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1 Undershaft, London, EC3A 8EE 拆除旧
摘要 申请涉及东部集群内 Undershaft 南侧一块 0.72 公顷的土地。该地块上目前有一座 28 层的空置办公大楼。大楼南面是一片公共区域，称为“圣海伦广场”。该地块包括 Undershaft，它是一条公共公路，可通往 6-8 Bishopsgate、22 Bishopsgate 和 122 Leadenhall Street 的服务入口。申请地块不在保护区内，现有建筑未被列入名录。它享有英国历史遗产委员会颁发的豁免列入名录证书，有效期至 2027 年 9 月 27 日。该建筑不被视为非指定遗产资产。 2019 年 11 月 8 日，规划许可获批，可在该地块重建一座 72 层高的办公大楼，并在 71 层和 72 层设有可向公众开放的观景廊和教育空间。办公接待处建在地面以上，以扩大公共空间。公共设施（包括零售空间）拟建在较低的地面，可通过南广场的一个大型下沉式开口进入。
中尺度 DNA 特征影响 APOBEC3A 和 APOBEC3B 脱氨酶活性并塑造肿瘤突变景观
抗病毒 DNA 胞嘧啶脱氨酶 APOBEC3A 和 APOBEC3B 是癌症突变的主要来源，它们催化胞嘧啶脱氨为尿嘧啶。APOBEC3A 优先靶向单链 DNA，对采用茎环二级结构的 DNA 区域具有明显的亲和力。然而，APOBEC3A 和 APOBEC3B 的详细底物偏好尚未完全确定，DNA 序列对 APO-BEC3A 和 APOBEC3B 脱氨酶活性的具体影响仍有待研究。在这里，我们发现 APOBEC3B 也选择性地靶向 DNA 茎环结构，它们与 APOBEC3A 脱氨的结构不同。我们开发了 Oligo-seq，这是一种基于体外测序的方法，用于识别促进 APOBEC3A 和 APOBEC3B 活性的特定序列环境。通过这种方法，我们证明了 APOBEC3A 和 APOBEC3B 脱氨酶活性受到目标胞嘧啶周围特定序列的强烈调控。此外，我们还确定了 APOBEC3B 和 APOBEC3A 的结构特征，这些特征决定了它们的底物偏好。重要的是，我们确定了肿瘤基因组内发夹形成序列中 APOBEC3B 诱导的突变与 APOBEC3A 突变的 DNA 茎环序列不同。总之，我们的研究提供了证据，表明 APOBEC3A 和 APOBEC3B 可以在癌症基因组中产生不同的突变景观，这是由它们独特的底物选择性驱动的。
治疗诱导的 APOBEC3A 驱动持续性癌细胞的进化
* 通讯地址：Aaron N. Hata，麻省总医院癌症中心，149 13th St，查尔斯顿，马萨诸塞州 02129，美国。ahata@mgh.harvard.edu，Michael S. Lawrence，麻省总医院癌症中心，149 13th St，查尔斯顿，马萨诸塞州 02129，美国。mslawrence@mgh.harvard.edu，Hideko Isozaki，麻省总医院癌症中心，149 13 th St，查尔斯顿，马萨诸塞州 02129，美国。hisozaki@mgh.harvard.edu。‡ 同等贡献作者贡献 HI、ANH、MSL 设计了研究、分析了数据并撰写了论文。HI、NN、WS、SM、MS、HFC、FMS、DT、HA、VN 和 ANH 进行了细胞系实验，研究药物敏感性和耐药性演变、APOBEC 表达分析和细胞信号通路研究。 SO、PJ 和 RB 进行 RNA 编辑研究。HI 和 MS 进行 DNA 损伤实验。HI、NN、HFC、NP、SB、MGC 进行肿瘤异种移植研究。KD、AR 从 NSCLC 患者中生成了患者来源的细胞系。RS、AA、AL、ML、CO、CSC、JJL、YEM 和 MSL 对细胞培养实验模型和临床肿瘤样本的全基因组和全外显子组测序、RNA-seq 和 ATAC-seq 进行计算分析。LZ、NJD、CB、GG、RB、JAE 参与实验设计和数据解释。MKB、RGC、ATS、JFG、JJL、LVS 和 ZP 提供了 NSCLC 患者样本和临床数据解释。BYY 对患者样本进行统计分析。ANH 和 MSL 对研究做出了同等贡献。所有作者都讨论了结果并对手稿发表了评论。
结构引导抑制癌症DNA-氧化酶Apobec3a
。CC-BY 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经同行评审认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2023年2月17日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2023.02.17.528918 doi：Biorxiv Preprint
碱基编辑酶 APOBEC3A 以低效率和高选择性催化 RNA 中的胞嘧啶脱氨
A3A 和 eA3A 表达。A3A 表达构建体 (Addgene #109231) 之前已有描述，可用于纯化 A3A 作为融合蛋白 (MBP-A3A-His)，可进一步加工以生成分离的 A3A 结构域。32,33 对于 eA3A (A3A-N57G)，N57G 突变是通过 Q5 定点诱变 (New England Biolabs, NEB) 引入的。A3A 和 eA3A 构建体的细菌表达之前已有详细描述。 33 将纯化的 MBP-A3A-His、MBP-eA3A-His 或分离的 A3A 在 50 mM Tris-Cl（pH 7.5）、50 mM NaCl、10% 甘油、0.5 mM DTT 和 0.01% Tween-20 中透析过夜，并使用 BSA 标准曲线确定蛋白质浓度。基于 SwaI 的脱氨酶对 ssDNA 和嵌合底物的活性。5'-荧光素 (FAM) 荧光标记的底物 S35-dC 或具有单个靶核糖胞嘧啶的匹配底物（在其他 DNA 骨架中）（S35-rC）由 Integrated DNA Technologies (IDT) 合成，以及相关产品对照（S35-dU 和 S35-rU）。在最佳 A3A 反应条件（最终为 20 mM 琥珀酸：NaH 2 PO 4：甘氨酸 (SPG) 缓冲液 pH 5.5，0.1% Tween-20）下，用 6 倍稀释的未标记 A3A（从 1 µM 到 4 pM）处理 100 µM 寡核苷酸。反应在 37 ˚C 下进行 30 分钟，然后终止（95 ˚C，10 分钟）。然后加入 200 nM 互补链并退火。加入 SwaI (NEB)，在室温下消化过夜。加入甲酰胺上样缓冲液，样品加热变性（95 ˚C，20 分钟），然后在 50 ˚C 下在 20% 变性 TBE/尿素聚丙烯酰胺凝胶上运行。使用 Typhoon 成像仪（GE Healthcare）上的 FAM 滤光片对凝胶进行成像。使用 ImageJ 中的面积量化工具进行定量分析。720 碱基对 ssDNA 底物的合成。为了生成 ssDNA，使用 720 bp gBlock 基因片段 (IDT) 作为模板 (补充图 2a)，并使用 Taq 聚合酶 (NEB) 进行扩增，采用指数后线性 (LATE) PCR 反应方案，该方案采用相对于磷酸化的反向引物过量的正向引物。32 对反应物进行纯化 (NucleoSpin、Fisher)，然后在 37 ˚C 下用 核酸外切酶处理 1 小时以降解磷酸化链，然后进行热失活 (90 ˚C，10 分钟)。然后将产物在 2% 琼脂糖凝胶上运行，并使用凝胶 DNA 回收试剂盒 (Zymoclean) 回收 ssDNA。通过乙醇沉淀进一步纯化 ssDNA，并使用 Qubit ® 荧光计 (ThermoFisher) 测量其浓度。对于一个重复，ssDNA 以大分子寡核苷酸 (IDT) 的形式获得，并通过乙醇沉淀进一步纯化。720 聚体 RNA 底物的合成。使用 720 bp 基因块 (IDT) dsDNA 作为模板，在推荐条件下使用 TranscriptAid Enzyme Mix (ThermoFisher) 通过体外转录生成 RNA，并在 37 ˚C 下孵育两小时。然后通过苯酚-氯仿提取和乙醇沉淀纯化 RNA。将样品重新悬浮在无核酸酶的水中，并进一步用 MspI、XbaI 和 AclI 限制性酶 (NEB) 处理以消化任何剩余的 DNA 模板。在 37 ˚C 下孵育 1 小时后，使用 RNA Clean and Concentrator-5 试剂盒 (Zymo Research) 纯化 RNA。为了进一步确保完全去除模板 DNA，在 37 ˚C 下用 DNase I (Ambion) 处理 RNA 30 分钟。重复纯化 (RNA Clean and Concentrator-5)，并使用 Qubit ® 荧光计测量纯化 RNA 的浓度。通过“预测二级结构网络”预测 720 聚体中几个中尺度区域的二级结构