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主题比较和p值
# Compare the first motif with everything and return P-values head ( compare_motifs (motifs, 1 )) #> Warning in compare_motifs(motifs, 1): Some comparisons failed due to low motif #> IC #> DataFrame with 6 rows and 8 columns #> subject subject.i target target.i score logPval #> #> 1 ORA59 1 ERF11 [duplicated #6.. 1371 0.991211 -13.5452 #> 2 ORA59 1 CRF4 [duplicated #566] 1195 0.990756 -13.5247 #> 3 ORA59 1 LOB 1297 0.987357 -13.3725 #> 4 ORA59 1 ERF15 618 0.977213 -12.9254＃> 5 ORA59 1 ERF2 [重复＃294] 649 0.973871 -12.7804＃> 6 ORA59 1 ERF2 [重复＃483] 1033 0.973871 -12.78804＃> 1.31042E-06 0.00359318＃> 2 1.33754E-06 0.00366754＃> 3 1.55744E-06 0.00427049＃> 4 2.43548e-06 06 06 06 0.00606667809＃ 0.00772019
引用原始发表的论文（记录的版本）：Choi，B。，Tafur Rangel，A.，Kerkhoven，E。等（2024）。 SacCharomyces CE
需要高生产率和鲁棒性提高的代谢工程，以使木质纤维素生物量的可持续生物生产乳酸。乳酸是一种重要的商品化学化学物质，例如作为可生物降解聚合物的聚乳酸生产的单体。在这里，使用有理和模型的优化来设计二倍体的木糖发酵酵母酿酒酵母菌株以产生L-乳酸。通过删除ERF2，GPD1和CYB2的多种乳酸脱氢酶编码基因，将代谢通量转向乳酸。使用木糖作为碳源实现了93 g/l的乳酸，其产率为0.84 g/g。增加了木糖利用并减少乙酸合成，还从菌株中删除了PHO13和ALD6。最后，编码丙酮酸激酶的CDC19过表达，导致消耗的0.75 g乳酸/g糖的产率，当使用的底物是一种合成木质纤维素水解培养基时，含有六糖和乙酸和固定剂等合成木质纤维素水解培养基。值得注意的是，建模还为理解氧气在乳酸产生中的影响提供了潜在客户。从木糖中产生高乳酸，在氧气限制下可以通过氧化磷酸化途径减少的通量来解释。在对比度上，较高的氧气水平对乳酸的产生有益于合成水解培养基的乳酸，这可能是耐受抑制剂所需的ATP浓度较高。这项工作突出了酿酒酵母对木质纤维素生物量产生乳酸的潜力。