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埃塞俄比亚腹泻儿童及其暴露环境中弯曲杆菌种群的出现和多样性
弯曲杆菌是一种主要的人畜共患食源性病原体，对公共卫生构成重大威胁，尤其是对儿童和免疫功能低下人群。然而，关于埃塞俄比亚弯曲杆菌感染发生和来源的数据仍然很少。本研究使用全基因组测序评估了腹泻儿童弯曲杆菌的发生、多样性和与潜在暴露源之间的关系。通过基于病例的追踪，在 2021 年 11 月至 2023 年 1 月期间从哈拉尔镇和克尔萨区收集了动物、食物和环境样本。使用选择性培养基鉴定弯曲杆菌，并使用 Illumina NextSeq 550 仪器提取和测序 DNA。使用生物信息学工具分析序列读数。暴露源中弯曲杆菌的总体患病率为 5.5%，其中城市为 6.0%，农村为 5.0%。家庭样本中检测到弯曲杆菌的可能性比市场样本高 1.8 倍（8.7%；OR = 1.8；95% CI：0.7–4.5）。食品中弯曲杆菌的出现率为 4.2%，肉类、奶类和其他食品类别之间没有显著差异。与猪相比，有家禽时环境中被弯曲杆菌污染的可能性高 5.8 倍（17.7%；OR = 5.8；CI：1.1–30.6）。序列分析发现弯曲杆菌属多样性较低，仅包含空肠弯曲菌和大肠弯曲菌，其特征是 8 种不同的序列类型（ST）。从系统发育上看，大多数测序的病例分离株与来自看护人、环境暴露或两者的分离株聚集在一起。总之，在腹泻儿童的各种接触源中都检测到了弯曲杆菌，其在 Kersa 和 Harar 之间或食物中的发生率没有显著差异。大多数分离株具有共同的 MLST 谱并聚集在一起，表明多种媒介参与了病原体的传播。建议进行归因模型支持的基于基因组的综合研究，以确定每种来源的相对贡献。
大规模生产芽孢杆菌的大规模生产。在公司的制造安装中，agrosalgeiro
在自然界中越来越多的抗生素抗性菌株选择，寻找替代性抗菌策略的搜索变得越来越重要。肠球菌CUS粪cv167是本公告中突出的菌株，已经证明了对各种病原体的体外活性，包括金黄色葡萄球菌，表皮球菌，apisterpococcus agalactiae，链球菌，链球菌Uberis uberis uberis，coliica coli coli coli coli coli，使用斑点测定法（1）的抑制活性结果如图1。该细菌是从2022年2月在巴西米纳斯Gerais的Coronel Xavier Chaves的牛奶罐中存储在散装牛奶箱中的原始牛奶样品中分离出来的。用于细菌分离，将1 ml等分试样的牛奶样品串联在磷酸盐缓冲溶液（pH 6.2; Merck，德国）中串联稀释（10°至10°），并将100 µL铺在M17琼脂（美国Sigma-Aldrich，USA）上。在35°C下孵育48小时后，将分离的细菌菌落条纹划分到新鲜的M17琼脂上以进行纯化。分离株指定的CV167被识别为无氧化氢酶活性的革兰氏阳性球菌。然后使用苯酚 - 氯仿法提取细菌的DNA（2）。使用Nanodrop 1000 UV/VIS（Thermo Scientific，Massachusetts，EUA）评估了DNA数量和质量，并使用Illumina DNA Prep套件制备了测序文库。使用Illumina NextSeq 2000平台上的300 bp配对末端测序对DNA进行了测序，从而产生了1,169倍的序列深度。修剪过程导致仅删除1.37％的读数。确认fastQC 0.12.1（3）最初用于评估测序数据的质量，该质量总共产生了11,863,824读。这些读取使用三型0.39（4）进行修剪，并具有以下参数：尾随：10;领导：10;滑动窗口：4:20;最小长度为50 bp。使用黑桃3.15.4（5）进行简短读数的从头组装，将覆盖范围参数设置为“自动”，而K-Mers则将21、33、55、77、99和127。较短的重叠群从最终组装中排除了500 bp。使用Quast 5.2.0（6）评估组装质量。总共产生了61个重叠群，合并长度为2,736,418 bp，鸟嘌呤 - 环氨酸（GC）含量为37.93％，N50的N50为156,530。基因组完整性，揭示了杆菌类的完整性99.3％。