收到日期:2021 年 11 月 5 日;接受日期:2022 年 1 月 25 日;发布日期:2022 年 3 月 25 日 作者隶属关系:1 爱尔兰科克大学微生物学院、APC 微生物组、环境研究所和 SUSFERM 中心,科克 T12 K8AF,爱尔兰;2 查尔姆斯理工大学生物与生物工程系,瑞典哥德堡 SE-41296;3 科克大学生物化学与细胞生物学学院,科克 T12 K8AF,爱尔兰。 *通讯作者:John P. Morrissey,j.morrissey@ucc.ie 关键词:耐热性;非常规酵母;工业生物技术;基因组注释;核糖体分析。缩写:ARS,自主复制序列;CDS,编码序列;DE,差异基因表达;FC,倍数变化;FDR,错误发现率;gRNA,向导 RNA; NHEJ,非同源末端连接;snoRNA,小核仁 RNA;TMM,m 值的修剪平均值。本文的在线版本提供了五个补充表和三个补充图。001148 © 2022 作者
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坎帕尼亚大学“Luigi Vanvitelli”应用数学、物理学和工程学博士学位 研究用于电信应用的近红外光电探测器,基于由氢化非晶硅、石墨烯和晶体硅(a-Si:H/Gr/c-Si)组成的混合光子结构 ❖ 开发 COMSOL Multiphysics 模拟(FEM 有限元法),用于设计集成在波导中工作在 1.55um 的光电探测器 ❖ 在 Matlab 中开发实现传输矩阵法(TMM)的数值模拟,用于设计集成在谐振腔中的光电探测器。 ❖ 洁净室中的微制造活动:石墨烯上三维材料沉积技术的研究、光电探测器的制造 ❖ 材料和器件的电气和光学特性。 ❖ 作为生物芯片项目的一部分,向那不勒斯微电子与微系统研究所 (CNR-IMM) 提供研究资助,用于高危地区人群的慢性淋巴细胞白血病的快速诊断和跟踪。主题:基于氧化锌纳米线的生物传感器的制造和电气特性。 ❖ 洁净室微制造活动:用于氧化锌纳米线生长的水热技术、热退火和热氧化工艺、金属蒸发、通过直流磁控溅射进行材料沉积。 ❖ 纳米结构生物传感器的电气特性 ❖ 使用 MATLAB 程序分析和可视化实验数据
摘要。Opticks是一个开源项目,它通过集成通过NVIDIA OPTIX 7 + API访问的GPU射线跟踪来加速光光子仿真,并具有基于GEANT4的仿真。已经测量了第一个RTX生成的单个NVIDIA Turing GPU,以提供超过1500倍单线GEANT4的光子光子模拟速度因子,并具有完整的Juno Analytic GPU几何形状自动从GEANT4 GEOM-ETRY转换。基于GEANT4的CUDA程序,实施了散射,吸收,闪烁体再发射和边界过程的光学物理过程。波长依赖性的材料和表面特性以及重新发射的反向分布函数被交织成GPU纹理,从而提供快速插值的属性查找或波长产生。在这项工作中,我们描述了采用全新的NVIDIA OPTIX 7 + API所需的几乎完整的重新实现,现在实现了基于OPTIX使用的CUDA,仅限于提供相交。重新实现具有模块化的许多小型标头设计,可在GPU和CPU上进行细粒度测试,并从CPU / GPU共享中减少大量代码。增强的模块化已使CSG树的通用 - 类似于G4Multiunion的“列表节点”,从而改善了复杂CSG固体的表现。还支持对多个薄层(例如抗反射涂层和光阴道)的边界的影响,并使用CUDA兼容传递矩阵方法(TMM)计算反射,透射率和吸收性的计算。
MLSEQ是用于应用机器学习算法在下一代RNA-sequecting(RNA-SEQ)数据中应用的综合软件包。研究人员出于各种目的呼吁MLSEQ,其中包括疾病结果的预测,最佳特征子集(基因,转录本,其他同工型)的识别以及根据其预测重要性对特征进行分类。使用此软件包,研究人员可以上传其原始的RNA-seq计数数据,预处理数据并执行各种机器学习算法。预处理方法包括DESEQ平均值(TMM)归一化方法的DESEQ中值和修剪平均值,以及每毫米读取计数的对数(log-CPM),方差稳定转换(VST),正规化对数转换(RLOG)和方差模型在观察级别(voy)级别(voy)变换(voy)。归一化方法可用于纠正系统变化。转换方法可用于使离散的RNA-seq数据在层次上更接近微阵列,并进行基于微阵列的层化算法。当前,MLSEQ软件包包含90多个基于微阵列的分类器,包括最近开发的基于VOOM的判别分析分类器。除了这些分类器外,MLSEQ软件包还包括基于离散的分类器,例如Poisson线性判别分析(PLDA)和负二项式线性判别分析(NBLDA)。在预处理数据上,研究人员可以构建分类模型,对这些模型进行参数优化,评估模型性能并比较不同分类模型的性能。此外,可以通过构建模型预测测试样本的类标签。MLSEQ是用户友好,简单,目前是文献中针对RNA-Seq分类开发的最全面的软件包。要开始使用此软件包,用户需要上传其计数数据,其中包含每个样本映射到每个成绩单的读数数。可以从RNA-SEQ实验中获得此类计数数据,也可以从其他测序实验(例如芯片测序或元基因组测序)中获得。提出了此小插图,以指导研究人员如何使用此软件包。
咨询报告写作:作者指南本指南旨在为咨询成员提供有关完成咨询报告的过程的信息,以及有关完成写入的具体说明。附录提供了构建写入和格式化指南的概述。遵守这些格式指南,大力有助于汇编最终咨询报告。概述咨询委员会最重要的角色之一是审查每条文章中的每项动议,这些动议涉及任何城镇会议的逮捕令。经过彻底的审查过程,其中包括获取背景信息,倾听董事会或其他支持者,进行公开听证会以及讨论本文的所有相关方面,咨询委员会投票是否向城镇会议成员推荐有利的行动。咨询然后为每项动议(“写入”)的审查过程进行了准备,该报告汇编为广泛的报告(“咨询报告”)。咨询报告包含在韦尔斯利镇举行的年度城镇会议上(“年度镇报告”)。年度城镇会议的报告还包含与城镇会议成员有关的其他报告和信息(例如,全市范围的财务计划和五年资本预算计划)。年度城镇会议的报告已发送给所有城镇会议成员(TMMS),也可以向有兴趣的居民提供。在韦尔斯利咨询委员会的手册中,更全面地概述了有关咨询在城镇会议中的作用的过程。由于TMM通常仅依靠咨询报告中的信息进行投票决定,因此咨询成员“应该努力提供尽可能多的信息,包括在演讲,公开听证会,讨论,讨论,讨论,讨论,讨论,讨论和投票期间进行的问题,争议和辩论”(请参阅Wellesley咨询委员会手册)。在制定准备咨询报告的过程时,咨询官审查了拟议的文章,并估计每篇文章所需的工作量。最初将书写分配给了赞助委员会,委员会和部门的联络人(统称为“董事会”)。官员还指派一名咨询成员写每个公民请愿书。根据预期的工作量,咨询官员随后为整个委员会的撰写作品做出了最终任务。在此期间,支持者介绍了这些文章,以咨询和回答委员会成员的问题,并根据每篇文章准备议案草案。咨询活动通常在2月初表达其观点,以使公民表达他们的观点。在公开听证会之后,咨询审议和对文章中的动议1进行投票。撰写草案应反映出事实概述,咨询审议和投票,如下所述。草稿由指定的编辑和主席编辑,以完成完整性和一致性。Advisory的运营管理员编译最终撰写,以及包括的其他报告