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使用Cas9核糖核蛋白的基因组编辑对于在培养的人胶质母细胞瘤细胞系中引入PDGFRA变体有效
摘要：在临床癌症病例中，使用基于下一代测序的癌症基因小组分析在临床癌症病例中检测到了许多不确定意义（VU）的变体。阐明VUS的一种策略是使用基因组编辑具有靶向基因变异的培养癌细胞系的功能分析。基因组编辑是在培养的癌细胞系中创建所需基因改变的强大工具。然而，基因组编辑的效率在感兴趣的细胞线之间有很大变化。我们进行了比较研究，以确定人胶质母细胞瘤（GBM）细胞系中血小板衍生生长因子受体α（PDGFRA）变体的最佳编辑条件。在监测PDGFRA的拷贝数和PDGFRα蛋白的表达水平后，选择了四个GBM细胞系（U-251 mg，KNS-42，SF126和YKG-1细胞）。要比较这些GBM细胞系中的编辑效率，定期插入的簇的模式是定期间隔短的短腔重复（CRISPR）相关蛋白9（CAS9）递送（质粒与核糖核蛋白（RNP）），转移方法（Lipoffection vs. Electortoration and Electolation），以及有用的，有用。在此，我们证明了用单靶RNA（Cas9 RNP复合物）将CAS9转移的转移可以充分地编辑目标核苷酸取代，而不论细胞分类如何。作为CAS9 RNP复杂方法比CAS9质粒唇彩方法显示出更高的编辑效率，因此在我们的实验条件下，它是人类GBM细胞系中单核苷酸编辑的最佳方法。
对伊马替尼耐药的 KIT/PDGFRA 野生型胃肠道间质瘤的 ctDNA 中发现的新型有害 TP53 体细胞突变的克隆选择
晚期胃肠道间质瘤 (GIST) 的一线治疗标准是伊马替尼，每日以标准剂量给药，直至肿瘤进展。伊马替尼耐药性通常是通过肿瘤 DNA 中基因突变的克隆选择而发生的，增加伊马替尼剂量已被证明可以有效克服伊马替尼耐药性。野生型 GIST 不显示 KIT 或血小板衍生生长因子受体 α (PDGFRA) 突变，通常对伊马替尼不敏感，并且在治疗过程中往往会迅速复发。我们在此报告一名 53 岁男性胃 GIST 患者的病例，该患者主要对伊马替尼没有反应，尽管增加了伊马替尼剂量，但仍导致患者死亡。通过使用深度下一代测序条形码感知方法，我们分析了患者 cfDNA 中一组可操作的癌症相关基因，以研究导致伊马替尼耐药的体细胞变化。我们在两个系列循环肿瘤 DNA (ctDNA) 样本中发现，位于剪接受体位点并导致蛋白质功能丧失的从未描述过的 TP53 突变 (c.560-7_560-2delCTCTTAinsT) 的等位基因频率急剧增加。通过数字液滴 PCR 在原发性肿瘤中以亚克隆频率 (0.1%) 回顾性地鉴定了相同的 TP53 突变。在转移性肝病变中检测到的突变等位基因频率非常高 (99%)，表明在肿瘤进展过程中突变的快速克隆选择。稳态下的伊马替尼血浆浓度高于文献报道的最低有效浓度阈值 760 ng/ml。计算机模拟预测新生 TP53 (c.560-7_560-2delCTCTTAinsT) 突变与异常 RNA 剪接和侵袭性表型有关，这可能导致尽管使用了