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研究基础设施专业人员计划（RIPP）
2。Aim ................................................................................................................................ 6
冲击引起的雪地地球的启动：模型研究
摘要：测序技术的最新进展揭示了核糖体合成和翻译后修饰的肽（RIPP）的巨大潜力，该肽（RIPP）在微生物中编码。I类Lantibiotics（例如Nisin A）被广泛用作食品防腐剂，已被调查，以杀死病原体的功效。然而，尼生蛋白和尼宁样的I类脂源对居住在人肠道中的共生细菌的影响尚不清楚。在这里，我们报告了六种肠道衍生的I类脂肪生物，它们是Nisin的密切同源物，其中四种是新颖的。，我们应用了改进的甘型生物表达平台，以生产和净化这些甘脂蛋白用于抗菌测定。我们确定了它们针对革兰氏阳性人类病原体和肠道分子的最低抑制浓度（MIC），并在这些病原体和共生中介绍了耐脂蛋白耐药性基因。与类似物的结构 - 活性关系（SAR）研究揭示了影响其抗菌特性的关键区域和残基。我们对病原体和人类肠道分子的乳蛋白样富生物的特征和SAR研究可能会揭示基于甘西生酰化的疗法和食品防腐剂的未来发展。■简介
圣乔治天主教堂
Patrick Amtman、Robert Baader、David J. Baczewski、Paul Baio、Terrence Baker、Walter Boreman、Angie Brady、Dominick Byrne、Laurie Cassidy、David Charleston、Baby Eden Grace Clausius、Margaret Concannon、Diane Cosgrave、Mary Deskovich、Paula Dettmann、Julie Donohoe、Cecelia Dusek、Ted Dybas、Darlene Everson、Abigail Fanscali、Joe Ficaro、Emer Flannagan、Eugene Georges、Jennifer Godzer Grimm、Marirose Grosschadl、Holly Hesselschwardt、Carole Holding、Sandra Jakala、Robyn (Kristinat) Jankosky、Robert Klein、Dean Kosek、Donald Lavey、Carol Manow、Noreen Mariani、Baby Ripp Mayer、Kelsey Mercado、Kathleen Mohan、Deborah Mraz、Patricia Murphy、Judy Nelson、格温·诺维拉斯、布莱恩·奥康纳、迪肯·乔·帕内克、帕特·保罗、约翰·波利、夏洛特·普拉特、贝蒂·普鲁塞蒂斯、杰克·雷米、尤妮丝·罗比、坎查娜·萨坦、杰伊·斯科特、丹尼斯·舒布、玛丽·安·斯图尔特、理查德·斯图尔特、V·帕特里夏·沙利文、马特·泰勒、萨拉·泰勒、玛吉·托马斯、塔米·托马斯、丹尼斯·托里、玛琳·托里、莱斯利·瓦西克、斯特拉·瓦西克、凯西·范德杰克、汤姆·范德·桑登、爱德华·沃纳、雪莉·怀德拉
算法，专家还是两者？评估特征选择方法对用户偏好和Reliance
sof umer洞穴是一个未开发的极端环境，可容纳新型微生物和潜在的遗传资源。来自洞穴的微生物组已被遗传适应以产生各种生物活性代谢产物，使它们能够生存并耐受苛刻的结合。然而，尚未探索Sof umer Cave微生物中与生物合成相关的基因簇标志。因此，使用高通量shot弹枪测序来探索sof umer Cave的微生物组中与生物合成相关的基因簇（BGC）。Geneall DNA土壤迷你试剂盒用于从均质样品中提取高分子量DNA，并使用Novaseq PE150对纯化的DNA进行测序。根据微-RN数据库，乌默洞穴中最常见的微生物属是原细菌，静脉细菌，verrucomicrobobiota和蓝细菌。对与生物合成相关的基因簇进行了注释并分类，并使用抗石和NAPDOS1预先对BGC进行预令。确定了编码广泛的二级代谢物的BGC的460个推定区域，包括RIPP（47.82％），萜烯（19.57％），NRPS（13.04％），杂种（2.18％）和其他新的注释（10.87％）com punds。此外，NAPDOS管道还从链霉菌素的链霉菌素（链霉菌素基因肌链霉菌素）中鉴定出钙依赖性的抗生素基因簇，来自链霉菌Chrysomallus的放线菌素基因簇和来自链霉菌链霉菌的博霉素基因簇。这些发现突出了Sof Umer Cave微生物组的未开发的生物合成潜力，以及其发现天然产物的潜力。
化学科学-RSC出版
候选生物合成基因簇（BGC）的数量远远超过了迄今为止在结构上表征（目前约80个结构）的套管肽的数量。12 - 14与许多天然产品的BGC一样，培养天然生产者细胞可能会具有挑战性。此外，缺乏相关的生物学理解，可以防止BGC在本机生产者中的转录激活。在拉索肽生物合成中，前体肽A（固定铅肽和核心肽的征为）是由蛋白酶B首先处理的，该蛋白酶b裂解了领位肽的裂解。在来自静脉细菌和坚果类似物的某些拉索肽的生物合成中，蛋白酶B是一种包含蛋白B1的酶复合物（RIPP前体肽识别元件的例子，RRE RRE）14,15和蛋白B2。a r型肽肽的裂解，所谓的“核心肽”是由环酶C酶催化的N末端大分子环形成的底物，从而产生成熟的宽松肽产物（图。1b）。尽管B/C蛋白采用的精确催化机制仍然没有表征，但有报道表明它们表现出一定程度的底物滥交。16 - 22这为使用基因工程方法提供了有效产生套索肽衍生物的机会。也就是说，只要可以通过下游加工B/C蛋白来耐受核心肽的氨基酸残基。在与本地生产者的BGC合作时回顾上述问题，毫不奇怪，这样的
放线菌研究进展：2019 年 ActinoBase 综述
收到日期：2020 年 2 月 21 日；接受日期：2020 年 5 月 28 日；发布日期：2020 年 6 月 19 日 作者隶属关系：1 英国东英吉利大学生物科学学院，诺里奇研究园区，诺里奇，诺福克 NR4 7TJ，英国；2 英国斯特拉斯克莱德大学斯特拉斯克莱德药学和生物医学科学研究所，格拉斯哥大教堂街 161 号，G4 0RE，英国；3 英国兰开夏郡 Edge Hill 大学生物系，L39 4QP；4 英国诺里奇约翰英纳斯中心分子微生物学系，NR4 7UH。 *通讯作者：Thomas C. McLean，T.mclean@uea.ac.uk 关键词：ActinoBase；放线菌；抗生素；发展；方法学；微生物生态学；调节；特殊代谢物；链霉菌；共生。缩写：antiSMASH，抗生素和次级代谢物分析壳；ARTS，抗生素耐药性靶向搜索者；BCI，巴罗科罗拉多岛；BGC，生物合成基因簇；c-di-GMP，3'，5'-环二鸟苷酸；ChIP-seq，染色质免疫沉淀测序；DSB，双链断裂；EHEC，肠出血性大肠杆菌；EPEC，肠致病性大肠杆菌；GMC，共同进化的地理马赛克理论；GNPS，全球天然产物社会分子网络；GPA，糖肽抗生素；GPA，糖肽抗生素；HMM，隐马尔可夫模型；ISBA，放线菌生物学国际研讨会；LEE，肠细胞消除位点；MAG，宏基因组组装基因组；NRPS，非核糖体肽合成酶； PKS，聚酮合酶；RiPP，核糖体合成和翻译后修饰肽；SNP，单核苷酸多态性；TCS，双组分系统；T3SS，III 型分泌系统；WGS，全基因组测序。† 这些作者对本作品的贡献相同 000944 © 2020 作者
![arXiv:2109.02202v1 [cs.AI] 2021 年 9 月 6 日](/simg/g:\will\search\icon\source\5\55baf6cb57275ce7df25ca5c5de85c262f57827f.png)
arXiv:2109.02202v1 [cs.AI] 2021 年 9 月 6 日
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Chan 并代表 COPE 联盟。 2021。COVID-19 疫苗犹豫和使用方面的种族和民族差异。 medRxiv (2021)。 https://doi.org/10.1101/2021.02.25.21252402 arXiv:https://www.medrxiv.org/content/early/2021/02/28/2021.02.25.21252402.full.pdf [19] Anne Pollock。2012. 4. 超越基因决定论的奴隶制假说。在《药物治疗种族》中。杜克大学出版社，107–130。 [20] Amit Prasad。2021. 反科学的错误信息和阴谋：COVID-19、后真相和科学与技术研究（STS）。科学、技术与社会 (2021)。https://doi.org/10.1177/09717218211003413 [21] Kelsey Ripp 和 Lundy Braun。 2017。医学教育中的种族/民族：美国医师执照考试第一步问题库分析。医学教学与学习 29, 2 (2017)，115–122。[22] Angela Saini。2019。优越性：种族科学的回归。Beacon Press。[23] Jennifer Tsai、Laura Ucik、Nell Baldwin、Christopher Hasslinger 和 Paul George。2016。种族问题？审视和重新思考临床前医学教育中的种族形象。学术医学 91, 7 (2016)，916–920。[18] Long H. Nguyen、Amit D. Joshi、David A. Drew、Jordi Merino、Wenjie Ma、Chun-Han Lo、Sohee Kwon、Kai Wang、Mark S. Graham、Lorenzo Polidori、CristinaMenni、Carole H. Sudre、Adjoa Anyane-Yeboa、Christina M. Astley、Erica T. Warner、ChristinaY. Hu、Somesh Selvachandran、RichardDavies、Denis Nash、Paul W. Franks、Jonathan Wolf、Sebastien Ourselin、Claire J. Steves、Tim D. Spector、Andrew T. Chan 以及 COPE 联盟代表。2021 年。COVID-19 疫苗犹豫和接种中的种族和族裔差异。medRxiv (2021)。 https://doi.org/10.1101/2021.02.25.21252402 arXiv:https://www.medrxiv.org/content/early/2021/02/28/2021.02.25.21252402.full.pdf [19] Anne Pollock。2012. 4. 超越基因决定论的奴隶制假说。在《药物治疗种族》中。杜克大学出版社，107–130。 [20] Amit Prasad。2021. 反科学的错误信息和阴谋：COVID-19、后真相和科学与技术研究（STS）。科学、技术与社会 (2021)。https://doi.org/10.1177/09717218211003413 [21] Kelsey Ripp 和 Lundy Braun。 2017。医学教育中的种族/民族：美国医师执照考试第一步问题库分析。医学教学与学习 29, 2 (2017)，115–122。[22] Angela Saini。2019。优越性：种族科学的回归。Beacon Press。[23] Jennifer Tsai、Laura Ucik、Nell Baldwin、Christopher Hasslinger 和 Paul George。2016。种族问题？审视和重新思考临床前医学教育中的种族形象。学术医学 91, 7 (2016)，916–920。[18] Long H. Nguyen、Amit D. Joshi、David A. Drew、Jordi Merino、Wenjie Ma、Chun-Han Lo、Sohee Kwon、Kai Wang、Mark S. Graham、Lorenzo Polidori、CristinaMenni、Carole H. Sudre、Adjoa Anyane-Yeboa、Christina M. Astley、Erica T. Warner、ChristinaY. Hu、Somesh Selvachandran、RichardDavies、Denis Nash、Paul W. Franks、Jonathan Wolf、Sebastien Ourselin、Claire J. Steves、Tim D. Spector、Andrew T. Chan 以及 COPE 联盟代表。2021 年。COVID-19 疫苗犹豫和接种中的种族和族裔差异。medRxiv (2021)。 https://doi.org/10.1101/2021.02.25.21252402 arXiv:https://www.medrxiv.org/content/early/2021/02/28/2021.02.25.21252402.full.pdf [19] Anne Pollock。2012. 4. 超越基因决定论的奴隶制假说。在《药物治疗种族》中。杜克大学出版社，107–130。 [20] Amit Prasad。2021. 反科学的错误信息和阴谋：COVID-19、后真相和科学与技术研究（STS）。科学、技术与社会 (2021)。https://doi.org/10.1177/09717218211003413 [21] Kelsey Ripp 和 Lundy Braun。 2017。医学教育中的种族/民族：美国医师执照考试第一步问题库分析。医学教学与学习 29, 2 (2017)，115–122。[22] Angela Saini。2019。优越性：种族科学的回归。Beacon Press。[23] Jennifer Tsai、Laura Ucik、Nell Baldwin、Christopher Hasslinger 和 Paul George。2016。种族问题？审视和重新思考临床前医学教育中的种族形象。学术医学 91, 7 (2016)，916–920。种族问题？审视并重新思考临床前医学教育中的种族描述。《学术医学》91，7（2016），916–920。种族问题？审视并重新思考临床前医学教育中的种族描述。《学术医学》91，7（2016），916–920。