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World File Search SystemMetabarcoding
使用DNA metabarcoding鉴定来自Kappaphycus alvarezii栽培地点的细菌成分，这些位点被印度尼西亚Sumbawa的Labuhan Sangoro感染了Ice-Ice
摘要。Labuhan Sangoro，位于印度尼西亚西努萨·坦加拉（West Nusa Tenggara）的萨利赫湾（Saleh Bay），是印度尼西亚西努萨（Nusa Tenggara）的摄政区，是用于种植海藻物种Kappaphycus alvarezii的地区之一。在2023年，由于冰冰疾病爆发，耕作活动造成了农作物衰竭。这一事件造成了农民的巨大劳动力和财务损失。怀疑生物学因素（细菌）在这种疾病的出现中起作用。因此，这项研究旨在（1）识别生活在水域中的细菌（冰冰感染的海藻种植地点）和（2）寻找负责引起冰冰疾病的潜在细菌。这项研究的目标是分子鉴定已知感染K. alvarezii的潜在细菌，从而导致该疾病。本研究中使用的方法是探索性描述性的。从4点收集样品（K. alvarezii栽培位置被冰冰感染）。每个点由2个深度（表面和底部水）表示。sampels分析采用元法编码（EDNA）分析采用与培养的方法。这种方法可用于检查环境样品中可用的基因组，从而允许鉴定更广泛的细菌种类。因此，这种方法提供了更大的机会发现引起冰冰疾病的潜在细菌。在这项研究中，已经全面理解了两个深度（表面和底水）的细菌组成。和伪胞虫sp。负责在有机物分解，营养回收，支持初级生产和维持生态系统平衡中重要作用的主要门是蓝细菌和蛋白质细菌。K。Alvarezii培养中的冰冰疾病与某些细菌物种（如Vibrio spp）有关。在采样位置也发现了。关键词：环境DNA，Ice-Ice病，K。Alvarezii，海洋细菌，萨利赫湾。
DNA metabarcoding在极夜间揭示了北极两亲植物的多样性，杂食饮食，果冻鱼和鱼作为主要猎物
简介：目前，北极海洋生态系统正在目睹全球最快的身体变化，导致全球和底栖群落和食品网络结构发生转变，这与引入北方物种有关。凝胶状浮游生物或果冻鱼代表了一个特定的一组，其中几种北方物种容易经历显着的极点范围的扩张，并且在持续变化的过程中，北极的种群增加。从历史上看，果冻被认为是一种营养的死胡同，但是使用现代工具的越来越多的研究强调了它们作为海洋食品网中主要猎物的作用。在这项研究中，我们旨在验证果冻和其他后生动物作为北极夜间食品网络中的食物来源的作用，而骨髓资源有限。
高通量 DNA 条形码技术用于测定禁食期间圈养极度濒危马来虎 (Panthera tigris jacksoni) 的肠道微生物组
马来虎 ( Panthera tigris jacksoni ) 是马来西亚半岛的极度濒危物种。为了模拟老虎不每天捕猎的野外环境，许多野生动物保护区并不每天喂食老虎。然而，禁食对圈养马来虎肠道菌群的影响仍然未知。这项研究旨在通过比较禁食和正常喂养条件下圈养马来虎的微生物群落来表征其肠道菌群。这项研究是在马来西亚半岛的马六甲动物园进行的，马来虎每周一禁食。总共收集了 10 个马来虎粪便样本、2 个孟加拉虎（外群）和 4 个狮子（外群）的粪便样本，并进行了针对 16S rRNA V3-V4 区域的宏条形码分析。总的来说，我们在马来虎样本中确定了 14 个门、87 个科、167 个属和 53 种肠道微生物组。本研究发现的潜在有害细菌属包括梭杆菌、拟杆菌、狭义梭菌 1、
DNA提取和采样方法对通过冷烟鲑和加工植物表面监测的细菌群落的影响
AurélienMaillet，AgnèsBouju-Albert，Steven Roblin，PaulineVaissié，SébastienLeuillet等。dna提取方法和采样方法对细菌群落的采样方法和采样方法，受16s rdna Metabarcoding在冷salmokeped salmon and Processing salmon and Processing surfaces中监测的细菌群落。食品微生物学，2021，95，pp.1-10。10.1016/j.fm.2020.103705。hal-03492706
使用 DNA 宏条形码识别印度尼西亚松巴哇岛拉布汉桑戈罗地区受冰冻感染的长吻卡帕藻养殖点水中的细菌组成
摘要 。拉布汉桑戈罗位于印度尼西亚西努沙登加拉省松巴哇县萨利赫湾，是为种植海藻品种卡帕藻而开发的地区之一。2023 年，由于冰冻病的爆发，种植活动遭遇了作物减产。这一事件给农民造成了重大的劳动力和经济损失。人们怀疑生物因素（细菌）在这种疾病的出现中发挥了作用。因此，本研究旨在 (1) 识别水中的细菌（冰冻感染的海藻养殖场）和 (2) 寻找可能导致冰冻病的细菌种类。本研究的目标是从分子水平上鉴定已知感染 K. alvarezii 并导致该疾病的潜在细菌种类。本研究中使用的方法是探索性描述性的。从 4 个点（被冰冻感染的 K. alvarezii 养殖地点）采集样本。每个点由 2 个深度（表面和底层水）表示。样品分析采用了一种基于宏条形码 (eDNA) 分析的不依赖培养的方法。这种方法可用于检查环境样品中的基因组，从而可以鉴定出更广泛的细菌种类。因此，这种方法为发现可能导致冰冰病的细菌种类提供了更大的机会。在这项研究中，全面了解了两个深度（表面和底层水）的细菌组成。负责有机物分解、营养物循环、支持初级生产和维持生态系统平衡的重要作用的主要门是蓝藻和变形菌。K. alvarezii 培养中的冰冰病与某些细菌种类有关，例如在采样地点还发现的弧菌属和假交替单胞菌属。关键词：环境 DNA、冰冰病、K. alvarezii、海洋细菌、萨利赫湾。
粪便DNA元法编码显示可靠的短期猎物检测，并解释了两个北极熊亚群的肠道微生物组的变化
摘要：这项研究开发并评估了DNA元法编码，以鉴定East Greenland（EG）（EG）和Southern Beaufort Sea（SB）Polars Polars Maritimus在2015年春季采样的pinniped和Cetacean Prey DNA的存在。在所有样品的一半（49/92）中检测到猎物DNA，并且在检测到响起的密封pusa hispida是主要的猎物，在Eg的100％（22/22）中鉴定出Eg的100％（22/22），SB北极熊样品的81％（22/27）鉴定出具有猎物DNA的SB北极熊样品。胡须的密封barbatus dna，检测到猎物DNA。猎物DNA检测频率和相对可怕的频率与SB北极熊子集的定量脂肪酸签名分析（QFASA）的估计进行了比较。环形密封和胡须密封是两种方法都确定的主要猎物，但Qfasa还鉴定出了猎物DNA未发现的2个鲸类猎物。DNA元法编码与QFASA结果的差异可能与每种方法捕获的不同饮食时间尺度有关，即短期与长期饮食。 猎物DNA检测，性别/年龄类别和亚群显着解释了北极熊肠道细菌相位的变化。 检测到的具有猎物DNA的北极熊样品与细菌类梭状芽胞杆菌和杆菌的丰富性较高以及否定性较低的含量有关。 因此，粪便DNA metabarcoding可用于识别北极熊的近期猎物，补充定量和可能的长期QFASA估计，并可能有助于了解北极熊肠肠肠微生物组的变化。短期与长期饮食。猎物DNA检测，性别/年龄类别和亚群显着解释了北极熊肠道细菌相位的变化。检测到的具有猎物DNA的北极熊样品与细菌类梭状芽胞杆菌和杆菌的丰富性较高以及否定性较低的含量有关。粪便DNA metabarcoding可用于识别北极熊的近期猎物，补充定量和可能的长期QFASA估计，并可能有助于了解北极熊肠肠肠微生物组的变化。关键词：饮食组成·DNA元法量·QFASA·脂肪酸特征·海洋哺乳动物·基因组学·北极海洋生态
使用DNA metabarcoding识别存档的昆虫样品：使用长期Rothamsted昆虫调查的案例研究
Martius，C。，Zlinszky，A.将地球观测与高通量生物多样性数据联系起来。自然生态与进化，1（7），1-9。https：//doi。org/10. 1038/s4155 9-017-0176 Callahan，B.J.，McMurdie，P.J。，＆Holmes，S。P.（2017）。精确序列
通过DNA metabarcoding检测不可见的：胶状分类群在两个南极钥匙石鱼（notothioidei）饮食中的作用
资助信息国民局Antartico Antartico Instituto Argentino的国家局，赠款/奖励号：Picta 0100； Alfred Wegener Institute Helmholtz极地和海洋研究中心，授予/奖励号：VH-NG-1400； Deutsche Forschungsgemeinschaft，赠款/奖励号：HA 7627/3-1和LE 2323/11-1；科学和技术研究基金，赠款/奖励编号：PICT 2018-03310 Res.401/19
环境DNA（EDNA）检测地下和水生侵入性物种的应用：对Edna metabarcoding
世界正在努力解决毁灭性的生物多样性丧失，这不仅影响着珍贵的物种的灭绝和不可替代的遗传变异，而且危害了人们的粮食生产，健康和安全。所有旨在保护生物多样性的举措在很大程度上依赖于对物种和人群的监测，以获得准确的空间模式和整体人口评估。传统的监测技术，例如视觉调查和计数个体，由于识别隐性物种或不成熟的生命阶段的挑战，这是有问题的。环境DNA（EDNA）是一项相对较新的技术，具有更快，无创和具有成本效益的工具，以监视生物多样性，保护和管理实践。edna是从古老和现在的材料中提取的，其应用范围从单个物种到整个生态系统的研究。在过去的几年中，Edna在与生态保护和保护有关的研究中的使用情况大大增加。但是，仍然需要解决一些技术问题。为了减少当前Edna技术产生的假阳性和/或假阴性的数量，有必要在过程的每个阶段改进和优化校准和验证。非常需要更多关于EDNA使用的物理和生态限制及其合成，当前状态，预期寿命和潜在运动模式的信息。由于EDNA研究的广泛使用，评估这些研究的程度和广度也至关重要。在本文中，我们严格审查了埃德娜在地下和水生入侵物种中的主要应用。通过此评论，读者可以更好地了解Edna Metabarcoding的挑战和局限性。
