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World File Search SystemESRRB
（DNA-结合蛋白Pull-down） 货号
NCOA3是通过ESRRB招募到目标基因座的ERRE的。（a）使用先前描述的野生型（WT）或ERRE突变序列的DNA下拉测定法（Feng et al。2009）或Nanog（van den Berg等人 2008）。 生物素化探针（40–50-50碱基对[BP]）与来自Flag-EsRRB和NCOA3转染的COS-1细胞的提取物一起孵育，并在链霉亲蛋白珠上回收，并通过Western Blotting可视化与DNA相关的蛋白质。 （b）ESRRB，KLF4，NANOG和SOX2 ERRES的ESRRB和NCOA3富集水平以及一个基因（Inter。） 通过CHIP和QPCR评估的ESC中的控制区域，并相对于输入表示。 数据是三个生物学重复的平均6 SEM。 （c）ESRRB耗竭后的候选基因座的NCOA3和ESRRB富集水平相对于输入表示。 在每个实验中，富集SHGFP转染的细胞的富集设置为100％。 数据是至少两个独立实验的平均6 SD。 B和C中的虚线表示对照IgG（Santa Cruz Biotechnology）的背景富集。 （d）蛋白质印迹显示特定的ESRRB蛋白耗竭后48小时用ShesRRB转染。 请注意，此时NCOA3和OCT4级别不变。 （E）使用Nanog野生型或ERRE突变探针的DNA下拉分析，该探针还包含相邻的OCT – SOX位点（Van Den Berg等人 2008），并从NCOA3，OCT4和SOX2转染的COS-1提取细胞提取物。2009）或Nanog（van den Berg等人2008）。 生物素化探针（40–50-50碱基对[BP]）与来自Flag-EsRRB和NCOA3转染的COS-1细胞的提取物一起孵育，并在链霉亲蛋白珠上回收，并通过Western Blotting可视化与DNA相关的蛋白质。 （b）ESRRB，KLF4，NANOG和SOX2 ERRES的ESRRB和NCOA3富集水平以及一个基因（Inter。） 通过CHIP和QPCR评估的ESC中的控制区域，并相对于输入表示。 数据是三个生物学重复的平均6 SEM。 （c）ESRRB耗竭后的候选基因座的NCOA3和ESRRB富集水平相对于输入表示。 在每个实验中，富集SHGFP转染的细胞的富集设置为100％。 数据是至少两个独立实验的平均6 SD。 B和C中的虚线表示对照IgG（Santa Cruz Biotechnology）的背景富集。 （d）蛋白质印迹显示特定的ESRRB蛋白耗竭后48小时用ShesRRB转染。 请注意，此时NCOA3和OCT4级别不变。 （E）使用Nanog野生型或ERRE突变探针的DNA下拉分析，该探针还包含相邻的OCT – SOX位点（Van Den Berg等人 2008），并从NCOA3，OCT4和SOX2转染的COS-1提取细胞提取物。2008）。生物素化探针（40–50-50碱基对[BP]）与来自Flag-EsRRB和NCOA3转染的COS-1细胞的提取物一起孵育，并在链霉亲蛋白珠上回收，并通过Western Blotting可视化与DNA相关的蛋白质。（b）ESRRB，KLF4，NANOG和SOX2 ERRES的ESRRB和NCOA3富集水平以及一个基因（Inter。）通过CHIP和QPCR评估的ESC中的控制区域，并相对于输入表示。数据是三个生物学重复的平均6 SEM。（c）ESRRB耗竭后的候选基因座的NCOA3和ESRRB富集水平相对于输入表示。在每个实验中，富集SHGFP转染的细胞的富集设置为100％。 数据是至少两个独立实验的平均6 SD。 B和C中的虚线表示对照IgG（Santa Cruz Biotechnology）的背景富集。 （d）蛋白质印迹显示特定的ESRRB蛋白耗竭后48小时用ShesRRB转染。 请注意，此时NCOA3和OCT4级别不变。 （E）使用Nanog野生型或ERRE突变探针的DNA下拉分析，该探针还包含相邻的OCT – SOX位点（Van Den Berg等人 2008），并从NCOA3，OCT4和SOX2转染的COS-1提取细胞提取物。富集SHGFP转染的细胞的富集设置为100％。数据是至少两个独立实验的平均6 SD。B和C中的虚线表示对照IgG（Santa Cruz Biotechnology）的背景富集。（d）蛋白质印迹显示特定的ESRRB蛋白耗竭后48小时用ShesRRB转染。请注意，此时NCOA3和OCT4级别不变。（E）使用Nanog野生型或ERRE突变探针的DNA下拉分析，该探针还包含相邻的OCT – SOX位点（Van Den Berg等人2008），并从NCOA3，OCT4和SOX2转染的COS-1提取细胞提取物。
合成和基因组调控元件揭示小鼠胚胎干细胞中顺式调控语法的一些方面
摘要 在胚胎干细胞 (ESC) 中，核心转录因子 (TF) 网络建立了多能性所必需的基因表达程序。为了解决四种关键 TF 之间的相互作用如何促进小鼠 ESC 中的顺式调控，我们分析了两个由 SOX2、POU5F1 (OCT4)、KLF4 和 ESRRB 的结合位点组成的大规模并行报告分析 (MPRA) 文库。合成的顺式调控元件与具有可比结合位点配置的基因组序列之间的比较揭示了调控语法的某些方面。合成元件的表达受结合位点的数量和排列的影响。这种语法对基因组序列的作用很小，因为基因组序列的相对活性最好通过预测的结合位点占用率来解释，而与结合位点身份和定位无关。我们的结果表明，转录因子结合位点 (TFBS) 的影响受位点顺序和方向的影响，但在基因组中，TF 的整体占用率是活性的主要决定因素。
合成和基因组调控元件揭示顺式
摘要 在胚胎干细胞 (ESC) 中，核心转录因子 (TF) 网络建立了多能性所必需的基因表达程序。为了解决四种关键 TF 之间的相互作用如何促进小鼠 ESC 中的顺式调控，我们分析了两个由 SOX2、POU5F1 (OCT4)、KLF4 和 ESRRB 的结合位点组成的大规模并行报告分析 (MPRA) 文库。合成的顺式调控元件与具有可比结合位点配置的基因组序列之间的比较揭示了调控语法的某些方面。合成元件的表达受结合位点的数量和排列的影响。这种语法对基因组序列的作用很小，因为基因组序列的相对活性最好通过预测的结合位点占用率来解释，而与结合位点身份和定位无关。我们的结果表明，转录因子结合位点 (TFBS) 的影响受位点顺序和方向的影响，但在基因组中，TF 的整体占用率是活性的主要决定因素。