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通用rRNA耗竭用于任何有机体的转录组分析
表1。从八个物种制备的无核能总RNA文库中检测到的％rRNA值和基因数量。通用的人/小鼠/大鼠参考RNA，牛胎盘RNA，番茄和小麦叶RNA以及从沉淀的绿藻细胞中提取的RNA和内部成年酵母菌培养物用作输入（每位图书馆100 ng）。每个库的数据分析使用了3000万读对（150 bp配对）。修剪大奖！v0.6.6，Star v2.6.1d，Samtools v1.9和farmaturecounts v2.0.1用于修剪，对齐，过滤/索引和读取计数分配。RRNA基因/外显子的分类及其读取是基于UCSC基因组浏览器的注释和retoMasker rRNA轨道的基础。 用于分析的参考基因组是组件GRCH38（H。SAPIENS），CRCM39（M。MUSCULUS），RNOR_6.0（R。NORVEGICUS），ARS-UCD1.2（B. Taurus），SL3.0，SL3.0，SL3.0（S. lycopersicum），IWGSC（iwgsc），IWGSC（iwgsc），iwgsc（iwgscim），chlamans，C。c. c. c. c. c. c. c. anasen nasunson。 Reinhardtii）来自Ensembl和Refseq的ASM18296V3（C. albicans）。 tpm，百万分的成绩单。RRNA基因/外显子的分类及其读取是基于UCSC基因组浏览器的注释和retoMasker rRNA轨道的基础。用于分析的参考基因组是组件GRCH38（H。SAPIENS），CRCM39（M。MUSCULUS），RNOR_6.0（R。NORVEGICUS），ARS-UCD1.2（B. Taurus），SL3.0，SL3.0，SL3.0（S. lycopersicum），IWGSC（iwgsc），IWGSC（iwgsc），iwgsc（iwgscim），chlamans，C。c. c. c. c. c. c. c. anasen nasunson。 Reinhardtii）来自Ensembl和Refseq的ASM18296V3（C. albicans）。tpm，百万分的成绩单。
小麦抗锈病基因座全基因组图谱
摘要 锈病，包括叶锈病、条锈病/黄锈病和秆锈病，严重影响小麦 (Triticum aestivum L.) 的产量，每年造成巨大的经济损失。培育和推广具有遗传抗性的品种是控制这些疾病最有效和可持续的方法。小麦育种者用于选择抗锈病的遗传工具包已迅速扩展，利用最新的基因组学、作图和克隆策略鉴定了大量基因位点。本综述的目的是建立一个小麦基因组图谱，全面总结已报道的与抗锈病相关的基因位点。我们的图谱总结了过去二十年 170 篇出版物中针对三种锈病绘制的数量性状基因位点 (QTL) 和特征基因。根据最新的小麦参考基因组 (IWGSC RefSeq v2.1)，总共有 920 个 QTL 或抗性基因被定位在小麦的 21 条染色体上。有趣的是，26 个基因组区域包含多个锈病基因座，表明它们可能对两种或多种锈病具有多效性。我们讨论了一系列利用这些丰富的遗传信息来有效利用抗性来源的策略，包括利用基因组信息来堆叠理想的和多个 QTL，以开发具有增强的抗锈病小麦品种。