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RNA语言模型预测提高RNA功能的突变
结构化的RNA位于许多中心生物学过程的核心，从基因表达到催化。RNA结构预测由于缺乏与有机体表型相关的高质量参考数据而无法为RNA功能提供的，因此无法进行预测。我们提出了石榴石（GTDB获得了带有环境温度的RNA），这是一个固定在基因组分类数据库（GTDB）的RNA结构和功能分析的新数据库。石榴石将RNA序列与GTDB参考生物的实验和预测的最佳生长温度联系起来。使用石榴石，我们开发了序列和结构感知的RNA生成模型，重叠的三重态Tokeni-Zation为GPT样模型提供了最佳的编码。在石榴石和这些RNA生成模型中利用高嗜热RNA，我们确定了核糖体RNA中的突变，这些突变赋予了赋予大肠杆菌核糖体的热稳定性。此处介绍的GTDB衍生的数据和深度学习模型为理解RNA序列，结构和功能之间的连接提供了基础。
核孔蛋白灶是应力敏感的凝聚力，可用于秀丽隐杆线虫核孔组装
核孔（NUPS）组装核孔，形成核质和细胞质之间的渗透屏障。核苷也位于胞质灶中，提议充当孔隙组装中间体。在这里，我们表征了完整动物秀丽隐杆线虫中细胞质NUP灶的组成和发生率。我们发现，在年轻的非压力动物中，NUP灶仅出现在发育的精子，卵母细胞和胚胎，表达高水平核孔蛋白的组织。焦点是高度有粘性FG重复核苷（FG-Nups）的冷凝物，它们通过翻译后修饰和伴侣活性在细胞质中的溶解度极限接近其溶解度极限。只有一小部分FG-NUP分子集中在NUP灶中，后者在M期溶解，并且对于核孔组装而言是可分配的。核孔蛋白的凝结通过压力和增长而增强，并且在后有丝分裂神经元中单个FG-NUP的过表达足以诱导异位凝结和生物麻痹。我们推测NUP焦点是非必需的且潜在的毒性冷凝物，其组装在健康细胞中被积极抑制。
质膜损伤限制了酵母中的复制寿命，并诱导人成纤维细胞过早衰老
质膜损伤（PMD）在所有细胞类型中都由于环境扰动和细胞自主活性而发生。但是，除了恢复或死亡，PMD的细胞结局在很大程度上仍然未知。在这项研究中，使用萌芽的酵母和正常的人成纤维细胞，我们发现细胞衰老（稳定的细胞周期停滞导致有机衰老）是PMD的长期结果。我们使用芽酵母的遗传筛查意外地确定了PMD反应与复制寿命法规之间的紧密遗传关联。此外，PMD限制了萌芽酵母中的复制寿命；膜修复因子的上调ESCRT-III（SNF7）和AAA-ATPase（VPS4）扩展了它。在正常的人成纤维细胞中，PMD通过Ca 2+ –p53轴诱导过早衰老，但不是主要的衰老途径，DNA损伤响应途径。ESCRT-III（CHMP4B）的瞬时上调抑制了PMD依赖性衰老。 与mRNA测序结果一起，我们的研究强调了一种未充分考虑但无处不在的衰老细胞亚型：PMD依赖性衰老细胞。ESCRT-III（CHMP4B）的瞬时上调抑制了PMD依赖性衰老。与mRNA测序结果一起，我们的研究强调了一种未充分考虑但无处不在的衰老细胞亚型：PMD依赖性衰老细胞。
UURAF-本科研究-ICHIGAN州立大学
Abstracts Page Agriculture & Science 3 Anthropology & Archeology 16 Biochemistry & Molecular Biology 25 Business & Entrepreneurship 45 Cell Biology, Genetics & Genomics 49 Communication Arts & Sciences 62 Criminal Justice & Legal Studies 75 Diversity & Interdisciplinary Studies 78 Education 92 Engineering, Computer Science & Mathematics 101 Environmental Science & Natural Resources 119 Epidemiology & Public Health 142 Film研究与数字媒体151全球及地区研究153健康科学157历史，政治科学与经济学182人文科学189综合和生物生物学200运动学205语言学，语言和语音225微生物学，免疫学和传染病学230神经科学230 Neuroscience 233数学339展示344社会科学，艺术和人文科学347社会科学349视觉和表演艺术357主持人索引359导师索引363
DNA损伤和癌症耐药性的代谢机制
摘要雷帕霉素的哺乳动物靶标（MTOR）是调节营养感应，细胞生长，代谢和衰老的最重要的信号通路之一。通过调节蛋白质合成，自噬，线粒体功能和代谢健康，已证明MTOR途径，尤其是MTOR复合物1（MTORC1）（MTORC1）（MTORC1）。MTOR途径也从心脏发展，成长和成熟以及心脏稳态维持中起着关键作用。MTORC1信号的过度激活在衰老和许多与年龄相关的病理中有充分的文献记录，包括与年龄相关的心脏功能障碍和心力衰竭。 通过卡路里限制或雷帕霉素抑制MTORC1不仅可以延长寿命，还可以恢复心脏中年轻的表型。 在本文中，我们回顾了心脏衰老的模型，并强调了MTORC1途径对有机体和心脏衰老的影响的最新进展，尤其是在果蝇和小鼠中。 我们专注于调节蛋白质合成的下游信号通路S6激酶和4EBP1，以及调节自噬的ULK1及其相关途径。 还讨论了与MTOR复合物2（MTORC2）的相互作用及其在心脏衰老中的潜在作用。MTORC1信号的过度激活在衰老和许多与年龄相关的病理中有充分的文献记录，包括与年龄相关的心脏功能障碍和心力衰竭。通过卡路里限制或雷帕霉素抑制MTORC1不仅可以延长寿命，还可以恢复心脏中年轻的表型。在本文中，我们回顾了心脏衰老的模型，并强调了MTORC1途径对有机体和心脏衰老的影响的最新进展，尤其是在果蝇和小鼠中。我们专注于调节蛋白质合成的下游信号通路S6激酶和4EBP1，以及调节自噬的ULK1及其相关途径。还讨论了与MTOR复合物2（MTORC2）的相互作用及其在心脏衰老中的潜在作用。
研究秀丽隐杆线虫线粒体形态的新型成像工具
线粒体的结构和功能之间存在密切的相互作用。要理解这种复杂的关系，需要先进的成像技术来捕捉线粒体的动态特性及其对细胞过程的影响。然而，大部分关于线粒体动力学的研究都是在单细胞生物或体外细胞培养中进行的。在这里，我们介绍了一种用于实时成像秀丽隐杆线虫线粒体形态的新型遗传工具，以满足研究活体完整多细胞生物内细胞器动力学的先进技术的迫切需求。通过全面的分析，我们将我们的工具与现有方法直接进行比较，展示它们在可视化线粒体形态方面的优势，并对比它们对生物体生理学的影响。我们揭示了传统技术的局限性，同时展示了我们的方法的实用性和多功能性，包括内源性 CRISPR 标签和异位标记。通过提供根据实验目标选择最合适工具的指南，我们的工作推动了秀丽隐杆线虫的线粒体研究，并增强了不同成像模式的战略整合，以全面了解生物体内的细胞器动力学。
Gynandropsis Gynandra基因组提供了有关全基因组重复的见解和Cleomaceae中C4光合作用的演变
1个生物系统学集团，瓦格宁根大学，Drovendaalsesteeg 1，6708pb Wageningen，荷兰2遗传学，生物技术与种子科学实验室（GBIOS），Abomey-Calavi，BP 2549 Abome-Calavi，Scalavi，Scalavi，Scalavi，Scalavi，Scalavi，Scalavi，Scalavi of Recuntion of Remonic Sciences，Agronomic Sciulty of Agronomic Sciulty剑桥，剑桥CB2 CB2 3EA，英国4个生物研究中心，海德堡大学，69120 Heidelberg，德国海德堡，德国Heidelberg，5遗传学实验室，瓦格宁根大学和研究，Droevendaalsesteeg 1，6708pb 6708pb Wageningen，荷兰6号纽约市6号纽约市7. 77 ISTRAING ISTRAINT INSUITIN，TEX ISTIN 7. Laboratory for Plant Molecular Genetics, Center of Excellence for Molecular Plant Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai 200032, China 8 Faculty of Biology, Bielefeld University, 33501 Bielefeld, Germany 9 Cluster of Excellence on Plant Science (CEPLAS), Institute of Plant Biochemistry, Heinrich Heine University Düsseldorf, 40225 Düsseldorf, Germany 10 Business Unit Bioscience, Wageningen University and Research, Droevendaalsesteeg 1, 6708PB Wageningen, The Netherlands 11 African Orphan Crops Consortium (AOCC), World Agroforestry (ICRAF), Nairobi 00100, Kenya 12 Seed Biotechnology Center, University of California, Davis, California 95616,美国
人脑活动的时空复杂性结构
保持体内平衡是生物健康的核心。偏差是由多种传感器对受伤，感染和其他炎症触发器产生的警报信号的反应。该警报系统的一个重要要素是先天免疫系统，该系统通过在细胞质或先天免疫细胞的膜中识别病原体/微生物或损伤相关的分子模式，例如巨噬细胞，树突细胞，以及T细胞，以及乳腺细胞，b细胞，b细胞和上皮细胞。先天免疫系统的激活会导致炎症，并且是自适应免疫系统激活的先决条件。另一个重要元素由未折叠的蛋白质反应（UPR）表示，这是内部质网的应力反应。UPR调节蛋白质抑制作用，并有助于炎症性疾病，例如癌症，糖尿病，肥胖和神经退行性疾病。此外，UPR在过敏性接触性皮炎中发挥了作用。这种炎症性皮肤疾病影响了5-10％的人群，是由识别低分子量的有机化学物质和金属离子的T细胞引起的。在这个微型审查中，我们通过先天免疫系统与过敏性接触性皮炎中细胞应力反应的相互作用讨论了炎症反应的编排，重点是UPR。
春季2025年生物学课程产品
org div s/f生态学201L分子生物学202L遗传学和进化205海洋Megafauna 207有机化进化209生态学不断变化的星球212L一般微生物学 *不能两种菜单区域223细胞223细胞和分子研究312的生态学通用病毒学314再生生物学315数学生物学318人类进化遗传学320分子遗传学321（d）灵长类动物性323Ecol Divrsty＆Climate Chnge Chnge chnge329d原理346 Symbiosic 346 Symbiosic 348 lodicity 348LS 348LS 364LS 364LS 334LS 364LLS 364LLS 364LLS 364L感官信号转导转导420癌症遗传学422LS神经退行性疾病实验室425生物物理学II427S感觉生物学429S生物体如何移动432S宿主宿主 - path剂 - Pathogen -Pathogen -pathogen -435s 435S 435S gut Microbiome Inter Inter Inter Inter Interic In ecolotic in ecolotic in ecolotic in ecolotic in ecolotic secolic 399 399 399 399 399 399 399 393 SECTION39999999。46099。46099。46099。以书面形式
体内 CRISPR 筛选 mir- 的表型目标......
识别 miRNA 靶基因很困难，而确定哪些靶标在生物学上最重要则更加困难。我们设计了一种新策略，通过 CRISPR - Cas9 基因组编辑破坏秀丽隐杆线虫中每个预测的 miRNA 结合位点，来测试单个 microRNA - 靶标相互作用对表型的影响。我们开发了一种多重负选择筛选方法，其中对编辑的位点进行深度测序，并根据对破坏 miRNA 结合的突变的明显选择压力对候选位点进行优先排序。重要的是，我们的筛选是在突变动物体内进行的，这使我们能够研究生物体水平的表型。我们使用这种方法筛选了必需的 mir-35-42 家族的表型靶标。通过在所有预测靶标中生成 1130 个新的 3′UTR 等位基因，我们将 egl-1 确定为表型靶标，其去抑制部分表型复制了 mir-35-42 突变体表型，诱导了胚胎致死和低繁殖力。这些表型可以通过补偿性 CRISPR 突变来挽救，这些突变将 mir-35 重新定位到突变的 egl-1 3′UTR。这项研究表明，体内全生物体 CRISPR 筛选的应用具有加速发现非编码基因组中表型负调控元件的巨大潜力。