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激活评分：从化学蛋白质组学数据和蛋白质语言模型（PLM）嵌入中预测半胱氨酸反应性
图2：用硫酰基反应性烷基化碘乙酰氨酰胺（IAA）以7个不同的浓度（范围为0至1,000 µM）处理八种癌细胞系，以阻断肽映射的抑制半胱氨酸残基。IAA与半胱氨酸结合Desthiobiotin iodoacetamide（DBIA）化学探针之间的竞争反应使DBIA标记的肽以剂量反应的方式富集。样品进行准备并在质谱仪（MS）上运行，其中肽信号的损失表明成功的IAA竞争。我们将四参数对数模型模型拟合到每个半胱氨酸的剂量响应数据。当模型在溶液上收敛（有剂量反应）时，我们将半胱氨酸标记为反应性，当没有剂量反应时，我们将其标记为无反应性。
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