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使用Cas9核糖核蛋白的基因组编辑对于在培养的人胶质母细胞瘤细胞系中引入PDGFRA变体有效
摘要：在临床癌症病例中，使用基于下一代测序的癌症基因小组分析在临床癌症病例中检测到了许多不确定意义（VU）的变体。阐明VUS的一种策略是使用基因组编辑具有靶向基因变异的培养癌细胞系的功能分析。基因组编辑是在培养的癌细胞系中创建所需基因改变的强大工具。然而，基因组编辑的效率在感兴趣的细胞线之间有很大变化。我们进行了比较研究，以确定人胶质母细胞瘤（GBM）细胞系中血小板衍生生长因子受体α（PDGFRA）变体的最佳编辑条件。在监测PDGFRA的拷贝数和PDGFRα蛋白的表达水平后，选择了四个GBM细胞系（U-251 mg，KNS-42，SF126和YKG-1细胞）。要比较这些GBM细胞系中的编辑效率，定期插入的簇的模式是定期间隔短的短腔重复（CRISPR）相关蛋白9（CAS9）递送（质粒与核糖核蛋白（RNP）），转移方法（Lipoffection vs. Electortoration and Electolation），以及有用的，有用。在此，我们证明了用单靶RNA（Cas9 RNP复合物）将CAS9转移的转移可以充分地编辑目标核苷酸取代，而不论细胞分类如何。作为CAS9 RNP复杂方法比CAS9质粒唇彩方法显示出更高的编辑效率，因此在我们的实验条件下，它是人类GBM细胞系中单核苷酸编辑的最佳方法。
对伊马替尼耐药的 KIT/PDGFRA 野生型胃肠道间质瘤的 ctDNA 中发现的新型有害 TP53 体细胞突变的克隆选择
晚期胃肠道间质瘤 (GIST) 的一线治疗标准是伊马替尼，每日以标准剂量给药，直至肿瘤进展。伊马替尼耐药性通常是通过肿瘤 DNA 中基因突变的克隆选择而发生的，增加伊马替尼剂量已被证明可以有效克服伊马替尼耐药性。野生型 GIST 不显示 KIT 或血小板衍生生长因子受体 α (PDGFRA) 突变，通常对伊马替尼不敏感，并且在治疗过程中往往会迅速复发。我们在此报告一名 53 岁男性胃 GIST 患者的病例，该患者主要对伊马替尼没有反应，尽管增加了伊马替尼剂量，但仍导致患者死亡。通过使用深度下一代测序条形码感知方法，我们分析了患者 cfDNA 中一组可操作的癌症相关基因，以研究导致伊马替尼耐药的体细胞变化。我们在两个系列循环肿瘤 DNA (ctDNA) 样本中发现，位于剪接受体位点并导致蛋白质功能丧失的从未描述过的 TP53 突变 (c.560-7_560-2delCTCTTAinsT) 的等位基因频率急剧增加。通过数字液滴 PCR 在原发性肿瘤中以亚克隆频率 (0.1%) 回顾性地鉴定了相同的 TP53 突变。在转移性肝病变中检测到的突变等位基因频率非常高 (99%)，表明在肿瘤进展过程中突变的快速克隆选择。稳态下的伊马替尼血浆浓度高于文献报道的最低有效浓度阈值 760 ng/ml。计算机模拟预测新生 TP53 (c.560-7_560-2delCTCTTAinsT) 突变与异常 RNA 剪接和侵袭性表型有关，这可能导致尽管使用了
肿瘤学 - Ayvakit事先授权政策
类别1的基本治疗选择。指南指出，PDGFRA基因中的大多数突变与对伊马替尼的反应有关，但显着的PDGFRA D842V突变。ayvakit（对于对伊马替尼不敏感的PDGFRA外显子18突变，包括D842V突变）被列为新辅助治疗的首选方案，用于具有明显发病率的可切除GIST（2A类）。Ayvakit被列为未经批准疗法失败后的另一种选择。批准的疗法是伊马替尼和ayvakit（用于PDGFRA突变）作为一线疗法； Sunitinib或Qinlock®（Ripretinib片剂）[适用于二线舒尼替尼的患者]；或sprycel®（dasatinib片；对于对伊马替尼不敏感的PDGFRA外显子18突变[包括PDGFRA D842V突变]）作为第二线治疗； Stivarga®（雷莫非尼片）作为三线治疗；和Qinlock作为第四线治疗。•与嗜酸性粒细胞和酪氨酸激酶基因融合的髓样/淋巴样肿瘤：NCCN指南（版本1.2024-2024-2023，2023年12月21日）建议ayvakit用于治疗髓样/淋巴样的髓样性肿瘤，用嗜酸性粒细胞和fip1l1：发现对伊马替尼有抵抗力（类别2a）。4如果确定了这种突变，则首选具有Ayvakit的临床试验（如果有），而不是使用非标签。5 P Olicy S Tatement建议事先授权，以进行艾瓦基特的处方福利覆盖范围。在下面指出的持续时间内提供了所有批准。•全身性乳腺吞作用：NCCN指南（版本3.2024 - 2024年4月24日），如果患者的血小板≥50x 10 9 /l为单一的ayvakit，则作为“首选”治疗积极的全身性乳腺胶结病，与症状性乳腺癌，无关系的全身性乳腺癌和整形乳腺囊泡相关的伴随性乳腺癌的治疗，相关的血液学肿瘤（2A类）。
Carol Anne Marchetti，RN，PMHNP-BC
1。也在美国批准了具有不可切除或转移性要塞的成年人，该成年人带有PDGFRA外显子18突变，包括PDGFRA D842V突变。在欧洲（Ayvakyt®）批准，该成年人具有不可切除的或转移性要塞，含有PDGFRA D842V突变。2。在美国批准的成年人批准。在欧洲（ayvakyt）批准了对中度至重度症状不足以症状治疗不足的成年人的批准。3。在美国批准了患有晚期SM的成年人，包括侵略性SM（ASM），带有相关血液学肿瘤（SM-AHN）和肥大细胞白血病（MCL）的SM。在至少一种全身治疗后，在欧洲（Ayvakyt®）批准了ASM，SM-AHN或MCL的成年人。4。Cstone Pharmaceuticals拥有在大中国开发和商业化Avapritinib的独家权利。自2024年1月8日起更新
过去 5 年批准的肉瘤新药
在过去的几年中，针对 KIT 突变或 PDGFR 突变的胃肠道间质瘤 (GIST) 的原发性和继发性驱动突变的治疗取得了一些进展。GIST 中的主要驱动突变包括 KIT (75%–80%) 和血小板衍生的生长因子受体 α (PDGFRA；8%–10%)，一小部分 KIT 和 PDGFRA 突变阴性 (10%–15%)，这些突变含有其他分子改变，例如琥珀酸脱氢酶 (SDH) 缺乏症 (大多数)、BRAF 和神经纤维瘤病 1 型 (NF1) 突变。1根据先前的随机研究 2、3，伊马替尼、舒尼替尼和瑞戈非尼分别是三种获批用于不可切除/转移性 GIST 患者的一线、二线和三线治疗的药物（图 1）。最近，监管机构批准利普替尼用于治疗四线胃肠道间质瘤，批准阿伐替尼用于治疗 PDGFR 外显子 18（D842 V）突变的胃肠道间质瘤。伊马替尼耐药可分为原发性耐药和继发性耐药。原发性耐药的主要原因是 D842 V PDGFRA 突变，这构成
III 期 VOYAGER 试验的循环肿瘤 DNA 分析
结果：476 名 KIT/PDGFRA 突变型肿瘤患者中有 386 名接受了基线（试验前治疗）ctDNA 分析；196 名接受了阿伐替尼治疗，190 名接受了瑞戈非尼治疗。75.1% 和 5.4% 的患者检测到 KIT 和 PDGFRA 突变。KIT 抗性突变位于活化环（A 环；80.4%）和 ATP 结合口袋（ATP-BP；40.8%）中；23.4% 的患者两者兼有。平均每名患者检测到 2.6 个 KIT 突变；17.2% 的患者出现 414 种不同的 KIT 抗性突变。在所有致病性 KIT 变异中，28.0% 是新的，包括以前未报告的外显子/密码子的改变。PDGFRA 突变显示出相似的模式。 ctDNA 检测到的 KIT ATP-BP 突变对阿伐替尼活性有负面预测，中位无进展生存期 (mPFS) 为 1.9 个月，而瑞戈非尼为 5.6 个月。无论存在与否 ATP-BP/A-loop 突变体，瑞戈非尼的 mPFS 均无变化，并且在该人群中瑞戈非尼的 mPFS 大于阿伐替尼。使用阿伐替尼治疗时，疾病进展时 KIT ATP-BP 口袋突变次级变异体（尤其是 V654A）会增多。
Blueprint Medicines 宣布 FDA 批准 AYVAKIT ...
Blueprint Medicines 宣布 FDA 批准 AYVAKIT™（avapritinib）用于治疗患有不可切除或转移性 PDGFRA 外显子 18 突变型胃肠道间质瘤的成人患者 -- AYVAKIT 是首个获批的 GIST 精准疗法，也是唯一一种针对 PDGFRA 外显子 18 突变型 GIST 的高活性疗法 -- -- 在 NAVIGATOR 试验 1 中，AYVAKIT 在患有不可切除或转移性 PDGFRA 外显子 18 突变型 GIST 的患者中显示出 84% 的总体反应率，中位反应持续时间未达到 -- -- Blueprint Medicines 将于今天美国东部时间下午 4:30 召开投资者电话会议 -- 马萨诸塞州剑桥，2020 年 1 月 9 日 -- 专注于基因组定义的癌症、罕见疾病和癌症免疫疗法的精准治疗公司 Blueprint Medicines Corporation（纳斯达克股票代码：BPMC）今天宣布，美国食品药品监督管理局（FDA）已批准 AYVAKIT 用于治疗 GIST。已批准 AYVAKIT™（avapritinib）用于治疗携带血小板衍生的生长因子受体α（PDGFRA）外显子18突变（包括PDGFRA D842V突变）的不可切除或转移性胃肠道间质瘤（GIST）成人患者。AYVAKIT 是首个获批用于治疗基因组定义的GIST患者群体的精准疗法。FDA 基于1期NAVIGATOR临床试验的疗效结果，以及avapritinib多项临床试验的综合安全性结果，全面批准了AYVAKIT。在PDGFRA外显子18突变型GIST患者中，AYVAKIT 的总缓解率（ORR）为84%（95% CI：69%，93%），中位缓解持续时间（DOR）未达到。最常见的不良反应（≥20%）是水肿、恶心、疲劳/乏力、认知障碍、呕吐、食欲下降、腹泻、毛发颜色变化、流泪增多、腹痛、便秘、皮疹和头晕。Blueprint Medicines 计划在一周内在美国推出 AYVAKIT。GIST 是一种罕见的、由基因驱动的胃肠道肉瘤。大约 6% 的新诊断 GIST 患者有 PDGFRA 外显子 18 突变。最常见的 PDGFRA 外显子 18 突变是 D842V 突变，它对所有其他已获批的疗法都有耐药性。一项回顾性研究表明，当这些患者接受伊马替尼治疗时，他们的 ORR 为 0%。 2 “AYVAKIT 今天获批，为 PDGFRA 外显子 18 突变型 GIST 患者带来了新的治疗标准，该类患者在基因组学上定义，此前的治疗选择非常有限。我们首次能够为这些患者提供一种针对其疾病潜在遗传原因的高效治疗，”俄勒冈健康与科学大学医学教授、NAVIGATOR 试验研究员 Michael Heinrich 医学博士表示。“基于我们对 GIST 分子基础的不断加深理解，这一里程碑开启了该疾病精准医疗的新时代。FDA 的批准代表着一种行动号召，即按照临床指南的建议，在开始激酶抑制剂治疗之前对所有 GIST 患者进行突变检测，以便合适的患者能够享受这种有前途的新药的益处。” Blueprint Medicines 首席执行官 Jeff Albers 表示：“基于我们第 1 期 NAVIGATOR 临床试验的可靠数据，AYVAKIT 获得全面批准，这对我们公司来说是一个非常激动人心的里程碑，更重要的是，对一直在等待新治疗选择的 PDGFRA 外显子 18 突变的 GIST 患者来说也是如此。我们希望 AYVAKIT 是我们研究平台支持的许多获批药物中的第一个。现在，随着我们开始向患者及其医疗保健提供者提供 AYVAKIT，我们旨在巩固我们在精准医疗领域的领导地位，并通过将我们强大的研发能力与同样才华横溢、专注于满足患者需求、加速诊断测试和实现可及性的商业组织相结合，为我们更广泛的产品组合奠定基础。” Blueprint Medicines 致力于帮助患有 PDGFRA 外显子 18 突变型 GIST 的患者获得 AYVAKIT 治疗，并在整个治疗过程中提供强有力的支持。作为这一承诺的一部分，Blueprint Medicines 推出了 YourBlueprint™，这是一项患者支持计划，为接受 AYVAKIT 治疗的个人提供可及性和可负担性解决方案。如需了解更多信息，请访问 YourBlueprint.com 或致电 1-888-BLUPRNT (1-888-258-7768)，周一至周五，美国东部时间上午 8:00 至晚上 8:00。开具 AYVAKIT 处方的医疗保健提供者可以在 YourBlueprint.com/HCP 填写登记表，以帮助患者获得 Blueprint Medicines 的支持服务。电话会议信息 Blueprint Medicines 将于今天美国东部时间下午 4:30 开始举办现场网络直播，讨论 FDA 对 AYVAKIT 的批准。如需收听现场电话会议，请拨打 (855) 728-4793（国内）或 (503) 343-6666（国际），并参阅会议 ID 5579052。电话会议网络直播可在 Blueprint Medicines 网站 http://ir.blueprintmedicines.com 的“投资者与媒体”部分观看。存档的网络直播将在电话会议结束后约两小时在 Blueprint Medicines 网站上提供，并在电话会议结束后的 90 天内提供。“AYVAKIT 是我们研究平台所支持的众多获批药物中的第一个。现在，随着我们开始向患者及其医疗保健提供者提供 AYVAKIT，我们的目标是通过将我们强大的研发能力与同样才华横溢的商业组织相结合，巩固我们在精准医疗领域的领导地位，并为我们更广泛的产品组合奠定基础，该商业组织专注于满足患者需求、加速诊断检测和实现可及性。” Blueprint Medicines 致力于帮助 PDGFRA 外显子 18 突变型 GIST 患者获得 AYVAKIT 治疗，并在整个治疗过程中提供强有力的支持。作为这一承诺的一部分，Blueprint Medicines 推出了 YourBlueprint™，这是一项患者支持计划，为接受 AYVAKIT 治疗的个人提供可及性和可负担性解决方案。如需了解更多信息，请访问 YourBlueprint.com 或致电 1-888-BLUPRNT (1-888-258-7768)，周一至周五，美国东部时间上午 8:00 至晚上 8:00。开具 AYVAKIT 处方的医疗保健提供者可以在 YourBlueprint.com/HCP 填写登记表，以帮助患者获得 Blueprint Medicines 的支持服务。电话会议信息 Blueprint Medicines 将于今天美国东部时间下午 4:30 开始举办现场网络直播，讨论 FDA 对 AYVAKIT 的批准。要接入现场电话会议，请拨打 (855) 728-4793（国内）或 (503) 343-6666（国际），并参阅会议 ID 5579052。电话会议的网络直播将在 Blueprint Medicines 网站的“投资者与媒体”部分提供，网址为 http://ir.blueprintmedicines.com 。存档的网络直播将在电话会议结束后约两小时在 Blueprint Medicines 网站上提供，并将在电话会议结束后的 90 天内提供。“AYVAKIT 是我们研究平台所支持的众多获批药物中的第一个。现在，随着我们开始向患者及其医疗保健提供者提供 AYVAKIT，我们的目标是通过将我们强大的研发能力与同样才华横溢的商业组织相结合，巩固我们在精准医疗领域的领导地位，并为我们更广泛的产品组合奠定基础，该商业组织专注于满足患者需求、加速诊断检测和实现可及性。” Blueprint Medicines 致力于帮助 PDGFRA 外显子 18 突变型 GIST 患者获得 AYVAKIT 治疗，并在整个治疗过程中提供强有力的支持。作为这一承诺的一部分，Blueprint Medicines 推出了 YourBlueprint™，这是一项患者支持计划，为接受 AYVAKIT 治疗的个人提供可及性和可负担性解决方案。如需了解更多信息，请访问 YourBlueprint.com 或致电 1-888-BLUPRNT (1-888-258-7768)，周一至周五，美国东部时间上午 8:00 至晚上 8:00。开具 AYVAKIT 处方的医疗保健提供者可以在 YourBlueprint.com/HCP 填写登记表，以帮助患者获得 Blueprint Medicines 的支持服务。电话会议信息 Blueprint Medicines 将于今天美国东部时间下午 4:30 开始举办现场网络直播，讨论 FDA 对 AYVAKIT 的批准。要接入现场电话会议，请拨打 (855) 728-4793（国内）或 (503) 343-6666（国际），并参阅会议 ID 5579052。电话会议的网络直播将在 Blueprint Medicines 网站的“投资者与媒体”部分提供，网址为 http://ir.blueprintmedicines.com 。存档的网络直播将在电话会议结束后约两小时在 Blueprint Medicines 网站上提供，并将在电话会议结束后的 90 天内提供。今天东部时间下午 1:00 至下午 1:00，我们将讨论 FDA 对 AYVAKIT 的批准。要收听现场电话会议，请拨打 (855) 728-4793（国内）或 (503) 343-6666（国际），并参阅会议 ID 5579052。电话会议的网络直播将在 Blueprint Medicines 网站的“投资者与媒体”部分提供，网址为 http://ir.blueprintmedicines.com。存档的网络直播将在电话会议结束后约两小时在 Blueprint Medicines 网站上提供，并将在电话会议结束后的 90 天内提供。今天东部时间下午 1:00 至下午 1:00，我们将讨论 FDA 对 AYVAKIT 的批准。要收听现场电话会议，请拨打 (855) 728-4793（国内）或 (503) 343-6666（国际），并参阅会议 ID 5579052。电话会议的网络直播将在 Blueprint Medicines 网站的“投资者与媒体”部分提供，网址为 http://ir.blueprintmedicines.com。存档的网络直播将在电话会议结束后约两小时在 Blueprint Medicines 网站上提供，并将在电话会议结束后的 90 天内提供。
对胃肠道肿瘤的基因组检测和SDH缺乏的综述：进入GIST
抽象的胃肠道肿瘤（GIST）在其诊断和管理方面取得了显着进步，这是由有针对性的治疗发育和分子测试驱动的。鉴定KIT和PDGFRA等基因中的突变已改变了治疗方法，尤其是通过诸如伊马替尼（Imatinib）等有针对性的疗法，这些疗法改善了患者的出现。本综述探讨了基因组测试在要点中的关键作用，强调了其在套件/PDGFRA阴性的准确诊断，治疗计划和长期监视中的重要性。SDH缺陷的GIST是由影响琥珀酸脱氢酶复合物的突变或表观遗传变化引起的。SDH缺陷的GIST的复杂性，包括它们与遗传性综合征的相关性，例如遗传性副神经胶质瘤 - 嗜铬细胞瘤和/或SDHC启动子的过度甲基化，强调了对全面生殖线测试的需求。尽管有指导线的可用性，但在不同地区的基因组测试建议中仍然存在可变性，因此需要采用统一的方法。本综述提出了一种用于GIST的基因组检查的简化算法，并建议所有具有SDH缺陷的GIST的个体，无论种系测试结果如何，都需要监测额外的SDHX相关肿瘤，鉴于缺乏广泛可用的甲基化和全基因SDHA分析。
非机密公司简报 2024 年 7 月
GIST，胃肠道间质瘤；IHC，免疫组织化学；KIT，受体酪氨酸激酶 III 型；MRC2；2 型甘露糖受体 C；PDGFRA，血小板衍生的生长因子受体 α；scRNAseq，单细胞核糖核酸测序；TKI，酪氨酸激酶抑制剂；uPARAP，尿激酶纤溶酶原激活剂受体相关蛋白。
I 型和 II 型酪氨酸激酶抑制剂的组合——...
根据既往对晚期GIST患者治疗的经验和证据，伊马替尼、舒尼替尼、瑞戈非尼被推荐作为一线、二线、三线治疗方案（5）。但长期使用TKIs可能导致耐药，主要是由于继发耐药KIT突变的克隆生长所致。这些KIT继发突变通常位于外显子13和14编码的三磷酸腺苷（ATP）结合口袋或外显子17和18编码的活化环（A环）中（6,7）。作为II型TKI，舒尼替尼对原发性KIT外显子9突变和继发性KIT外显子13和14突变均有良好作用，并积极抑制ATP结合口袋突变，但对活化环突变无作用（8,9）。此外，舒尼替尼在抗血管生成方面也有效。舒尼替尼的常见不良反应包括血液学毒性、胃肠道反应、腹泻、蛋白尿、高血压和甲状腺功能异常、手足综合征、疲劳等。相反，avapritinib 是一种高效、选择性的 I 型 TKI，可积极抑制 KIT 和 PDGFRA 活化环突变体，尤其是 KIT D816V 和 PDGFRA D842V（10）。avapritinib 接受者中最常见的不良反应（所有级别）是贫血、水肿、恶心、疲劳/乏力、认知障碍和呕吐。