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在酪氨酸激酶抑制剂中模拟普纳替尼耐药性......
补充图 2：与相应的对照系相比，K562 T315I-R 和 K562 DOX 55D-R 的普纳替尼 IC50 值显著增加。将细胞与连续浓度的普纳替尼孵育 2 小时，然后裂解以进行 p-CrkL 蛋白质印迹。 (A、B) 与相应的对照系 K562 T315I 和 K562 DOX 55D 相比，在 K562 T315I-R 和 K562 DOX-R 细胞系中观察到普纳替尼 IC50 增加。 (C、D) 与相应的对照系 K562 和 K562 DOX 相比，在 K562-R 和 K562 DOX-R 细胞系中观察到相似的普纳替尼 IC50。误差线表示 SD、n≥3、* p<0.05、** p<0.01 *** p<0.005。
利用机器学习预测不同编辑类型和染色质环境下的主要编辑效率
图 1 | 基于序列上下文的 pegRNA 效率表征和预测。（a）使用目标匹配的 pegRNA 文库“Library Diverse”进行筛选的示意图。（b - g）HEK293T 或 K562 中（b,c）插入、（d,e）HEK293T 或 K562 中 1-5bp 替换和（f,g）HEK293T 或 K562 中 1-15 bp 删除的编辑效率。（h,i）在 HEK293T（h）或 K562（i）细胞中安装了 2 个独立 1 bp 替换的双重编辑的编辑效率。预期编辑意味着安装了两个替换，而中间编辑意味着只安装了 2 个替换中的 1 个。距离 0 对应于单个 1 bp 编辑。 (j,k) 在 HEK293T (j) 和 K562 (k) 细胞中，在 GG PAM 序列内进行单 1bp 和双 1bp 替换（有或无编辑）的编辑效率。(d、e、hk) 条形图仅包含具有 7、10 或 15bp RTT 突出端的 pegRNA，以确保不同条件下 RTT 突出端分布相似。(bk) 条形图显示平均值，误差线表示平均值 +/- sem (l、m) PRIDICT2.0 在 Library-Diverse（5 倍交叉验证）上对 (l) HEK293T（n = 22,619）和 (m) K562（n = 22,752）细胞的性能。根据高斯 KDE，颜色渐变从深紫色到黄色表示点密度增加。 （n）PRIDICT2.0 示意图，该模型是基于两个模型的预测平均值的集成模型：（模型 A），
造血茎和祖细胞中高效的基因组编辑
Key points: - IVTsgRNAs in K562 predict response to highly effective genome editing in HSPCs - Low cost and efficient nucleofection protocols for RNP based editing in K562 and HSPCs - Genome editing efficiencies in HSPCs up to 80% is independent of cell number, and CD34 subpopulations are equally sensitive for genome editing - CRISPR-Cas9 gene editing does not impact细胞增殖和分化或长期p21诱导细胞衰老
Terry Chen
研究经验，波士顿大学生物医学工程系2023年9月 - 现任首席研究员：Erica D. Pratt，博士学位。 Project: Developing synthetic peptide probes to evaluate Src kinase activity selectively in colorectal cells for tumor profiling ● Synthesized peptides using Fmoc solid-phase peptide synthesis, analyzed and purified via HPLC/MS, and conjugated using thiol-maleimide chemistry ● Optimized enzyme-substrate kinetics of probe by analyzing impact of tyrosine chirality variations在通过激酶测定的转导序列中●通过利用光密度利用光密度来开发新型实验室程序，以实现活力激酶测定中的信号归一化，从而开始并维护各种细胞系，包括Lovo，K562，K562，K562，U-937，U-937，U-937，Colo-205，Colo-205，CCD-18CO和CCD-18CO，ccd-29
使用CRISPR/CAS9与同源指导的修复来使人拓扑异构酶IIα内含子19 5'剪接位点保持沉默：人类白血病K562细胞中依托泊苷耐药性的产生
DNA拓扑异构酶IIα（TOP2α /170）是增殖细胞必不可少的酶。为了说话繁殖恶性肿瘤，这使Top2α /170成为依托泊苷和其他临床活性抗癌药物的重要靶标。这些药物的功效通常受到与TOP2α /170表达水平的改变有关的情况的限制。我们的实验室最近显示出TOP2α /170的水平降低，并且由于内含子的聚腺苷酸化（IPA;内含子19）在获得的可获得的依托托糖苷抗性K562 k562 k562 clonal细胞系中，C末端截短的90 kDa同工型TOP2α /90降低了TOP2α /90。我们先前报道说，这种同工型用TOP2α /170异构二聚体是对依托泊苷的耐药性的决定因素。通过基因编辑恢复的TOP2α /170水平，在耐药K /VP.5细胞中优化耐药的K /VP.5细胞中的剪接位点，TOP2α /90表达降低，并降低了耐药性。通过CRISPR /CAS9对父母K562细胞中的外显子19 /内含子进行沉默，并通过同源指导修复（HDR）进行沉默，从而迫使内含子19保留，从而诱导抵抗力，从而诱导抵抗力，从而破坏正常的RNA处理（即进一步评估90 nir and 2 and 2 and 2 and 2）同工型作为抗性决定因素。通过定量聚合酶链反应（QPCR）鉴定基因编辑的克隆，并通过Sanger测序验证。RNA-SEQ和QPCR研究表明，内含子19保留导致TOP2α编辑的mRNA转录物的降解导致TOP2α /170的表达降低。TOP2α / 170 mRNA /蛋白质表达水平在TOP2α基因编辑的克隆中衰减，这会导致对依托泊苷的耐药性，如依托泊苷诱导的DNA损伤（γH2AX，彗星测定）和生长抑制所评估。在基因编辑的K562细胞中TOP2α /90的强制表达进一步降低了依托泊苷诱导的DNA损伤，以支持该截短的同工型的主要负面作用。共同支持TOP2α /170和Top2α /90作为对TOP2α-靶向剂的灵敏度 /耐药性的重要作用。
人脑功能性子...
这项研究的目的是检查和比较内糖瘤细胞穿透性肽（CPP）EB1和PEG 2000的阳离子脂质体的效率。 （2х3）和辅助脂质1,2-二烯酰基-SN-甘油-3-磷酸乙醇胺（DOPE）用于抗BCR-ABL siRNA递送到K562人CML细胞系中。我们表明EB1和2х3-DOPE-DEPE-PEG 2000（0.62％mol。）脂质体通过内吞机制有效地将siRNA传递到K562细胞中，并且使用脂质体会导致对靶基因（BCR-ABL）和癌细胞增殖的表达更有效地抑制。综上所述，这些发现表明，PEG装饰的阳离子脂质体介导的siRNA递送可以有效地抑制某些肿瘤基因，并且代表了一种有希望的新型CML疗法。
吖啶黄靶向髓系白血病细胞中的致癌 STAT5 信号
图 1 吖啶黄 (ACF) 对 K562 细胞生长和存活的影响。A，用不同浓度的 ACF 或未用 ACF (PBS) 处理 K562 细胞 72 小时。通过 MTT 和台盼蓝染料排斥试验确定细胞活力（数据以三次独立实验的平均值 ± SD 表示）。标明了 IC 50 值。B，用不同浓度的原黄素处理细胞，通过 MTT 试验确定活细胞百分比（数据以三次独立实验的平均值 ± SD 表示）。显示了原黄素和台盼蓝的化学结构。C，用未用 ACF (PBS) 或用浓度增加的 ACF 培养 72 小时的细胞用 AnnexinV 和 APC 染色，通过流式细胞术确定凋亡细胞百分比。显示了一个代表性实验（左图）。数据以三次独立实验的平均值 ± SD 表示。使用双向方差分析和 Holm-Sidak 多重比较检验来检验 ACF 处理对细胞凋亡的重要性 (* P < 0.05; *** P < 0.0001)。D，使用所示抗体 (n = 3) 通过蛋白质印迹法分析培养 48 小时或 72 小时且 ACF 浓度不断增加的 K562 细胞的蛋白质提取物。肌动蛋白作为上样对照
吖啶黄靶向髓系白血病细胞中的致癌 STAT5 信号
图 1 吖啶黄 (ACF) 对 K562 细胞生长和存活的影响。A，用不同浓度的 ACF 或未用 ACF (PBS) 处理 K562 细胞 72 小时。通过 MTT 和台盼蓝染料排斥试验确定细胞活力（数据以三次独立实验的平均值 ± SD 表示）。标明了 IC 50 值。B，用不同浓度的原黄素处理细胞，通过 MTT 试验确定活细胞百分比（数据以三次独立实验的平均值 ± SD 表示）。显示了原黄素和台盼蓝的化学结构。C，用未用 ACF (PBS) 或用浓度增加的 ACF 培养 72 小时的细胞用 AnnexinV 和 APC 染色，通过流式细胞术确定凋亡细胞百分比。显示了一个代表性实验（左图）。数据以三次独立实验的平均值 ± SD 表示。使用双向方差分析和 Holm-Sidak 多重比较检验来检验 ACF 处理对细胞凋亡的重要性 (* P < 0.05; *** P < 0.0001)。D，使用所示抗体 (n = 3) 通过蛋白质印迹法分析培养 48 小时或 72 小时且 ACF 浓度不断增加的 K562 细胞的蛋白质提取物。肌动蛋白作为上样对照
用于表观遗传学研究的 FFPE 肿瘤样本的规模化制备
图 4. Charles River Laboratories 共享了小鼠模型患者来源的异种移植瘤 (PDX) 的 FFPE 卷轴。来自 2 名患者样本的 PDX 肿瘤被嵌入 1 至 7 年的石蜡块中。使用 Qiagen AllPrep DNA/RNA FFPE 试剂盒从核材料中提取 gDNA，并通过 Agilent TapeStation 评估 DNA 完整性评分 (DIN)。K562 对照 A (未固定) gDNA 由 Qiagen AllPrep DNA/RNA FFPE 试剂盒提取，K562 对照 B (未固定) gDNA 由 Zymo Quick-DNA/RNA 纯化试剂盒提取，以提供来自 2 个 DNA 提取试剂盒的高质量样本示例。顶部代表性图像：明场碎片。底部代表性图像核标记：碘化丙啶。