由一组规范结构变体定义，每个变体都有ISCN命名法（细胞遗传学命名的国际标准）。分子核型。提出的文件格式明确描述了核苷酸级分辨率的核型。此文件格式包含一个跨越整个参考基因组的段的字典，然后是一组有序的片段序列，每个片段代表染色体。
哺乳动物基因组中结构变体的多重生成和单细胞分析
结果：在此概念证明中，我们将基因组剃须 - seq应用于小鼠胚胎干细胞和人类癌细胞，每实验产生并绘制数百至数千个SV。我们发现，通过CRE介导的对称LOXP位点产生SVS的细胞是迅速决定的，这可能是由于CRE和/或SVS本身的毒性所致。相比之下，在非对称attb/p位点，通过BXB1介导的重组产生SV的细胞是稳定的。这种稳定性使我们能够研究作用于不同类别BXB1诱导的SV的选择压力，并开始表征其功能后果。首先，我们发现带有较大缺失但没有反转的细胞是从增殖的细胞种群中预先损失的，这部分归因于不容忍中心粒损失。第二，我们观察到，尽管平衡的易位在体外耐受，不平衡的易位，尤其是那些敏感的易位，但迅速耗尽了。最后，通过在基因组洗牌细胞的瓶颈种群中共同合并转录组和盒式盒式条形码配对，我们证明我们可以确保特异性，诱导的SVS对基因表达的后果。
研究文章 CUT&RUN 识别了 Rhodotorula toruloides IFO0880 的着丝粒 DNA 区域
人们越来越多地研究将红酵母用作脂质、脂肪酸衍生物和萜类化合物的生物生产宿主。人们已经开发了各种遗传工具，但尚未报道过着丝粒和自主复制序列 (ARS)，而这两者都是维持稳定的游离质粒所必需的元素。在本研究中，使用靶标下切割并使用核酸酶释放 (CUT&RUN)（一种用于全基因组 DNA-蛋白质相互作用映射的方法）来识别与着丝粒组蛋白 H3 蛋白 Cse4（着丝粒 DNA 的标记）相关的红酵母 IFO0880 基因组区域。识别并分析了 15 个长度从 8 到 19 kb 不等的假定着丝粒，并对其中四个进行了 ARS 活性测试，但未显示 ARS 活性。这些着丝粒序列含有低于平均水平的 GC 含量，对应于转录冷点，主要是非重复的，并且共享一些残留转座子相关序列，但除此之外没有显示显著的序列保守性。未来在该酵母中识别 ARS 的努力可以利用这些着丝粒 DNA 序列来提高来自假定 ARS 元素的游离质粒的稳定性。
对哈密瓜，网和哈米瓜的细胞遗传学分析
染色体鉴定在细胞遗传学研究中至关重要。在现代植物育种中需要有关细胞遗传学性状，基因组大小和核DNA含量确定的知识。这项研究的目标是检查染色体计数，染色体核形态学特征，5s和18s rDNA基因座分布，染色体长度，丝粒位置，基因组大小以及2C-DNA的含量以及2C-DNA的含量，可加州群岛，网状和HAMI。三种瓜品种分别有24个染色体，而哈密瓜，Netted和Hami Melons的总染色体长度分别为28.5、34.05和35.02 µm。荧光原位杂交表明，这三个品种有两个5S rDNA位点，哈密瓜和哈米瓜有四个18S rDNA基因座，而净瓜有6个18S rDNA基因座。通过流式细胞术证实了三个瓜的2C DNA含量。估计的DNA含量分别为1.15 pg，1.18 pg和1.11 pg，分别为Netted和Hami Melon。这项研究的发现将为所检查的瓜品种提供进一步的细胞遗传学研究，并促进改善的育种计划。
四膜虫内的大核基因组景观……
收到日期：2023 年 9 月 4 日；接受日期：2023 年 12 月 19 日；发布日期：2024 年 1 月 11 日 作者隶属关系：1 法国穆利斯 CNRS 理论与实验生态站，UAR2029；2 英国伯明翰大学代谢与系统研究所。 *通讯作者：Delphine Legrand，delphine.legrand@sete.cnrs.fr 关键词：着丝粒进化；纤毛虫基因组学；大核多态性；程序性 DNA 消除。 缩写：CBS，染色体断裂序列；GO，基因本体；IES，内部消除序列；MAC 基因组，大核基因组；MDS，MAC 目标序列；MIC 基因组，微核基因组；NJ，邻接连接；UTR，非翻译区。 ‡现地址：英国伦敦帝国理工学院国家心肺研究所呼吸道感染健康保护研究组 §现地址：比利时迪彭贝克哈瑟尔特大学环境生物学环境科学中心。†这些作者对这项工作做出了同等贡献 数据声明：所有支持数据、代码和协议均已在文章中或通过补充数据文件提供。本文的在线版本提供了两份补充材料。001175 © 2024 作者
几乎无间隙，高度连续的参考基因组，用于populus ussuriensis的双倍线，使高级基因组研究
抽象的人群物种，尤其是trichocarpa，长期以来一直是基因组研究的模型树，这是由于完全测序的基因组。然而，高杂合性和重复区域的存在，包括丝粒和核糖体RNA基因簇，剩下了59个未解决的间隙，占三分法P. trichocarpa基因组的3.32％。在这项研究中，改进了愈伤组织诱导方法，以从P. ussuriensis花药中得出双倍的单倍体（DH）愈伤组织。利用长阅读测序，我们成功地组装了一个几乎没有间隙的，端粒到telomere（T2T）P。ussuriensis基因组，跨越了412.13 MB。该基因组组件仅包含7个间隙，其重叠n50长度为19.50 MB。注释显示该基因组中有34,953个蛋白质编码基因，比trichocarpa多465个。值得注意的是，中心区域的特征是高阶重复序列，我们在所有DH基因组染色体中鉴定了和注释的中心粒区域，这是杨树的第一个。衍生的DH基因组表现出与毛thocarpa的高共线性，并显着填补了后者基因组中存在的空白。此T2T P. ussuriensis参考基因组不仅会增强我们对基因组结构的理解，并在杨树属内的功能增强了我们的功能，而且还为杨树基因组和进化研究提供了宝贵的资源。
利用 CRISPR 技术进行磷酸化无效突变，消除酿酒酵母动粒复合体蛋白 Stu1 上的磷酸化位点
染色体分离需要动粒蛋白复合物和有丝分裂纺锤体的协调，这对于两个子细胞之间的准确遗传分裂至关重要。动粒是一种位于姊妹染色单体着丝粒的蛋白复合物。在有丝分裂过程中，可以观察到动粒实际上是在有丝分裂纺锤体的引导下将姊妹染色单体“引导”到伸长细胞的相反极点。有人提出，动粒复合物中的小蛋白 Stu1 有助于延迟芽殖酵母酿酒酵母的后期，直到每条染色体都附着在有丝分裂纺锤体上。Stu1 与纺锤体相互作用，并在纺锤体伸长时与其同步移动。磷酸化可能在调节 Stu1 功能方面发挥重要作用。在酵母中，MELT 是一种常见的磷酸化位点，因此，去除 Stu1 上 MELT 基序上的苏氨酸氨基酸可能会影响姐妹染色单体正确分离的能力，从而导致酵母活力下降。MELT 是真菌中保存良好的序列，并且已知是 Stu1 其他同源物中的磷酸化位点。利用 CRISPR-Cas9 酶，我们将在芽殖酵母 STU1 基因中引入磷酸化无效突变，以将 MELT 序列中的苏氨酸 719 密码子替换为缬氨酸密码子。我们假设这种突变会导致 Stu1 蛋白发生故障，这可能会阻碍其协调纺锤体和着丝粒附着的能力，并进一步阻止有丝分裂期间染色体分离。
研究全中心卫星DNA Tyba在Rhynchospora（cyperaceae）
•背景和目标卫星DNA（SATDNA）是由串联布置的重复序列组成的，通常是高度均质的单元，称为单体。尽管SATDNA通常是快速发展的，但是一些Satdna家族可以在数百万年的分离的物种中保守，这可能是因为它们在基因组中具有弹性作用。Tyba是对全心中心有机体描述的第一个Centromere特异性SATDNA，直到现在仅以八种Rhynchospora Vahl属的特征。（cyperaceae）。在这里，我们对tyba进行了对属的广泛采样，分析和比较其进化模式与其他SATDNA。•方法我们表征了SatDNA在70种的杂交目标捕获测序（HYB-SEQ）基于稳健的DADNAS跨系统发育中的结构和序列演变。我们开采了Tyba的重复分数 - 例如卫星将其特征与其他SATDNA进行比较，并为该属构建了基于Tyba的系统发育。•关键结果我们的结果表明，tyba存在于该属的大多数物种中，跨越了五个主要进化枝中的四个，并在31 MYR上保持了70.9％的内部成对身份。相比之下，其他卫星家族具有较高的肠内成对身份，但受到系统发育的限制。此外，Tyba序列可以分为12个变体，分为三个不同的特定于特定的亚家族，显示了SATDNA进化的传统模型的证据，例如协调的进化和库模型。此外，基于TYBA的系统发育与HYB-SEQ拓扑表现出很高的一致性。我们的结果显示了Tyba与核小体可能存在的结构指示，因为与其他非丝粒卫星相比，其高曲率峰在保守区域上是高度的曲率峰值，并且总体高弯曲性值。•总体而言，TYBA在整个Rhynchospora属中表现出显着的序列保守和系统发育意义，这表明功能作用可能导致基因组中SATDNA的长期稳定性和保守性。