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环境DNA（EDNA）12S元编码PCR方案（使用铂Superfi II TAQ）
1。在密歇根州立大学的研究技术支持机构（RTSF）上进行了二级扩增和NGS。将每种纯化的原代PCR产物的20μL等分试样送到MSU的RTSF基因组核心，以用于临时PCR扩增，该引物针对主要PCR产物的CS1/CS2末端，并添加了双重索引，具有双重指标的，光明的，光明的兼容型适配器与酒吧尺度。
使用粪便DNA metabarcoding
表和图表的列表表1：本研究中使用的麻雀粪便样品数量。原始计数是从每个站点收集的粪便样本数量。每个麻雀物种的数量是通过现场通过质量控制的样品数量。过滤计数是完整数据集中每个站点的粪便样本的最终数。图1：通过读取深度在每个麻雀粪便样品中观察到的ASV的丰富度的稀疏曲线。图2：观察到的ASV丰富度的稀疏曲线，用于总读数少于2,000的粪便样品。图3：用于比较羊膜麻雀的同胞和同种异体饮食的地点。同种异体位点被鉴定为一个主要物种，而两种物种相似的位点被分类为这些物种的同胞。仅显示收集弹药样品的位置。图4：发生的频率或存在猎物分类子的粪便样品百分比，在六种麻雀种类的班级水平上。图5：六种潮汐沼泽麻雀物种饮食中猎物类别的发生百分比。发生的百分比表示每个物种的每个猎物分类群中所有发生的粪便样品中所有发生的百分比。麻雀物种按降低盐沼泽的顺序排列：海边麻雀（SESP），盐玛斯麻雀（萨尔斯），尼尔森的麻雀（NESP），沼泽麻雀（SWSP），Song Sparrow（SOSP）和Savannah Sparrow（Savannah Sparrow（Savs）。仅显示了12个最常见的订单。图6：猎物分类群的平均相对阅读丰度（RRA）在班级六种潮汐沼泽麻雀的饮食中。rra表示每个粪便样品中猎物分类读的百分比，在每个物种的所有样品中平均。麻雀物种按降低盐沼泽的顺序排列：海边麻雀（SESP），盐玛斯麻雀（萨尔斯），尼尔森的麻雀（NESP），沼泽麻雀（SWSP），Song Sparrow（SOSP）和Savannah Sparrow（Savannah Sparrow（Savs）。图7：出现的频率，或存在猎物分类子的粪便样品百分比，在所有六种麻雀种类的订单水平上。
atoplex metabarcoding库准备用户手册
ATOPLEX METABARCODING用户手册为MGI定制产品平台上的测序进行多个PCR扩增提供了指导。荟萃编码通常用于物种分类，丰度分析和各种生物样品的比较研究。The barcodes frequently used for biodiversity assessment include prokaryotic 16S ribosomal DNA (for bacteria and archaea), eukaryotic 18S ribosomal DNA (for diverse eukaryotes such as plants, protists, and fungi), eukaryotic ITS ribosomal DNA (for fungi), mitochondrial COI gene (for a wide range of eukaryotes including animals and生物）和线粒体12S DNA（专门针对鱼）。This user manual is only applicable to the use of the library construction products described in this document: ATOPlex 16S V3V4 rDNA Primer Pool, ATOPlex 18SV4 rDNA Primer Pool, ATOPlex ITS1 rDNA Primer Pool, ATOPlex COI mtDNA Primer Pool, ATOPlex Ac12S mtDNA Primer Pool, ATOPlex MiFish Primer Pool, and ATOPlex DNA Dual Barcode Library Preparation测序套件。
升级生物多样性监测：元法估计，来自德国不适陷阱的31,846种昆虫物种
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经同行评审认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2024年1月26日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2023.05.04.539402 doi：Biorxiv Preprint
Android申请自动空手道KATA培训
抽象是一种有效的方法，用于快速分析物种关系，物种组成，以及与性状数据库（社区生物多样性的功能元素）结合使用，是DNA metabarcoding。传统的评估物种丰富度和丰度的方法受到分类识别的限制，可能会损害或破坏栖息地，并可能依靠使得难以找到小型或难以捉摸的物种的技术，从而对整个社区进行了估计。通过使用高通量测序（HTS）技术，该技术可以对与环境和社区样本收集的DNA条形码相关的数据进行顺序和提取数据。一种称为Metabarcoding的不断发展的技术利用了大量的DNA条形码序列和改进的DNA测序技术的吞吐量。脊椎动物饮食的分析是DNA元法编码最早的应用之一，该技术对于理解植物 - 授粉关系仍然有效。DNA研究的范围受到环境DNA降解的限制，尤其是在温暖的热带地区，经常仅存在很少的遗传物质残余物。DNA metabarcoding是一种仍在开发中的新技术。随着技术的发展和协议变得更加标准化，可以预期该方法将持续一段时间。元法编码预计将成为监测生态学和全球保护研究的关键工具，因为它得到了改进和更频繁的使用。关键字DNA元法编码，生物多样性，条形码，EDNA，METABARCODING，HTS
使用...对混合样本进行 DNA 元条形码编码 - Aguirre Lab
牛津纳米孔 Flongle 简介：本方案描述了我们使用纳米孔 Flongle 进行 DNA 元条形码编码的方法。它涵盖了纳米孔测序和 DNA 元条形码编码的简要背景、我们为元条形码编码设计的引物、我们的 PCR 方法、纳米孔文库制备和样品加载以及使用 Ontbarcoder 应用程序进行的数据分析。牛津纳米孔测序：牛津纳米孔测序仪 1 是第三代实时长读测序仪，越来越受欢迎。它相对便宜（起价 1000 美元），小巧便携，可生成长读长（1000 个碱基对），并实时测序，这意味着您可以在测序反应进行时下载和分析序列数据。纳米孔测序的工作原理是检测 DNA 穿过纳米孔时流动池上纳米孔中电荷的变化。DNA 核苷酸（A、C、T、G）在穿过纳米孔时会以不同的方式改变电荷，因此机器可以根据孔电荷的变化确定 DNA 链的序列。 Flongle：纳米孔流动槽有两种类型，常规流动槽适用于大型项目（成本约为 1,000 美元），Flongle 2 流动槽适用于小型实验（每个流动槽成本约为 90 美元）。虽然 Flongle 流动槽成本不算太高，但对单个样本进行测序还是太贵了。常规 Sanger 测序每个样本的成本为 2-6 美元！因此，必须将样本汇集在一起进行测序，也就是说，将几个或多个样本一起装入单个 Flongle 流动槽中。为了稍后分离样本，需要用条形码标记样本，以便识别它们。DNA 宏条形码：DNA 条形码是使用参考序列来识别物种。对指定的条形码基因（传统上是线粒体 COI 基因）进行测序，然后将获得的序列与条形码序列数据库进行比较。DNA 宏条形码是指在单个测序反应中汇集许多个体，以使用 DNA 条形码识别物种。 Nanopore 测序仪可用于 DNA 宏条形码，并在一次测序运行中生成多个样本的序列。我们实验室中的 DNA 宏条形码：在我们的实验室中，我们使用带有 Flongle 流动槽的 Nanopore 测序仪进行 DNA 宏条形码。使用苯酚-氯仿 3 、Qiagen 4 甚至 Chelex 5（昆虫）方案提取 DNA。然后我们进行 PCR 以扩增 COI DNA 条形码基因（也可以使用其他基因，如 12S 和 16S 6 ），在琼脂糖凝胶上运行产物以查看如何
土壤环境DNA的元编码估计全球植物多样性
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