XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemChondria
摘要的Choncon书，2024年5月10日
外星人入侵物种（AIS）对帕帕哈纳莫库氏构成了严重威胁，因为如果没有原生捕食者的人口规模，AIS可以迅速生长并胜过其他生物。生态系统中这种破坏性的不平衡会导致巨大的变化，这是我们在Manawai（Pearl和Hermes环礁）所看到的，那里的Chondria tumulosa厚毯已经长大并窒息了礁石。Papahānaumokuākea的遥远性是使其与众不同的一部分，但它也使那里的研究具有挑战性。Chondria tumulosa于2016年首次发现，从那以后，在纪念碑上有约47天的时间可与C进行动手合作。tumulosa。今年5月（2024年），我们邀请了Chondria的研究人员和经理参加第一次专注于Chondria的会议“ Choncon”。76名参与者（代表17个不同的组织）了解了有关如何c的最新信息。tumulosa生长，繁殖并影响其下面的礁栖息地以及周围的礁鱼。该领域的专家讨论了不运输c的不同控制方法。tumulosa到新的地方，与管理海洋碎片有关的挑战以及前沿早期检测方法。在离散的研究领域之间建立了令人兴奋的联系，例如，在对AIS分布的元分析中确定的模式，来自一个科学家，与另一个科学家对潜在AIS原始位置的海洋学建模一致。除了20种不同的演讲外，Choncon还进行了先前冷冻c的动手培训。tumulosa-许多经理和科学家第一次见到c。tumulosa亲自。我们结束了一天的讨论小组，旨在将科学与经理需求联系起来，并确定推进AIS管理策略的关键知识差距。（Chelsie Counsell博士的活动摘要）
桥接脂质代谢和线粒体基因组维持
线粒体是细胞能量代谢和主要信号中心的联系，可将内部和没有细胞内部信息整合到实现细胞功能的主要信号中心。mito-Chondria携带一个独特的多倍体基因组线粒体DNA（mtDNA），该基因组编码能量生产所需的呼吸链成分。mtDNA突变和延伸与人类的肥胖和代谢综合征有关。在细胞和亚细胞水平上，mtDNA合成由与脂质转移的膜接触位点协调，将基因组维持到脂质储存和稳态。在这里，我们研究了mtDNA与脂质流通性的关系，脂毒性对mtDNA完整性的影响以及在原发性mtDNA疾病中如何破坏脂质代谢。
用于靶向癌细胞线粒体的嵌合纳米粒子
近年来，线粒体因其在许多重要生物现象中的作用而获得了与疾病相关的生物医学研究的广泛认可，包括代谢、生物合成、细胞存活/死亡程序、信号通路等。1-4因此，在癌症等疾病状态下靶向和扰乱线粒体功能已成为一种新的治疗策略。5-7有趣的是，线粒体含有自己的一组 DNA、RNA 和核糖体，可通过保守的线粒体转录和翻译途径合成 OXPHOS 相关蛋白。8-10因此，破坏与小分子路线相关的线粒体“中心法则”被发现有助于改善治疗结果和克服耐药性。11,12然而，在癌细胞的细胞环境中选择性靶向线粒体仍然是一项艰巨的任务
线粒体调节成人心脏的增殖...
引言线粒体通过氧化磷酸化（OXPHOS）产生ATP，但它们也参与了包括氧化还原信号（1），代谢物信号传导（2），钙信号传导（3）的多种生物学功能，以及从细胞中逃脱并在远处组织（4，4，5）上产生的应力信号。mito-Conchondria在合成与组蛋白和DNA表观遗传学修饰的合成生物液中也起着重要作用（6）。最后，线粒体对于产生脂质，蛋白质和核苷酸生物合成所需的底物至关重要，这对于快速增殖的细胞中生物量的生物量是必需的。在代谢活性组织（如心脏）的有丝分裂细胞中，ATP产生被认为是线粒体的主要功能。然而，线粒体的其他功能在成熟心脏中继续促进心肌细胞功能和表型的程度尚未完全理解。
线粒体调节成人心肌细胞的增殖
引言线粒体通过氧化磷酸化（OXPHOS）产生ATP，但它们也参与了包括氧化还原信号（1），代谢物信号传导（2），钙信号传导（3）的多种生物学功能，以及从细胞中逃脱并在远处组织（4，4，5）上产生的应力信号。mito-Conchondria在合成与组蛋白和DNA表观遗传学修饰的合成生物液中也起着重要作用（6）。最后，线粒体对于产生脂质，蛋白质和核苷酸生物合成所需的底物至关重要，这对于快速增殖的细胞中生物量的生物量是必需的。在代谢活性组织（如心脏）的有丝分裂细胞中，ATP产生被认为是线粒体的主要功能。然而，线粒体的其他功能在成熟心脏中继续促进心肌细胞功能和表型的程度尚未完全理解。
载有 CoQ10 的线粒体靶向 PLGA-b-PEG-TPP 纳米粒子：其对 COQ8B-/- HK-2 细胞线粒体功能的影响
辅酶 Q 10 (CoQ 10 ) 缺乏表现出多种器官功能障碍的迹象，某些亚型表现为单纯肾脏受累，并发展为慢性肾病。在这些患者中，早期口服 CoQ 10 已被证明可以减少蛋白尿并延缓慢性肾病的发展，这表明它可能对这些患者具有肾脏保护潜力。然而，CoQ 10 在线粒体中的生物利用度低，因此其功效有限。我们的目标是开发针对线粒体的载 CoQ 10 聚（乳酸-乙醇酸）-聚（乙二醇）-三苯基膦纳米粒子 (CoQ 10 -TPP-NPs)，以更有效地治疗 CoQ 10 肾病。这些纳米粒子的尺寸约为 150 nm，zeta 电位为 + 20 mV。纳米粒子的包封效率确定为 40%。细胞毒性研究表明，暴露于纳米粒子的人肾近端小管上皮细胞的活力没有受到影响。通过代谢组学分析的线粒体功能评估了配制纳米粒子对体外疾病模型的有效性，该模型是通过基于 siRNA 的 COQ8B 沉默在人肾近端小管上皮细胞中开发的。我们发现，与游离 CoQ 10 相比，用针对线粒体的纳米粒子治疗 COQ8B -/- 细胞在增加三羧酸循环率方面更有效。我们的配方在治疗 CoQ 10 相关肾病方面比传统配方更有效。
主题部分 UbE3-APA：定量蛋白质组学研究中阐明泛素 E3 连接酶活性的生物信息学策略
摘要 动机：泛素化广泛参与蛋白质稳态和细胞信号传导。泛素 E3 连接酶是泛素化的关键调节剂，可识别和招募特定的泛素化靶标，用于泛素转移反应的最终限速步骤。了解泛素 E3 连接酶活性将提供对泛素化途径上游调节剂的知识，并揭示生物过程和疾病进展中的潜在机制。基于质谱的蛋白质组学的最新进展使得能够定量深入分析泛素组。然而，泛素组动力学和途径活性的功能分析仍然具有挑战性。结果：在这里，我们开发了 UbE3-APA，一种用于 Ub E3 连接酶活性分析的计算算法和独立的基于 Python 的软件。 UbE3-APA 结合集成注释数据库和统计分析，基于定量泛素组蛋白质组学数据集识别出显著激活或抑制的 E3 连接酶。将该软件与已发表的定量泛素组分析进行基准测试，证实了 SPOP 酶活性是通过过表达和突变进行的遗传操作。该算法在大量泛素化蛋白质组学研究的重新分析中的应用揭示了 PARKIN 的激活以及其他 E3 连接酶的共同激活在线粒体去极化诱导的线粒体自噬过程中。我们进一步展示了该算法在基于 DIA 的定量泛素组分析中的应用。可用性：源代码和二进制文件可在以下网址免费下载：https://github.com/Chenlab-UMN/Ub-E3-ligase-Activity-Profiling-Analysis，以 python 实现并支持 Linux 和 MS Windows 联系方式：yuechen@umn.edu 补充信息：补充数据可用。
细菌和线粒体超氧化物歧化酶之间的序列同源性
1969 年，人们发现一种以前未知功能的牛红细胞蛋白具有催化超氧化物自由基歧化活性 (1-3)。这种酶，即超氧化物歧化酶，是一种金属蛋白，每分子含有 2 (1.8-2.0) 个铜原子和 2 (1.7-1.9) 个锌原子，分子量为 33,000，由两个大小相同的亚基组成 (4, 5)。从其他真核生物中纯化的铜锌歧化酶在分子量、亚基结构、氨基酸组成、铜锌含量以及对纯化所用的氯仿-乙醇混合物的稳定性方面与牛红细胞歧化酶相似 (2, 3)。细菌来源的酶代表一类独特的超氧化物歧化酶，其每个分子含有 1-2 个锰原子作为金属辅因子，对氯仿-乙醇处理不稳定，其氨基酸组成与铜锌歧化酶明显不同（2、3、6-8）。细菌酶的分子量约为 40,000，每个酶含有两个分子量为 20,000 的亚基。最近又分离出两种超氧化物歧化酶，其稳定性、纯化特性和氨基酸组成与细菌锰歧化酶相似。一种来自鸡肝线粒体（8）的超氧化物歧化酶每个分子含有 2.3 个锰原子，虽然它是四聚体，但其亚基分子量与细菌含锰酶相同。另一种是含有铁（每个分子约 1 个原子）而不是锰的，已从大肠杆菌中分离出来（9），是一种二聚体，其亚基大小相同（分子量 19,000）。已在各种需氧、厌氧和耐氧厌氧微生物中测量了超氧化物歧化酶活性水平（10）。从观察到的相关性来看，
卵菌的转化系统、基因沉默和基因编辑技术
卵菌是一类多样化的丝状产孢生物，由数百种臭名昭著的病原体组成。其中一些已被列入全球检疫名单，并受到国家和国际法律的严格管制，以防止其传播（Rossmann 等人，2021 年）。宿主包括主要养殖鱼类和植物物种，以及自然生态系统中的众多动物和植物物种（Cao 等人，2012 年；Fern andez-Ben eitez 等人，2008 年；Kamoun 等人，2015 年；van den Berg 等人，2013 年）。卵菌是一类在分类学上截然不同的真核微生物大类，它与真菌有一些相同的生理和形态特征（例如，都有菌丝和不同的孢子类型），但在系统发育上与异鞭毛藻有亲缘关系（Baldauf 等人，2000 年；Latijnhouwers 等人，2003 年）。卵菌与真真菌可通过一些只有卵菌才具备的生化和细胞学特征来区分：a) 纤维素是菌丝壁的主要微纤维成分；b) 胞质致密体/指纹液泡含有磷酸化的 β-(1,3)-mycolaminarin 葡聚糖；c) 二倍体叶状体，减数分裂先于配子形成；d) 线粒体有管状嵴；最后 e) 利用 a - ε -二氨基庚二酸赖氨酸合成途径 ( Beakes 等人，2012 年)。卵菌生长的环境条件和宿主范围广泛，这反映在其系统发育多样性中 ( Thines，2014 年)。在过去的几十年里，宿主与卵菌相互作用的研究结合基因组学和转录组学，对卵菌如何感染宿主有了相当深入的了解 ( Burra 等人，2017 年)。了解许多相互作用分子的作用对于有针对性地制定管理策略非常重要。已确定卵菌会分泌一系列效应蛋白，这些效应蛋白可以改变宿主的免疫系统以促进感染（Bozkurt 等人，2012 年；de Bruijn 等人，2012 年；Fabro 等人，2011 年）。然而，不同卵菌病原体在感染过程中产生的大量分子尚未得到解释。为了在体内对这些分子进行功能分析，对卵菌进行基因改造的技术至关重要，例如 RNAi（Saraiva 等人，2014 年；Whisson 等人，2005 年）、稳定转化（Judelson 等人，1993 年）或 CRISPR/Cas（Fang 和 Tyler，2016 年）。卵菌的分子技术发展速度比真菌慢，目前仅限于相对较少的物种，与真菌相比效率较低。由于卵菌内部的异质性，转化方案需要针对每个物种进行优化，并且在同一物种内，通常针对每个菌株进行优化。因此
转化系统，基因沉默和基因编辑技术
卵骨是一组多样的孢子形成生物，包括数百种臭名昭著的病原体。其中几个在全球隔离名单上，严格受国家和国际法律的监管，以防止其传播（Rossmann等人。，2021）。宿主包括主要的栽培鱼类和植物物种，以及天然生态系统中的许多动物和植物物种（Cao等人，2012年； Fern Andez-Ben Eitez等。，2008年； Kamoun等。，2015年； van den Berg等。，2013年）。卵形构成了一种分类学不同的和大的真核微生物，它与真菌具有某些生理和形态学特征（例如，菌丝的形成和不同的目的孢子类型），但在系统源上是与Heterokont Algae（Baldauf等人（Baldauf等，2000; latijnhouers et and; <，2003）。卵菌和真菌可以通过只有卵菌具有的几种生化和细胞学特征来区分：a）纤维素是其菌丝壁的主要微纤维成分； b）含有磷酸化的B - （1,3） - 米麦葡萄糖的细胞质致密体/纤维打印液泡； c）在配子形成之前的减数分裂的二倍体thalli； d）线粒体带有肾小管crista；最终e）A -ε-二氨基二酰胺酸赖氨酸合成途径（Beakes等，2012年）。在其系统发育多样性中反映了卵形壮成长的大量环境条件和宿主。，2017年）。，2012年； de Bruijn等。，2012年； Fabro等。，2011年）。在过去的几十年中，宿主的卵形相互作用研究结合了基因组学和转录组学对卵菌如何感染其宿主有了充分的了解（Burra等人。意识到许多相互作用的分子的作用对于针对性的管理策略而言至关重要。已经确定，卵蛋白分泌了一系列效应子蛋白，可修饰宿主的免疫系统以促进感染（Bozkurt等人然而，尚未在感染过程中由不同的卵菌病原体产生的大量分子。用于对这些体内的功能分析，以基因修改卵菌的技术，例如RNAi（Saraiva等，2014； Whisson等人，2005年），稳定的转换（Judelson等人。，1993）或CRISPR/CAS（Fang and Tyler，2016年）至关重要。与真菌相比，卵形的分子技术的发展速度较慢，并且与真菌相比，目前仅限于相对较少的物种，并且效率低。由于卵菌中的异质性，需要针对每个物种以及在物种中优化每个菌株的转移方案。因此是