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World File Search SystemMetabarcoding
从环境DNA metabarcoding推断功能多样性
Aglieri，G.，Baillie，C.，Mariani，S.，Cattano，C.，Calò，A.，Turco，G.，Spatafora，D.，Di Franco，A.环境DNA有效地捕获了沿海鱼类社区的功能多样性。分子生态学，30（13），3127–3139。https://doi.org/10.1111/mec.15661 Albert，J。S.，Destouni，G.，Duke-Sylvester，S.M.，Magurran，A.E.（2021）。科学家对淡水生物多样性危机的人类警告。Ambio，50，85–94。https://doi.org/10.1007/s1328 0-020-01318 -8 Albert，J.S.，Tagliacollo，V.A。，＆Dagosta，F。（2020）。新热带淡水鱼的多样化。生态，进化和系统学的年度审查，51（1），27-53。https://doi.org/10.1146/annur ev- ecols YS-01162 0-031032 BELLEMAIN，E.，CARLSEN，T.，BROCHMANN，C.，COISSAC，COISSAC，E.它是真菌的环境DNA条形码：一种硅方法揭示了潜在的PCR偏见。BMC微生物学，10（189），189。https：// doi。org/10.1186/1471-2180-10-189 Boyer，F.，Mercier，C.，Bonin，A.，Le Bras，Y.，Taberlet，P。，＆Coissac，E。（2016年）。obitools：用于DNA ME- TABARCODING的UNIX启发的软件包。分子生态资源，16（1），176–182。https：//doi.org/10.1111/1755-0998.12428 Brosse，S.，Charpin，N.，Guohuan，S.，Toussaint，A.A.，Tedesco，P。和Villeger，S。（2021）。Fishmorph：淡水鱼形态特征的全球数据库。（2021）。全球生态和生物地理学，30，2330–2336。https://doi.org/10.1111/GEB.13395 Cantera，I.，Cilleros，K.，Valentini，A.，A.，A.，Dejean，A.，Dejean，T.，Iribar，A. 为热带流和河流中的鱼类库存优化环境DNA采样工作。 科学报告，9（1），3085 M.，Salguero-Gómez，R.，Vásquez-Valderrama，M。和Toussaint，A。 遍布整个生命树的全球功能多样性。 科学进步，7（13），EABF2675。 https://doi.org/10.1126/sciadv.abf2675 Cilleros，K.，Valentini，A. 使用环境DNA（EDNA）在高分化环境中解锁生物多样性和保护研究：圭亚那的测试https://doi.org/10.1111/GEB.13395 Cantera，I.，Cilleros，K.，Valentini，A.，A.，A.，Dejean，A.，Dejean，T.，Iribar，A.为热带流和河流中的鱼类库存优化环境DNA采样工作。科学报告，9（1），3085 M.，Salguero-Gómez，R.，Vásquez-Valderrama，M。和Toussaint，A。遍布整个生命树的全球功能多样性。科学进步，7（13），EABF2675。https://doi.org/10.1126/sciadv.abf2675 Cilleros，K.，Valentini，A.使用环境DNA（EDNA）在高分化环境中解锁生物多样性和保护研究：圭亚那的测试
从跨编码数据中预测生物地球化学周期的粗粒表示
抽象动机：由于DNA测序的进步，现在常规地进行了环境微生物群落的分类学分析。确定这些群落在全球生物地球化学周期中的作用需要鉴定其代谢功能，例如氢氧化，还原和碳固定。这些功能可以直接从宏基因组学数据中推断出来，但是在许多环境应用中，MetabarCoding仍然是选择的方法。从元法编码数据及其整合到地球化学循环的粗粒表示中，代谢功能的重建仍然是当今有效的生物信息学问题。结果：我们开发了一条称为Tabigecy的管道，该管道利用分类学官员来预测构成生物地球化学周期的代谢功能。在第一个步骤中，Tabigecy使用该工具Esmecata从输入液位中预测共识蛋白质组。为了优化此过程，我们生成了一个预先计算的数据库，其中包含来自Uniprot的2,404个分类单元的信息。使用BigeCyhmm搜索了共有的蛋白质组织，BigeCyhmm是一个新开发的Python软件包，依靠隐藏的Markov模型来识别参与生物地球化学周期代谢功能的关键酶。然后将代谢功能投射到周期的粗粒表示上。我们将塔博基（Tabigecy）应用于两个盐洞数据集，并通过对样品进行的微生物活性和水力化学测量结果验证了其预测。结果突出了研究微生物群落对地理化学过程的影响的方法。关键字：微生物群落，生物地球化学周期，代谢功能，分类学官员
MIEM 指南：报告环境元条形码数据的最低限度信息
环境 DNA (eDNA) 和 RNA (eRNA) 宏条形码已成为评估环境样本生物多样性的常用工具，但方法、数据和元数据的记录不一致使得结果难以重现和综合。一个科学家工作组合作制定了一套最低限度的报告指南，涵盖宏条形码工作流程的组成步骤，从实验室的物理布局到数据归档。我们强调报告数据和元数据套件应遵循可查找、可访问、可互操作和可重现 (FAIR) 数据标准，从而为评估和理解研究结果提供背景。概述了每个工作流程步骤的记录注意事项，然后在可随已发表的研究或报告一起提供的清单中进行了总结。确保工作流程透明且有记录对于可重现的研究至关重要，并且应允许更有效地将宏条形码数据纳入管理决策。
环境 DNA 条形码与基于等级的丰度 1 之间存在密切的关系
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。
土壤环境DNA的元编码估计全球植物多样性
瑞典乌普萨拉学会，纳比亚大学纳米比亚大学4个学院4学院，7058），墨西哥，墨西哥大学汽车大学，11个iLlow椅子。爱沙尼亚大学14号的爱沙尼亚，爱沙尼亚塔尔图17号
使用计算机视觉和DNA metabarcoding
。cc-by 4.0国际许可（未经Peer Review尚未获得认证）是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2024年9月4日。 https://doi.org/10.1101/2024.09.02.610558 doi：Biorxiv Preprint
使用粪便DNA metabarcoding
表和图表的列表表1：本研究中使用的麻雀粪便样品数量。原始计数是从每个站点收集的粪便样本数量。每个麻雀物种的数量是通过现场通过质量控制的样品数量。过滤计数是完整数据集中每个站点的粪便样本的最终数。图1：通过读取深度在每个麻雀粪便样品中观察到的ASV的丰富度的稀疏曲线。图2：观察到的ASV丰富度的稀疏曲线，用于总读数少于2,000的粪便样品。图3：用于比较羊膜麻雀的同胞和同种异体饮食的地点。同种异体位点被鉴定为一个主要物种，而两种物种相似的位点被分类为这些物种的同胞。仅显示收集弹药样品的位置。图4：发生的频率或存在猎物分类子的粪便样品百分比，在六种麻雀种类的班级水平上。图5：六种潮汐沼泽麻雀物种饮食中猎物类别的发生百分比。发生的百分比表示每个物种的每个猎物分类群中所有发生的粪便样品中所有发生的百分比。麻雀物种按降低盐沼泽的顺序排列：海边麻雀（SESP），盐玛斯麻雀（萨尔斯），尼尔森的麻雀（NESP），沼泽麻雀（SWSP），Song Sparrow（SOSP）和Savannah Sparrow（Savannah Sparrow（Savs）。仅显示了12个最常见的订单。图6：猎物分类群的平均相对阅读丰度（RRA）在班级六种潮汐沼泽麻雀的饮食中。rra表示每个粪便样品中猎物分类读的百分比，在每个物种的所有样品中平均。麻雀物种按降低盐沼泽的顺序排列：海边麻雀（SESP），盐玛斯麻雀（萨尔斯），尼尔森的麻雀（NESP），沼泽麻雀（SWSP），Song Sparrow（SOSP）和Savannah Sparrow（Savannah Sparrow（Savs）。图7：出现的频率，或存在猎物分类子的粪便样品百分比，在所有六种麻雀种类的订单水平上。
基于定量EDNA元法编码的生态指标：海洋储量的情况
在海洋生物多样性侵蚀的背景下，更好地了解过度捕捞的影响的需求脱颖而出。已经出现了新的遗传技术，例如环境DNA（EDNA）元法编码，并允许检测更广泛的物种，但仍未提供可靠的丰度估计以及随后的生态指标。在本文中，我们提出了MET Abarcoding和定量聚合酶链反应的组合，以获得每个物种EDNA分子的数量。这种方法用于内外六个无接收地中海海洋储备，以测量保护对鱼类物种的影响并建立新的指标。即使储量内部和外部的鱼类埃德纳分子的总数也没有差异，我们发现隐底鱼Edna与储量外部明显相关。基于这一观察结果，我们提出了一种新型的生态指标，即底栖鱼类埃德纳（Debra）（debra），利用EDNA的能力来检测经典调查通常会错过的隐底礁鱼。黛布拉内部储量的明显更高，反映出属于垂直于捕捞的层和塞氏鱼类的EDNA分子较高，因此它似乎是可靠的基于EDNA的人类压力指标。此外，黛布拉对栖息地或环境变化不敏感，并且不需要完整的EDNA序列参考数据库，因为如果可能和必要，它可以依赖于在属或家庭规模上分配的序列。
DNA对粪便样品的DNA metabarcoding用于评估牧场土地中无脊椎动物群落
监测粪便社区的传统方法是劳动和专业知识密集的，并且通常效率低下。最近，非侵入性环境DNA（EDNA）元法编码已被试用，用于粪便相关无脊椎动物的生物监测（Sigsgaard等。，2021年）。结果是有希望的，有几个官能团，并且生态关联很明显。在这里，我们使用类似的EDNA技术进行了一个小型试点项目，以评估使用牲畜粪便样品监测英国牧场的粪甲虫和更广泛的无脊椎动物社区。该项目的成功可以证明粪便无脊椎动物DNA调查的倾向，以监测土壤管理实践和再生耕作的影响，从而导致土壤生物多样性增加。
Edna元编码时间抽样策略对沿海生物多样性检测的影响
生物时间序列观测对于更好地理解生态过程并确定人类对海洋的影响至关重要（Ducklow等，2009；BáLint等，2018； Takahashi等，2023）。有效进行了有效的海洋监测计划，有时使用数十年来收集的时间序列（Fontaine and Rynearson，2023年）。环境DNA（EDNA）从水样品中进行的元法编码越来越多地用于监测沿海生物多样性并检测随着时间的推移生物群落的变化（Deiner等，2017； Mathieu等，2020）。现在，通过使用EDNA METABARCODING或其他生物分子技术（https://obon-ocean.orgean.org/about/），建立了诸如海洋生物分子观测网络（OBON）之类的程序，以通过全球规模的合作和长期研究来增强海洋生物监测。为了确定在不同的时间尺度和环境条件上是否存在稳定的，复发的EDNA检测，对环境中的埃德娜（Edna）如何随物种物候（例如，生命阶段，生殖和代谢）和物理过程（例如水动力学，温度，uv）（seymour，uv）（Seymour，2019; des souza; de 22; eve and and and 2016; eve; et e and; et e and and;这种知识对于对长期EDNA数据趋势的有意义解释也至关重要。越来越多的研究报告了EDNA检测峰在短季节内的窗口中，并将这种模式归因于生物学因素（Laramie等，2015; Sigsgaard等，2017; Stoeckle等，2017; Handley等，2019; Handley等，2019; 2019; Troth et al。，2021; 2021; Sevellec et al。虽然有几项研究报道了用埃德娜（Edna）检测到的社区的显着年度变化（Closek等，2019; Laporte等，2021; di Capua等，2021; Carvalho等，2024），2024年），很少有短期变量（Kelly et al。，2018 al。等人，2024年）以及自然的短期可变性如何影响我们解释沿海EDNA数据以评估社区结构随时间变化的能力。水的时间系列edna metabarcoding提供了沿海北极生物监测的重要潜力。北极海洋正经历着由物理转变驱动的深刻气候和相关的生物变化，包括海冰熔化，海温升高和运输活动增加（Garcia-Soto等，2021; Murray等，2024）。尽管对北极生物群进行测量的后勤挑战，其中许多是地方性的，但已经记录了海洋社区的快速变化（Post等，2009； Koenigstein，2020）。Edna Metabarcoding跨多个营养水平检测生物的能力使其成为这个广阔而偏远地区的宝贵工具（Lacoursière-Roussel等，2018； Leduc等，2019； Sevellec等，Sevellec等，2021； Geraldi等，Geraldi等，2024）。这种非侵入性方法也是生物监测海洋社区的最伦理方法之一，使其在敏感的北极地区特别有价值。为了充分表征生物多样性中的长期闪烁，我们仍然需要理解北极地区海洋生物多样性的季节性和季节性季节性模式。在这里，我们比较了使用加拿大北极丘吉尔港作为案例研究的不同时间抽样策略，以监测埃德娜的后生社区，目的是