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在环境DNA方法中的最新数据分析用于其适用于可持续的薄壁炉管理
使用海洋环境DNA（EDNA）方法进行的越来越多的研究通过帮助和简化评估被剥削的人群和生态系统状况所需的一些劳动密集型传统调查，显示了其在海洋渔业管理中的潜在应用。Edna接近（即 metabarcoding and Targeed）可以通过提供有关物种组成的信息来支持基于生态系统的薄片管理；侵入性，稀有和/或濒危物种的监视；并提供物种丰度的估计。 由于这些潜在用途和保护科学的潜在用途，在过去几年中，在海洋栖息地中应用EDNA方法的研究数量有所扩大。 但是，在应用管道进行数据分析时，整个研究缺乏一致性，这使得结果很难比较它们。 这种缺乏一致性的部分原因是在原始序列数据的管理中知识不足以及允许比较结果的分析方法引起的。 因此，我们在这里审查EDNA数据处理和分析的基本步骤，以获得声音，可重现和可比的结果，从而提供了一组对每个步骤有用的生物信息学工具。 总的来说，本评论介绍了EDNA数据分析的艺术状态，以促进可持续性的盗版管理中的全面应用。Edna接近（即metabarcoding and Targeed）可以通过提供有关物种组成的信息来支持基于生态系统的薄片管理；侵入性，稀有和/或濒危物种的监视；并提供物种丰度的估计。由于这些潜在用途和保护科学的潜在用途，在过去几年中，在海洋栖息地中应用EDNA方法的研究数量有所扩大。但是，在应用管道进行数据分析时，整个研究缺乏一致性，这使得结果很难比较它们。这种缺乏一致性的部分原因是在原始序列数据的管理中知识不足以及允许比较结果的分析方法引起的。因此，我们在这里审查EDNA数据处理和分析的基本步骤，以获得声音，可重现和可比的结果，从而提供了一组对每个步骤有用的生物信息学工具。总的来说，本评论介绍了EDNA数据分析的艺术状态，以促进可持续性的盗版管理中的全面应用。
硅藻 DNA 条形码的鉴定
硅藻序列的总体多样性比使用显微镜通过物理特征识别的硅藻物种的多样性高出约三分之一。这可能是因为每种物理类型都有多个条形码序列，例如隐藏的多样性或物种内的差异。元条形码非常敏感（Keck 等人，2017 年），甚至可以比使用显微镜的传统方法更好地发现稀有生物。池塘测深仪样本中有十一 (11) 种硅藻非常丰富。对于这些硅藻，条形码序列的确定性很高（表 1），但样本的整体多样性很高，很难将低丰度硅藻物种与其条形码清楚地匹配。
Halogeton和Grease Wood在牛和绵羊中毒
摘要摘要Halogeton（Halogeton glomeratus）是一种快速增长的植物，而Greasewood（Sarcobatus vermiculatus）是西方国家的多年生灌木。草酸盐是卤素和润滑脂中的有毒原理。当允许饥饿的动物在卤素和润滑脂的重型林木林中放牧时，大多数损失会发生。Halogeton和Greasewood总是很危险，随着生长季节的发展而变得更具毒性。在这里，我们报告了牛和绵羊中的两个卤素和油脂中毒的临床病例。在组织学上，在牛的肾脏中观察到草酸盐晶体，绵羊与草酸盐中毒一致。使用气相色谱型电离检测（GC-FID）在瘤胃含量中检测到草酸盐。最后，使用DNA metabarcoding在中毒的牛和绵羊的瘤胃中检测到卤素和润滑脂。总而言之，在这些情况下，使用了多种证实证据来诊断草酸盐中毒的诊断。
α-淀粉酶抑制剂作为治疗糖尿病的候选
开发诊断方法，以准确评估治疗对岩石杆菌殖民化的影响，这是对保护文化遗产纪念碑的挑战。在这项研究中，我们使用双重态策略在短期和长期的长期和长期测试了基于生物剂的处理对多洛斯酮采石场微生物定植的效率。，我们应用了一种元编码方法来表征真菌和细菌群落，并与显微镜技术集成在一起，以分析微生物与底物的相互作用并评估有效性。这些群落以细菌状态静脉细菌，蛋白质细菌和蓝细菌以及真菌秩序列兰加利亚菌群为主，其中包括先前报道为生物分泌剂的分类单元，并在此处观察到与生物递送过程相关。处理后，随着时间的流逝，丰富的fro填充物随时间变化取决于分类单元。虽然蓝细菌，细胞吞噬和ver列列ciales的丰度减少，但其他群体，例如溶球杆菌，热粒子和胸腺孢子虫增加。这些模式不仅可以归因于生物剂对不同分类单元的特异性影响，而且还可以归因于这些生物的不同再殖民能力。对治疗的不同敏感性可能与不同分类单元的固有细胞特性有关，但是可能涉及杀生物剂对内尔石器时代微生境的差异。我们的结果揭示了去除癫痫定殖的重要性，又是应用杀菌剂以对内石器时代形式作用的重要性。殖民过程也可以解释一些依赖分类群的反应，尤其是在长期中。分类群显示出耐药性，以及在处理后以细胞碎片形式积累的营养积累的那些分类群，可能在殖民处理的区域具有优势，这表明需要长期监测广泛的分类单元。这项研究强调了结合元法编码和显微镜结合的潜在效用，以分析处理和设计适当的策略以打击生物降级和建立预防性保护方案的效果。
特刊
微孢子虫是债务性的细胞内寄生虫，由于其巨大但低估的多样性，无处不在的动物病原体和与宿主细胞的紧密相互作用，它们越来越被认为是21世纪的寄生虫。它们代表了具有降低功能和收缩基因组的最小真核细胞的独特模型，以及代表几代生物学家的进化难题和分类绊脚石。作为有害节肢动物的病原体，微孢子虫是农业和森林害虫或疾病载体，将注意力吸引为生物防治剂，但应考虑其在无脊椎动物和脊椎动物宿主之间切换的危险能力来治疗。作为有益节肢动物，鱼类，哺乳动物和人类的微孢子虫病药物，微孢子虫需要从诊断，预防和治疗的角度进行周到的检查。关键字：Microsporidia;微孢子虫病；生物多样性；分类学；分子系统发育；生命周期；主机范围；微生物害虫控制；诊断； metabarcoding;疾病预防和治疗
伊迪丝：河网络中环境DNA的模型运输
描述运行伊迪丝（Edith）（环境DNA整合传输和水文学）模型，该模型在河网尺度上实现了环境DNA（EDNA）运输的质量平衡，并与物种分布模型相结合以获得物种分布的地图。Edith可以与EDNA浓度（例如，通过定量聚合酶链反应获得）或元法编码（读取计数）数据一起使用。参数估计可以通过贝叶斯技术（通过'Bayesiantools'软件包）或优化算法执行。提供了“ DHARMA”软件包的接口，用于后验预测检查。参见Carraro和Altermatt（2024）有关包装简介； Carraro等。（2018）和Carraro等。（2020）用于方法论细节。
Edna研讨会议程2023
11:00-11：45：计划，抽样和理解您的结果。 艾莉森·瓦茨（Alison Watts），新罕布什尔大学。 11:45-13：00：在您自己的13：00-13：30上午餐：使用环境DNA MetabarCoding评估Chesapeake湾的脊椎动物生物多样性。 劳伦·罗德里格斯（Lauren Rodriguez），因斯布鲁克大学。 13:30-14：00：使用Edna对底栖大型无脊椎动物进行采样的见解。 罗伯特·希尔德布兰德（Robert Hilderbrand），马里兰大学环境科学中心。 14：00-14：15：下午休息14：15-14：45：切萨皮克湾条形码倡议和无效的鱼监测。 Matthew Ogburn，史密森尼环境研究中心。 14：45-15：30：圆桌讨论和总结。 讨论以确定数据需求，方法论挑战，新应用程序，采购这些分析服务时要询问的问题。 15:30：休会11:00-11：45：计划，抽样和理解您的结果。艾莉森·瓦茨（Alison Watts），新罕布什尔大学。11:45-13：00：在您自己的13：00-13：30上午餐：使用环境DNA MetabarCoding评估Chesapeake湾的脊椎动物生物多样性。 劳伦·罗德里格斯（Lauren Rodriguez），因斯布鲁克大学。 13:30-14：00：使用Edna对底栖大型无脊椎动物进行采样的见解。 罗伯特·希尔德布兰德（Robert Hilderbrand），马里兰大学环境科学中心。 14：00-14：15：下午休息14：15-14：45：切萨皮克湾条形码倡议和无效的鱼监测。 Matthew Ogburn，史密森尼环境研究中心。 14：45-15：30：圆桌讨论和总结。 讨论以确定数据需求，方法论挑战，新应用程序，采购这些分析服务时要询问的问题。 15:30：休会11:45-13：00：在您自己的13：00-13：30上午餐：使用环境DNA MetabarCoding评估Chesapeake湾的脊椎动物生物多样性。劳伦·罗德里格斯（Lauren Rodriguez），因斯布鲁克大学。13:30-14：00：使用Edna对底栖大型无脊椎动物进行采样的见解。 罗伯特·希尔德布兰德（Robert Hilderbrand），马里兰大学环境科学中心。 14：00-14：15：下午休息14：15-14：45：切萨皮克湾条形码倡议和无效的鱼监测。 Matthew Ogburn，史密森尼环境研究中心。 14：45-15：30：圆桌讨论和总结。 讨论以确定数据需求，方法论挑战，新应用程序，采购这些分析服务时要询问的问题。 15:30：休会13:30-14：00：使用Edna对底栖大型无脊椎动物进行采样的见解。罗伯特·希尔德布兰德（Robert Hilderbrand），马里兰大学环境科学中心。14：00-14：15：下午休息14：15-14：45：切萨皮克湾条形码倡议和无效的鱼监测。 Matthew Ogburn，史密森尼环境研究中心。 14：45-15：30：圆桌讨论和总结。 讨论以确定数据需求，方法论挑战，新应用程序，采购这些分析服务时要询问的问题。 15:30：休会14：00-14：15：下午休息14：15-14：45：切萨皮克湾条形码倡议和无效的鱼监测。Matthew Ogburn，史密森尼环境研究中心。14：45-15：30：圆桌讨论和总结。讨论以确定数据需求，方法论挑战，新应用程序，采购这些分析服务时要询问的问题。15:30：休会
英国DNA工作组EDNA周，2022年1月
使用环境DNA在河流中发现了多营养生物多样性和食品卫生志术的时间模式。Communications Biology，5（1），1-11。https://doi.org/10.1038/ S4200 3-022-03216 -Z Boivin-Delisle，D.，Laporte，M.，Burton，F.，Dion，R.，Normandeau，R.使用环境DNA进行淡水鱼类群落的生物监测：与北方水力发电蓄水池中既定的gill-net调查进行了比较。环境DNA，3（1），105-120。https://doi.org/10.1002/edn3.135 Bruce，K.，Blackman，R.C.，Bourlat，S.J.，Hellström，M.，M.，Bakker，J.，Bista，I.，I.，Bohmann，I. Hänfling，B.，Leese，F.，Mächler，E.，Mahon，A.R.，Meissner，K.，Panksep，K。，…Deiner，K。（2021）。基于DNA的生物多样性评估方法的实用指南（第1卷1，E68634）。高级书籍。https://doi.org/10.3897/ab.e68634 Buchner，D.，Macher，T。H.，Beermann，A.J.，Werner，M.T。，＆Leese，F。（2021）。使用DNA metabarcoding的标准化高通量生物监测：采用自动液体处理程序的策略。环境科学与生态技术，8，100122。https：//doi.org/10.1016/j.ese.2021.100122
根据分类隶属关系估算共识蛋白质组和代谢功能
摘要目的：元编码和元基因组测序使高度多样化的环境社区的表征能够表征。估计这些社区执行的代谢功能的挑战导致了几种最新方法的发展，其中大多数方法是根据特定基因标记量身定制的。但是，测序技术进步所产生的方法的增加，驱动了能够处理异质微生物社区数据的方法。预测通常取决于其内部分析管道，并受到基础数据库的影响，这些数据库将标记基因与特定功能注释联系起来。这限制了用户通过追踪内部数据和流程来评估预测质量的能力。最后，用户受这些方法提供的特定注释的约束（例如ec数），限制了他们根据中间结果进行进一步专业分析的能力。方法：ESMECATA预测分类学官员的共识蛋白质组及其相关功能。Esmecata的关键特征是其解释性和功能。为了支持异质测序数据的灵活整合，Esmecata利用了通过分析不同测序数据集的分析获得的分类学官方。为了深入了解每种分类学的知识并解释预测功能的相关性，Esmecata确定了在UNIPROT数据库中有记录的蛋白质组织能够辅助代表的给定官能中的分类学等级。根据阈值，将Uniprot蛋白质组的蛋白聚类并过滤，以创建共识蛋白质组。这些共有的蛋白质组会自动用功能信息（例如，EC数字，GO术语）注释，但它们也被设计为用于进一步的自定义注释工作流。功能注释在功能表中报道，该功能表可以充满分类的丰度，以产生全面的功能性文件。结果：ESMECATA预测已使用多个数据集验证，并将其与最新方法进行了比较。此外，它被应用于甲烷剂反应器的新型元编码数据集，表征了微生物群落和沼气在不同的时间点和进气条件上的产生。我们的结果证明了沼气之间的联系
英格兰河流集水区抗菌抗性的试点监视
•可行真菌（酵母和霉菌）和细菌指示剂的枚举，包括对选定抗菌抗性（Escherichia coli（E. coli）（大肠杆菌）耐药性的变体）和推定的扩展谱β-内乳酰胺酶（ESBL）产生E. coli和E. coli和E. coli和entoccus spp。和万古霉素抗性肠球菌属。（vre））。选择指标生物是基于对环境AMR监视的测试方法的先前综述。•培养的细菌和真菌分离株的抗菌易感性测试（AST），以鉴定指标物种中较宽的抗菌耐药性。•培养的细菌分离株的整个基因组测序（WGS），以鉴定抗菌抗性基因和抗性分离株的基因型。•短读和长读shot弹枪宏基因组测序和16S rRNA metabarcoding分别确定抗菌抗性基因和微生物群落组成的存在。•高通量芯片阵列QPCR（HT-QPCR）确定靶向组的相对丰度最多384个抗菌抗性基因。•对41种抗生素物质进行化学分析，包括抗生素，抗真菌剂和杀菌剂以及其他水质和环境相关的参数，以评估其在所研究的水体中的存在并确定潜在的AMR选择压力。