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靶向SARS-COV-2 MPRO抑制剂
建议范围大乳糖蛋白A Stachyflin mol。wt。(Da) 402.53 385.502 130–725 #Stars 1 0 0–5 SASA 710.02 592.553 300–1000 Dipole 0 0 1.0–12.5 Donor H-bond 3 3 0–6.0 Acceptor H-bond 7.1 5.7 2.0–20.0 QPlogPo/w 3.704 2.619 -2-6.5 QPlogS 3.062 -4.597 -6.5–0.5 qplogkhsa 0 0.47 -3-1.2 qplogbb -2.125 -1.02 -3.0-1.2编号代谢物6 4 1-8代谢物6 4 1-8
发现SARS-COV-2
摘要：SARS-COV-2的小分子抗病毒药当前在美国或全球范围内获得（或紧急授权），包括Remdesivir，Molnupiravir和Paxlovid。自从三年前爆发以来，出现的SARS-COV-2变体数量越来越多，这增加了需要不断开发更新的疫苗和口服抗病毒药，以便充分保护或治疗人群。病毒主蛋白酶（M Pro）和类木瓜蛋白酶样蛋白酶（PL Pro）是病毒复制的关键。因此，它们代表了抗病毒疗法的宝贵靶标。我们在这里描述了使用Microsource Spectrum库对M Pro和PL Pro的2560种化合物进行的体外筛查，以尝试识别可以为SARS-COV-2重新使用的其他小分子命中。随后，我们确定了M Pro的2次命中，PL Pro的8个命中。其中一个是具有双重活性的第四纪铵化合物西酰基吡啶丁字（IC 50 = 2.72±0.09μm，对于M Pro而言，IC 50 = 7.25±0.15μm）。PR PRO的第二个抑制剂是选择性雌激素受体调节剂Raloxifene（PL Pro的IC 50 = 3.28±0.29μm，M pro的IC 50 = 42.8±6.7μm）。我们还测试了几种激酶抑制剂，并鉴定出olmutinib（IC 50 = 0.54±0.04μm），Bosutinib（IC 50 = 4.23±0.28μm），crizotinib，crizotinib（IC 50 = 3.81±0.04μm），以及IC 506 = 3.3 3.3 3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3 3.3±uciT = iC 50±uciTIrs这是第一次。在某些情况下，这些分子也已由其他人测试过该病毒的抗病毒活性，或者我们使用了感染SARS-COV-2的Calu-3细胞。结果表明，可以通过对这些蛋白酶进行有希望的活性来识别批准的药物，并且在某些情况下，我们或其他人已经验证了它们的抗病毒活性。将已知的激酶抑制剂作为靶向PL Pro的分子的附加鉴定可能提供新的重新利用机会或化学优化的起点。■简介
SARS-CoV-2 Mpro：肽模拟物的潜在靶点......
摘要：2020-2021 年，新型冠状病毒 SARS-CoV-2 引发的 COVID-19 大流行失控蔓延，是历史上最具破坏性的事件之一，对全世界人口的健康、经济体系和生活习惯产生了重大影响。虽然目前一些有效的疫苗已获批准并广泛使用，但由于冠状病毒迅速变异，全球已发现多种 SARS-CoV-2 变种，这种干预措施的长期有效性和安全性一直受到争议。当时，世卫组织关于预防 COVID-19 严重临床并发症的主要建议仍然主要基于保持社交距离和限制人际交往，因此寻找新的靶向药物成为当务之急。已经提出了几种策略来对抗这种病毒感染，包括重新利用已批准用于治疗 HIV、HCV 和 EBOLA 等的 FDA 药物。在评估的化合物中，冠状病毒主要蛋白酶 (M pro ) 的抑制剂正成为越来越有希望的候选药物。M pro 在
计算机模拟药物再利用，靶向 SARS-CoV-2 Mpro
图 1 (a) C α 均方根偏差图，(b) 最后 100 纳秒的平均 RMSD 值。接下来，对最后 100 纳秒轨迹进行聚类分析（图 2），并得出代表性
SARS-COV-2 MPRO抑制剂Ibuzatrelvir是底物，但不是诱导剂，也不是CYP3A的抑制剂
•研究1：分配给治疗的参与者：14，男性（71.4％），平均年龄：45.1（27-58）年。•研究2：分配给治疗的参与者：12，男性（66.7％），平均年龄：38.7（25-50）年。•所有治疗方法都是安全的，并且通常耐受性良好。•与多剂量的ibuzatrelvir共同管理或单独施用时，咪达唑仑血浆暴露相似。•iBuzatrelvir auc inc和c Max的调整后几何平均值的测试/参考比率分别为Itraconazole（测试）和单独给药（参考），分别为212.83％和124.35％（图2，表2）。ibuzatrelvir平均T½的平均值几乎翻了一番，当ibuzatrelvir与itraconazole共同管理（10.92小时），而Ibuzatrelvir单独管理（5.502小时）。
在计算机药物中重新利用青霉素靶向SARS-COV-2 的主要蛋白酶mpro
摘要背景：SARS冠状病毒-2（SARS-COV-2）感染引起新型冠状病毒病（Covid-19）。这是一种呼吸道感染，目前在全球范围内成为大流行，影响了超过500万人。到目前为止，尚无用于疾病管理的治疗或疫苗。主要蛋白酶，SARS-COV-2中的M Pro是许多科学家探索的可药物目标。我们使用众所周知的使用计算工具的药物重新利用方法来针对这一点。方法：Schrödinger软件用于研究。配体是通过将其导入使用LIGPREP优化的Maestro图形用户相间的大师图形用户中间，并使用OPLS3E力场最小化的分子几何形状来制备。m Pro Crystal结构6LU7从PDB下载并进行了优化。分子使用滑行对接中的Covdock模块对接。此外，使用Desmond模块对100 ns进行了分子动力学模拟。结果：在对接和分子相互作用研究中，青霉素通过形成亲水性，疏水性，静电相互作用而成为具有一致结合模式的命中。分子动力学模拟证实了相互作用。苯氧基甲基苯基霉素和卡替霉素的相互作用始终如一，并且似乎是最有前途的。结论：通常，由于抗性的发展，抗生素不愿在病毒大流行中使用。azithromycin与羟氯喹结合使用，以治疗COVID-19。青霉素对大多数细菌感染的有效和一线抗生素。这项研究表明苯氧基苯甲酰甲基霉素和卡替霉素可以与羟氯喹一起尝试。此外，这项研究显示了使用计算机辅助的对接工具和β-内酰胺在Covid-19中的潜在作用的药物重新利用的探索。
针对 SARS-CoV-2 主要蛋白酶 Mpro 的凝血调节剂用于治疗 COVID-19：一种计算机模拟方法
PyRx-virtual 筛选工具用于与协议对接：（i）检查 SARS-CoV-2 Mpro 蛋白质结构（PDB 6Y2E）中缺失的原子、键和接触，去除水分子并使用以下参数进行能量最小化，力场：Amber ff14SB，最陡下降步长：100，最陡下降步长：0.02 Å，共轭梯度步长：10，共轭梯度步长：0.02 Å，使用 Chimera 版本 1.14 上的分子建模工具包 (MMTK) 包。（4）该最小化结构用作对接分析的受体。（ii）将最小化结构保存为 pdb 文件并导入 PyRx 软件。（iii）配体也以 pdb 格式导入。Autodock Tools 模块用于生成 pdbqt 输入文件。 (iv) 使用 Autodock Vina 算法对选定的配体进行对接。在 Autodock Vina 中，网格框设置为覆盖 Mpro 的活性位点，其尺寸为 Å：中心 (x, y, z) = (-16.46, -26.70, 1.58)，尺寸 (x, y, z) = (23.34, 19.09, 10.98)。然后以 8 的详尽度运行对接模拟。使用 Autodock Vina 模块内置评分功能预测的最低结合亲和力分数 (kcal/mol) 评估对接结果。
利用基于结构的方法通过片段支架生长来靶向主要蛋白酶 (Mpro、nsp5)
摘要：SARS-CoV-2 (SCoV2) 的主要蛋白酶 M pro ，nsp5，是其最具吸引力的药物靶点之一。在这里，我们报告了使用核磁共振波谱 (NMR) 对四个不同文库进行的初步筛选数据，以及对从这些文库中获得的有希望的含尿嘧啶片段 Z604 的详细后续合成。Z604 显示出时间依赖性的结合。其抑制作用对还原条件敏感。从 Z604 开始，我们合成并表征了 13 种通过片段增长策略设计的化合物。每种化合物都通过 NMR 和/或活性测定进行表征，以研究它们与 M pro 的相互作用。这些研究产生了四臂化合物 35b，它可直接与 M pro 结合。35b 可以与 M pro 共结晶，揭示其非共价结合模式，从而填充所有四个活性位点亚口袋。在此，我们描述了 NMR 衍生的片段到命中管道及其在开发 SCoV2 主要蛋白酶抑制剂的有希望的起点中的应用。■ 简介
利用分子对接靶向 Mpro 和 ACE2 进行针对 COVID-19 的天然化合物计算机筛选
摘要。– 目的：目前，冠状病毒 COVID-19 正在全球范围内迅速传播，由于市场上没有有效的疫苗或药物，其控制非常困难。这种病毒可以感染动物和人，并引起呼吸道疾病。世卫组织已宣布冠状病毒为大流行病，全世界都在与冠状病毒作斗争。全球已有超过 199,478 人确诊感染 COVID-19。截至 2020 年 3 月 18 日，已有 167 多个国家受到影响，报告死亡人数超过 8000 人。受影响的主要国家是中国，其次是意大利、伊朗、西班牙、法国和美国。材料和方法：由于目前尚无针对冠状病毒的有效药物，我们对植物化学物质进行了虚拟筛选，以寻找针对这种病毒的新型化合物。因此，我们创建了一个植物化学库，其中包含来自 11 种植物的 318 种植物化学成分，这些成分已被报道具有抗病毒、抗菌和抗真菌活性。对植物化学库进行了虚拟筛选，筛选的分子靶点包括主蛋白酶 (Mpro) 和血管紧张素转换酶 2 (ACE2)。结果：从每个靶点中选出前 10 种化合物，这些化合物与参考分子相比具有更好的结合能，并且结合能明显更低。结论：根据结合能得分，我们建议对这些化合物进行抗冠状病毒测试，并用于开发有效的抗病毒药物。
SARS-CoV-2 主要蛋白酶 Mpro 通过裂解脑内皮细胞中的 NEMO 引起微血管脑病理
6 德国法兰克福大学心肺研究所 (CPI) 心血管再生研究所。7 德国法兰克福大学医学病毒学研究所。8 德国吕贝克大学实验皮肤病学研究所。9 德国吕贝克大学心脏遗传学研究所。10 法国里尔大学里尔感染和免疫中心、INSERM U1019、CNRS UMR 9017、里尔大学、CHU Lille、里尔巴斯德研究所。11 德国汉堡-埃彭多夫大学医学中心医学微生物学、病毒学和卫生研究所。12 大学。里尔，法国里尔国家健康与医学研究院，里尔中央医院，神经内分泌脑发育和可塑性实验室，里尔神经科学与认知中心，UMR-S 1172，DISTALZ，EGID，里尔，法国。13 德国哥廷根大学医学中心神经病理学研究所。14 德国哥廷根大学生物网络动力学校园研究所。15 德国哥廷根马克斯普朗克实验医学研究所。16 德国吕贝克德国肺脏研究中心 (DZL) 成员北方气道研究中心。17 德国吕贝克大学解剖学研究所。18 瑞士巴塞尔罗氏创新中心罗氏制药研究与早期开发 (pRED)。19 德国汉堡汉堡-埃彭多夫大学医学中心神经病理学研究所。 20 科隆大学遗传学研究所，科隆，德国。21 汉堡-埃彭多夫大学医学中心法医学研究所，汉堡，德国。22 赛诺菲罕见及神经疾病研究中心，弗雷明汉，马萨诸塞州，美国。23 圣地亚哥-德孔波斯特拉大学-卫生研究所 CIMUS 生理学系，圣地亚哥-德孔波斯特拉，西班牙。