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GEDpm-cg：谷氨酸棒杆菌点突变构建基因组编辑自动化设计平台
机器人系统辅助基因组编辑技术和计算机辅助设计工具的进步极大地促进了微生物细胞工厂的发展。尽管目前已有多种独立的软件解决方案可用于载体DNA组装、基因组编辑和验证，但迄今为止仍然缺乏可以为整个基因组改造过程提供一站式服务的完整工具。这使得大量基因改造的设计，特别是构建那些需要严格精确的基因操作的突变，成为一个费力、耗时且容易出错的过程。在此，我们开发了一个称为GEDpm-cg的免费在线工具，用于设计谷氨酸棒杆菌的基因组点突变。选用自杀质粒介导的反选择点突变编辑方法和基于重叠的DNA组装方法来确保谷氨酸棒杆菌染色体上任何位置上的任何单核苷酸的可编辑性。设计结果提供了用于遗传修饰载体 DNA 组装和测序验证所需的引物，以满足所有实验需求。超过 10,000 个单点突变的计算机设计任务可以在 5 分钟内完成。最后，在 GEDpm-cg 的指导下，在谷氨酸棒杆菌中成功构建了三个独立的点突变，这证实了计算机设计结果可以准确无缝地与体内或体外实验衔接。我们相信该平台将提供一个用户友好、功能强大且灵活的工具，用于通过机器人/软件辅助系统对工业主力谷氨酸棒杆菌进行大规模突变分析。
dentalis sp。十一月，一种从牙周炎的牙齿牙菌斑中分离出的新细菌
rieux）根据制造商的说明评估了菌株Marseille-P4122的碳水化合物代谢（表2）。Strain Marseille- P4122 T has enzymatic activities such as esterase (C4), esterase- lipase (C8), lipase (C14), acid phosphatase, naphthol-AS-BI- phosphohydrolase, α -glucosidase, β -glucosidase and urease, whereas only D -fructose and D -trehalose were positive for碳水化合物代谢。所有测试的其他反应都是阴性的。菌株Marseille-P4122 t显示过氧化酶阴性和氧化酶阴性活性。表3列出了该菌株与其他密切相关的corynebacterium物种的生化特征的比较研究。用于扫描电子显微镜，从琼脂中收集了一个菌落，并浸入2.5％的戊二醛固定溶液中。将载玻片在水中轻轻洗涤，风干并用TM4000显微镜检查。细胞以
生物安全水平的生物安全表
细菌剂BSL ctceticetus 2 actinobacillus sp。2 actinomyces sp。 2 Aeromaonas sp。 2芳基丙酸酯2杆菌2芽孢杆菌* 2杆菌* 2杆菌杆菌。 2 Bartonella sp。 2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 actinomyces sp。2 Aeromaonas sp。 2芳基丙酸酯2杆菌2芽孢杆菌* 2杆菌* 2杆菌杆菌。 2 Bartonella sp。 2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Aeromaonas sp。2芳基丙酸酯2杆菌2芽孢杆菌* 2杆菌* 2杆菌杆菌。2 Bartonella sp。 2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 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Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Bordetella sp。2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion 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sp。2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Moraxella sp。2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。2
在手工生产未煮过的牛奶中的未煮熟奶酪的手工生产过程中探索细菌群落
•开胃培养添加降低了奶酪生产的细菌多样性（图1，步骤3）•奶酪洗涤（步骤7）是上游和下游步骤中的细菌群落重叠的步骤（图2）•细菌群落的组成在整个生产过程中都发生了变化（图3）：原乳是高细菌多样性的主导，起动培养物引入导致链球菌和乳酸杆菌的丰度更高，然后成熟的成熟是，corynebacterium and corynebacterium和brevibacterium的丰度增加。应进行进一步的分析，以阐明接触表面微生物群在奶酪生产过程中的精确作用。
方案隔离和鉴定不良的腋窝气味，从人腋区域产生微生物
该方案基于产生微生物隔离和鉴定的不良腋窝气味（Corynebacterium spp。，葡萄球菌hominis，葡萄球菌属。和Micrococcus luteus）。该过程是为了获得模型的微生物培养，用于除臭产物的体外抗菌活性测试。这项研究是通过从人腋区域获取微生物样品，选择性培养基制备，通过条纹镀层的分离，微生物特征的鉴定（形态学，生化和分子鉴定）进行的。该方案可以用作进行类似研究的那些尝试进行微生物分离和鉴定Corynebacterium spp的示例。，葡萄球菌属。或微球属。或其他根据进行的研究进行调整的其他微生物。
眼表 - oda。oslomet。否
目的：本研究的目的是研究干眼症患者的眼部微生物组，并确定其可能的健康和诊断意义的眼部微生物组的特征。方法：从两只眼睛中收集了来自91个个体（61个干眼，30个健康）的样品，并用于培养依赖性和与文化无关的分析。样品，或在广泛的琼脂类型上接种，并在广泛的条件下生长以最大化恢复。通过对16S rDNA和RPOB基因的部分测序鉴定分离株，并测试了抗生素易感性。 ，我们在下一代测序数据上应用了L2规范化的逻辑回归模型，以研究严重的干眼症与眼部微生物组之间的任何潜在关联。 结果：依赖文化的分析显示，健康个体中菌落形成单位的数量最多。 从样品中回收的大多数分离株是小杆菌，微球菌，葡萄球菌Epi Dermidis和Cutibacterium acnes。 培养独立的分析显示，24个类别，其中静脉细菌，FIR粉和蛋白质细菌是最丰富的。 被检测到超过405属，其中Corynebacterium是最主要的，其次是葡萄球菌和cutibacterium。 L2调查的逻辑回归模型表明Blautia和Corynebacterium sp。 可能与严重的DED有关。 结论：我们的研究表明，眼微生物组在严重的DED患者中具有特征。分离株，并测试了抗生素易感性。，我们在下一代测序数据上应用了L2规范化的逻辑回归模型，以研究严重的干眼症与眼部微生物组之间的任何潜在关联。结果：依赖文化的分析显示，健康个体中菌落形成单位的数量最多。从样品中回收的大多数分离株是小杆菌，微球菌，葡萄球菌Epi Dermidis和Cutibacterium acnes。培养独立的分析显示，24个类别，其中静脉细菌，FIR粉和蛋白质细菌是最丰富的。被检测到超过405属，其中Corynebacterium是最主要的，其次是葡萄球菌和cutibacterium。L2调查的逻辑回归模型表明Blautia和Corynebacterium sp。可能与严重的DED有关。结论：我们的研究表明，眼微生物组在严重的DED患者中具有特征。某些Corynebacterium物种和Blautia对于将来的研究特别感兴趣。
微生物-肠道-眼睛轴
摘要 人体的每个器官都有自己的微生物群，眼睛作为一个复杂的多组分器官也不例外。由于传统研究方法的局限性，对眼部微生物组 (OM) 的详细研究直到 2010 年才作为眼部微生物组项目的一部分开始，当时研究方法的进步使得获得详细数据成为可能，尽管之前一直存在争议，即微生物是否能够附着在眼部表面——具有抗菌特性的泪膜层上。眼球表面的结构由角膜、结膜、泪腺及泪膜、睑板腺以及睑板膜组成；它们共同对抗刺激物、过敏原和病原体。眼部微生物群的稳态对于维持视觉器官的健康至关重要。大多数微生物位于角膜和结膜上，包括16S rRNA测序在内的现代研究方法已经能够确定眼表微生物群的“核心”，并确定最常见的类型：葡萄球菌、棒状杆菌、丙酸杆菌和链球菌，尽管“核心”的具体组成仍然存在争议。 MB的组成受多种因素影响，包括年龄、佩戴隐形眼镜、服用眼科药物和抗生素。与许多其他器官一样，眼表面的微生物群受到肠道微生物群的影响：这种联系被称为“微生物-肠道-眼睛”轴。在肠眼轴内，健康的肠道微生物群会产生短链脂肪酸、吲哚、多胺和其他对免疫系统和视网膜健康有益的物质。菌群失调会导致体内平衡被破坏，而炎症反应的加剧会导致视神经受损和眼部疾病的进展。一些眼科疾病，如糖尿病视网膜病变、年龄相关性黄斑变性、脉络膜新生血管、葡萄膜炎、原发性开角型青光眼、干燥综合征和干眼症，可能与肠道微生物组成的变化有关。使用各种方法纠正肠道菌群失调可以降低患眼疾的风险，尽管还需要进一步研究来发现沿“微生物-肠道-眼”轴治疗眼科疾病的新方法。
健康基因技术（HGT）TNGS解决方案与MGI的DNBSEQ平台兼容，可检测病原体和耐药性基因
Streptococcus Streptococcus Streptococcus constellatus Streptococcus intermedius Human Betaherpusvirus 7 Prevotella Loescheii Campylobacter spermo Fusobacterium nucleatum Neisseria subflava Streptococcus yellow Prevotella Buccae Stenotrophomos Maltophoma Morganella Morganii Parvimonas Micro Schaalia Odontolytica Streptococcus Prevotella intermedia Prevotella intermediates Enterococcus Faecalis Porphyromonas gingivalis tiny Streptococcus tiny Streptococcus anginoidea Streptococcus mild melaninogenica Haemophilus influenzae Corynebacterium diphtheriae Klebsiella pneumoniae肺炎链球菌假单胞菌铜绿 div>Streptococcus Streptococcus Streptococcus constellatus Streptococcus intermedius Human Betaherpusvirus 7 Prevotella Loescheii Campylobacter spermo Fusobacterium nucleatum Neisseria subflava Streptococcus yellow Prevotella Buccae Stenotrophomos Maltophoma Morganella Morganii Parvimonas Micro Schaalia Odontolytica Streptococcus Prevotella intermedia Prevotella intermediates Enterococcus Faecalis Porphyromonas gingivalis tiny Streptococcus tiny Streptococcus anginoidea Streptococcus mild melaninogenica Haemophilus influenzae Corynebacterium diphtheriae Klebsiella pneumoniae肺炎链球菌假单胞菌铜绿 div>
Accugen检测常见的临床致病微生物
Acinetobacter Baumannii, Staphylococcus capnocytophaga Haemolytica, Pseudomonas fluorescens, Staphylococcus horses, Actinomyces Israelii, Staphylococcus Epidermidis, Capnocytophaga Ochracea, Pseudomonas Mosselii, Streptobacillus moniliformis, Bordetella tunnels,葡萄球菌血液溶血，囊孢子虫，pseudomonas putida，链球菌，Gallolyticus，Burkholderia cepacia，葡萄球菌，弯曲球菌，弯曲球菌Ococcus沙门氏菌肠道SSP。 div>Acinetobacter Baumannii, Staphylococcus capnocytophaga Haemolytica, Pseudomonas fluorescens, Staphylococcus horses, Actinomyces Israelii, Staphylococcus Epidermidis, Capnocytophaga Ochracea, Pseudomonas Mosselii, Streptobacillus moniliformis, Bordetella tunnels,葡萄球菌血液溶血，囊孢子虫，pseudomonas putida，链球菌，Gallolyticus，Burkholderia cepacia，葡萄球菌，弯曲球菌，弯曲球菌Ococcus沙门氏菌肠道SSP。 div>