在本次演讲中,我将介绍我们分析癌症患者(磷酸化)蛋白质组的方法,以及我们如何获得有关单个疾病可能的分子驱动因素的信息。我还将介绍 decryptT、decryptM 和 decryptE 技术,它们分别以完全剂量依赖的方式测量靶标反卷积、通路参与和细胞重编程。最后,我将展示我们如何将这两个方面结合起来,以便在分子肿瘤委员会中得出个性化治疗建议。除了药物和患者蛋白质组学的临床潜力之外,与科学界共享数据也很重要,这样就可以形成和测试比任何单个实验室都希望完成的更多的假设。我们采用的方法是 ProteomicsDB,它包含数百万条剂量反应曲线和 150 多种癌症药物以及数百种癌细胞系的(磷酸化)蛋白质组。
此简介的作者是玛丽亚·鲁伊斯·塞拉(MaríaRuizSierra),吉列尔莫·马丁内斯(Guillermo Martinez)和约书亚·道尔(Joshua Doyle)。作者要感谢以下专业人士的合作和珍贵的贡献,包括支持者艾丽西亚·卡尔(Alicia Calle)(自然保护协会),布拉多·德尔加多(Brado Delgado)(自然保护协会)和劳拉·卡尔德隆(Laura Calderon)(自然保护协会); and the working group members: Julio Andrés Rozo (Amazonia Emprende), Marcelo Dos Santos (CAF), Jonathan First (CPI), Jonathan Duarte (Crossboundary), Thelma Brenes (FMO), Claudia Cordero (GIZ), Andrea Rodríguez (GIZ), Lina Uribe (Grupo SURA), Matias Gallardo (融资),托马斯·塞缪尔(托马斯·塞缪尔(Motb),塔蒂亚娜·艾尔维兹(IDB),纳塔莎·雷斯(IDB),马修·佩贡(IDB Invest),费利佩·罗梅罗(IDB Invest),艾哈迈德·斯拉比(艾哈迈德·斯拉比(IFC),ifc),玛丽·托莱纳尔(IFC) Ochoa(Sura Seguros)和Javier Sabogal(英国大使馆哥伦比亚)。作者还要感谢Barbara Buchner,BenBroché,Rachael Axelrod,Kathleen Maeder,Morgan Richmond,Ricardo Narvaez,JúlioLubianco,Samuel Goodman,Angela Goodman,Angela Woodall,Elana Fortin,Elana Fortin和Pauline Baudry的持续建议,支持,支持,评论,评论,设计,设计和内部评论,设计和内部评论,设计和设计。彭博慈善事业,联合国发展计划以及加拿大,德国,英国和美国的政府资助了实验室的2024年计划。气候政策倡议(CPI)是秘书处和分析提供商。
简介研究仪器家族包括使用至少1个激发激光和多达8个荧光收集通道的大粒子细胞仪的集合。COPAS仪器独有的是分析特征,该特征图以图形方式绘制了荧光强度在对象穿过激光时沿着对象长度的变化。可以分析直径高达1.5mm的大物体的物理和荧光特性,并轻轻分配到多孔板或其他收集容器中,以进一步研究或重复使用。COPAS视觉还装备了一个相机,以拍摄流道内部对象的图像。此图像伴随细胞仪数据,可以使用Union Biometrica的FlowPilot软件或其他图像分析工具进行分析。利用机器学习工具来处理COPAS视觉的大量成像和细胞术数据,Filgueiras组创建了它们称其为智能土壤有机体检测器(Smart SOD,图1)的内容,以自动评估土壤样品的独特的底物,线虫和微肌动物组成部分。
当细胞受到低 LET 辐射(60 Co 约为 0.3 keV/µm)时,大多数 DNA 损伤不是由辐射场与 DNA 的直接相互作用引起的,而是由辐解后的化学反应引起的。因此,辐射化学对于理解电离辐射造成的生物损伤的潜在机制至关重要。蒙特卡洛径迹结构 (MCTS) 代码可以详细模拟细胞等介质中的粒子径迹。几种 MCTS 代码已经进一步开发,具有模拟水的辐解和随后的非均相化学的能力。最初的 MCTS 模拟使用纯水作为目标,并叠加 DNA 几何形状来表征物理相互作用(Charlton 1986)。现在,MCTS 代码已经变得更加复杂,可以将电离辐射的物理化学过程与 DNA 几何模型相结合。
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