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World File Search SystemTaverna
taverna：生物信息学工作流的组成和制定的工具
抽象动机：在生物信息学的计算机实验中，涉及计算工具和信息回购的协调使用。以Web服务的形式提供了越来越多的这些资源，并提供了程序化访问。生物信息学科学家将需要在工作流中协调这些网络服务，作为其分析的一部分。结果：Taverna项目开发了一种工具，用于为生命科学社区的生物信息学工作构成和制定。该工具包括一个工作台应用程序，该应用程序提供了用于工作流量组成的图形用户界面。这些工作流是用一种新语言编写的，称为简单的概念统一流量语言（SCU lof），其中在工作流程中的每个步骤都遵循一个原子任务。使用两个示例来说明在计算机实验中可以使用工作台应用程序将其表示为SCU浮动流量的便捷性。可用性：Taverna Work流量系统可作为开源可用，可以从http://taverna.sourceforge.net contact：taverna-users@lists.sourceforge.sourceforge.net
微尺度电泳中液滴界面策略在样品处理、分离和定量中的应用：综述
Théo Liénard——市长、Myriam Taverna、Stéphanie Descroix、Thanh Duc Mai。用于样品处理、分离和定量的微尺度电泳中的液滴接口策略：综述。 Analytica Chimica Acta，2021，1143，第 281-297 页。�10.1016/j.aca.2020.09.008�。 �第 03493600 页�
Giovanni Righini - 个人简历
15. A. Ceselli, A. Gelmini, G. Righini, A. Taverna, 中期能源系统模拟中大规模机组投入问题的数学规划界限, 第四届运筹学学生会议 (SCOR 2014) 论文集, 英国诺丁汉, 编辑：P. Crespo Del Granado、M. Joyce-Moniz、S. Ravizza, 信息学开放获取系列 37, Dagstuhl Publishing, 德国 (2014) 63-75。
射电宁静活动星系核的黄金标准 X 射线偏振测量：NGC 1068
F. Marin 1、⋆、A. Marinucci 2、M. Laurenti 3,4,17、DE Kim 5,6,3、T. Barnouin 1、A. Di Marco 5、F. Ursini 7、S. Bianchi 7、S. Ravi 8、HL Marshall 8、G. Matt 7、C.-T. Chen 9,VE Gianolli 10,7,A. Ingram 11,R. Middei 17,3,WP Maksym 12,C. Panagiotou 8,J. Podgorny 13,S. Puccetti 4,A. Ratheesh 5,F. Tombesi 3,14,15,I. Agudo 16,LA Antonelli 4,17,M. Bachetti 18,L. Baldini 19,20,W. Baumgartner 21,R. Bellazzini 19,S. Bongiorno 21,R. Bonino 22,23,A. Brez 19,N. Bucciantini 24,25,26,F. Capitanio 5,S. Castellano 19,E. Cavazzuti 2,S. Ciprini 4,14，E。Costa 5，A。de Rosa 5，E。Del Monte 5，L。Di Gesu 2，N。Di Lalla 27，I。Donnarumma 2，V。Doroshenko 28，M。DovˇCiak 13，S。Ehlert 21，T Iwakiri 33，S。Jorstad34,35，P。Kaaret21，V。Karas13，F。Kislat36，T。Kitaguchi29，J。Kolodziejczak21，H。Krawczynski37莫纳卡 5,3,6, L. Latronico 22, I. Liodakis 38, G. Madejski 39, S. Maldera 22, A. Manfreda 19, A. Marscher 34, F. Massaro 22,23, I. Mitsuishi 40, T. Mizuno 41, F. Muleri 5, M. Negro 42,43,44, S. Ng 45, S. O'Dell 21, N. Omodei 39, C. Oppedisano 22, A. Papitto 17, G. Pavlov 46, M. Perri 4,17, M. Pesce-Rollins 19, P.-O. Petrucci 10, M. Pilia 18, A. Possenti 18, J. Poutanen 47, B. Ramsey 21, J. Rankin 5, O. Roberts 9, R. Romani 39, C. Sgrò 19, P. Slane 12, P. Soffi tta 5, G. Spandre 19, D. Swartz 9, T. Tamagawa 29, F. Tavecchio 48, R. Taverna 49, Y. Tawara 40, A. Tennant 21, N. Thomas 21, A. Trois 18, S. Tsygankov 47, R. Turolla 50,51, J. Vink 52, M. Weisskopf 21, K. Wu 51, F. Xie 53.5，以及 S. Zane 51
Biowep Workflow颁布门户ID中生物信息学处理器的半自动和有效注释-181 Romano Paolo 1，Marra Domenico
1个生物信息学和结构蛋白质组学，国家癌症研究所。Genova动机工作流程系统是协调对标准化Web服务数据并检索数据的有效选择。已经开发了用于生物信息学的各种工作流管理系统（WMS）。然而，创建工作流程可能很困难，因为它暗示了可用的Web服务和数据格式的知识，而不是提及编程技能。工作流颁布门户。Biowep是生物信息学的工作流颁布门户，已在线向所有研究人员提供[1,2]。它允许进行预定义的工作流以及工作流执行和相关结果的存储和检索。它通过生物信息学任务的本体来支持工作流程的注释。搜索和选择工作流程可以根据其注释进行。BiOwep使用开源：WMS Taverna [3]和MySQL。在这里，我们提出了BiOWEPS WorkFlow存储库管理器（WFRM），这是一个Web应用程序，用于管理工作流存储库中的工作流程。wfrm支持用XSCUFL描述的半自动，有效的插入，更新和注释，这是Mygrid倡议中开发的工作流语言[4,5]。方法WFRM已被实施为BioWep管理的前端。它是通过使用Javaserver页面（JSP）技术编写的，该技术提供了一种快速，简化，与服务器和平台无关的方式来创建动态Web内容。现在，系统维护是简单而直观的。WFRM提供了一个以用户为中心的接口，用于上传用XSCUFL语言编写的工作流程。它包括一个基于MySQL数据库的Java类后端组件，该组件将接口与工作流存储库连接起来。上传的工作流程首先存储在工作目录中，然后通过使用一组基于SAX的类进行句法验证并最终解析。这些返回工作流对客户端应用程序的值，因此在数据库中促进了以应用程序驱动的基本数据的插入，例如工作流量名称，描述和作者。其他信息，例如Workflows应用程序域，必须由用户添加。在我们的DB模式中，我们称之为版本的工作流程及其实现之间有区别。工作流程仅在其目标的基础上在概念上描述，并且没有指任何实际文件。而是将每个版本严格链接到一个文件，可以制定并给出结果。版本可能会有所不同，例如，对于访问的Web服务，提供替代方案，但同等，服务和本地详细处理程序，可以通过保持相同的功能来修改它们。因此，WFRM在上传新工作流程之间有一个区别，在这种情况下，关联的文件将分配给工作流的第一个版本，或者是现有工作流的新版本。提交的文件包括处理器的描述，其链接以及工作流的整体输入和输出。通过生物信息学数据和任务的分类，WFRM在半自动上有效地注释了此信息。我们选择注释总体工作流程和最重要的处理器（将其选择留给用户）。然后将注释插入数据库中，而工作流程本身不会更改。java applet为研究人员提供了探索性工具，用于识别和选择注释应用程序域，详细说明任务以及输入和输出数据类型的最佳定义。可以随时更新（插入，修改或删除）注释。我们对生物信息学任务和数据的分类来自原始的Mygrid本体[6]，这些本体已通过使用不同的层次结构进行了重组，并通过添加生物资源和图像数据类型来扩展。在搜索存储库中的工作流程时也使用此注释。结果，我们介绍了WFRM，这是一种用户友好的接口，该界面是用于在BiOWEP WorkFlow存储库中高效且半自动管理信息的工具。之前，在存储库中插入工作流程是一个复杂且耗时的过程，需要手动更新数据库内容。工作流程基本数据已收集，处理器由适当的本体学注释，并且数据库以连贯和有效的方式更新。