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DPOB 战略计划 2025 RFP 最终版.docx
近年来，巴尔的摩市中心发展势头强劲，这得益于 2018 年至 2028 年期间近 70 亿美元的新投资，以及市长的战略行动计划 - 市中心崛起，以及公共空间项目、战略合作伙伴关系以及 BOOST 计划和大型标牌激活等举措。然而，我们承认市中心正处于持续的过渡期，这是调整我们的优先事项、加强伙伴关系和巩固现有势头的关键时刻。
apobec3f是在2022年爆发
Monkeypox（MPOX）是由MPOX病毒（MPXV）引起的一种被忽视的人畜共患感染疾病。该病毒属于正托病毒属，由双链的197-kb脱氧核酸（DNA）基因组组成。Monkeypox病毒于1958年首次从Macaca fassicularis分离出来，该病毒起源于新加坡，进口到哥本哈根，该哥本哈根随后引起了圈养的cynomolgus猴子的爆发[1]。到1970年，该病毒被证明能够人畜共患病到Humans，但仍包含在非洲，引起了孤立的感染EP-肾素。直到2003年，与非洲小型哺乳动物的进口有关的爆发出现在美国[2]。2017年，在几十年未识别案件之后，西非最大的MPOX爆发发生在尼日利亚[3]。从2018年到2021年，从尼日利亚进口了几起案件，向英国，以色列和新加坡等非流行国家进口[4-7]。2022年5月，迅速
体内量化影响 BK 多瘤病毒 VP1 基因的 APOBEC3 突变率
摘要：BK 多瘤病毒 (BKPyV) 衣壳突变在肾移植 (KTx) 接受者体内积累，病毒持续复制。这些突变与中和逃逸有关，似乎是由于宿主细胞 APOBEC3A/B 酶使胞嘧啶脱氨而产生的。为了研究患者体内发生的致突变过程，我们扩增了 VP1 基因的分型区，对扩增子进行了 5000-10,000 × 深度测序，并确定了罕见突变，这些突变与 COSMIC 突变特征相吻合。在携带 BKPyV 基因组的质粒的扩增子中确定了背景突变，并与来自法国和越南的 23 名 KTx 接受者的 148 个样本中观察到的突变进行了比较。在尿液、血清和肾脏活检样本中持续观察到三种突变特征，其中两种，SBS2 和 SBS13，与 APOBEC3A/B 活性相对应。此外，在患者样本和体外感染 BKPyV 的细胞中均检测到了第三个病因不明的特征 SBS89。定量上，尿液样本中的 APOBEC3A/B 突变率与尿液病毒载量密切相关，并且似乎因人而异。这些结果证实，APOBEC3A/B 是患者 BKPyV 基因组突变的主要来源，但并非唯一来源。
apobec促进鳞状细胞转变
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权所有，该版本发布于2024年11月20日。 https://doi.org/10.1101/2023.07.02.547443 doi：biorxiv Preprint
POBORONIUC Marian-Silviu - 博士研究
社交技能和能力 - 团队精神：在研究项目（超过 20 个）、部门内和学院内开展的活动。 - 能够适应多元文化环境：我获得了德国和英国的博士后奖学金，在那里我在一个由不同国籍的成员组成的团队中工作，我适应得很好，取得了很大的成绩，回到罗马尼亚后我仍然与他们继续合作。 - 沟通技巧：通过我的工作，我通过课程、实验室和在学生面前举办的项目课培养了我的沟通技巧。我还协调了欧洲项目 SALEIE 内的一个工作包，该项目涉及各种国际语言（英语、法语）的多元文化交流。
APOBEC3 突变导致乳腺癌治疗耐药性
未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者（此版本于 2024 年 5 月 1 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.04.29.591453 doi：bioRxiv preprint
中尺度 DNA 特征影响 APOBEC3A 和 APOBEC3B 脱氨酶活性并塑造肿瘤突变景观
抗病毒 DNA 胞嘧啶脱氨酶 APOBEC3A 和 APOBEC3B 是癌症突变的主要来源，它们催化胞嘧啶脱氨为尿嘧啶。APOBEC3A 优先靶向单链 DNA，对采用茎环二级结构的 DNA 区域具有明显的亲和力。然而，APOBEC3A 和 APOBEC3B 的详细底物偏好尚未完全确定，DNA 序列对 APO-BEC3A 和 APOBEC3B 脱氨酶活性的具体影响仍有待研究。在这里，我们发现 APOBEC3B 也选择性地靶向 DNA 茎环结构，它们与 APOBEC3A 脱氨的结构不同。我们开发了 Oligo-seq，这是一种基于体外测序的方法，用于识别促进 APOBEC3A 和 APOBEC3B 活性的特定序列环境。通过这种方法，我们证明了 APOBEC3A 和 APOBEC3B 脱氨酶活性受到目标胞嘧啶周围特定序列的强烈调控。此外，我们还确定了 APOBEC3B 和 APOBEC3A 的结构特征，这些特征决定了它们的底物偏好。重要的是，我们确定了肿瘤基因组内发夹形成序列中 APOBEC3B 诱导的突变与 APOBEC3A 突变的 DNA 茎环序列不同。总之，我们的研究提供了证据，表明 APOBEC3A 和 APOBEC3B 可以在癌症基因组中产生不同的突变景观，这是由它们独特的底物选择性驱动的。
治疗诱导的 APOBEC3A 驱动持续性癌细胞的进化
* 通讯地址：Aaron N. Hata，麻省总医院癌症中心，149 13th St，查尔斯顿，马萨诸塞州 02129，美国。ahata@mgh.harvard.edu，Michael S. Lawrence，麻省总医院癌症中心，149 13th St，查尔斯顿，马萨诸塞州 02129，美国。mslawrence@mgh.harvard.edu，Hideko Isozaki，麻省总医院癌症中心，149 13 th St，查尔斯顿，马萨诸塞州 02129，美国。hisozaki@mgh.harvard.edu。‡ 同等贡献作者贡献 HI、ANH、MSL 设计了研究、分析了数据并撰写了论文。HI、NN、WS、SM、MS、HFC、FMS、DT、HA、VN 和 ANH 进行了细胞系实验，研究药物敏感性和耐药性演变、APOBEC 表达分析和细胞信号通路研究。 SO、PJ 和 RB 进行 RNA 编辑研究。HI 和 MS 进行 DNA 损伤实验。HI、NN、HFC、NP、SB、MGC 进行肿瘤异种移植研究。KD、AR 从 NSCLC 患者中生成了患者来源的细胞系。RS、AA、AL、ML、CO、CSC、JJL、YEM 和 MSL 对细胞培养实验模型和临床肿瘤样本的全基因组和全外显子组测序、RNA-seq 和 ATAC-seq 进行计算分析。LZ、NJD、CB、GG、RB、JAE 参与实验设计和数据解释。MKB、RGC、ATS、JFG、JJL、LVS 和 ZP 提供了 NSCLC 患者样本和临床数据解释。BYY 对患者样本进行统计分析。ANH 和 MSL 对研究做出了同等贡献。所有作者都讨论了结果并对手稿发表了评论。
APOBEC3在MPOX病毒中的脱氨酶编辑是自2016年以来的持续人类传播的证据
从历史上看，MPOX被认为是一种流行的人畜共患病，通过与西部和中非的储层啮齿动物宿主接触来传播。然而，在2022年5月，发现了人类的MPOX病例在国际上传播，这些案例在拥有已知流行水库的国家以外。在测序2022年的第一批病例时，它们与先前采样的最接近的MPOX病毒（MPXV）共享了42个核苷酸差异。几乎所有这些突变都是Apobec3脱氨酶的作用的特征，即具有抗病毒功能的宿主酶。假设APOBEC3编辑是人类MPXV感染的特征，我们开发了一种双过程系统发育分子时钟，该时钟每年推断出〜6个APOBEC3突变的速率 - 估计MPXV自2016年以来一直在人类中循环。这些持续MPXV传播的观察结果表明了MPXV流行病学的感知范式作为人畜共患病的基本转变，并强调了需要修改MPXV周围的公共健康消息以及爆发管理和控制的必要性。s