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Kinnex全长RNA试剂盒，用于同工型测序
PACBIO RNA测序已被证明提供了最长的读取长度和同工型发现和同工型定量所需的最高质量读取（Pardo-Palacios等，2024）。KINNEX™全长RNA试剂盒采用由ISO-SEQ Express 2.0套件产生的全长cDNA作为输入，并输出一个可进行测序的库，该库与典型的ISO-SEQ库相比导致8倍吞吐量增加。与SMRT®链接软件中的读取细分和ISO-SEQ分析相结合，PACBIO提供了不需要正交测序方法的具有成本效益的同工型测序。SMRT链接软件生产具有大量信息的同工型分类报告，该报告可通过三级分析工具使用。
微生物组种类分析，用于全长16S rRNA测序的kinnex套件
结果表明，Kinnex 16S测序可以在单个Revio SMRT单元格上以1,536-plex或在续集IIE SMRT单元格上的768-plex下的平均读数> 30k平均读数。图5a显示了续集II系统上的常规全长16S库的显示2.1-330万（M）的读取，而Kinnex则显示为19.6-28.4 m，在Revio系统上，从8.5-10.1 m的Revio系统上读取，而没有Kinnex至62.5–72.5–72.2 m读取Kinnex。 此差异允许每个SMRT单元格多路复用和每个样品的读取深度更高。 将Kinnex 16S与标准FL 16S进行比较，我们发现物种组成有很高的相关性（图5B）。 在20种物种的微生物标准上，Kinnex 16S库与预期的物种表示相比，由于读取深度较高，因此与常规16S库相关（图5C）。显示2.1-330万（M）的读取，而Kinnex则显示为19.6-28.4 m，在Revio系统上，从8.5-10.1 m的Revio系统上读取，而没有Kinnex至62.5–72.5–72.2 m读取Kinnex。此差异允许每个SMRT单元格多路复用和每个样品的读取深度更高。将Kinnex 16S与标准FL 16S进行比较，我们发现物种组成有很高的相关性（图5B）。在20种物种的微生物标准上，Kinnex 16S库与预期的物种表示相比，由于读取深度较高，因此与常规16S库相关（图5C）。
长度16S rRNA测序
KINNEX 16S rRNA试剂盒将扩增的16S扩增子作为输入，并输出一个可进行测序的库，与标准的FL 16S库相比，该库将导致多达12倍的吞吐量增加。Kinnex 16S套件基于多路复用阵列测序（MAS-SEQ）方法（Al'khafaji等，2024），用于FL 16S扩增子（图3A）。结果明显更高，并且对高精度，成本效率的FL 16S测序的测序需求显着降低，每个PACBIO SMRT细胞的多重能力高达1,536个扩增子样品。我们在各种样本中测试了Kinnex 16S rRNA套件，包括模拟社区标准，凳子，唾液，植物，土壤，废水，废水和拭子（皮肤，口腔，阴道和兽医伤口）。然后，我们使用用户友好的生物信息学管道HIFI-16-Workflow分析了数据，该管道为FL 16S HIFI读取提供了快速Q-to-Report分析解决方案（图3B）。我们还检查了读取深度对样本类型中检测到的物种数量的影响（图4）。
smrt链接发行说明v25.2
链接UI。在运行文件中的时间戳（例如XML）不受影响，并以完全指定的UTC时区为ISO 8601格式。仅研究使用。不适用于诊断程序。©2025加利福尼亚州的太平洋生物科学（“ PACBIO”）。保留所有权利。本文档中的信息如有更改，恕不另行通知。PACBIO对本文档中的任何错误或遗漏不承担任何责任。某些通知，条款，条件和/或使用限制可能与您使用PACBIO产品和/或第三方产品有关。请参阅适用的PACBIO销售条款和条件以及PACB.com/license的适用许可条款。太平洋生物科学，PACBIO徽标，PACBIO，Circulomics，Omniome，Smrt，Smrtbell，Iso-Seq，Sequel，Sequel，Nanobind，sbb，sbb，Revio，Onso，onso，apton，kinnex，kinnex，peretarget，sprq，sprq和vega是Pacbio的商标。
应用简介-使用 HiFi 进行宏基因组测序-...
1. 应用说明 – Kinnex 16S rRNA 试剂盒用于全长 16S 测序 2. Johnson, JS 等人 (2019) 评估 16S rRNA 基因测序在物种和菌株水平微生物组分析中的应用。《自然通讯》。10(1)，5029。 3. 程序和清单 – 使用 HiFi plex 制备试剂盒 96 制备多重全基因组和扩增子文库 4. 程序和清单 – 使用 HiFi 制备试剂盒 96 制备全基因组文库 5. Gehrig, J. 等人 (2022) 找到合适的选择：评估短读和长读测序方法以最大限度提高临床微生物组数据的效用。《微生物基因组学》，8(3)，10.1099/mgen.0.000794。 6. Portik, DM 等人(2024) 使用长读组装、分箱和合并方法从人类肠道微生物群中高度准确地组装宏基因组。bioRxiv。doi：https://doi.org/10.1101/2024.05.10.593587 7. 概述 – HiFi 应用选项和测序建议。8. 程序和清单 – 使用条形码引物扩增细菌全长 16S 基因。9. 程序和清单 – 从 16S rRNA 扩增子制备 Kinnex 文库
puretarget：无扩增的工作流程，用于短串联重复扩展的遗传和表观遗传分析
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应用简介-微生物全基因组测序-...
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程序和清单 - 使用Nanobind试剂盒从培养的粘附细胞中提取HMW DNA
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技术说明使用Hamilton Microlab Prep进行PACBIO®长阅读整个基因组测序
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