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具有超越X染色体的功能的新型Xact lncRNA转录本
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2025年1月3日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.03.631201 doi：Biorxiv Preprint
果蝇中转录起始位点的注释
引入尽管居住在具有高重复密度的域中，但果蝇Melanogaster muller f元素基因还是在与正念基因相同的定量范围内表达（Riddle等人。2012）。比较Muller F和D元素基因的转录起始位点（TSS）附近的基序的类型和分布可以帮助阐明使Muller F元素基因在异性域中起作用的因素。主题分析的第一步是产生TSS的高质量注释，以定义搜索保守基序的区域。TSS的比较注释比编码区域的注释更具挑战性，因为5'和3'未翻译区域（UTR）的发展比编码区域更快，并且提供了支持注释的外部证据较少。例如，大多数基因查找器仅预测编码区域，而RNA-seq读取覆盖率数据通常没有提供足够的证据来推断TSS的精确位置。因此，与编码区域的注释相比，TSS的注释具有更高的不确定性程度。在某些情况下，我们可能只能定义一个可以找到TSS的基因组区域。本演练将说明使用D. biarmipes muller f element Project contig35 [8月。 2013（GEP/DOT）组件]。
活细胞核凝聚体的平行蛋白质组学和转录组微环境图谱 (μMap)
摘要：细胞活动在空间上由不同的细胞器组织。虽然一些结构已被充分描述，但许多细胞器的作用尚不清楚。分析生物分子组成是理解功能的关键，但在小型动态结构的背景下很难实现。光邻近标记已成为映射这些相互作用网络的强大工具，但在活细胞应用中，最大限度地提高催化剂定位并降低毒性仍然具有挑战性。在这里，我们公开了一种具有最小细胞毒性和脱靶结合的新型细胞内光催化剂，我们利用这种催化剂进行基于 HaloTag 的微环境映射 (μ Map)，以在空间上对活细胞中的亚核凝聚物进行分类。我们还专门开发了一种新的以 RNA 为中心的工作流程 (μ Map-seq)，以实现这些结构的并行转录组学和蛋白质组学分析。在验证了我们的方法的准确性后，我们生成了跨核仁、核层、卡哈尔体、副斑和 PML 体的空间图。这些结果为 RNA 代谢和基因调控提供了潜在的新见解，同时显著扩展了 μ Map 平台，以改进生物系统中的活细胞邻近标记。■ 简介
疫苗和相关生物产品咨询委员会2024年12月12日会议记录
Paul Offit，医学博士，疫苗教育中心医学博士学位，费城儿童医院儿科疾病科教授，宾夕法尼亚大学佩雷尔曼医学学院，莫里斯·R·希尔曼疫苗学教授，宾夕法尼亚大学
UBR5 通过解除 RIG-I 类受体的转录制动器来促进抗病毒免疫
视黄酸诱导基因 I (RIG-I) 样受体 (RLR) 是启动抗病毒免疫反应所必需的主要病毒 RNA 传感器。RLR 受到严格的转录和翻译后调控，其中泛素化是最重要的调控之一。然而，泛素化在 RLR 转录中的作用尚不清楚。在这里，我们筛选了 375 种明确的泛素连接酶敲除细胞系，并确定泛素蛋白连接酶 E3 组分 N-识别素 5 (UBR5) 是 RLR 转录的正调节因子。UBR5 缺陷会降低对 RNA 病毒的抗病毒免疫反应，同时增加原代细胞和小鼠中的病毒复制。与野生型同窝仔相比，Ubr5 敲除小鼠更容易受到致命的 RNA 病毒感染。从机制上看，UBR5 介导三部分基序蛋白 28 (TRIM28) 的赖氨酸 63 连接泛素化，TRIM28 是 RLR 的表观遗传抑制因子。这种修饰可防止 TRIM28 的分子内 SUMO 化，从而解除 TRIM28 对 RLR 转录的抑制。总之，UBR5 通过泛素化和去 SUMO 化 TRIM28 实现 RLR 表达的快速上调，从而增强抗病毒免疫反应。
不定代理检测的转录组工作流
不定代理是任何生物产品生产面临的几个关键挑战之一。在检测QPCR技术或实时模型的应用等不定代理中的当前最佳实践已被认为是不充分的。PCR和可比较的技术是高度准确的，但靶向固定的生物集；他们无法可靠地涵盖所有代理商的范围。体内分析昂贵，耗时，并且与三个RS（替代，减少和精致）原理发生冲突。已经提出了下一代测序（NGS）作为两种方法的替代方案，但在确定真实检测方面遇到了困难。为了更好地提高NGS在不定代理检测中的位置，ATCC的测序和生物信息学中心通过关注传统方法的优势，开发了一种NGS方法来减轻NGS的劣势。我们的方法是多层的，以说明测序和分析偏见，包括：
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