后基因组时代,人们已经开发出多种计算方法(例如 PolyPhen、SIFT 和 GERP)来对单核苷酸变异 (SNV) 和短插入/缺失对人类基因组的影响进行排序。组合注释依赖性消耗 (CADD) 就是这些计算方法之一。它是一种基于 60 多个基因组特征(包括 GERP、ENCODE、phyloP、SIFT、PolyPhen)建立的综合指数,用于衡量人类基因组中遗传变异的风险。因此,该方法可以更可靠地评估 SNV 的有害性。CADD 工具分数(C 分数)是根据从进化约束、周围序列背景、表观遗传测量、功能预测和基因模型注释中得出的几种基因组特征计算得出的(Kircher 等人,2014;Rentzsch 等人,2019)。 CADD 是一种广泛使用的指数,用于测量 SNV 对人类严重孟德尔遗传疾病的因果影响。
常染色体隐性粘膜性糖尿病I(MPS-I)是一种天生的代谢误差,其中硫酸乙酰肝素和硫酸乙酰肝素硫酸盐由于酶α-iduronidase(IDUA)的缺乏而在细胞中积聚在细胞中,这在直系群中更为普遍。以前,据报道α-辅助酶(IDUA)基因中的变体引起MPS-1表型。本研究的目的是确定十个无关的MPS-1的IDUA基因中的遗传变异,影响了巴基斯坦伊斯兰堡的巴基斯坦医学科学研究所(PIMS),巴基斯坦伊斯兰堡的儿童医院。收集了受影响和未受影响的家庭成员的血液样本,并进行了IDUA基因的测序。在对所有鉴定出的引起疾病变体的硅分析中进行了检查,以检查其对蛋白质结构和功能的影响。对所有MPS-1患者的临床检查均表现出粗糙的面部特征,骨骼畸形,疝气,角膜阴影,腹部延伸和肝肾上腺全球。iDUA基因的测序显示了十种错义变化和八个同义变化。在包括突变品尝器,筛分,多形和普罗普兰在内的有机工具中提出了三种变体,是引起疾病的三种变体。在疾病引起的变异中,在我们的分析家庭的80%中鉴定出了先前报道的错义变体,即c.1469t> c引起p.leu490pro。此外,这是一种新颖的14个核苷酸缺失,即C.568_581DEL AACGTCTCCATGAC引起P.ASN190HIFFS*204和单个核苷酸缺失,即C.784DELC引起P.His262thrfs*55造成了与P.His262thrfs*55造成了与MMS-spy sectize seectize。这项研究报告了80%的筛查家庭中的先前报道的错义变体,一种小说(C.568_581DEL AACGTCTCCATGAC)和先前报道的引起疾病的缺失。
全基因组关联研究大大增加了T2DM相关风险变异的数量,但大多数都集中在欧洲起源的种群上。在包括巴基斯坦在内的发展中国家,此类研究缺乏。巴基斯坦人口中T2DM的高流行促使我们设计了这项研究。 我们已经在Pashtun种族人口中设计了一个两个阶段(发现阶段和验证阶段)病例对照研究,其中招募了500个T2DM病例和对照,以研究T2DM遗传风险变异。 在发现阶段的整个外显子组测序(WES)中用于基于SIFT和多phen评分,并建议T2DM致病性SNP。在验证阶段,使用Massar-Ray基因分型和适当的统计检验确认了所选变体的T2DM关联。 研究结果表明,目标正相关rs1801282/ pPARG(OR = 1.24,95%Cl = 1.20–1.46,p = 0.010),rs745975/ hnf4a(OR = 1.30,95%cl = 1.06-1.38,p = 1.06–1.38,p = 0.004),或95%CLIS,RS RS RS rS rs rs = 1.252(rs rs rs rs glis) 1.07–1.66,p = 0.016),rs8192552/ mtnr1b(OR = 1.53,95%Cl = 0.56–1.95,p = 0.012)和rs1805097/ irs-2(OR = 1.27,95%cl = 1.36-1.36–1.92,p = 0.045)而RS6415788/ GLIS3,RS61788900/ NOTCH2,RS61788901/ NOTCH2和RS11810554/ NOTCH2(p> 0.05)均显示无显着关联。 识别遗传风险因素/变体可以用于定义高风险受试者评估和预防疾病。巴基斯坦人口中T2DM的高流行促使我们设计了这项研究。我们已经在Pashtun种族人口中设计了一个两个阶段(发现阶段和验证阶段)病例对照研究,其中招募了500个T2DM病例和对照,以研究T2DM遗传风险变异。在发现阶段的整个外显子组测序(WES)中用于基于SIFT和多phen评分,并建议T2DM致病性SNP。在验证阶段,使用Massar-Ray基因分型和适当的统计检验确认了所选变体的T2DM关联。研究结果表明,目标正相关rs1801282/ pPARG(OR = 1.24,95%Cl = 1.20–1.46,p = 0.010),rs745975/ hnf4a(OR = 1.30,95%cl = 1.06-1.38,p = 1.06–1.38,p = 0.004),或95%CLIS,RS RS RS rS rs rs = 1.252(rs rs rs rs glis) 1.07–1.66,p = 0.016),rs8192552/ mtnr1b(OR = 1.53,95%Cl = 0.56–1.95,p = 0.012)和rs1805097/ irs-2(OR = 1.27,95%cl = 1.36-1.36–1.92,p = 0.045)而RS6415788/ GLIS3,RS61788900/ NOTCH2,RS61788901/ NOTCH2和RS11810554/ NOTCH2(p> 0.05)均显示无显着关联。识别遗传风险因素/变体可以用于定义高风险受试者评估和预防疾病。
背景:全身性红斑狼疮(SLE)是一种多系统的自发性疾病,在免疫系统中具有几种畸变[1]。遗传学方面对于了解病理生理学是核心,尤其是在单基因狼疮(单基因突变)的患者中[2]。有趣的是,我们在我们地区(阿联酋/阿拉伯地区)观察到家族性SLE的患病率相对较高。研究此类病例的遗传学已经产生了已知引起SLE的基因突变。在这里,我们报告了3个兄弟姐妹,在DNAES1L3中具有突变,导致se和低脑性荨麻疹血管炎(HUV)[3]。目标:报告具有单基因SLE和HUV的3个兄弟姐妹的临床和遗传表现,并讨论临床病理学相关性。方法:通过我们的SLE临床队列确定患者。获得了患者/监护人的知情同意,以参加我们机构的“门德利项目”研究。该研究得到当地IRB委员会的批准。进行了整个外显子组测序(WES)。在SLE和HUV的临床表现中分析了初始测序的结果。结果:通过WES的遗传分析揭示了C.572a> g处的纯合DNASE1L3变体; p。 3个影响兄弟姐妹的ASN191SER被归类为不知道意义的变体(VUS)。母亲和健康的兄弟姐妹是该变体的杂合(载体)。这表明该变体与SLE的家族有关。临床和实验室特征列于表1。筛选C1q中的突变为阴性。dnase1l3变体c.572a> g,p.asn191ser是一种新型变体,以前在文献或人类遗传突变数据库(HGMD)中没有报道过。计算(内部)致病性预测工具预测了变体的损害效应(polyphen:damaging,sift:有害,保护:高)。所有三个兄弟姐妹都会形成HUV作为最初的手段,这是皮肤活检证实的。在较老的兄弟姐妹中,他们甚至符合SLE的标准,HUV随着其他SLE症状的出现而解决。最年轻的兄弟姐妹尚未符合SLE的标准,只有皮肤与衰弱的HUV(嫩病变和手/脚肿胀)有关。发现该患者的C1Q水平非常低,没有抗C1Q抗体。值得注意的是,HUV在该患者中最严重。