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从小麦叶围中分离的 Saccharibacillus sp. 菌株 WB 17 的基因组序列草图
叶际代表一个独特的生态位，其中微生物获得了降解木质纤维素 (1) 的能力，以便在贫营养条件下生存。从叶际回收的微生物中，存在属于类芽孢杆菌科和糖芽孢杆菌属的细菌 (2)。糖芽孢杆菌属菌株 WB 17 是从 2018 年 1 月从法国香槟-阿登地区采集的小麦麸皮叶际培养物中回收的。培养在 30°C 的 1 M3 培养基 (3) 上进行，培养基中添加了小麦麸皮，有氧培养。糖芽孢杆菌属 WB 17 是根据其 16S rRNA 基因序列进行鉴定的，与糖芽孢杆菌属有关。为了进一步表征糖芽孢杆菌属的代谢潜力。 WB 17 及其分离木质纤维素的能力，对其整个基因组进行了测序。Saccharibacillus sp. WB 17 在 Luria-Bertani 培养基中在 30°C 下生长 48 小时，并使用 PureLink 基因组 DNA 迷你试剂盒（赛默飞世尔科技）提取其基因组 DNA。使用 Nextera DNA 样品制备试剂盒（Illumina，美国加利福尼亚州圣地亚哥）按照制造商的用户指南进行全基因组散弹枪测序（2 150 bp），并在 NovaSeq 系统（MR DNA [Molecular Research]，美国德克萨斯州 Shallowater）上进行测序。总共获得了 30,007,734 个读数。使用 FastQC (4) 对序列数据文件进行质量过滤，然后通过 SOAPdenovo（版本 2.04）（5）进行从头组装；所有软件均使用默认参数。共检测到47个contig，测序覆盖度为409倍。N 50 值为205,341 bp。组装基因组大小为5,391,836 bp。该菌株的基因组大小介于两个最接近的Saccharibacillus亲属之间（Saccharibacillus sacchari GR21 T 为6.08 Mbp，Saccharibacillus kuerlensis HR1 T 为4.69 Mbp）。Saccharibacillus sp. WB 17的GC含量为58.82％。该值在Saccharibacillus基因组已知值范围内。事实上，之前测序的基因组记录的 GC 含量值如下：58.4 mol% ( Saccharibacillus qingshengii H6 T ) (6)、57.8 mol% ( S. sacchari GR21 T ) (7)、50.5 mol% ( S. kuerlensis HR1 T ) (8) 和 55.5 mol% ( Saccharibacillus deserti WLJ055 T ) (9)。Saccharibacillus sp. WB 17 的基因组草图由 NCBI 原核生物基因组注释流程 (PGAP) ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok ) 注释；它包含 73 个 tRNA、4,826 个基因和 4,730 个编码序列 (CDS)。仅注释了 1,139 个 CDS，占基因组内容的 22%。根据碳水化合物活性酶数据库 (CAZy) 数据库 (10)，基因组共编码 236 个碳水化合物活性酶，分为五类，即糖苷水解酶 (145 个 CDS)、糖基转移酶 (31 个 CDS)、多糖裂解酶 (3 个 CDS)、碳水化合物酯酶 (31 个 CDS) 和碳水化合物结合模块 (21 个 CDS)；然而，
野生乳酸杆菌菌株的基因组表征揭示了较低的多样性，但典型性
摘要：研究给定物种的多样性可以为自动启动培养物的发展提供线索。然而，很少有研究集中在乳酸杆菌delbrueckii菌株的种内多样性上，这是一种对乳制品行业技术上重要的乳酸细菌。出于这个原因，分离并表征了来自圣尼克尔保护的原产地名称（PDO）区域的乳酸杆菌菌株。遗传多样性是基于核心基因组系统发育重建和pangenome分析确定的，而表型评估涵盖了蛋白水解和挥发性复合生产潜力。总共15 L. delbrueckii ssp。乳酸化获得了独特的新菌株。遗传分析和进一步的蛋白水解活性测量表明，这些圣奈克菌株之间的变异性较低，而在Delbrueckii SSP中观察到了实质性的遗传变异性。乳酸亚种的整体。菌株之间的挥发性化合物纤维略有不同，一些菌株产生的挥发性化合物可能会引起奶酪伏鸟的发育特别感兴趣。与总体亚种的多样性相比，圣奈克菌株之间的遗传多样性相对较小，它们的独特特征和与公开可用的基因组的明显分化将其定位为开发自卫星启动培养奶酪生产的有前途的候选者。
高羊茅的新内生菌菌株的基因组表征显示了杂交后基因组碎片
1 Institute of Plant Breeding, Genetics and Genomics, University of Georgia, Athens, GA 30602 2 Department of Plant Biology, University of Georgia, Athens, GA 30602 3 Genomics and Bioinformatics Research, USDA-ARS, Athens, GA 30605 4 Department of Crop and Soil Sciences, University of Georgia, Athens, GA 30602 ABSTRACT Interspecific hybridization in真菌在真菌进化和潜在商业应用中的作用引起了人们的关注。成功的杂交可以增强适应性并促进对新生态壁ches的适应。然而，真菌中杂交的基因组后果知之甚少。epichloë是一种真菌属，包括非杂交和杂化物种，通过寄生虫杂交和无性繁殖形成杂种。某些Epichloë杂种具有商业意义，因为它们将Lolium arundinaceum（Schreb。）殖民地殖民darbysh。，一种至关重要的草料和草皮草。在这项研究中，我们试图为两个先前未表征的Epichloë杂种菌株生成高质量的基因组组件，这两种菌株都类似于Epichloësp。fatg-3。我们旨在表征它们的基因组，并检查寄生间种间杂交对真菌基因组结构的影响。我们的结果表明，这两种菌株的基因组都富含富裕的块和重复元素。与推定的祖细胞基因组进行比较后，我们观察到明显的碎裂和重排。尽管存在基因组不稳定性，但仍保留了来自每个祖细胞物质的85％以上的基因同源物。这项研究表明，虽然寄生虫杂交显着改变了基因组结构，但并未显着影响基因含量。
挑战疫苗和疫苗接种的猪，疫苗衍生的重组猪生殖和呼吸道综合征病毒1菌株（Horsens菌株）
摘要：2019年7月，一种疫苗衍生的重组猪生殖和呼吸综合征病毒1菌株（PRRSV-1）（Horsens菌株）感染了40多个丹麦母猪牛群，导致严重损失。在本研究中，评估了重组骑马菌株的致病性，并使用年轻的SPF猪中的特征良好的实验模型与参考PRRSV-1菌株进行了比较。此外，评估了三种不同的PRRSV-1 MLV疫苗的效率，以保护猪免受重组菌株的挑战。在挑战之后，与所有其他组相比，未接种疫苗的猪在血清中挑战了血清的病毒载量显着增加。在尸检时未观察到宏观变化，但是几乎所有猪的肺和扁桃体的组织都是PRRSV阳性的。与受到霍斯斯菌株挑战的未接种群体相比，所有接种疫苗的组中血清中的病毒负荷均低，并且在接种疫苗的组中只有很小的差异。本研究中的发现以及最近的另外两份报告表明，这种重组的“霍斯”菌株确实能够诱导成长中的猪以及与典型的PRRSV-1，Subtype 1菌株相当甚至超过的怀孕母猪的感染。然而，缺乏明显的临床体征和缺乏显着的宏观变化表明，这种菌株比以前表征的高毒性PRRSV-1菌株的毒力不那么毒。
表型和基因型毒力表征从人类血液和糖尿病足感染中分离出的葡萄球菌pettenkoferi菌株
摘要：葡萄球菌Pettenkoferi是最近描述的人类疾病中识别的凝固酶阴性葡萄球菌，尤其是在糖尿病患者的足球溃疡感染中。迄今为止，其致病性保持不足。在这项研究中，全基因组分析是在从血液和糖尿病足感染中分离出的29股PETTENKOFERI临床菌株的收集，内容涉及其系统发育关系以及对其抵抗组和雌激素的全面分析。通过它们形成生物膜，生长动力学和体内斑马鱼胚胎感染模型的能力来探索他们的毒力。我们的结果确定了两个不同的进化枝（I和II）和两个子甲基（I-A和I-B），具有显着的基因组差异。所有菌株的细菌生长都缓慢。注意到了生物膜形成的三个前纤维，其中89.7％的分离株能够产生生物膜并含有高含量的生物膜编码基因。在斑马鱼模型中也观察到了两种毒力，无论菌株的起源或生物膜效果如何。因此，这项研究带来了Pettenkoferi致病性的新见解。
应变拓扑超材料并在高阶坐标中揭示隐藏的拓扑
拓扑物理学彻底改变了材料科学，在从量子到光子系统和声音系统的不同环境中引入了物质的拓扑阶段。在此，我们提出了一个拓扑系统的家族，我们称其为“应变拓扑超材料”，其拓扑合适仅在高阶（应变）坐标转换下被隐藏和揭幕。我们首先表明，规范质量二聚体，该模型可以描述各种设置，例如电路和光学元件，等等属于该家族，在该家族中，应变坐标揭示了在自由边界处的边缘状态的拓扑非平地。随后，我们为主要支持的基塔夫链提供了一种机械类似物，该链支持拟议框架内的固定和自由边界的拓扑边缘状态。因此，我们的发现不仅扩展了拓扑边缘状态的识别方式，而且还促进了各种领域中新型的托托质材料的制造，具有更复杂的量身定制的边界。
具有各种生物膜表型的四个假单胞菌临床菌株的基因组序列
囊性纤维化（CF）患者的肺肺部容易受到铜绿假单胞菌的感染（1）。cf肺通常由形成生物膜的非粘液铜绿假单胞菌菌株定植，并且在粘液菌株过量产生藻酸盐的出现后发生慢性感染（2）。他们的生物膜对抗生素和IMUNE介质具有高度抗性，并导致肺部下降（2，3）。铜绿假单胞菌菌株是从慢性感染的成年CF患者的痰液样本中分离出来的，并在法国南特的中心医院大学中心。由于这些痰样品仅用于分离细菌，但不用于人类细胞或人类DNA，因此法国法律（2016-1537，2016年11月16日）不要求由机构伦理委员会审查和批准该研究或参与者提供书面或言语知情的同意。细菌，并使用基质辅助激光解吸离子 - 流量质量光谱法（MALDI-TOF MS [VITEK; VITEK; BIOMERIERIEUX; BIOMERIERIEUX，MARCY-LECELANCE，france）鉴定为铜绿假单胞菌。使用了每个患者的单个分离株。主要基于它们的生物膜结构和粘液表型，分离株MUC-N1，MUC-N2，MUC-P4和MUC-P5被选择构成用于测试抗体FILM化合物的应变板（M. Simon，E.Pernet，E.Pernet，E.Pernet，E.Jouault，A.Jouault，E.Portier，E.M.Boukigb，S.Boukig，S。Pinaud，C。 POC-Duclairoir，M。G。J. Feuilloley，O。Lesouhaitier，J。Caillon，S。Chevalier，A。Bazire和A. Dufour，提交出版），促使我们对其基因组进行了测序。在37°C下在液体LB培养基中生长在LB琼脂板中挑选的单个菌落接种的液体LB培养基中生长，并使用基因组基因组DNA纯化试剂盒（Fisher Fisher Scientifip，France，France）使用基因组基因组DNA纯化的基因组DNA，并使用手机的推荐并评估了双重态度（There the）。量子液计（Thermo Fisher Scientifim，美国）和1％琼脂糖凝胶电泳。 使用Illumina Nextera XT DNA库准备套件制备了测序库，按照制造商的协议。 在Miseq仪器（LMSM基因组平台，Rouen Normandy University，Evreux，France，France，France）上进行了测序，并使用Miseq Reagent Kit Kit Kit v.3（2 250 BP）进行了双指数配对末端读数。 默认参数用于所有软件，除非另有说明。 使用Trimmomatic V.0.36（4）对读数进行修剪，并使用Multiqc 检查其质量在LB琼脂板中挑选的单个菌落接种的液体LB培养基中生长，并使用基因组基因组DNA纯化试剂盒（Fisher Fisher Scientifip，France，France）使用基因组基因组DNA纯化的基因组DNA，并使用手机的推荐并评估了双重态度（There the）。量子液计（Thermo Fisher Scientifim，美国）和1％琼脂糖凝胶电泳。使用Illumina Nextera XT DNA库准备套件制备了测序库，按照制造商的协议。在Miseq仪器（LMSM基因组平台，Rouen Normandy University，Evreux，France，France，France）上进行了测序，并使用Miseq Reagent Kit Kit Kit v.3（2 250 BP）进行了双指数配对末端读数。默认参数用于所有软件，除非另有说明。使用Trimmomatic V.0.36（4）对读数进行修剪，并使用Multiqc
野生型果蝇melanogaster菌株对紫藤酮暴露的反应差异
果蝇Melanogaster已被确立为研究人类疾病的可靠模型。然而，此类研究的各种设计以及菌株的不同起源显着导致菌株之间的代谢和分子差异。帕金森氏病（PD）是一种神经退行性疾病，涉及多巴胺能神经元的丧失，导致各种运动和非运动症状，包括但不限于Bradykinesia，姿势不稳定，认知能力下降，认知能力下降和胆汁性营养不良。长期暴露于毒素（例如烤）可以诱导神经元细胞死亡。我们通过直接喂养烤烤面包酮的食物向果蝇Melanogaster野生型菌株开发了一种零星的PD模型，以前已证明该菌株会导致神经元细胞死亡，并用于模仿果蝇中的PD。在两种野生型菌株（俄勒冈-R和Canton-S）中暴露于鱼藤酮后，监测其攀爬能力和寿命的差异。我们发现，与年龄匹配的广州苍蝇相比，俄勒冈-R紫红酮暴露时的运动缺陷程度更高。我们还观察到，与俄勒冈-r蝇相比，广州蝇（烤面包酮喂养的和非洛诺酮）的生存百分比较低。但是，广州蝇中的攀爬缺陷并不像俄勒冈-r蝇中那样明显。在不同野生型果蝇菌株中涉及这种差异效应的机制尚待探索，并可能对属于不同人口统计学的PD患者的差异症状提供视角。
链接的基因组学测序和质谱学多模式数据集以及用于微生物应变库中的简化天然产物的模型
预印本（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此版本的版权持有人于2025年1月21日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.20.633932 doi：biorxiv Preprint
留尼汪岛新分离的 Dysmorphococcus 菌株作为高价值类胡萝卜素潜在来源的研究
摘要：某些次级类胡萝卜素，如虾青素和角黄素，在人类营养、食品、健康和化妆品以及饲料和水产养殖领域具有越来越大的经济价值，特别是因为它们具有多种生物活性，例如其显著的抗氧化特性。本研究致力于评估在光生物反应器中培养从留尼汪岛生物多样性中新分离的 Dysmorphococcus 菌株以生产这些有价值的叶黄素的可行性。结果表明，所有这些菌株都能够在环境压力下产生和积累角黄素和虾青素。其中，一株与其他 Dysmorphococcus 菌株相比，其形态、遗传和生化特性非常有趣，在 3 L 台式光生物反应器中进一步培养，发现其产生的富含类胡萝卜素的生物质浓度最高，产量分别约为 4 g L − 1 dw 和 0.055 g L − 1 d − 1 dw。我们还发现，生物质中含有高达 1.2 mg g − 1 dw 的角黄素和 0.7 mg g − 1 dw 的不同形式的虾青素，主要是虾青素单酯。我们发现这些类胡萝卜素的生产率低于之前报道的其他微藻物种的生产率，我们建议需要进一步优化培养和胡萝卜素生成诱导过程，以提高生产率，并使这种局部分离的 Dysmorphococcus 菌株可用于未来商业化生产天然角黄素和虾青素。