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开发了纳米孔测序策略，用于检测突变，在金黄色葡萄球菌菌株中赋予万古霉素中间耐药性
摘要金黄色葡萄球菌是菌血症和其他医院感染的主要原因。细胞壁活性抗生素万古霉素通常用于治疗耐甲氧西林（MRSA）和敏感（MSSA）感染。万古霉素中间的金黄色葡萄球菌（Visa）变体可以通过从头突变产生。在这里，我们进行了试点实验，以开发一种基于PCR/长阅读测序的合并的方法，用于检测先前已知的签证突变。引物旨在生成10个含量涵盖与签证表型相关的16个基因。我们对牛津纳米孔衔接子的读数长期读取，我们对据和and go骨流通量进行了测序。然后，我们通过映射读取读取的父母共识或已知参考序列，并比较称为变体与实验室选择中已知签证突变的数据库进行了比较。池中的每个扩增子被测序为高（。1,000）覆盖范围，并且在扩增子长度和覆盖范围之间未发现任何关系。我们还能够检测到因果突变（步行646c。g）在源自USA300菌株的签证突变体中（来自父母菌株N384的N384-3）。将突变体（N384-3）和父母（N384）DNA从0到1个突变体以不同的比例（N384）DNA表明平均次要等位基因频率（6.5％）的突变检测阈值在95％侧置（两个标准的差异高于平均突变频率高于平均值的频率））。该研究奠定了直接的金黄色葡萄球菌抗生素抗生素基因型基因型推断，并使用临床样品的快速纳米孔测序。
利用工程化的超级色酮对抗抗生素耐药性金黄色葡萄球菌，彻底改变中毒性休克综合征的治疗方法
摘要。– 目的：金黄色葡萄球菌引起的中毒性休克综合征 (TSS) 是一种罕见但可能致命的疾病，治疗选择有限。抗生素耐药菌株的出现迫切需要开发有效的治疗方法。本研究旨在通过使用色酮作为先导化合物靶向致病毒素蛋白来识别和优化针对中毒性休克综合征的潜在候选药物。材料和方法：在本研究中，筛选了 20 种色酮以确定它们与目标蛋白的结合能力。通过添加环庚烷和酰胺基团进一步优化最佳化合物，并使用化学吸收、分布、代谢、排泄和毒性 (ADMET) 分析评估所得化合物的类药特性。结果：在筛选的化合物中，7-葡萄糖氧基-5-羟基-2-[2-(4-羟基苯基)乙基]色酮表现出最高的结合亲和力，分子量为341.40 g/mol，结合能为-10.0 kcal/mol。优化后的化合物表现出良好的类药物特性，包括高水溶性、合成可及性、皮肤渗透性、生物利用度和胃肠道吸收。结论：这项研究表明，色酮可以进行工程改造，以开发有效的药物来对抗金黄色葡萄球菌引起的中毒性休克综合征。优化后的化合物有可能成为治疗中毒性休克综合征的一种有前途的治疗剂，为患有这种危及生命的中毒性休克综合征的患者带来新的希望。
甲氧西林，阿莫西林和氨基霉素抗毒素耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）菌株从牛乳腺炎中分离出的
金黄色葡萄球菌是一种革兰氏阳性病原体，通常与牛乳腺炎有关，牛乳腺炎是一种影响奶牛乳房的传染病。本研究的目的是评估甲氧西林，阿莫西林和氨苄青霉素的抗菌功效，用于检测与牛乳杆菌抗甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）菌株的抗菌功效。从方法论上讲，它是在使用板盘扩散法（Kirby-Bauer）进行抗菌活性的，并在2 µg和10 µg下使用阿莫西林和氨苄青霉素，也遵循临床和实验室标准研究所的建议。用于检测耐药性甲氧西林菌株，使用1 µg的阿沙西林，三30 µg头孢辛丁蛋白。该研究是针对正在研究的50个细菌菌株进行的，这些细菌被分离和鉴定。应用治疗表现出了非常显着的作用（p <0.05）。此外，观察到分别观察到2 µg 2 µg阿莫西林和氨苄青霉素的50％和60％的电阻。此外，分别观察到60％和68％至10μg的阿莫西林和氨苄青霉素的耐药性，表明金黄色葡萄球菌正在开发赋予抗菌耐药性的机制。为了进一步研究这一点，使用1 µg阿沙西林盘和30 µg头孢辛蛋白进行了抗菌活性，表明分离株的36％和32％分别对这些药物具有抗性。在表型上，将32％（n = 16）鉴定为金黄色葡萄球菌（MRSA），表明对所有测试的β-乳酰胺的抗性。
细胞外囊泡和基因型特征在糖尿病足综合征患者病原菌群中临床金黄色葡萄球菌分离株抗生素耐药性形成中的作用
有研究表明，对抗大生物体免疫因素的防御是通过形成对革兰氏阳性菌有溶解作用的膜囊泡来实现的，而这反过来可能导致微生物产生抗生素耐药性。金黄色葡萄球菌 ( S. aureus ) 是引起糖尿病足综合征 (DFS) 的常见病原体。我们描述了抗生素耐药性以及溶解囊泡作为金黄色葡萄球菌分离株和金黄色葡萄球菌参考菌株培养物中抗生素耐药性的作用。此外，我们使用枯草芽孢杆菌 ( B. subtilis ) 来确定囊泡在 36 名不同年龄的缺血性和混合性 DFS 患者中的溶解作用。这项研究的结果是，我们发现膜囊泡具有溶解作用，在金黄色葡萄球菌参考菌株及其临床分离株的囊泡周围以及枯草芽孢杆菌参考菌株的囊泡周围均形成了溶解区。在编码对多种抗生素耐药性的基因中，16.7%的临床菌株检测到blaCTX-M-2基因，11.1%的菌株检测到Erm和Tet基因，5.5%的菌株检测到Mec-1基因，5.5%的菌株检测到VanA和VanB基因。5.5%的菌株还检测到了质粒介导的喹诺酮类药物耐药基因qnrB。同时，11.1%的金黄色葡萄球菌临床菌株检测到多重耐药。进一步的研究应分析所述基因对粘附和膜囊泡形成的贡献及其在DFS患者和其他来源的伤口和感染的伤口愈合发病机制中的意义。
探索氨基酸和肽转运蛋白作为葡萄球菌中毒力和抗生素耐药性的治疗靶标
氨基酸对于维持细胞完整性和代谢稳态至关重要。除了蛋白质合成之外，氨基酸也是核苷酸，脂质和细胞壁成分生物合成的前体。s。金黄色葡萄球菌可以合成许多此类氨基酸，但通常会从外部环境中转移到细胞中[2]。有限的葡萄糖可用性（例如，脓肿中）代表了一个环境，其中肽或氨基酸的分解代谢对金黄色葡萄球菌的生长很重要[3]。生物启动分析揭示了启用s的几种途径。金黄色葡萄球菌可分解多种氨基酸，进而可以生成关键的中央代谢中间体，例如丙酮酸，草乙酸和2-氧化甲酸酯。反映了氨基酸在代谢中的重要性，s。金黄色葡萄球菌具有多种寡肽磁盘，游离氨基酸转运蛋白和蛋白酶以降解宿主蛋白。分析64 s。金黄色葡萄球菌菌株表明，氨基酸代谢基因与pangenome分别相关[4]，表明靶向与核心氨基酸代谢相关的转运蛋白可能具有针对多样化S的更广泛的治疗潜力。金黄色葡萄球菌分离。氨基酸，肽，渗透剂和核苷摄取系统的多样性和冗余也带来了重大挑战。在USA300_FPR3757基因组中至少有292个基因，预计将编码膜转运蛋白，其中120个似乎与氨基酸，渗透剂或核苷转运有关。从历史上看，细菌膜转运的研究生物信息学工具通常有助于识别和预测固定转运蛋白的功能，但是需要实验性工作来验证按测量值运输的底物及其生理角色。
对牙髓密封剂对金黄色葡萄球菌和链球菌的抗菌疗效的比较评估：一项体外研究
简介：牙髓疗法旨在消除根管系统中的微生物感染并防止再感染，从而确保根尖的组织愈合。持续的细菌污染，特别是金黄色葡萄球菌和链球菌突变，是牙髓治疗衰竭的主要原因。由于根管解剖结构的复杂性，常规的机械和化学消毒方法可能不足以消除细菌。具有抗菌特性的牙髓密封剂在增强消毒和防止细菌再殖民化方面起着至关重要的作用。This study aimed to evaluate and compare the antimicrobial efficacy of three commonly used endodontic sealers, AH Plus (Dentsply Maillefer, Ballaigues, Switzerland), Zinc Oxide Eugenol (ZOE; Pyrax Cavibond, Roorkee, India), and Tubli Seal (SybronEndo, Glendora, CA, USA), against Staphylococcus aureus and使用琼脂扩散法链球菌突变。
来自特应性皮炎患者和健康个体的金黄色葡萄球菌菌株的不同预言基因谱
摘要金黄色葡萄球菌菌株与特应性皮炎（AD）表现出不同的关联，但是基于致病性的遗传决定因素尚未充分表征。为了揭示AD患者和健康个体（HE）的金黄色葡萄球菌菌株之间的遗传差异，我们开发并采用了随机的森林分类器来识别负责其表型变异的潜在标记基因。分类器能够有效地将菌株与AD和HE区分开。我们还发现了某些标记基因和噬菌体功能之间的牢固联系，噬菌体霍林出现为最关键的分化因子。对金黄色葡萄球菌基因含量的进一步研究强调了预言在推动与AD菌株之间分化的遗传多样性和功能意义。HE组表现出更大的基因含量多样性，在很大程度上受其预言的影响。虽然AD和他普遍容纳预言的菌株，但HE组中的菌株在应变水平上却明显更高。此外，尽管HE组中的预言表现出更高的差异功能的富集，但AD组在其预言中表现出显着的毒力因子的富集，强调了预言对AD相关菌株的发病机理的重要贡献。总体而言，预言显着塑造了金黄色葡萄球菌菌株的遗传和功能谱，阐明了其致病潜力，并阐明了AD和HE环境的表型变化背后的机制。
美国西南部印第安儿童和成人金黄色葡萄球菌携带率及基因组流行病学
收到日期：2021 年 9 月 30 日；接受日期：2022 年 3 月 6 日；发布日期：2022 年 5 月 13 日 作者隶属关系：1 中佛罗里达大学，4110 Libra Drive，奥兰多，佛罗里达州 32816，美国；2 约翰霍普金斯大学彭博公共卫生学院，415 North Washington Street，巴尔的摩，马里兰州 21231，美国。 *通讯作者：Catherine G. Sutcliffe，csutcli1@jhu.edu 关键词：携带；基因组流行病学；美洲原住民；系统发育；金黄色葡萄球菌。缩写：AN，前鼻孔；CA-MRSA，社区相关耐甲氧西林金黄色葡萄球菌；CC，克隆复合体；CI，置信区间；gDNA，基因组 DNA；IHS，印度健康服务局；IRB，机构审查委员会； MLST，多位点序列分型；MRSA，耐甲氧西林金黄色葡萄球菌；MSSA，甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌；NP，鼻咽癌；ONT，牛津纳米孔技术；OP，口咽癌；PR，患病率；SCC mec，葡萄球菌盒式染色体 mec ；ST，序列类型；WGS，全基因组测序。‡现地址：美国辉瑞公司全球肺炎球菌疫苗、科学事务和流行病学部。金黄色葡萄球菌基因组序列的 NCBI SRA 接入号在补充文件 S1 中给出。†这些作者对这项工作贡献相同数据声明：所有支持数据、代码和协议均已在文章中或通过补充数据文件提供。本文的在线版本提供一个补充文件和四个补充表格。 000806 © 2022 作者
RADA和DNA聚合酶在重组中的作用 - ...
摘要：背景：使用基因组数据，我们确定了MRSA ST398分离株的起源，该分离物是无知的牲畜接触患者的侵入性感染。方法：我们使用Illumina Technique测序了2013年至2017年之间具有侵入性感染患者的七个MSSA和四种MRSA ST398分离株的基因组。预言相关的毒力基因和耐药基因。为了确定分离株的起源，其基因组序列被包括在系统发育分析中，还包括NCBI上可用的ST398基因组。结果：所有分离株都带有ϕ SA3预言，但是免疫逃避簇的变化：MRSA分离株中的C型，MSSA分离株中的B型B型。所有MSSA都属于SPA Type T1451。MRSA菌株具有相同的SCC MEC类型IVA（2B）盒式盒子，属于SPA型T899，T4132，T1939和T2922。所有MRSA都携带四环素抗性基因TET（M）。系统发育分析表明，MSSA分离株属于人类相关的分离株，而MRSA分离株属于含有牲畜相关的MRSA的簇。结论：我们表明临床分离株MRSA和MSSA ST398具有不同的起源。通过牲畜相关的MRSA分离株对毒力基因的获取使它们能够在人类中诱导侵袭性感染。
Accugen检测常见的临床致病微生物
Acinetobacter Baumannii, Staphylococcus capnocytophaga Haemolytica, Pseudomonas fluorescens, Staphylococcus horses, Actinomyces Israelii, Staphylococcus Epidermidis, Capnocytophaga Ochracea, Pseudomonas Mosselii, Streptobacillus moniliformis, Bordetella tunnels,葡萄球菌血液溶血，囊孢子虫，pseudomonas putida，链球菌，Gallolyticus，Burkholderia cepacia，葡萄球菌，弯曲球菌，弯曲球菌Ococcus沙门氏菌肠道SSP。 div>Acinetobacter Baumannii, Staphylococcus capnocytophaga Haemolytica, Pseudomonas fluorescens, Staphylococcus horses, Actinomyces Israelii, Staphylococcus Epidermidis, Capnocytophaga Ochracea, Pseudomonas Mosselii, Streptobacillus moniliformis, Bordetella tunnels,葡萄球菌血液溶血，囊孢子虫，pseudomonas putida，链球菌，Gallolyticus，Burkholderia cepacia，葡萄球菌，弯曲球菌，弯曲球菌Ococcus沙门氏菌肠道SSP。 div>