摘要背景。越来越多的研究表明,使用从成像数据中提取的放射组学特征可以预测各种恶性肿瘤的组织学或遗传信息。本研究旨在通过内部和外部验证来研究基于 MRI 的放射组学在预测脑转移瘤原发性肿瘤中的作用,并使用过采样技术来解决类别不平衡问题。方法。这项经 IRB 批准的回顾性多中心研究包括肺癌、黑色素瘤、乳腺癌、结直肠癌和其他原发性实体的组合异质组(5 类分类)的脑转移瘤。2003 年至 2021 年期间从 231 名患者(545 个转移瘤)获取了本地数据。分别对来自公开的斯坦福 BrainMetShare 和加州大学旧金山分校脑转移瘤立体定向放射外科数据集的 82 名患者(280 个转移瘤)和 258 名患者(809 个转移瘤)进行了外部验证。预处理包括脑提取、偏差校正、配准、强度归一化和半手动二元肿瘤分割。从每个序列(8 次分解)的 T1w(± 对比度)、液体衰减反转恢复 (FLAIR) 和小波变换中提取了 2528 个放射组学特征。使用原始数据和过采样数据的选定特征训练随机森林分类器(5 倍交叉验证),并使用准确度、精确度、召回率、F1 分数和受试者工作特征曲线下面积 (AUC) 在内部/外部保留测试集上进行评估。结果。过采样并没有改善内部和外部测试集上整体不令人满意的性能。不正确的数据分区(训练/验证/测试分割之前的过采样)会导致对模型性能的严重高估。结论。应严格评估放射组学模型从成像中预测组织学或基因组数据的能力;外部验证至关重要。
1。国家健康与医学研究所(INSERM)UMRS 1138,法国巴黎Cordeliers Research Center的蜂窝成像和细胞仪中心。2.索邦大学,UMRS 1138,法国巴黎Cordeliers Research Center。3。脂肪,法国巴黎大学,巴黎大学。4。INSERM-1162,实体瘤的功能基因组学,巴黎,法国。5。公共援助 - 法国克雷蒂尔病理学系Henri Mondor-Albert Chenevier大学医院的巴黎。6.UniversitéParis是Créteil,Inserm,IMRB,F-94010法国Créteil,法国。7. Inserm,UNUT U955,法国克莱特尔第18小组。8。医学系,大学医院RWTH AACHEN,德国亚尚;医学肿瘤学,国家肿瘤疾病中心(NCT),德国海德堡大学海德堡大学医院。9。在巴黎,亨利·蒙多尔·阿尔伯特·切尼维尔大学医院,法国克雷蒂尔的消化和肝动物手术系的公共医院援助。10。法国克雷蒂尔肝病学系的亨利·蒙多尔 - 阿尔伯特·切尼维尔大学医院的巴黎公共医院援助。11。12。公共援助 - 法国克里蒂尔医学肿瘤学系Henri-Mondor-Albert Chenevier大学医院Hôpitauxde Paris。13。公共援助 - 巴黎,亨利·蒙多尔 - 阿尔伯特·切尼维尔大学医院,法国克雷蒂尔细菌学与病毒学系。
* 通讯作者:Daniel A. Orringer,医学博士,纽约大学,530 First Ave.,SKI 8S,纽约,NY 10016;电话 212-263-0904,Daniel.Orringer@nyulangone.org。‡ 现地址:美国加利福尼亚州旧金山市加利福尼亚大学旧金山分校神经外科系 作者贡献:TCH、SC-P. 和 DAO 构思了这项研究、设计了实验并撰写了论文,并得到了 BP、HL、ARA、EU、ZUF、SL、PDP、TM、MS、PC 和 SSSK 的协助。作者 CWF 和 JT 制作了 SRH 显微镜。TCH、ARA、EU、AVS、TDJ、PC 和 AHS 分析了数据。TDJ 和 TCH 进行了统计分析。 DAO、SLH-J.、HJLG、JAH、COM、ELM、SES、PGP、MBS、JNB、MLO、BGT、KMM、RSD、OS、DGE、RJK、MEI 和 GMM 提供了手术标本以供成像。所有作者均审阅并编辑了手稿。
X射线相对比微型计算机断层扫描使用同步加速器辐射(SR PHC-µCT)具有独特的3D成像功能,可视化人脑的微结构。其对未染色软组织的适用性是积极研究的领域。从组织块中获取图像,而无需按照常规组织学中的要求将其分为薄片,从而可以研究其自然3D空间中的微观结构。本文提出了一个详细的逐步指南,用于成像未染色的人脑组织,该分辨率是在Syrmep上实现的一些SR PHC-µCT的分辨率,即Elettra的硬X射线成像光束线,Italian同步器设施。我们介绍了血管和神经元如何出现在以5μm和1 µm Voxel大小获得的图像中出现的示例。此外,该提议的方案可用于研究重要的生物底物,例如神经苯胺或链氨基链酰胺。可以使用经典组织学方法验证的特定定制的分割工具来研究其空间分布。总而言之,使用所提出的方案(包括数据获取和图像处理)提供了SR PHC-µCT,提供了可行的手段,可以在3D中以细胞水平的细胞水平获取有关人脑解剖结构的信息。
1 法国巴黎居里研究所; 2 日本福冈九州大学医院; 3 美国加利福尼亚州洛杉矶加州大学洛杉矶分校大卫格芬医学院; 4 法国南特大学医院; 5 荷兰鹿特丹伊拉斯姆斯 MC 癌症研究所; 6 韩国首尔 Severance 医院延世癌症中心; 10 月 7 日,西班牙马德里康普顿斯大学和 CiberOnc 大学医院,CNIO-H12O 肺癌科; 8 西班牙塞维利亚维尔根马卡雷纳大学医院; 9 仙台厚生医院,日本仙台; 10 西班牙马拉加 IBIMA 大学医院区域和维多利亚圣母医学中心肿瘤内科中心; 11 法国里昂莱昂贝拉尔中心; 12 法国斯特拉斯堡斯特拉斯堡大学医院 (CHRU); 13 西班牙巴塞罗那 Vall d'Hebron 大学医院; 14 法国雷恩 Pontchaillou 医院; 15 美国马萨诸塞州波士顿丹娜法伯癌症研究所; 16 第一三共株式会社,美国新泽西州巴斯金里奇; 17 韩国首尔成均馆大学医学院三星医疗中心。
1 大学里昂,里昂神经科学研究中心,CNRS UMR5292,INSERM U1028,克劳德贝尔纳里昂第一大学,里昂,法国 2 UR BIA; BIBS 设施,INRAE,法国南特 3 巴斯克大学(UPV/EHU),西班牙圣塞瓦斯蒂安 4 Ikerbasque,巴斯克科学基金会,西班牙毕尔巴鄂 5 多诺斯蒂亚国际物理中心 (DIPC),西班牙圣塞瓦斯蒂安 6 大学。里昂,CREATIS;法国国立科学研究院 UMR5220;法国健康与医学研究院 U1044里昂国立应用科学学院;大学里昂第一大学,里昂,法国 7 大学曼彻斯特,生物医学与健康学院,沃尔夫森分子成像中心,曼彻斯特,英国 8 大学。里昂,CRCL;法国健康与医学研究院 U1052 CNRS UMR5286;大学里昂 1;法国里昂 Léon Bérard 中心 9 大学里昂,ANSES,里昂,法国 10 大学。里昂,里昂民事临终关怀院,里昂,法国 11 大学。格勒诺布尔阿尔卑斯大学,INSERM UA07 Strobe 格勒诺布尔,法国 12 大学。克莱蒙奥弗涅,帕斯卡研究所;法国国立科学研究院 UMR 6602; SIGMA Clermont,克莱蒙费朗,法国 13 大学里昂,CarMeN 实验室;法国健康与医学研究院 U1060法国农业科学研究院 U1397;法国里昂临终关怀院 14 法国里昂国家科学研究院 15 现隶属关系:加拿大安大略省渥太华渥太华医院及渥太华大学医学院 16 以下作者对本文贡献相同 * chauveau@cermep.fr
Marchi, A., Bonaldo, A., Scicchitano, D., Candela, M., De Marco, A., Falciglia, S., 等人 (2023)。通过增加膳食细菌单细胞蛋白水平喂养金头鲷:对生长、血浆生物化学、肠道组织学和肠道微生物群的影响。水产养殖,565,1-11 [10.1016/j.aquaculture.2022.739132]。
胞质和各种细胞质内包含(糖原颗粒和脂质液滴)的细胞质细胞器组成。平滑的内质网:结构,脂质代谢中的作用,解毒过程,糖原分解和钙的积累。颗粒状内质网的超微结构组织和功能。翻译过程中的主要步骤以及针对细胞质的蛋白质的合成与分泌,膜或溶酶体蛋白的合成之间的差异。蛋白质的翻译后修饰:分子伴侣的糖基化,羟基化和作用。COP蛋白涂层的转运囊泡。囊泡运输和融合过程的特异性:V-SNARE和T-SNARE蛋白。Golgi复合物:超微结构,生物合成过程和内质网中合成的分子的排序。构成和调节的细胞分泌:调节机制。内吞作用。通过山洞对可溶性分子的内在化:可吞作用,转胞胞菌病,小窝蛋白与信号分子的相互作用。受体介导的内吞作用:粘蛋白涂层的囊泡。内体和特定配体的不同分类途径。溶酶体:生物发生,形态,水解酶。吞噬作用和自噬。过氧化物酶体:细胞质蛋白降解的结构和功能机制:泛素 - 蛋白酶体系统和杂物。线粒体:形态,分布和复制。线粒体基因组。细胞骨架。线粒体酶复合物的定位和功能:克雷布斯循环的主要方面和氧化磷酸化。线粒体在钙稳态,凋亡和类固醇激素合成中的作用。微管,微丝和中间细丝:分子组织,细胞中的分布和不同细胞类型。细胞骨架在特定过程中的功能,例如细胞运动,吞噬作用,内吞作用,胞吐作用,囊泡运动。与微管(驱动蛋白和动力蛋白)和微丝(结合肌动蛋白)相关的蛋白质。中心体。膜细胞骨架。振动睫毛:结构和功能。主要边缘。
基于人工智能的肝活检非酒精性脂肪性肝炎组织学测量以确定 NASH/MASH 临床试验中的疾病活动性的资格意见草案
Gonad Development Week 1: Beginning of Development Week 2: Formation of the Bilaminar Embryo Embryonic Period (Weeks 3-8) Histology: Epithelia Cytoskeletal and Cell Surface Elements Vertebral Column Spinal Nerves Autonomic Nervous System Sympathetic Nervous System Parasympathetic Nervous System Chest Wall Lungs Heart Development of Heart Development of Atrial Septums Atrial Septal Defect Ventricular Septum Fetal Heart Abnormalities Fetal Circulation and Shunts Adult Heart Cardiac Conduction Mediastinum Abdominal Wall Inguinal Hernia Descent of Testis and Femoral Hernia Embryology of Gut Tube Foregut development Pancreas and Duodenum Development Development of the Spleen Peritoneum and Rotation of the Gut Histology of the GI Tract Intestinal Histology Histology of Salivary Glands, Pancreas, and Liver Arterial胃肠道静脉排水的血液供应尿液系统骨盆和腹部成像的尿道尿液系统胚胎学上肢上肢臂丛神经损伤和肩cuff肩cuff下肢腰椎腰椎肿瘤的下肢腰椎供应下肢和脑颈部的脑部和脑颈部脑部和脑颈部的脑部和脑颈部脑部的脑部和颈部脑部的脑部和颈部脑颈部的促进,并促进脑颈部的脑颈部和颈部脑颈部和颈部颈部的脑部和颈部脑颈部和颈部脑颈部的脑部和发展衍生物:外胚层自主神经系统:神经系统轴突转运的脊髓组织学的一般组织副交感神经和交感神经流出横截面
