尽管具有革命性的地位,但CRISPR/CAS技术确实具有明显的局限性和负债。CRISPR/CAS的最重要局限性是进行脱离目标编辑的潜力,因此CRISPR/CAS在意想不到的位置削减了DNA。这种脱离目标(OT)编辑可以扭曲功能实验的解释并引入噪声和可变性,从而降低实验结果和功能结论的可靠性。重要的是,在CRISPR的治疗应用中,OT活性尤其危险,即使频率非常低的OT编辑也可能具有深刻的灾难性结果2,3。为了应对这一挑战,该领域的许多努力都致力于改进Guiderna(GRNA)设计,以确保目标特异性4和工程CAS变体具有改善的忠诚度5。同时,测量OT效应的方法,例如指南seq 6,圆形序列7和site-seq 8,也有助于提高我们量化和合理化OT编辑的能力。此外,预测OT的能力对该领域的重要性提高,从而导致开发了多种用于预测OT位点的计算方法。
然而,尽管 CRISPR/Cas 技术具有革命性的地位,但它也存在明显的局限性和缺陷。CRISPR/Cas 最重要的限制是可能出现脱靶编辑,即 CRISPR/Cas 在非预期的位置切割 DNA。这种脱靶(OT)编辑会扭曲功能实验的解释,引入噪音和变异性,从而降低实验结果和功能性结论的可靠性。重要的是,OT 活性在 CRISPR 的治疗应用中尤其危险,在这种情况下,即使非常低频率的 OT 编辑也可能产生极其灾难性的后果 2,3 。为了应对这一挑战,该领域的许多努力都集中在改进 guideRNA(gRNA)设计以确保靶标特异性 4 和设计具有更高保真度的 Cas 变体 5 。同时,测量 OT 效应的方法,例如 GUIDE-seq 6 、CIRCLE-seq 7 和 SITE-seq 8 ,也有助于提高我们量化和合理化 OT 编辑的能力。此外,预测 OT 的能力对于该领域来说越来越重要,从而导致开发出各种用于预测 OT 位点的计算方法。
Md. Toufikuzzaman 是孟加拉国工程技术大学 (BUET) 计算机科学与工程系的讲师。他的研究兴趣是机器学习、人工智能和生物信息学的应用。Md. Abul Hassan Samee 是贝勒医学院综合生理学系的助理教授。他的研究重点是生物物理学、机器学习和比较基因组学。M. Sohel Rahman 是孟加拉国工程技术大学 (BUET) 计算机科学与工程系的教授。他的研究兴趣包括算法、生物信息学和元启发式。收到日期:2023 年 8 月 4 日。修订日期:2023 年 12 月 14 日。接受日期:2023 年 12 月 19 日 © 作者 2024。牛津大学出版社出版。这是一篇开放存取文章,根据知识共享署名许可协议 ( https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ ) 分发,允许在任何媒体中不受限制地重复使用、分发和复制,只要对原始作品进行适当的引用。
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