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GPU 加速药物研发与 Summit 超级计算机对接：移植、优化和应用于 COVID-19 研究

蛋白质-配体对接是一种计算机模拟工具，用于在药物发现活动中筛选潜在药物化合物与给定蛋白质受体结合的能力。实验性药物筛选成本高昂且耗时，因此需要以高通量的方式进行大规模对接计算以缩小实验搜索空间。现有的计算对接工具中很少有考虑到高性能计算而设计的。因此，通过优化最大限度地利用领先级计算设施提供的高性能计算资源，可以使这些设施用于药物发现。在这里，我们介绍了 AutoDock-GPU 程序在 Summit 超级计算机上的移植、优化和验证，以及它在针对导致当前 COVID-19 大流行的 SARS-CoV-2 病毒蛋白的初步化合物筛选工作中的应用。1