XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search SystemTP1
通过异构 OATP 预测 OATP1B1 抑制剂...
会损害另一种药物的吸收，从而导致可能致命的药理作用。由于有关 OATP 抑制机制的信息有限，并且不同研究中的实验性 OATP 抑制数据不一致，因此预测 OATP 介导的 DDI 具有挑战性。本研究引入了异构 OATP-配体相互作用图神经网络 (HOLIgraph)，这是一种新颖的计算模型，它将分子建模与图神经网络相结合，以增强对药物诱导的 OATP 抑制的预测。通过将配体（即药物）分子特征与来自严格对接模拟的蛋白质-配体相互作用数据相结合，HOLIgraph 的表现优于仅依赖配体分子特征的传统 DDI 预测模型。HOLIgraph 在预测 OATP1B1 抑制剂时实现了超过 90% 的中位平衡准确度，明显优于纯基于配体的模型。除了改善抑制预测之外，用于训练 HOLIgraph 的数据还可以表征参与抑制药物-OATP 相互作用的蛋白质残基。我们确定了某些优先与抑制剂相互作用的 OATP1B1 残基，包括 I46 和 K49。我们预计此类相互作用信息将对未来对 OATP1B1 的结构和机制研究很有价值。科学贡献。HOLIgraph 通过将对接模拟得出的蛋白质-配体相互作用纳入图神经网络框架，为 DDI 预测引入了一种新范式。这种方法得益于 OATP1B1 的最新结构突破，与仅依赖配体特征的传统模型有很大不同。通过实现高预测准确性和揭示机制见解，HOLIgraph 为药物设计和 DDI 预测中的计算工具设定了新的轨迹。
通过异质OATP预测OATP1B1的抑制剂...
有机阴离子运输多肽（OATP）对于肝药物摄取至关重要，影响了药物疗效和毒性。预测OATP介导的药物相互作用（DDIS）由于结构性数据有限和整个研究的实验性OATP抑制数据而具有挑战性。这项研究介绍了异质的OATP-rigand相互作用图神经网络（HOLI-GNN），这是一种新型的计算方法，将分子建模与图神经网络相结合，以增强OATP介导的药物抑制的预测。通过将配体分子特征与蛋白质配体相互作用数据相结合，Holi-GNN的表现优于传统的基于配体的方法。与基于ECFP和RDKIT的模型相比，HOLI-GNN的中位数F1和AUC得分分别为0.78和0.90，分别基于XGBoost（F1：0.68和0.78； AUC：0.70和0.75）。除了改善抑制预测之外，我们还表征了与抑制性药物相互作用相对于非抑制性药物相互作用的蛋白质残基，特别是突出了残基T42，F224，I353，F356和F386。我们推测这些疏水堆积残基或抑制作用的局部位置可能是竞争性抑制机制的重要方面。我们的模型增强了OATP抑制剂预测的性能，并批判性地提供了可解释的交互信息，以告知未来的机械调查。
ATP1A1是黑色素瘤治疗的有前途的新靶标，其生理配体Bufalin可以抑制其恢复靶向治疗疗法
使用三种不同模型的黑色素瘤细胞系（CKIT，BRAF或NRA中的突变）实验。与其敏感的对应物相比，我们的发现始终显示出对靶向疗法的耐药性，分别获得靶向疗法的抗性，分别获得了对靶向疗法的耐药性。在mRNA和蛋白质水平上都观察到了这种增加（图2B，C）。此外，发现在Na+/K+-ATPaseαPUMP的同工型中，ATP1A1在敏感和耐药的MM074和HBL细胞系中均具有最高表达，并比较了四个同工型（ATP1A1-4）（ATP1A1-4）（图2D）。值得注意的是，MM161和MM161-R细胞系也表现出高水平的ATP1A3表达。这些结果提供了进一步的证据
ATP1A1是黑色素瘤治疗的有前途的新靶标，其生理配体Bufalin可以抑制其恢复靶向治疗疗法
摘要尽管在治疗转移性黑色素瘤方面取得了进步，但许多患者对靶向疗法表现出抗性。我们的研究重点是ATP1A1，这是一种与癌症发展相关的钠泵亚基。我们旨在评估黑色素瘤患者的ATP1A1预后价值，并检查其配体Bufalin，体外和体内黑色素瘤细胞系的影响。高ATP1A1表达（IHC）与黑色素瘤患者的总体存活率降低相关。 对BRAF抑制剂的抗性与患者活检（IHC，QPCR）和细胞系（Western blot，QPCR）的ATP1A1水平升高有关。 此外，基于癌症基因组图集（TCGA）数据库和Verfaillie增殖基因签名分析的数据，高的ATP1A1 mRNA表达与分化/色素沉着标记正相关。 bufalin在小窝（接近连接测定法）中特异性靶向ATP1A1，并影响SRC磷酸化（Western blot），从而破坏了多个信号通路（磷酸激酶阵列）。 在体外，Bufalin在ATP1A1（siRNA实验）上作用于ATP1A1（siRNA实验），并在体内使用裸小鼠异种移植模型通过连续的Bufalin通过渗透泵递送，从而诱导黑色素瘤细胞系凋亡。 总而言之，我们的研究表明，ATP1A1可以作为患者生存的预后标志物，也可以作为对BRAF抑制剂治疗的反应的预性标记。 通过靶向ATP1A1，Bufalin抑制细胞增殖，体外诱导凋亡，并有效抑制小鼠的肿瘤发育。高ATP1A1表达（IHC）与黑色素瘤患者的总体存活率降低相关。对BRAF抑制剂的抗性与患者活检（IHC，QPCR）和细胞系（Western blot，QPCR）的ATP1A1水平升高有关。此外，基于癌症基因组图集（TCGA）数据库和Verfaillie增殖基因签名分析的数据，高的ATP1A1 mRNA表达与分化/色素沉着标记正相关。bufalin在小窝（接近连接测定法）中特异性靶向ATP1A1，并影响SRC磷酸化（Western blot），从而破坏了多个信号通路（磷酸激酶阵列）。在体外，Bufalin在ATP1A1（siRNA实验）上作用于ATP1A1（siRNA实验），并在体内使用裸小鼠异种移植模型通过连续的Bufalin通过渗透泵递送，从而诱导黑色素瘤细胞系凋亡。总而言之，我们的研究表明，ATP1A1可以作为患者生存的预后标志物，也可以作为对BRAF抑制剂治疗的反应的预性标记。通过靶向ATP1A1，Bufalin抑制细胞增殖，体外诱导凋亡，并有效抑制小鼠的肿瘤发育。因此，我们的发现强烈支持ATP1A1作为一个有前途的治疗靶标，Bufalin是破坏其肿瘤促进活性的潜在药物。
1 PTP1B和PTPN2的小分子抑制剂... 通过阶段肖像和模糊复发图探索大脑功能中的非线性动态 DNA损伤反应的下降以及肌原性分化 简化了叶绿体发育中的叶绿体多形叶绿体的调节 1个患者衍生的功能免疫肿瘤平台... YM1蛋白晶体促进2型免疫力
1 Monash Biomedicine Discovery Institute，Monash University，Clayton，Victoria3800。2澳大利亚克莱顿市莫纳什大学生物化学与分子生物学系，澳大利亚3800。3莫纳什制药科学研究所，莫纳什大学，帕克维尔，维多利亚州3052，澳大利亚。4美国普渡大学的化学和分子药理学系，西拉斐特，美国47907，美国5号沃尔特和伊丽莎·霍尔医学研究所，澳大利亚维多利亚州帕克维尔3052，帕克维尔。6澳大利亚维多利亚州墨尔本大学医学生物学系，澳大利亚3052。6澳大利亚维多利亚州墨尔本大学医学生物学系，澳大利亚3052。
PTP1B抑制剂MSI-1436通过调节马匹代谢综合征的自噬，ER应力和全身性炎症来改善肝胰岛素敏感性
背景：马代谢综合征（EMS）是一种多因素病理学，收集胰岛素抵抗，低度炎症和过去或慢性层状炎。在EMS发病机理的几种分子机制中，由蛋白质酪氨酸磷酸酶1 B（PTP1B）介导的负胰岛素信号传导增加已成为肝胰岛素抵抗和与ER应力增加，产生的自动化和破坏性自动化相关的一般代谢困扰的临界轴。因此，使用PTP1B选择性抑制剂（例如MSI-1436）可能被视为用于适当管理EMS和相关条件的黄金治疗工具。因此，本研究旨在验证MSI-1436在EMS受影响马中肝脏代谢平衡，胰岛素敏感性和炎症状态的全身性给药的临床效率。此外，已经分析了MSI-1436治疗对肝组织中肝自噬机械和相关的ER应激的影响。
鉴定弥漫性大 B 细胞淋巴瘤中的关键拷贝数驱动基因 ATP1B1 以及药物的潜在靶点
淋巴瘤是起源于淋巴造血系统的恶性肿瘤，分为霍奇金淋巴瘤和非霍奇金淋巴瘤。现有数据调查估计，2020年全球新发病例509,590例，淋巴瘤死亡人数超过248,724例（1）。弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）是最常见的非霍奇金淋巴瘤，约占所有病例的30%，其中还包括特定亚型或疾病实体（2）。在目前的临床诊断和治疗策略中，R-CHOP（瑞妥昔单抗、环磷酰胺、阿霉素、长春新碱和泼尼松）是首选的治疗方案，具有良好的抑制疾病发展的能力（3）。许多患者要么复发，要么出现原发性难治性疾病并最终死于该病（4,5）。为DLBCL的检测和治疗提供新的诊疗思路，需要开展DLBCL生物标志物相关研究，并进一步探究相关分子机制，为DLBCL的临床治疗提供新的诊疗策略。
溶瘤肽 LTX-315 通过靶向 ATP11B-PD-L1 轴诱导抗胰腺癌免疫
摘要 背景 LTX-315 是一种源自牛乳铁蛋白的溶瘤肽，具有诱导癌症免疫原性细胞死亡的能力。然而，LTX-315 触发抗肿瘤免疫反应的机制仍然不太清楚。程序性细胞死亡配体 1 (PD-L1) 的表达在很大程度上决定了针对该特定免疫检查点的癌症免疫疗法的功效和有效性。本研究旨在证明 LTX- 315 在 PD-L1 抑制诱导的抗胰腺癌免疫中的潜在作用和机制。 方法 使用免疫缺陷和免疫功能正常的小鼠模型来评估单一疗法和联合疗法的治疗效果。流式细胞术和免疫组织化学用于评估免疫微环境。多组学分析用于识别潜在靶点和下游信号通路。内部组织微阵列和开放获取的 Cancer Genome Atlas 数据集都用于评估其在胰腺癌预后的临床相关性。结果 LTX-315治疗可抑制胰腺肿瘤中PD-L1的表达并增强淋巴细胞浸润。ATP11B被确定为LTX-315的潜在靶点，也是维持胰腺癌细胞PD-L1表达的关键调节因子。就机制而言，ATP11B以CKLF样MARVEL跨膜结构域6（CMTM6）依赖的方式与PD-L1相互作用。ATP11B的耗竭促进CMTM6介导的溶酶体降解PD-L1，从而重新激活免疫微环境并诱导抗肿瘤免疫反应。在胰腺癌临床样本中证实了ATP11B，CMTM6和PD-L1之间的显著相关性。结论 LTX-315首次被确定为通过ATP11B诱导PD-L1下调的肽药物。因此，LTX-315 或开发 ATP11B 靶向药物可能会提高癌症免疫治疗的疗效。