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将AVITI带到MSU基因组核心
•基因组分析仪•基因组分析仪II•Miseqs•HISEQ 2500•HISEQ 4000和NEXTSEQ 500•NOVASEQ 6000•NOVASEQ X
Dovetail®Micro -C Kit用户指南 - 版本1.2
Dovetail®，DovetailGenomics®和Hirise®是美国和/或其他国家的Cantata Bio LLC的全资子公司Dovetail Genomics，LLC的商标。iLlumina®，HISEQ®，Miseq®，Miniseq®，ISEQ®，NextSeq®，NovaseQ®是Illumina，Inc。的注册商标。BeckmanCoulter™和Spriselect®是Beckman Coulter，Inc.Qubit®的商标或注册商标。Tapestation®和Bioanalyzer®系统是安捷伦技术的注册商标。Invitrogen®是Thermo Fisher Scientific Inc.的注册商标
客户引文：测序
© 2010 Illumina, Inc. 保留所有权利。Illumina、illumina Dx、Solexa、Making Sense Out of Life、Oligator、Sentrix、GoldenGate、GoldenGate Indexing、DASL、BeadArray、Array of Arrays、Infinium、BeadXpress、VeraCode、IntelliHyb、iSelect、CSPro、GenomeStudio、Genetic Energy、HiSeq 和 HiScan 是 Illumina, Inc. 的注册商标或商标。本文中提到的所有其他品牌和名称均为其各自所有者的财产。出版号 770-2008-012 截至 2008 年 10 月 20 日有效
利用全基因组测序研究基因组调控和功能元素 Christopher E. Mason 博士使用 Illumina 基因组网络 (IG
© 2013-2014 Illumina, Inc. 保留所有权利。Illumina、IlluminaDx、BaseSpace、BeadArray、BeadXpress、cBot、CSPro、DASL、DesignStudio、Eco、GAIIx、Genetic Energy、Genome Analyzer、GenomeStudio、GoldenGate、HiScan、HiSeq、Infinium、iSelect、MiSeq、Nextera、NuPCR、SeqMonitor、Solexa、TruSeq、TruSight、VeraCode、南瓜橙色和 Genetic Energy 流动碱基设计是 Illumina, Inc. 的商标或注册商标。本文中提到的所有其他品牌和名称均为其各自所有者的财产。出版号 770-2012-059 截至 2014 年 11 月 19 日有效
2024 年 Illumina 供应商日
Mark Wang 是 Illumina 副总裁兼测序平台主管，负责管理全球工程和系统集成部门，开发用于研究和临床用途的下一代 DNA 测序系统。过去十年来，Mark 一直参与 Illumina 测序仪器平台的开发，包括 HiSeq、MiSeq、NextSeq、NovaSeq 和 iSeq，以及 Illumina 的微阵列产品（包括 iScan）。加入 Illumina 之前，Mark 曾在 Genoptix 和 Ziva 领导新型光子和微流体技术的研究。他拥有加州大学圣地亚哥分校电气工程博士学位和斯坦福大学物理学学士学位，并拥有 20 项美国专利。
生物信息学驱动的遗传生物标志物识别和治疗
之所以选择 GSE51808 和 GSE176079 数据集，是因为它们对于阐明登革热病毒 (DENV) 感染的分子机制具有重要意义，并且与研究目标一致。GSE51808 全面检查了登革热 (DF) 和登革出血热 (DHF) 患者在急性期和恢复期的全血样本中的基因表达变化，为了解 DENV 的全身免疫反应提供了重要见解。此外，它涵盖了不同临床严重程度的样本，从而可以广泛研究与该疾病相关的基因表达模式。相反，GSE176079 集中在从外周血中分离的单核细胞亚群上，有助于深入检查细胞类型特异性免疫反应。这两个数据集是从 GPL13158（Affymetrix HT HG-U133+ PM 阵列板）和 GPL21290（Illumina HiSeq 3000）平台生成的。
对DNA病毒的宏基因组分析，其靶向序列捕获犬叶轨道腺瘤和正常结膜
摘要：我们的研究目的是：（1）评估表型正常的犬类结膜和轨道组织和组织中的犬叶状轨道轨道腺瘤（Cloas），以便存在病毒基因组材料，并且（2）将检测到的DNA病毒分类以确定DNA病毒是否与Cloas相关。在本研究中包括31种植物固定的粘膜嵌入蛋白蛋白蛋白乳蛋白组织样品，4个乳头状瘤或sarcoid，以及10种新的临床正常结膜组织。基因组DNA，并制备了测序文库。库是分子索引并合并的，并通过使用virocap捕获的靶向序列捕获病毒DNA。库是在Illumina Hiseq平台上测序的，并将其与已知的病毒DNA参考基因组进行了比较，以鉴定病毒DNA。分别在6.4％和20％的克洛阿组织和正常的结膜样品中鉴定出食肉动物细节病毒。这项研究表明，来自健康狗和颈毛的结膜组织却罕见地携带了DNA病毒，并且没有与这些肿瘤有关的DNA病毒。需要进一步的研究来评估披针对的病因。
P170019 SSED - accessdata.fda.gov
该检测采用单一 DNA 提取方法，从常规 FFPE 活检或手术切除标本中提取 50-1000 ng DNA，构建全基因组散弹枪文库，并基于杂交捕获 309 个癌症相关基因的所有编码外显子、1 个启动子区域、1 个非编码 RNA (ncRNA) 以及 34 个常见重排基因的选定内含子区域，其中 21 个还包括编码外显子（请参阅下表 2 和表 3，了解 F1CDx 中包含的基因完整列表）。因此，该检测总共可检测到 324 个基因的变异。使用 Illumina ® HiSeq 4000 平台，杂交捕获选定的文库可进行高均匀深度测序（目标中位覆盖率 > 500X，覆盖率 > 100X 时外显子覆盖率 > 99%）。序列数据使用定制的分析流程进行处理，该流程旨在检测所有类型的基因组变异，包括碱基替换、插入/缺失、拷贝数变异（扩增和纯合缺失）和选定的基因组重排（例如基因融合）。此外，还将报告基因组特征，包括微卫星不稳定性 (MSI)、肿瘤突变负担 (TMB) 和阳性同源重组缺陷 (HRD) 状态（tBRCA 阳性和/或 LOH 高）。
氧化还原控制抗氧化剂，代谢，免疫力和发育是牡蛎crassostrea gigas对动态潮间带环境的压力适应的核心
摘要：在整个生命周期中，马养殖动物都在水中耕种，其中包含与它们密切关联的各种微生物。动物与周围水之间的微生物交换。然而，关于虾幼虫与水之间的相互作用，尤其是关于跨个体发育的幼虫细菌选择和微生物群模构的相互作用。使用针对16S rRNA分子的V4区域的HISEQ测序来解决这一差距，我们研究了健康的Penaeus stylirostris幼虫和海水的活性实质性多样性和结构。在不同的幼虫阶段之间的比较揭示了特异性菌群和生物标志物的证据，这是所有阶段常见的核心微生物群，以及连续阶段之间的共享分类单元，表明细菌分类群的垂直传播。比较阶段的微生物群和核心菌群与水矿物的比较强调，许多与幼虫相关的分类单元最初都存在于天然海水中，强调了细菌从水到幼虫的水平传播。由于其中一些谱系在特定的幼虫阶段变得活跃，因此我们建议幼虫能够调节其微生物群。这项研究提供了对幼虫阶段尺度上幼虫 - 微生物群相互作用的见解。
安全性和有效性数据摘要 (SSED)
FoundationOneCDx (F1CDx) 是专门作为实验室服务进行的，使用从福尔马林固定、石蜡包埋 (FFPE) 肿瘤样本中提取的 DNA。该检测采用两种提取方法（DNAx 或 CoExtraction，一种自动化 DNA/RNA 共提取方法）从常规 FFPE 活检或手术切除标本中提取 DNA；50-1000 ng DNA 将进行全基因组散弹枪文库构建和基于杂交的捕获，捕获 309 个癌症相关基因的所有编码外显子、一个启动子区域、一个非编码 (ncRNA) 以及 34 个常见重排基因的选定内含子区域，其中 21 个还包括编码外显子（有关 F1CDx 中包含的基因的完整列表，请参阅表 2 和表 3）。因此，该检测总共可检测到 324 个基因的变异。使用 Illumina® HiSeq 4000 平台，杂交捕获选定文库可测序至高均匀深度（靶向 > 500X 中值覆盖率，覆盖率 > 100X 时外显子覆盖率 > 99%）。然后使用定制分析流程处理序列数据，该流程旨在检测所有类型的基因组改变，包括碱基替换、插入/缺失、拷贝数改变（扩增和纯合缺失）和选定的基因组重排（例如基因融合）。表 2 中列出的目标基因之一的重排可与其唯一标识的基因组伴侣一起报告，后者可以是任何基因