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生命的桑格树碎片DNA清理：手动SPRI
使用sanger of Life of Life HMW DNA碎片剪切的DNA：DIAGENODEMEGAUPTOR®3用于PACBIO HIFI协议，使用0.6倍Ampure PB珠与DNA体积的比例。对于使用生命的Sanger树剪切的DNA HMW DNA碎片：DIAGENODEMEGAUPTOR®3用于LI PACBIO协议，使用1倍Ampure Pb珠与DNA体积的比例。对于使用生命的Sanger树剪切的DNA HMW DNA碎片：用于ULI PACBIO协议的G-Tube，使用0.6倍AMPURE PB珠与DNA体积的比例。为了允许执行QC并满足Sanger进行测序的内部需求，在步骤13中添加了49 µL的EB（3 µl为QC，45.4 µL用于测序），但是可以使用任何数量的EB缓冲液来洗脱剪切的DNA。
用于 COVID-19 严重程度监测的表面等离子体共振成像 (SPRi) 和光子集成电路 (PIC)
摘要：直接光学检测方法，例如表面等离子体共振成像 (SPRi) 和基于光子集成电路 (PIC) 的生物传感器，可实时快速无标记检测 COVID-19 抗体。每种技术，即 SPRi 和 PIC，在吞吐量、小型化、多路复用、系统集成和具有成本效益的大规模生产方面都有优点和缺点。然而，这两种技术在传感机制方面有相似之处，都可以用作护理点或护理点附近的高含量诊断，其中分析物不仅被量化，而且被全面表征。这很重要，因为最近的结果表明，不仅三种同型 IgM、IgG 和 IgA 的抗体浓度，而且结合强度（亲和力）都可以指示潜在的 COVID-19 严重程度。具有高滴度低亲和力抗体的 COVID-19 患者与疾病严重程度有关。从这个角度来看，我们提供了一些见解，说明如何有效结合 SPR 和 PIC 技术并相互补充，以全面监测 COVID-19 严重程度。这为立即做出治疗决定开辟了一条途径，使患者在感染的早期阶段得到治疗，从而大大降低病情发展为严重阶段的风险。
快速清理DNA纯化套件版本1用户手册...
高质量DNA的纯化对于剪切和剪切和标记测定至关重要。与使用自旋柱纯化DNA的许多套件不同，Cutana™快速清理DNA纯化套件采用基于Spri珠的纯化策略。在这种方法中，以特定比率添加了Spri珠，以同时选择靶DNA的大小选择和纯化。更高的珠子：DNA比捕获了不同长度的DNA片段，而较低的比率优先恢复了更长的片段。值得注意的是，这些顺磁珠与8条管兼容，可以在Cutana剪切和运行和切割和标记工作流程中精简积分。
全基因组测序和分析 - Illumina
全基因组测序和分析 - 基于 Illumina Rhabdoid (RT) Illumina 基因组板的文库构建（350-450bp 插入大小）：将 96 孔格式的 2ug 基因组 DNA 通过 Covaris E210 超声处理 30 秒进行碎裂，使用 20% 的“占空比”和 5 的“强度”。双端测序文库是按照 BC 癌症机构基因组科学中心 96 孔基因组 ~350bp-450bp 插入 Illumina 文库构建协议在 Biomek FX 机器人（Beckman-Coulter，美国）上准备的。简单来说，DNA在96孔微量滴定板中用Ampure XP SPRI 珠子纯化（每60uL DNA 40-45uL 珠子），在单一反应中分别用T4 DNA聚合酶、Klenow DNA聚合酶和T4多核苷酸激酶进行末端修复和磷酸化，然后用Ampure XP SPRI 珠子进行清理，并用Klenow片段（3'到5'外显子减去）进行3' A加尾。用Ampure XP SPRI 珠子清理后，进行picogreen定量以确定下一步接头连接反应中使用的Illumina PE接头的数量。使用 Ampure XP SPRI 珠子纯化接头连接产物，然后使用 Illumina 的 PE 索引引物组，用 Phusion DNA 聚合酶（美国赛默飞世尔科技公司）进行 PCR 扩增，循环条件为：98˚C 30 秒，然后 6 个循环，98˚C 15 秒，62˚C 30 秒，72˚C 30 秒，最后在 72˚C 延伸 5 分钟。使用 Ampure XP SPRI 珠子纯化 PCR 产物，并使用高灵敏度分析（美国珀金埃尔默公司）用 Caliper LabChip GX 检查 DNA 样本。所需大小范围的 PCR 产物经过凝胶纯化（在内部定制机器人中使用 8% PAGE 或 1.5% Metaphor 琼脂糖），并使用 Agilent DNA 1000 系列 II 检测和 Quant-iT dsDNA HS 检测试剂盒使用 Qubit 荧光计（Invitrogen）评估和量化 DNA 质量，然后稀释至 8nM。在使用 v3 化学法在 Illumina HiSeq 2000/2500 平台上生成 100bp 配对末端读数之前，通过 Quant-iT dsDNA HS 检测确认最终浓度。全基因组亚硫酸盐-Seq 文库构建和测序：使用 1-5 mg Qubit（Life Technologies，加利福尼亚州卡尔斯巴德）定量基因组 DNA 进行文库构建，如所述（Gascard 等人，2015 年）。为了追踪亚硫酸盐转化的效率，将 1 ng 未甲基化的 lambda DNA (Promega) 掺入使用 Qubit 荧光法定量的 1 µg 基因组 DNA 中，并排列在 96 孔微量滴定板中。使用 Covaris 超声处理将 DNA 剪切至 300 bp 的目标大小，并使用 DNA 连接酶和 dNTP 在 30o C 下对片段进行末端修复 30 分钟。使用 2:1 AMPure XP 珠子与样品比例纯化修复后的 DNA，并在 40 µL 洗脱缓冲液中洗脱以准备 A 尾；这涉及使用 Klenow 片段和 dATP 将腺苷添加到 DNA 片段的 3' 端，然后在 37o C 下孵育 30 分钟。用磁珠清理反应后，将胞嘧啶甲基化双端接头（5'-AmCAmCTmCTTTmCmCmCTAmCAmCGAmCGmCTmCTTmCmCGATmCT-3' 和 3'-GAGmCmCGTAAGGAmCGAmCTTGGmCGAGAAGGmCTAG-5'）在 30oC 下连接到 DNA 20 分钟，并纯化接头两侧的 DNA 片段珠。在亚硫酸盐转化之前，用 10 个 PCR 循环扩增一份文库片段，并在 Agilent Bioanalyzer 高灵敏度 DNA 芯片上进行大小测定。扩增子的长度在 200-700 bp 之间。使用 EZ Methylation-Gold 试剂盒（Zymo Research）按照制造商的方案实现甲基化接头连接的 DNA 片段的亚硫酸盐转化。五次循环
桑格生命之树HMW DNA碎片：Covaris g- ...
本协议描述了通过生命HMW DNA提取方案制备的样品中的HMW DNA的离心介导的HMW DNA片段化。该协议使用Covaris g-tube产生8–10 kb尺寸范围的片段。剪切的DNA适用于下游长读取测序，包括超低输入（ULI）库制备后的PACBIO测序。这个过程对于生命树计划中所有分类学组的DNA提取物非常有效。该协议的输出是剪切的DNA，可以使用手动或自动SPRI协议将其针对碎片的DNA清除。
仔细研究生物力学工程
他的研究调查了在全身运动过程中加载在肌肉骨骼系统中的作用，并成功治疗骨科病理。他获得了学士学位克莱姆森大学和M.S.和Ph.D.来自威斯康星大学麦迪逊分校机械工程。他曾是斯坦福大学康复研究中心的访问学者和比利时的Katholieke Universiteit（KU）Leuven的人类运动生物力学实验室。在加入SPRI之前，Smith博士是瑞士Eth Zurich运动生物力学实验室的研究员，在那里他领导了两个研究团队，专注于膝盖载荷的计算模拟和开发植入式传感器以测量肌腱株。
14-1048 技术数据表
CUTANA™ChIC/CUT&RUN 试剂盒可简化组蛋白翻译后修饰 (PTM) 和染色质相关蛋白的染色质分析。CUT&RUN 试剂盒版本 5 (v5) 现在包含额外的对照抗体 (H3K27me3)。阳性 (H3K4me3 和 H3K27me3) 和阴性 (IgG) 对照抗体与 SNAP-CUTANA™spike-in 对照配对，用于优化测定和持续测定监测 (图 2)。包含大肠杆菌 DNA 以进行数据标准化。SPRI 磁珠用于 DNA 纯化，可在整个工作流程中实现无缝多通道移液，从而最大限度地提高通量和可重复性。该试剂盒与各种输入兼容，包括源自天然、冷冻保存或交联样本的细胞或细胞核。虽然建议从 500,000 个细胞开始，但只需 5,000 个细胞即可生成可比数据。纳入对照以及与多种目标类型、样本输入和低细胞数量的兼容性，使该试剂盒成为染色质映射实验的首选解决方案。
Sanger 生命之树 HMW DNA 碎片化：用于 PacBio HiFi 的 Diagenode Megaruptor®3
本方案描述了使用 Diagenode Megaruptor®3 从 MagAttract v.1、Plant MagAttract v.1 或 Plant MagAttract v.2 Sanger Tree of Life HMW DNA 提取方案中对 HMW DNA 进行片段化。该过程对于从生命之树计划涵盖的所有分类群中提取 DNA 非常有效，DNA 被剪切成平均 12-20 kb 大小的片段。然而，具有挑战性的样本包括那些浓度高或粘度大的样本，以及 DNA 提取后含有污染物或杂质的样本。该方案的输出是剪切的 DNA，可以使用手动或自动 SPRI 方案将其用于碎片 DNA 清理。该协议已更新为 Sanger Tree of Life HMW DNA Fragmentation：Diagenode Megaruptor® 3 for LI PacBio，以处理由 Sanger Tree of Life HMW DNA Extraction：Automated MagAttract v.2、Automated Plant MagAttract v.3 和 Automated Plant MagAttract v.4 协议产生的样本。
桑格生命树Hmw DNA碎片：li pacbio
该协议描述了使用diaganodeMegaruptor®3的植物Magattract v.3或植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract V.4植物Magattract v.4使用iaganodeMegaruptor®3的生命HMW DNA提取方案的片段化。此过程对于从生命之树计划所涵盖的所有分类组中的DNA提取物中清除和较短的片段去除非常有效，DNA剪切成平均片段大小范围为12-20 kb。但是，高度浓缩或粘性样品具有挑战性。该协议的输出是剪切的DNA，可以用手动或自动化的SPRI协议针对碎片的DNA清除。该协议改编自Sanger Life Tree HMW DNA片段：Pacbio Hifi的diaganodeMegaruptor®3，以处理由Sanger Life Tree HMW DNA提取的样本HMW DNA提取：自动化MagAttract v.2，自动化植物Magattract V.3，自动化工厂Magattract V.3和自动化工厂Magattrack V.4协议。