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FocuSCOPE® 单细胞多组学肺癌...
图 3. 小鼠 3T3 和人类 H1975 细胞系以 100:1 的比例混合。将混合样本加载到 SCOPE-chip ® 中，并通过 FocuSCOPE ® 单细胞多组学肺癌药物可药用突变分析试剂盒进行处理。捕获了 9032 个细胞，其中 8958 个被鉴定为 3T3，74 个被鉴定为 H1975 (A)。H1975 细胞含有 T790M 和 L858R 突变，而 3T3 细胞不含有上述突变。如 UMAP 图所示，在 74 个细胞中 71 个检测到突变，检测率为 95% (BC)。
先天性转向阿尔茨海默氏病患者大脑的适应性免疫反应与tauopathy进展相关
增加了晚期AD患者大脑中适应性免疫细胞的比例增加。（a）AD大脑中不同细胞类型的UMAP表示和使用SNRNA-SEQ鉴定的年龄匹配的对照对象。（b）盒子图显示了受试者大脑中不同细胞类型的比例在低，中和高braak阶段（**** p <0.0001; glm）。（c）圆形图显示了早期（Braak low）和晚期的免疫细胞之间细胞间相互作用的数量（Braak
用于 mRNA 疫苗的 CodonBert 大型语言模型
图 2：预训练的无监督 CodonBERT 模型学习到的遗传密码和进化同源性信息。使用 UMAP (McInnes et al., 2020) 将高维嵌入投影到二维空间。A–B：从预训练的 CodonBERT 模型投影的密码子嵌入。每个点代表具有不同上下文的密码子，其颜色对应于密码子的类型 ( A ) 或氨基酸的类型 ( B )。C：从预训练的 CodonBERT 模型投影的序列嵌入。每个点都是一个 mRNA 序列，其颜色代表序列标签。D：从预训练的 Codon2vec 模型投影的密码子嵌入。每个点代表一个密码子，其颜色代表对应的氨基酸。
联合体系结构和学习：我们是否正在理解生物学和临床数据的新（方法）？
AIE，自身免疫性脑炎；顺式，临床上孤立的综合征；中枢神经系统，中枢神经系统； CSF，脑脊液； HLA-DR，人类白细胞抗原DR同型； IG，免疫球蛋白； m，月份； NK，自然杀手； NMOSD，神经瘤性谱谱障碍；非INFL CTRL，非炎症控制； PB，外周血； RIS，放射学孤立综合征； RMS，复发MS； rrms，复发恢复MS； UMAP，均匀的歧管近似和投影。的数字改编自Gross CC等。使用多维CSF分析对神经疾病的分类。 Brain 2021; 144（9）：2625–34，经牛津大学出版社的许可。 GROSS CC等。 Brain 2021; 144：2625–34。使用多维CSF分析对神经疾病的分类。Brain 2021; 144（9）：2625–34，经牛津大学出版社的许可。 GROSS CC等。 Brain 2021; 144：2625–34。Brain 2021; 144（9）：2625–34，经牛津大学出版社的许可。GROSS CC等。 Brain 2021; 144：2625–34。GROSS CC等。Brain 2021; 144：2625–34。Brain 2021; 144：2625–34。
CLC单细胞分析模块
工具可用于质量控制和归一化，降噪和特征选择，聚类，细胞类型预测和差异表达。UMAP和TSNE图可以用簇，预测的细胞类型或单个基因的表达覆盖。标记基因可以通过分析差异基因表达和从表达图中收集信息来鉴定。或者，可以从预先标记的细胞中训练细胞类型的分类器。提供了两个预训练的分类器，可以扩展。此外，可以为包括剪接和未切片的读数在内的数据进行速度分析，并产生交互式相位肖像图。此外，预测单个细胞未来状态的高维矢量被添加到降低降低图中。提供的工作流很容易
鉴定明显的和年龄依赖性的P16高小胶质细胞亚型
缩写：AD，阿尔茨海默氏病； CAM，中枢神经系统相关的巨噬细胞； CDK，细胞周期蛋白依赖性激酶； CDP，中央动物设施；中枢神经系统，中枢神经系统；大坝，疾病相关的小胶质细胞； 12月，动物护理和使用委员会； GRP，神经胶质限制的祖细胞； HOM，稳态小胶质细胞； HSV，单纯疱疹病毒； HVG，高度可变的功能； IFN，干扰素小胶质细胞； logfc，日志折叠更改； MRFP，单体红荧光蛋白； MS，多发性硬化症； OPC，少突胶质细胞祖细胞； PCA，主成分分析； PD，帕金森氏病； QRT-PCR，定量实时聚链反应； SASP，衰老相关的分泌表型； TTK，胸苷激酶；嗯，小胶质细胞； UMAP，均匀的歧管近似和投影； WGCNA，称重的基因相关网络分析。
2024 ONCREF AACR海报
参考数据集的观点。a-b）WRN抑制剂剂量反应曲线横跨900个Prism细胞系（https://github.com/niu-lab/ msisensor2），以及区域范围内curve（auc）和基因组 - 含量 - 含基因组shrna或crispr（xpr）依赖性（xpr）依赖性的相关性，依赖于强度，是强化的良好。c）每个化合物注销的目标对之间的棱镜AUC和shRNA或XPR依赖性之间的相关性（| r |）。XPR依赖性细胞系的比例（概率> 0.5;颜色）反映了部分抑制（SHRNA）可以更好地恢复目标上的关系的实例。d）这些化合物靶向对的最佳全基因组相关等级的分布。e）由254个Prism AUC auc pro填充的成对Pearson相关性产生的UMAP在约900个细胞系中，通过注释化合物颜色，表明生物学信号的总体连贯性。
使用长阅读测序
图1。SAM-SEQ同时探测植物组织上的染色质访问性和DNA甲基化。a。SAM-SEQ方案的工作流程和GDNA上M6A-MTase序列偏好的评估（EcoGII-WEALED GDNA）。 b。 链特异性的M6a水平的ECOGII处理的基因组DNA水平在标准化之前和之后，M6A-MTase偏好比五个A. thaliana染色体。 centromeres被描述为灰色盒子。 拟南芥12-mer序列的 c umap投影，由m6a/a含量的ecogii处理的gDNA，含量和含量。 MCG，MCHG和MCHH水平的GDNA和SAM-SEQ的ONT测序之间的密度图和相关分析。 e。 链特异性的SAM-SEQ M6A水平M6A-MTases偏好归一化和之后。 f。 拟南芥基因的元数据显示ATAC-SEQ可及性（Lu等人 2017）（右Y轴）和SAM-SEQ染色质可及性（M6A/A），使用独立的实验使用不同的M6A-MTases（ECOGII或HIA5）以及不同的ONT化学（R9.4.1或R10）（左Y轴）（左Y轴）。SAM-SEQ方案的工作流程和GDNA上M6A-MTase序列偏好的评估（EcoGII-WEALED GDNA）。b。链特异性的M6a水平的ECOGII处理的基因组DNA水平在标准化之前和之后，M6A-MTase偏好比五个A. thaliana染色体。centromeres被描述为灰色盒子。c umap投影，由m6a/a含量的ecogii处理的gDNA，含量和含量。MCG，MCHG和MCHH水平的GDNA和SAM-SEQ的ONT测序之间的密度图和相关分析。e。链特异性的SAM-SEQ M6A水平M6A-MTases偏好归一化和之后。f。拟南芥基因的元数据显示ATAC-SEQ可及性（Lu等人2017）（右Y轴）和SAM-SEQ染色质可及性（M6A/A），使用独立的实验使用不同的M6A-MTases（ECOGII或HIA5）以及不同的ONT化学（R9.4.1或R10）（左Y轴）（左Y轴）。
将Fasnall鉴定为一种治疗有效的复合物I抑制剂
图2 | GSK2194069，TVB-2640和TVB-3166形成了FASN抑制的共识代谢概况。A，UMAP 2D投影的208-mer载体，这些载体含有响应于BT-474细胞的相应药物治疗的细胞内和中代谢产物浓度的相对变化。123个点代表266个LC-MS样品，总共有一个细胞内和一个培养皿样品。b-c，在用1 µM GSK2194069（B）和1 µM Fasnall（C）处理的BT-474细胞中细胞内代谢物浓度的扰动24小时。log 10集成的LC-MS峰强度用于两个轴。代谢产物的代谢物用红色圆圈描绘出低于0.05的Benjamini-Hochberg FDR调整后的P值（Q值）。红色圆的大小与Q值成反比。d-e，用不同浓度的GSK2194069（d）和Fasnall（E）处理的八种乳腺癌细胞系中的相对分离性荧光1.5 h。面板D和E的数据是平均值±SE（n≥12）。