Laetitia Gerossier 1†,AnaëlleDubois1†,Alexia Paturel 1,Nadim Fares 1 **,Damien Cohen 1,Phillippe Merle 1,2,Joel Lachuer 1,3,Joel Lachuer 1,3,Anne Wierinckx 1,3,Anne Wierinckx 1,3,Pierre Saintigny 1,4,Brigits Brigite Bande Bancel 5 BérengèreOuine 8,AurélieCartier 8,Leanne de Koning 8,Vincent Puard 8,Ivan Bieche 7,Hector Hernandez-Vargas 1,Janet Hall 1,Isabelle Chemin 1*。1。Lyon,Claude Bernard Lyon 1 University,Inserm,CNRS,CenterLéonBérard,里昂里昂癌症研究中心,里昂,69008,法国。 2。 北部医院集团肝病学系,里昂里昂的民用临时医院,69000法国3。 profefxpert,sfr-est,CNRS UMR-S3453,Inserm US7,Lyon Cedex 08,F-69373,法国4。Lyon,Claude Bernard Lyon 1 University,Inserm,CNRS,CenterLéonBérard,里昂里昂癌症研究中心,里昂,69008,法国。2。北部医院集团肝病学系,里昂里昂的民用临时医院,69000法国3。profefxpert,sfr-est,CNRS UMR-S3453,Inserm US7,Lyon Cedex 08,F-69373,法国4。法国里昂中心莱昂·贝拉德(CenterLéonBérard)医学肿瘤学系5.解剖学服务,东医院集团,里昂里昂的民用临终关怀医院,69000,法国6。解剖学和病理细胞学极点IUC肿瘤CHU大学图卢兹癌研究所 - 肿瘤,图卢兹,F -31059,法国7。遗传学系,库里研究院,PSL研究大学,巴黎,F-75005,法国8。法国PSL研究大学的转化研究系,法国F-75005
• Claude Bernard Lyon 1 • Delft University of Technology • Eindhoven University of Technology • ESPCI Paris • Foundation for Research and Technology-Hellas • Ghent University • IFREMER • JOANNEUM RESEARCH • KTH • Maastricht University • Montanuniversität Leoben • National Technical University of Athens • NTNU • Polymer Competence Center Leoben • Radboud University Nijmegen • Shanghai Jiao Tong大学•四川大学•西南金融与经济学大学•爱丁堡大学•萨瓦•大学蒙特·布兰克大学•博洛尼亚大学•博洛尼亚大学•克里特大学•克里特大学•诺丁汉大学•诺丁汉大学•诺丁汉大学•牛津大学•牛津大学•牛津大学•帕特拉斯大学•帕特拉斯大学•帕特拉斯大学
其他大型科技公司迅速涌入与自己的AI模型竞争:Bard,然后是Google的Gemini,来自Anthropic的Claude,来自Microsoft的Copilot,以及来自Meta的Llama等开源产品,更不用说新搜索产品了,更不用说引发性,浏览器体验,例如ARC,例如ARC或Fressions of Adobe and Fronfution interfacter of Adobe and trunder interfy of Adobe的界面 - 信息。尽管该技术的版本自2018年以来就已经存在,但到2022年底,它突然奏效了(某种程度上),促使其整合到各种产品中,不仅展示了许多生产力和新体验的机会,而且还对准确性,出处和来源信息的归因以及造成错误信息的潜力增加了一些严重的关注。
对于希望利用AI的组织,LLM周围有很多竞争。但是,当涉及模型和AI服务建设者和领导者在工作场所使用时,我们的调查结果表明,Chatgpt(引起世界关注的第一个LLM)仍然是最常用的(27%)。但是,重要的是要注意,Microsoft的Azure AI(18%的受访者使用)使公司可以访问OpenAI的LLM,这使OpenAI模型的总使用量更高。(同样,亚马逊基岩提供了对多个LLM的访问。)之后,Google Gemini的使用率为17%。其余的包装在8%到4%之间的使用情况:Meta的Llama(8%),Amazon Bedrock(7%),人类的Claude(7%),Cohere's Suite(5%)和Mistral AI(4%)。4%的报告使用我们的调查中未包含的工具,而3%不使用任何LLM。
大语言模型(LLM),例如GPT-3.5 1,GPT-4 2,Gemini 3和Claude 4,是在大型13个数据集中训练的高级模型,能够生成与人类言语非常相似的文本。llms在各种任务中表现出色,例如回答14个问题2,生成编程代码5和分析图像6。最近的研究还强调了它们在基因组研究中的强大能力15。例如,在单细胞RNA-seq数据中,GPT-4可以产生与人类专家提供的细胞类型注释相符的细胞类型注释,仅使用标记基因信息作为输入7。此外,可以利用由GPT-3.5生成的基因嵌入17来创建单细胞嵌入以用于各种下游分析8。18这些研究表明,LLM在基因组学领域具有知识,并且有可能作为基因组研究的知识19基础。这样的基于LLM的基因组知识基础可以通过20减少定位和检索可靠信息所需的时间来显着受益于基因组研究,这一过程通常是跨学科的21个具有有限基因组专业知识的跨学科21研究人员的时间。此外,现代LLMS的先进推理和分析能力22可以有效地综合来自不同来源的信息。但是,LLM是否可以可靠地充当基因组23知识库,尚未系统地研究并保持较低的理解。24基准数据集对于比较和评估LLMS执行特定任务的能力至关重要。这些发现表明39例如,25 mmlu(大量的多任务语言理解)9是一个广泛使用的基准数据集,用于评估LLMS的Interdis-26 cipledine Inswool,而HumaneVal 10评估其生成编程代码的能力。这些基准数据集27提供了一个标准化框架,用于比较不同LLM的性能和随着时间的推移跟踪模型演变。28他们在识别现有模型的弱点并指导未来发展的29 llms方面是关键的。但是,现有的基准数据集不涵盖基因组学,并且仍然缺乏基因组知识的基准。30为此,我们开发了基因研究,这是一个全面的问答(Q&A)数据库,以基于基因组学中LLM的perfortor-31 Mance进行基准测试。基因研究包括基因组研究的各个方面,例如基因和SNP的基因组位置32,以及基因的功能。我们评估了六个LLM在基因上的性能,包括33 Ing Miogpt 11,BiomedLM 12,GPT-3.5 1,GPT-4O 13,Gemini Advanced 3和Claude 3.5 4。其中,GPT-4O,Gemini 34 Advanced和Claude 3.5是当代LLM,因其在各种任务中的出色表现而广受认可。35我们的分析表明,基于基因组知识的问题在整个LLM中的准确性显着差异。36此外,我们观察到,当LLM可以访问Web浏览功能时,可以进一步提高性能。37然而,即使表现最好的LLM在某些任务中完全失败了,尽管基因组知识被包括在其培训语料库中,但仍无法在38其他其他任务中正确回答所有问题。
Hélène OZUCH née KUZAJ 07-juin 89 和 Marguerite AUBRY née DEVOILLE 09-juin 104 和 Jean AUBRY 26-juin 84 和 Claude AUBRY 26-juin 84 和 Geneviève FLEUROT née CHOLLEY 03-juil。 94 年 Monique AUBRY née ROBERT 28-juil。 86 和 Yvette LEMERCIER 05 月 57 和 Simone GROSJEAN née BOUGEL 05 月 84 和 Véronique OUDOT CHARTIER 08 月 62 和 Jean-Luc NURDIN 12 月 55 和 Pascal JECHOUX 26 月 46 47 年 30 月 30 日,Abdeliallah OUCHACHE 和 Pierrette PENEY née BLANCHARD 9 月 2 日77 ans Patricia JEANNEY née JACQUEMARD 03-sept. 59 和 Michel HACQUARD 9 月 11 日79 年 Lucienne GRILLOT 13-sept. 90 伊夫·马蒂厄 9 月 19 日吉尔伯特·西蒙 (Gilbert SIMON) 72 月 10 月 1 日吉尔伯特·杜鲁普 (Gilbert DURUPT) 90 年 10 月 25 日94 于 Jeannine JEANNEY née SIRVEAUX 11-nov. 95 年 Raphaëlle GALAND 10 月 29 日1 日 André CALAND 11 月 14 日79 米歇尔·杜普瓦 (Michel DURPOIX) 15-11 月64 和 Françoise CAVALIER 11 月 15 日86 于 René JEANNEY 16-11 月86 于 Jannine SIMON née TOILLON 11 月 23 日97 年 Josette CHOLLEY née GROSJEAN 11 月 25 日90 年代 克劳德·安布罗西诺 11 月 29 日80安斯
1,大学,法国80000 Amiens的De Picardie Jules Vernnes, 1肿瘤科; refeno.valery@chu-amiens.fr 2 Oncology Department, Profeseur Za fi saona Gabriel Hospital, University is de Mahajanga, Mahajanga 401, Madagascar 3 Facult é de M è dozen, university is from Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar 4 Sorbonne Universit é s, Umpc Univ. 巴黎06,UMR 7371,UMR S 1146,Laboratoire d'AstimageriebiomèDicale,75005 Paris,法国,法国5 AP-HP,H h'Pital Saint Louis,肿瘤学单元,1 Avenue Claude Vellefaux,75010 Paris,France,France; safae.terrisse@aphp.fr(S.T。 ); clement.bonnet@aphp.fr(c.b. ); clement.dumont@aphp.fr(c.d. ); Stephane.culine@aphp.fr(S.C.)6医学肿瘤学系,取消研究所是Rogie de l'Ouest,44800,法国圣汉堡; ludovic.doucet@ico.unicancer.fr 7医学肿瘤学系,Claudius Regaud研究所,IUCT-O,法国图卢兹31300; pouesssel.damien@iuct-oncopole.fr *通信:michele.lamuraglia@upmc.fr或lamuraglia.michele@chu-amiens.fr1肿瘤科; refeno.valery@chu-amiens.fr 2 Oncology Department, Profeseur Za fi saona Gabriel Hospital, University is de Mahajanga, Mahajanga 401, Madagascar 3 Facult é de M è dozen, university is from Antananarivo, Antananarivo 101, Madagascar 4 Sorbonne Universit é s, Umpc Univ.巴黎06,UMR 7371,UMR S 1146,Laboratoire d'AstimageriebiomèDicale,75005 Paris,法国,法国5 AP-HP,H h'Pital Saint Louis,肿瘤学单元,1 Avenue Claude Vellefaux,75010 Paris,France,France; safae.terrisse@aphp.fr(S.T。); clement.bonnet@aphp.fr(c.b.); clement.dumont@aphp.fr(c.d.); Stephane.culine@aphp.fr(S.C.)6医学肿瘤学系,取消研究所是Rogie de l'Ouest,44800,法国圣汉堡; ludovic.doucet@ico.unicancer.fr 7医学肿瘤学系,Claudius Regaud研究所,IUCT-O,法国图卢兹31300; pouesssel.damien@iuct-oncopole.fr *通信:michele.lamuraglia@upmc.fr或lamuraglia.michele@chu-amiens.fr
生物科学系培养多学科工程师,旨在成为医疗保健、农业食品和环境行业的项目经理。该系提供两个主要培训项目:生物化学和生物技术为工程师提供生命科学和医疗保健方面的扎实科学和技术背景;培养他们在环境、制药、农业食品和其他各种化学领域的工作;培训他们担任管理职位、质量控制和行业咨询。生物信息学和建模是与里昂第一大学克劳德·贝尔纳合作设计的,旨在培养工程师成为生物学家、数学家和计算机科学家之间的接口;分析和处理生物数据,提取相关信息并模拟生物系统以了解生命过程。
