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World File Search SystemMerfish
Xindi Son，Ph.D。Xindi Son，Ph.D。
•细胞培养：原发性和3D培养，增殖和细胞毒性测定，肠道细胞培养•免疫学技术：ELISA，ELISA，流式细胞仪，FACS，FACS，免疫组织化学•显微镜检查：共焦，明亮领域，2-光子共摄影显微镜•分析技术：分析技术：HPLC，FPLC，FPLC，FPLC，fpa，skta，rc，lc，lc，lc，akta，lc，lc rc，lc，lc rc，lc rc，lc，rc，lc，rc，rc，lc，rc，rc，rc，lc ta，lc ta，厌食症菌群培养，16S rRNA测序，荧光原位杂交•转录组学：单细胞RNA测序，空间转录组学（Merfish）出版物
新技术在CRISPR筛选上放置了空间镜头
传统的放大方法与指南RNA的分子不适应，因此第一作者和前博士后研究员LoϊcBinan制定了一种创新的策略，以在其原始站点生成每个指南RNA的许多本地副本。通过将其与称为Merfish的基于荧光的空间转录组方法结合起来，在空间环境中，witturb-fish可以揭示每个扰动的身份和细胞的转录组。
YCGA样本支持信
耶鲁大学基因组分析中心（YCGA）是最先进的DNA测序中心。这种全服务设施使用各种技术使用最新技术提供微阵列和下一代DNA序列（NGS）分析服务。该中心大约占据7000平方米ft。实验室空间，并具有两个Illumina Novaseqs，一个是Pacbio Sequel II，Element Aviti和Illumina Miseq测序系统。YCGA还使用了四年多的牛津纳米孔单分子技术。使用YCGA的NGS产生了1000多个出版物，其中包括科学，自然和细胞等高影响力期刊中的60多种文章。YCGA在单细胞和空间技术方面具有丰富的经验。我们为基因表达，pip-seq，scatac-seq和Multi-omics的基因表达准备的10x库准备提供了常规服务。我们还使用森林，库里奥，10倍xen，纳米弦COSMX，Atlasxomics空间ATAC-SEQ和MERFISH具有丰富的空间转录组学经验。YCGA提供了许多使用Cut和Tag，Atac-Seq和HIC研究细胞表观遗传方面的服务。我们为这些服务提供技术咨询，图书馆准备，排序和数据分析。
Guizhen Zhao，博士 维护数字时代的运输网络安全
我的研究重点是阐明心血管疾病（CVD）中血管细胞的代谢和表观遗传（“代谢性概率”）特性并探索潜在的药物靶标。我对该领域做出了值得注意的贡献，包括首次使用单细胞RNA测序技术来揭示腹主动脉瘤（AAA）中的血管细胞异质性，这在心脉液中的评论中被强调。在我最近发表在JCI和ATVB上的研究中，我对CVD（特别是AAA）的表观遗传机制提供了更深入的了解。这些发现表明，将表观遗传疗法用于血管疾病的潜力。此外，我还产生了一种新型的诱导型MYH11-CREER T2-P2A敲入小鼠模型[以下出版物（2）]，从而在雄性和雌性小鼠的血管平滑肌细胞中可以精确的基因敲除。我还开创了在血管研究中的先进空间转录组技术（即Seq-Scope和Merfish）的使用。我的工作不仅建立了强大的方法论，而且还证明了这些技术在人类和小鼠模型中与血管疾病相关的空间细胞本体学方面的可行性。我的实验室已广泛使用动物模型，遗传和表观遗传学方法，包括大量RNA-Seq，单细胞RNA-Seq，Chip-Seq和ATAC-Seq，空间转录组学和代谢组学的Chip-Seq和ATAC-Seq进行的染色质访问性分析。使用这些跨学科的方法，我有信心揭示细胞在当地环境中的复杂相互作用，阐明了驱动CVD进展的代谢性象征性的复杂性，并建立了大部分心脏代谢领域中的跨学科协作。
大脑研究促进幸福
哺乳动物的大脑由数百万到数十亿个细胞组成，这些细胞被组织成具有特定空间分布模式和结构与功能特性的众多细胞类型。了解大脑功能的一个重要步骤是获得大脑的零件清单，即细胞类型目录。我们最近为整个成年小鼠大脑创建了一个全面且高分辨率的转录组和空间细胞类型图谱。该细胞类型图谱结合了两个单细胞水平、全脑规模的数据集：一个约 400 万个细胞通过 QC 的单细胞 RNA 测序数据集，以及一个约 430 万个细胞使用 MERFISH 的空间解析转录组数据集。该图谱按层次结构组织成四个嵌套分类级别：34 个类、338 个子类、1,201 个超类型和 5,322 个簇。我们系统地分析了整个大脑的神经元、非神经元和未成熟神经元细胞类型，并确定了每种细胞类型的转录组身份和空间特异性之间的高度对应性。研究结果揭示了不同脑区细胞类型组织的独特特征、脑内不同细胞类型神经递质和神经肽（共）表达模式的非凡多样性和异质性，以及定义脑各部分细胞类型的组合转录因子代码。随着这一基准参考图谱的完成，我们现在开始探索可以利用哪些细胞类型特征来获取遗传信息并开发新的细胞类型靶向工具，这些细胞类型在发育过程中如何从共同的祖细胞中产生，以及哪些细胞类型易受衰老等过程的影响。最后，我们可以整合来自小鼠的所有这些数据，以确定小鼠生命周期内的细胞类型图谱，并与来自其他物种的数据整合，以回答有关进化和细胞类型规范的问题。