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文章 以 CRISPR/Cas9 为基础的靶向敲除水稻直系同源物 TILLER ANGLE CONTROL 1 (TAC1) 可诱导杨树直立叶片习性和枝条生长
摘要：金字塔形、直立或直立生长的植物形态的特点是枝条和叶子的分枝角度较窄。直立叶子和枝条习性的优势可能是光线更有效地穿透较低的冠层。已经报道了包括桃树在内的各种树种的金字塔基因型。旁系同源水稻直系同源物 TILLER ANGLE CONTROL 1 (TAC1) 被认为是负责直立生长的基因。然而，对于任何金字塔树种基因型，尚未真正证明 TAC1 基因的敲除突变会导致植物金字塔形生长。通过计算机分析，我们在 P. trichocarpa 基因组中发现了一个假定的水稻 TAC1 直系同源物（Potri.014G102600，“TAC-14”）及其旁系同源物（Potri.002G175300，“TAC-2”）。通过应用转基因 CRISPR/Cas9 方法成功敲除 P. × canescens 克隆 INRA 717-1B4 中的两个假定的 PcTAC1 直系同源物。在温室中对突变体进行了为期三年的分子分析和表型分析。我们的结果表明，“TAC-14”的纯合敲除足以诱导 P. × canescens 中的金字塔形植物生长。如果在短轮伐期林（SRC）上种植多达两倍的金字塔树种，那么可以提高木材产量，无需任何育种，只需增加默认田地面积上的树木数量即可。
利用 X 射线相位对比断层扫描进行脑虚拟组织学研究第二部分：阿尔茨海默病模型中淀粉样斑块的 3D 形态
1 大学里昂，里昂神经科学研究中心，CNRS UMR5292，INSERM U1028，克劳德贝尔纳里昂第一大学，里昂，法国 2 UR BIA； BIBS 设施，INRAE，法国南特 3 巴斯克大学（UPV/EHU），西班牙圣塞瓦斯蒂安 4 Ikerbasque，巴斯克科学基金会，西班牙毕尔巴鄂 5 多诺斯蒂亚国际物理中心 (DIPC)，西班牙圣塞瓦斯蒂安 6 大学。里昂，CREATIS；法国国立科学研究院 UMR5220；法国健康与医学研究院 U1044里昂国立应用科学学院；大学里昂第一大学，里昂，法国 7 大学曼彻斯特，生物医学与健康学院，沃尔夫森分子成像中心，曼彻斯特，英国 8 大学。里昂，CRCL；法国健康与医学研究院 U1052 CNRS UMR5286；大学里昂 1；法国里昂 Léon Bérard 中心 9 大学里昂，ANSES，里昂，法国 10 大学。里昂，里昂民事临终关怀院，里昂，法国 11 大学。格勒诺布尔阿尔卑斯大学，INSERM UA07 Strobe 格勒诺布尔，法国 12 大学。克莱蒙奥弗涅，帕斯卡研究所；法国国立科学研究院 UMR 6602； SIGMA Clermont，克莱蒙费朗，法国 13 大学里昂，CarMeN 实验室；法国健康与医学研究院 U1060法国农业科学研究院 U1397；法国里昂临终关怀院 14 法国里昂国家科学研究院 15 现隶属关系：加拿大安大略省渥太华渥太华医院及渥太华大学医学院 16 以下作者对本文贡献相同 * chauveau@cermep.fr
NASA AfriSAR 活动：利用机载 SAR 和激光雷达测量热带森林结构和生物量，以支持当前和未来的太空任务
a 美国国家航空航天局戈达德太空飞行中心，美国马里兰州格林贝尔特 b 美国马里兰大学帕克分校地理科学系 c 美国加州理工学院喷气推进实验室，美国加利福尼亚州帕萨迪纳 d 英国爱丁堡大学地球科学学院 e 美国佛罗里达大学森林、渔业和测绘科学学院 (FFGS)，美国佛罗里达州盖恩斯维尔 32611 f 美国杜克大学尼古拉斯环境学院 g 法国 UMR 5174 (CNRS/IRD/UPS) 进化与多样性与生物学实验室 h AMAP、IRD、CNRS、INRA、蒙彼利埃大学、CIRAD，法国蒙彼利埃 i 英国斯特灵大学自然科学学院，FK9 4LA j 美国华盛顿特区史密森尼热带研究所 — 森林全球地球观测站热带森林科学中心 k 研究所热带生态研究 (IRET)，CENAREST，加蓬利伯维尔 l Institut de Pharmacop ´ ee et de M ´ edecine Traditionnelle (Herbier National du Gabon)，CENAREST，加蓬利伯维尔 m Agence Gabonaise d ' ´ Etudes et d ' Observations Spatiales，加蓬利伯维尔 n Agence Nationale des国家公园，利伯维尔，加蓬 o 伦敦大学学院地理系，英国伦敦 p 利兹大学地理学院，英国利兹 q 美国宇航局总部，华盛顿特区，美国 r 新加坡国立大学地理系，新加坡
技术报告 - CGSpace
本报告探讨了摩洛哥采用新农业生产技术（特别是谷物生产）面临的挑战和机遇。农业是摩洛哥经济的重要组成部分，但潜在产量和实际产量之间存在巨大差距。尽管国家农艺研究所 (INRA) 与国际干旱地区农业研究中心 (ICARDA) 等国际组织合作开发了创新实践，但采用率（尤其是小农户的采用率）仍然很低。本报告探讨了这种阻力背后的原因，重点关注创新本身的特点以及农民经营的社会经济背景。报告强调，虽然改良种子品种、直接播种和优化投入应用等新技术具有公认的优势，但各种障碍阻碍了它们的广泛应用。这些障碍包括技术成本高，特别是对于小农场而言；信贷渠道有限；农民缺乏有效的营销渠道；信息传播和推广服务不足；农民规避风险；以及许多摩洛哥农场规模较小。报告强调，创新不仅仅是技术创新，还需要制定商业战略和支持性体制框架，包括国家补贴，以及研究、推广和开发服务之间的有效协调。此外，报告还指出，了解农民的看法、偏好和制约因素对于促进新技术的成功采用至关重要。报告还总结了影响全球农业技术采用的因素的关键文献，包括农场规模、教育、信贷获取和推广服务，以确定摩洛哥特有的研究空白。报告的结论是，缩小产量差距并确保摩洛哥的可持续农业实践需要采取整体方法，考虑技术、经济、社会和制度因素。
简单、高效、开源的 CRISPR/Cas9 策略用于欧洲山杨多位点基因组编辑
尽管 CRISPR/Cas9 系统已成功用于作物育种，但其在林木中的应用仍然有限。本文，我们描述了一种基于 Golden Gate MoClo 克隆的杂交杨树（Populus tremula × alba INRA 克隆 717-1B4）的有效基因编辑策略。为了测试系统生成单基因突变体的效率，设计了两个单向导 RNA (sgRNA)，并将其与 Cas9 表达盒一起整合到 MoClo Tool Kit 2 级二元载体中，以突变 SHORT ROOT (SHR) 基因。此外，我们还通过表达一个针对 YUC4 基因单个位点的 sgRNA 和另一个针对 PLT1 基因的 sgRNA 来测试其同时在两个基因中引入突变的效率。为了对该方法进行稳健评估，我们重复了该策略，使用独立的构建体同时靶向 LBD12 和 LBD4 基因。我们通过农杆菌介导的叶片转化产生了毛状根。测序结果证实了 PtaSHR 靶位点发生了 CRISPR/Cas9 介导的突变。检测到了双等位基因和纯合敲除突变。跨越两个靶位点的缺失和小插入/缺失是最常见的突变。在测序的 22 个 SHR 等位基因中，有 21 个发生了突变。表型表征表明，具有 SHR 基因双等位基因突变的转基因根缺乏明确的内胚层单细胞层，表明其基因功能保守，类似于拟南芥 Arabidopsis thaliana (L.) Heynh 中的同源物。测序结果还揭示了该系统产生双突变体的高效性。在评估的四个转基因根中，有三个 ( yuc4/plt1 ) 和两个 ( lbd12/lbd4 ) 检测到了 yuc4/plt1 和 lbd12/lbd4 根中两个基因的双等位基因突变。最常见的突变是单个靶位点的小片段缺失或单个核苷酸插入。这种 CRISPR/Cas9 策略是一种快速、简单且标准化的基因编辑工具，可用于评估基因在杨树根部径向细胞分化等重要发育程序中的作用。
基因组大小影响不同草原群落中植物生长和生物多样性对养分施肥的反应
1 伦敦玛丽女王大学生物与行为科学学院，英国伦敦，2 性状多样性与功能系，皇家植物园，英国萨里郡里士满丘，3 加拿大安大略省多伦多市多伦多斯卡伯勒大学物理与环境科学系，4 美国爱荷华州艾姆斯市爱荷华州立大学生态、进化与生物生物学系，5 美国明尼苏达州圣保罗市明尼苏达大学生态、进化与行为系，6 美国密歇根州东兰辛市密歇根州立大学植物生物学系和生态、进化与行为项目，7 爱尔兰都柏林都柏林圣三一大学自然科学学院、动物学系，8 加拿大安大略省多伦多市多伦多斯卡伯勒大学生物科学系，9 美国科罗拉多州博尔德市科罗拉多大学生态与进化生物学系，10 生态研究所和进化，耶拿弗里德里希席勒大学，耶拿，德国，11 德国哈勒-耶拿-莱比锡综合生物多样性研究中心 (iDiv)，莱比锡，德国，12 莱比锡大学生物研究所，莱比锡，德国，13 伦敦帝国理工学院生命科学系，西尔伍德公园，阿斯科特，英国，14 吕讷堡吕讷堡大学生态研究所，吕讷堡，德国，15 乌得勒支大学生物系，乌得勒支，荷兰，16 拜罗伊特生态与环境研究中心干扰生态学系，拜罗伊特大学，拜罗伊特，德国，17 麦克丹尼尔学院生物系，威斯敏斯特，马里兰州，美国，18 肯塔基大学植物与土壤科学系，列克星敦，肯塔基州，美国，19 索邦大学法国巴黎大学、法国国家科学研究院、法国农业研究理事会、法国国家农业科学研究院、法国农业科学研究院、巴黎大学城、法国巴黎高等师范学院、法国巴黎索邦大学生态与环境科学研究所、德国莱比锡亥姆霍兹环境研究中心（UFZ）生理多样性系、英国兰卡斯特大学兰卡斯特环境中心、美国明尼苏达州穆尔黑德明尼苏达州立大学生物科学系、美国密歇根州霍顿密歇根理工大学生物科学系
接受生物和合成靶向治疗的风湿病患者中 COVID-19 的临床特征和结果
登记处的 15 家医院确诊感染 COVID-19。31 名患者因 SARS-CoV-2 PCR 检测呈阳性而被确诊，10 名患者的临床表现高度相符并且与确诊阳性病例有密切接触。表 1 显示了患者的基线特征。25 名（61.0%）患者为女性，16 名（39,0%）为男性，平均年龄为 59.4 岁。他们患有长期（12.8 年）难治性（之前使用过三种 bDMARD/tsDMARD）疾病，bDMARD/tsDMARD 治疗时间为 5.7 年。21 名患者（51.2%）患有 RA。合并症包括高血压（36.6%）、既往或现在吸烟（36.8%）、糖尿病（9.8%）和高体重指数 (BMI)（27.7 (5.6) kg/m 2 — 平均值 (SD)）。 18 名患者 (43.9%) 使用 TNF 抑制剂，7 名 JAK 抑制剂（17.1%，9.8% 巴瑞替尼和 7.3% 托法替尼）和 5 名 (12.2%) IL-6 抑制剂。17 名 (41.5%) 患者使用甲氨蝶呤，4 名 (9,8%) 患者使用羟氯喹。3 名患者死亡 (7.3%)：一名 63 岁的 RA 男性，使用阿那曲唑加泼尼松 5 毫克/天（合并症：吸烟者，BMI 34.6）；一名 56 岁的 SpA 女性，使用苏金单抗（未使用糖皮质激素）（既往吸烟者，BMI 28.4）和一名 91 岁的血管炎女性，使用利妥昔单抗加泼尼松 5 毫克/天（高血压）。 28 名患者（68.3%）需要住院治疗，6 名患者进入重症监护病房 (ICU)。在本次分析时，35 名（85.4%）患者已完全康复，3 名患者仍在住院，无人在 ICU。关于 RMD 患者的 COVID-19 数据仍然很少。3–6 由于疫情的迅速发展，收集有关使用 bDMARD/tsDMARD 的风湿病患者发展为 COVID-19 的临床病程的信息非常重要。我们研究中患者人数的减少限制了得出可靠结论的可能性。然而，这些研究结果表明，用 b/tsDMARD 治疗的 RMD 患者的 COVID-19 病程和死亡率与一般人群没有差异（西班牙 COVID-19 的死亡率为 12.0%，住院率为 53.6%）。有趣的是，这些高死亡率和住院率可能是由于诊断偏差造成的，即 PCR 检测仅用于症状最严重的患者，正如西班牙卫生部最近（未发表）的一份报告所示，该报告显示在西班牙，IgG 血清转化为 SARS-Cov-2 的患病率为 5%。这比 PCR 确诊病例高出 10 倍 (1)。除了以前的出版物外，目前的数据对于阐明风湿病患者及其免疫抑制药物的风险至关重要。毫无疑问，还需要进一步的研究。为此，SER 正在三个登记处（BIOBADASER、RELESSER 和 CARMA）中前瞻性地收集超过 9000 名风湿病患者的 COVID-19 信息。
回肠微生物群对克罗恩病外科现场感染的影响：全国前瞻性队列
a Department of Gastrointestinal Surgery, North Hospital, Public Assistance-Marseille Hospitals, Aix-Marseille Univ., Chemin des Bourrely, 13015 Marseille, France B Sorbonne University, UMR CNRS 8001, LPSM, 75005 Paris, France C Sorbonne University, Inserm, Saint-Antoine research center, CRSA, AP-HP, Hospital, Gastroenterology Department, F-75012巴黎，法国D胃肠病学系MICI和养分援助，法国E Univ。通讯作者：哈里·索科尔（Harry Sokol），医学博士，博士，胃肠病学服务，圣坦医院，184 Rue du Faubourg Saint-Antoine，75571 Paris Cedex，法国12。电话：+33 1 49 28 31 62;传真：+33 1 49 28 31 88;电子邮件：harry.sokol@aphp.frLille，Inserm，Chu Lille，U1286炎症转化研究，F-59000，法国F-59000，法国F-59000胃肠病学系，里昂SUD医院，Lyon Sud医院，Hospices de Lyon和Inserm U1111，Ciri，Ciri，Ciri，Lyon，法国Gastrolance gastroterologely deconcy法国艾米斯大学艾米斯大学医院，法国尼斯2号ARchet 2，法国J Digestive，肿瘤学和内分泌手术系Artoenterology系的肝胃肠病学系，巴黎大学，巴黎大学，巴黎大学，法国大学，法国大学，法国大学，法国大学，法国医院Huiez医院，里尔大学里尔市Chru，北法国，法国里尔，法国M手术部，里昂SUD医院，康复医院，康复医院，里昂，里昂，法国里昂。 （PACEMM）法国巴黎FHU，法国胃肠病学系，AP-HP，圣路易斯医院，法国Sorbonne Sorbonne University，AP-HP，AP-HP，AP-HP，SANT ANTOINE医院，F-75012，PARIS，SUDPARIS，SUDPARIS，PARIS，PARAS，PARAS，PARAS BBA UMICHANN的SUDPARIS，PARIS INDERIDE INDER IDER IDERACHIC（PARISE） Aix-Marseille Univ/University Gustave Eiffel, Boulevard Pierre Dramard, Marseille, France V Center for Surgical Teaching and Research (Cercle), Aix-Marseille Univ, Boulevard Pierre Dramard, Marseille, UMR1319 MICHALIS & AGROPARISTECH, JOUY EN JOSAS, FRANCE *THERE AUTHORS Contributed EQUALLY TO THIS Study.
接受生物和合成靶向治疗的风湿病患者中 COVID-19 的临床特征和结果
自 COVID-19 大流行开始以来，全球已发现超过 470 万例病例，西班牙是受 SARS-CoV-2 打击最严重的国家之一。1 免疫系统和免疫调节疗法在该感染发展中的作用仍存在争议。2 对接受免疫调节疗法治疗的风湿性和肌肉骨骼疾病 (RMD)，例如类风湿性关节炎 (RA)、脊柱关节病 (SpA) 或系统性红斑狼疮的患者进行研究对于了解这一特定人群中 COVID-19 的预后和这些患者的管理至关重要。BIOBADASER 是一个多中心前瞻性观察性登记研究，由西班牙风湿病学会 (SER) 发起，并得到西班牙药品和医疗器械管理局的支持。它旨在评估 RMD 患者开始使用任何生物药物 (bDMARD) 或靶向合成抗风湿药物 (tsDMARD) 治疗的安全性。BIOBADASER 3.0 前瞻性随访了 6600 多名患者。本报告描述了 BIOBADASER 中 COVID-19 患者的临床特征和结果。我们在登记处的 15 家医院中确定了 41 名用 bDMARD 和 tsDMARD 治疗的 RMD 患者，他们被诊断出患有 COVID-19。31 名患者因 SARS-CoV-2 PCR 检测呈阳性而被诊断出来，10 名患者因临床表现高度相符和与确诊阳性病例密切接触而被诊断出来。表 1 显示了患者的基线特征。25 名（61.0%）患者为女性，16 名（39,0%）为男性，平均年龄为 59.4 岁。他们患有长期（12.8 年）难治性（之前使用过三种 bDMARD/tsDMARD）疾病，bDMARD/tsDMARD 治疗持续时间为 5.7 年。21 名患者（51.2%）患有 RA。合并症包括高血压（36.6%）、既往或现在吸烟（36.8%）、糖尿病（9.8%）和高体重指数 (BMI)（27.7 (5.6) kg/m 2 - 平均值 (SD)）。18 名患者（43.9%）正在使用 TNF 抑制剂、7 种 JAK 抑制剂（17.1%、9.8% 巴瑞替尼和 7.3% 托法替尼）和 5 名 (12.2%) IL-6 抑制剂。17 名 (41.5%) 患者正在使用甲氨蝶呤和 4 名 (9,8%) 羟氯喹。三名患者死亡（7.3%）；一名 63 岁的 RA 男性，服用阿那曲唑（加泼尼松 5 毫克/天）（合并症：吸烟者，BMI 34.6）；一名 56 岁的 SpA 女性，服用苏金单抗（未使用糖皮质激素）（既往吸烟者，BMI 28.4）和一名 91 岁的血管炎女性，服用利妥昔单抗（加泼尼松 5 毫克/天）（高血压）。28 名患者（68.3%）需要住院治疗，6 名患者进入重症监护病房 (ICU)。截至本次分析，35 名（85.4%）患者已完全康复，3 名患者仍在住院，无患者在 ICU。关于 RMD 患者的 COVID-19 数据仍然很少。 3–6 由于疫情的迅速发展，积累有关使用 bDMARD/tsDMARD 的风湿病患者发展为 COVID-19 的临床病程的信息非常重要。由于我们研究中的患者数量减少，因此得出可靠结论的可能性有限。然而，这些发现表明，COVID-19 患者病程和死亡率
人类结肠：一个复杂的生物反应器。功能性营养链厌氧消化的概念建模
3 Université Paris XI, , France (E-mail: Beatrice.Laroche@lss.supelec.fr ) 4 INRA, UR910, Unité d'Ecologie et Physiologie du Système Digestif, Domaine de Vilvert, 78352 Jouy en Josas Cedex, France (E-mail: marion.leclerc@jouy.inra.fr ) Abstract本文介绍了人类结肠中碳水化合物厌氧消化的模型结构的描述。由于厌氧消化在消化剂和动物胃肠道中类似地发生，因此提出了这些系统之间的相似之处。该过程的水力行为，反应机制和转运现象被确定为构建数学模型的关键初步步骤。在此基础上，提出了验证模型的障碍，并提出了初步方法来评估所获得的结构的充分性，该结构的构建最小的微生物群模型。数学模型将在动物模型上进一步验证，该模型由由人类大肠子接种模型微生物联盟接种的轴突啮齿动物。这种方法对于更好地理解人类消化道，作为一个复杂的系统以及微生物群在人类健康中的作用非常有用。关键字厌氧消化建模；碳营养链；人类结肠；微生物群引言人类结肠（也称为大肠）是肠内的厌氧室。它的主要功能是通过消化纤维的降解为人体带来能量（即复杂的碳水化合物）未水解并吸收在上部消化道中（MacFarlane和Cummings，1991）。除了纤维降解的代谢方面外，宿主与细菌群落之间的相互作用刚刚开始被理解。共生微生物在人类健康中起着重要作用。例如，它们参与炎症性肠道疾病现在已经有充分的文献证明（Gill等，2006）。尽管在人类健康中起了重要作用，但肠道菌群组成和功能仍然有待阐明。胃肠道研究（GIT）微生物群的主要局限性是其微生物多样性超过数百种（Eckburg等，2005），而培养的细菌数量很少，占总微生物细胞的20％（Suau等，1999）。然而，分子方法首先通过元基因组学方法靶向16sRDNA基因和功能基因，可以更好地表征细菌多样性和未培养物种的功能（Manichanh等，2006，Gloux等，2007，2007，Gill等，Gill等，2006）。在文献中，人工系统（化学稳定）或硅方法已被用来研究系统的特定方面，例如微生物竞争（Ballyk等，2001），VFA吸收（Tyagi等，2002; Minekus等，1999）和主机之间的相互作用和相互作用。但是，这些模型都没有整合大肠的生理参数，生化过程和通量以及功能性微生物多样性。由于其生物学复杂性，对人类肠道生态系统的建模确实是一个具有挑战性的主题。这也是更好地理解碳水化合物发酵的关键步骤。此外，模型开发在理解微生物群落对消化系统在健康个体和炎症性疾病发展中的稳定性方面的影响中起着重要作用。这种模型将用于研究饮食方案对人类胃肠道菌群的影响。该模型也将是体内和体外实验设计的非常有用的工具，因为医疗领域和私人公司（药品，营养，益生菌）都需要代表“健康肠道微生物群”的生物学工具。