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表1。从八个物种制备的无核能总RNA文库中检测到的%rRNA值和基因数量。通用的人/小鼠/大鼠参考RNA,牛胎盘RNA,番茄和小麦叶RNA以及从沉淀的绿藻细胞中提取的RNA和内部成年酵母菌培养物用作输入(每位图书馆100 ng)。每个库的数据分析使用了3000万读对(150 bp配对)。修剪大奖!v0.6.6,Star v2.6.1d,Samtools v1.9和farmaturecounts v2.0.1用于修剪,对齐,过滤/索引和读取计数分配。RRNA基因/外显子的分类及其读取是基于UCSC基因组浏览器的注释和retoMasker rRNA轨道的基础。 用于分析的参考基因组是组件GRCH38(H。SAPIENS),CRCM39(M。MUSCULUS),RNOR_6.0(R。NORVEGICUS),ARS-UCD1.2(B. Taurus),SL3.0,SL3.0,SL3.0(S. lycopersicum),IWGSC(iwgsc),IWGSC(iwgsc),iwgsc(iwgscim),chlamans,C。c. c. c. c. c. c. c. anasen nasunson。 Reinhardtii)来自Ensembl和Refseq的ASM18296V3(C. albicans)。 tpm,百万分的成绩单。RRNA基因/外显子的分类及其读取是基于UCSC基因组浏览器的注释和retoMasker rRNA轨道的基础。用于分析的参考基因组是组件GRCH38(H。SAPIENS),CRCM39(M。MUSCULUS),RNOR_6.0(R。NORVEGICUS),ARS-UCD1.2(B. Taurus),SL3.0,SL3.0,SL3.0(S. lycopersicum),IWGSC(iwgsc),IWGSC(iwgsc),iwgsc(iwgscim),chlamans,C。c. c. c. c. c. c. c. anasen nasunson。 Reinhardtii)来自Ensembl和Refseq的ASM18296V3(C. albicans)。tpm,百万分的成绩单。

通用rRNA耗竭用于任何有机体的转录组分析

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