生殖特异性小 RNA 是动物和植物生殖系发育的重要调节因子。microRNA2118 (miR2118) 在植物中是保守的,可诱导阶段性小干扰 RNA (phasiRNA) 的产生。为了揭示 miR2118 的生物学功能,我们在此描述了 miR2118 簇大量缺失的水稻突变体。我们的结果表明,miR2118 的缺失会导致水稻严重的雄性和雌性不育,并伴有体细胞花药壁细胞的明显形态和发育异常。小 RNA 分析表明,花药壁中依赖 miR2118 的 21 核苷酸 (nt) phasiRNA 富含 U,与生殖细胞中的 phasiRNA 不同。此外,miR2118 依赖的 21-nt phasiRNA 生物合成可能涉及 Argonaute 蛋白 OsAGO1b/OsAGO1d,这些蛋白在花药壁细胞层中含量丰富。我们的研究突出了体细胞花药壁和生殖细胞之间 phasiRNA 的位点特异性差异,并证明了 miR2118/U-phasiRNA 在花药壁发育和水稻繁殖中发挥的重要作用。
1 Research Unit, General University Hospital of Albacete, Health Service of Castilla-La Mancha (SESCAM), Albacete, Spain, 2 Molecular Oncology Laboratory, Molecular Medicine Unit, Associated Unit of Biomedicine, University of Castilla-La Mancha-Spanish National Research Council (UCLM- CSIC), Faculty of Medicine, Albacete, 39 cine, University of Castilla-La Mancha, Albacete, Spain, 4 Immunology Unit, Clinical Analysis Department, General University Hospital of Albacete, Albacete, Spain, 5 Microbiology Department, General University Hospital of Albacete, Albacete, Spain, 6 Research Unit, General University Hospital of Albacete, Albacete, National Parastatics of Toledo, Albacete, Spain, 7 Internal Medicine Department, General University Hospital of Albacete, Albacete, Spain, 8 Biomedicine Institute of UCLM (IB-UCLM), Faculty of Medicine, University of Castilla-La Mancha, Albacete, Spain, 9 Faculty of Pharmacy, Associated University of Castile-La Mancha, 10 of Biomedicine UCLM- CSIC, University of Castilla-La Mancha, Ciudad Real, Spain, 11 Neurology Department, General University Hospital of Albacete, SESCAM, Albacete, Spain, 12 Faculty of Medicine, University of Castilla- La Mancha, Albacete, Spain
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秀丽隐杆线虫是一种用于研究发育和衰老遗传学的多功能模型生物,通过给线虫喂养表达特定 dsRNA 的细菌可以抑制其基因表达。之前已证实通过常规转基因技术过表达缺氧诱导因子 1 ( hif-1 ) 或热休克因子 1 ( hsf-1 ) 可延长线虫寿命。然而,目前尚不清楚其他基因过表达方法是否可行,尤其是随着基于 CRISPR 的技术的出现。本文中,我们表明,给经过基因改造以稳定表达 Cas9 衍生的合成转录因子的秀丽隐杆线虫喂养表达启动子特异性单向导 RNA (sgRNA) 的细菌也可以激活基因表达。我们证明,通过摄取针对 hif-1 或 hsf-1 各自启动子区域的 sgRNA 激活 CRISPR 可增加基因表达并延长秀丽隐杆线虫的寿命。此外,作为旨在使用 CRISPR 激活秀丽隐杆线虫的未来研究的计算机资源,我们提供了预测的启动子特异性 sgRNA 靶序列,用于超过 13,000 个秀丽隐杆线虫基因,并具有实验定义的转录起始位点。我们预计本文描述的方法和组件将有助于促进全基因组基因过表达研究,例如,通过将表达 sgRNA 的细菌喂给线虫来诱导转录,以识别衰老或其他感兴趣的表型的调节因子。
腺苷到肌苷 (A-to-I) 编辑是一种保守的真核 RNA 修饰,有助于发育、免疫反应和整体细胞功能。RNA 编辑模式在不同细胞和组织类型之间可能存在显著差异,而过度活跃的 A-to-I 特征则表明存在多种疾病,包括癌症和自身免疫性疾病。由于这些差异具有生物学和临床重要性,因此迫切需要有效的方法来测量细胞 RNA 中的整体 A-to-I 编辑水平。当前的标准方法依赖于 RNA-seq 来间接检测编辑位点,这需要大量时间和材料投入以及大量的计算分析。在这里,我们利用核酸内切酶 V (EndoV)(它特异性地与 RNA 中的肌苷结合)来开发基于蛋白质的化学发光生物测定法,以直接分析 A-to-I RNA 编辑活性。我们之前展示了 EndoV 可以在 RNA 测序之前结合并丰富 A-to-I 编辑的转录本,现在我们利用这一活性构建 EndoV 连接免疫吸附测定 (EndoVLISA),作为一种快速的、基于板的化学发光方法,用于测量细胞 RNA 中的全局 A-to-I 编辑特征。我们首先使用化学合成的寡核苷酸优化和验证我们的测定方法,说明对 RNA 中的肌苷具有高度选择性和灵敏度的检测。然后,我们展示了对处理过的细胞系中肌苷含量的快速检测,证明了与当前标准 RNA 测序方法相当的性能。最后,我们部署了 EndoVLISA 来分析正常和患病人体组织中的差异 A-to-I RNA 编辑特征,说明了我们的平台作为诊断生物测定的实用性。总之,EndoVLISA 方法经济高效、简单易用,并且使用常见的实验室设备,为研究 A-to-I 编辑提供了一种高度可用的新方法。此外,多孔板格式使其成为第一个适用于直接高通量量化 A-to-I 编辑的检测方法,可用于疾病检测和药物开发。
● 超越经济人:我们诚邀理论和实证研究个人偏好、同理心、情感因素、照护系统、教育、福利结构以及社会困境的合作解决方案。欢迎行为经济学、女权主义经济学、比较经济学、环境经济学和生态经济学等领域的投稿。投稿应探讨这些见解如何重塑微观经济基础和宏观经济框架,旨在通过改进政策设计应对社会和环境挑战。● 超越利润最大化:欢迎投稿探讨公司和组织的替代目标,例如追求社会和环境影响、性别平等和价值驱动的经济贡献,超越传统的以利润为中心的模式。● 超越 GDP:鼓励对多维社会福祉的研究做出贡献,特别是那些考虑社会和环境因素的交叉点、能力发展、复杂系统、可持续发展以及收入和非收入因素对生活满意度和意义的相对影响的论文。 ● 超越自上而下的政治经济学:我们寻求关于草根倡议、当地社区行动、与公共和私人实体的合作福利战略、治理中的辅助性以及多层次政策制定的理论和实证研究,以探索参与式政治经济学的变革潜力。● 走向公民参与:我们欢迎关于学者的公民角色的研究,包括他们的工作对社会的影响以及学术参与在解决全球问题中的重要性。
CRISPR-Cas9 介导的基因组编辑的第一步是切割与 CRISPR 向导 RNA (gRNA) 中所谓的间隔序列互补的目标 DNA 序列。然而,一些 DNA 序列对 CRISPR-Cas9 切割具有抵抗性,这至少部分是由于 gRNA 折叠错误造成的。为了解决这个问题,我们设计了 gRNA,使其恒定部分具有高度稳定的发夹结构,并通过化学修饰进一步增强了它们的稳定性。“基因组编辑优化锁定设计”(GOLD)-gRNA 将基因组编辑效率提高了约 1000 倍(从 0.08% 到 80.5%),其他不同靶标的平均效率提高了 7.4 倍。我们预计,无论间隔序列组成如何,这种改进的 gRNA 都将实现高效编辑,并且在所需的基因组位点难以编辑时将特别有用。
摘要:胸膜间皮瘤 (PM) 是一种可观察到上皮样、双相性和肉瘤样组织类型的癌症。肉瘤样 PM 以间充质特征为特征。多组学已用于在分子水平上表征上皮-间充质 (EMT) 表型。我们通过纳入 RNA 编辑分析为此做出了贡献。我们从两个 PM 队列中提取了上皮评分最高与最低的样本,并观察到 EMT 后内含子中的 RNA 编辑增加而 3′UTR 中的 RNA 编辑减少。在通过转录组学分析分层为两组的原代 PM 原代培养物中也观察到了同样的情况,其中一组富集了间充质特征。我们的数据表明,与在其他癌症类型中观察到的情况一样,RNA 编辑与 PM 中的 EMT 表型相关。
结肠癌是美国癌症的主要原因之一。结肠癌是由结肠癌细胞基因组中的许多基因突变发展而来的。长的非编码RNA(LNCRNA)会导致许多癌症(包括结肠癌)的发育和进展。lncRNA已经并且可以通过簇状的定期间隔短的短质体重复序列(CRISPR)相关的核酸酶9(CRISPR/CAS9)系统的聚类重复序列的基因编辑技术来纠正,以减少结肠癌细胞的增殖。但是,许多用于运输基于CRISPR/CAS9的疗法的当前输送系统需要更多的安全性和效率。基于CRISPR/CAS9的治疗药需要安全有效的递送系统,以更直接,更明确地靶向结肠中存在的癌细胞。本综述将提供有关使用植物衍生的外泌体样纳米颗粒作为纳米载体的效率和安全性的相关证据,以提供基于CRISPR/CAS9的疗法以直接靶向结肠癌细胞。
肠病毒(EVS)被分类为Picornaviridae家族中肠病毒属的成员。这些非发育的单链RNA病毒具有封装在病毒衣壳中的基因组,形成直径约为20-30 nm的对称二十面体颗粒(1,2)。肠内病毒属包括12种肠病毒物种(A-L)和3种鼻病毒物种(RV A-C)。属于肠病毒的肠病毒A71(EV-A71)通过粪便途径传输物种(2,3)。ev-A71于1969年在美国加利福尼亚州的无菌性脑膜炎的婴儿的粪便标本中首次分离出来(4)。从那时起,EV-A71的许多爆发和流行病已在全球范围内报道(5-8),自1990年代后期以来,亚太地区的出现了显着的事件(9)。EV-A71主要影响五年以下的儿童,是手,脚和口腔疾病(HFMD)的主要病因之一,通常在1 - 2周内作为一种自我限制疾病解决。但是,在严重的情况下,EV-A71会引起神经系统并发症,导致预后不良甚至死亡,对婴儿和幼儿构成重大健康威胁。因此,EV-A71被认为是脊髓灰质炎病毒后最显着的神经肠病毒(10-12)。EV-A71基因组长约为7,500个核苷酸,编码四种结构蛋白(VP1至VP4)和7种非结构性蛋白质(2A至2C至2C和3A至3D)。结构蛋白VP1至VP4首先结合形成杂种,六十个brotemer组装成一个封装病毒基因组的病毒式衣壳中(13)。暴露在衣壳的表面上,而VP4则位于内部(13,14)。VP1是由297个氨基酸组成的最免疫主导结构蛋白,并包含主要中和表位。它在EV-A71生命周期期间的病毒吸附,渗透和脱落中起着至关重要的作用,使其成为分子研究和疫苗发育的主要目标(15-17)。目前,尚无针对EV-A71的特定药物,因此支持治疗是与EV-A71相关疾病的主要治疗方法。疫苗接种是预防EV-A71的最有效,最有效的策略。最近对EV-A71疫苗的研究主要集中在灭活的疫苗(18、19),病毒样颗粒(VLP)(20-22),活疫苗(23、24)和亚基疫苗(25、26)。其中,只有灭活的EV-A71疫苗已经完成了人类的临床试验,而其他候选者仍在临床前动物评估中(27)。在2015年至2017年之间,中国食品药品监督管理局(CFDA)批准了针对EV-A71 C4子基因型的三种灭活疫苗的商业化(28-30)。III期临床试验表明,所有三种疫苗都有效地降低了与EV-A71相关的HFMD(27)。然而,灭活的疫苗面临挑战,包括高生产成本,长期发育时间表以及潜在的免疫原性,这可能导致细胞免疫反应的刺激不足(22)。作为一种有希望的多功能疫苗平台,基于mRNA的疫苗适用于传染病和癌症。此外,越来越多的证据表明,与共同循环的EV-A71菌株的突变以及造成了快速病毒进化的突变,对灭活疫苗构成了潜在的挑战(31,32)。他们提供了几个优势,包括较短的发育周期,强大的免疫原性,有利的安全性和对突变的适应性(33,34)。RNA分子修饰和