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GEDpm-cg：谷氨酸棒杆菌点突变构建基因组编辑自动化设计平台
机器人系统辅助基因组编辑技术和计算机辅助设计工具的进步极大地促进了微生物细胞工厂的发展。尽管目前已有多种独立的软件解决方案可用于载体DNA组装、基因组编辑和验证，但迄今为止仍然缺乏可以为整个基因组改造过程提供一站式服务的完整工具。这使得大量基因改造的设计，特别是构建那些需要严格精确的基因操作的突变，成为一个费力、耗时且容易出错的过程。在此，我们开发了一个称为GEDpm-cg的免费在线工具，用于设计谷氨酸棒杆菌的基因组点突变。选用自杀质粒介导的反选择点突变编辑方法和基于重叠的DNA组装方法来确保谷氨酸棒杆菌染色体上任何位置上的任何单核苷酸的可编辑性。设计结果提供了用于遗传修饰载体 DNA 组装和测序验证所需的引物，以满足所有实验需求。超过 10,000 个单点突变的计算机设计任务可以在 5 分钟内完成。最后，在 GEDpm-cg 的指导下，在谷氨酸棒杆菌中成功构建了三个独立的点突变，这证实了计算机设计结果可以准确无缝地与体内或体外实验衔接。我们相信该平台将提供一个用户友好、功能强大且灵活的工具，用于通过机器人/软件辅助系统对工业主力谷氨酸棒杆菌进行大规模突变分析。
牛杆菌牛菌监视和通过采样快速检测
牛杆菌是裸体（FOXN1，NU/NU）小鼠种群的机会感染。被确定为裸小鼠过度性皮炎或“鳞状皮肤病”的病因，牛梭菌会导致短期临床疾病，其后是终身亚临床皮肤定殖的临床疾病。尽管临床体征的持续时间有限，但对异种移植肿瘤发育的影响可能很大，导致肿瘤生长延迟，减慢或失败。正如2010年全国AALAS会议小组讨论中所强调的那样：“对丘脑裸鼠的控制和消除与Corynebacterium相关的高肿瘤（CAH）”，C。Bovis遭受了学术和行业研究设施，作为一种细菌污染物，这是一种极难消除的细菌污染物。现代啮齿动物哨兵监测计划依靠脏床上用品前哨的计划并非旨在早日检测迅速传播，环境稳定且空气传播的细菌（如C. bovis）。有必要建立一种可以可靠地使用的方法，以更有效地监测裸露的小鼠菌落以外的裸露床上用品前哨。为了解决这个问题，我们提议通过PCR监视单独的通风笼（IVC）机架排气系统，以便牛梭菌的存在。先前通过PCR来监测小鼠病原体的IVC架空气排气，例如Helicobacter spp。，鼠病毒和内骨和骨质寄生虫。