沃尔巴克氏体感染“不完全”细菌,在昆虫中广泛存在。沃尔巴克氏体只能在宿主细胞中生存。沃尔巴克氏体尤其会感染雌性个体,并通过多种机制阻止群体中雄性特征的遗传。这意味着沃尔巴克氏体感染的基因组占了上风。在这里,认为这是一个自然过程的论点也站得住脚:沃尔巴克氏体菌株在欧盟被视为杀生物剂,受感染的蚊子不受管制(欧盟 2018/1623)
与大多数动物一样,昆虫与微生物有着密切的相互作用,这些微生物可能影响昆虫宿主的脂质代谢。在本章中,我们描述了迄今为止有关原核生物微生物在昆虫脂质代谢中起的作用的知名度。我们开始探索以内共生体为重点的微生物 - 脂质相互作用,并更具体地探索了在果蝇中不存在研究的肠道微生物群。然后,我们继续概述在常见且研究充分的wolbachia pipientis上所做的工作,这也与其他微生物有关。采用一个略有不同的角度,然后研究人类病原体(包括登革热和其他病毒)对蚊子载体脂质的影响。我们扩展了有关人类病原体的工作,并包括与内共生膜的相互作用
与微生物物种的许多关联显着影响宿主的生物学,生态和进化。然而,我们对肠道菌群物种组成的理解仍然有限许多宿主物种。在这里,我们为填补这一空白提供了新的一步,并表征了60个标本Lithobius forficatus的细菌菌群,这是芬兰通常发现的棕色石头cent。在这项研究中分析的许多标本被发现具有非常富含物种的细菌统一性,而另一些标本则托管了一个细菌,以一种细菌物种为主。最丰富的系统型包括一些潜在的病原体,例如伯氏和假单胞菌,蜜蜂肠道共生吉利亚姆氏菌以及一些母体遗传性共生细菌,包括沃尔巴奇亚和人力素细菌。虽然发现女性和男性具有类似的细菌群落,但人口对细菌群落组成产生了重大影响。细菌物种的丰富度在岩性的forficatus中或人群之间没有差异。
摘要沃尔巴克氏体是动物体内分布最广泛的细菌内共生体。在节肢动物中,这些母系传播的细菌可以自私地劫持宿主的生殖过程,以提高传播它们的雌性的相对适应度。一种称为雄性杀灭或选择性杀死受感染雄性的生殖寄生形式,通过转基因表达原噬菌体 WO 介导的杀灭 ( wmk ) 基因在一定程度上重现。在这里,我们利用转基因表达表征了果蝇中 wmk 诱导的雄性杀灭的基因型-表型景观。虽然系统发育上遥远的 wmk 同源物不会引起性别比例偏差,但密切相关的同源物表现出复杂的表型,包括不死亡、雄性死亡或所有宿主死亡。我们证明替代起始密码子、同义密码子,尤其是 wmk 中的单个同义核苷酸可以消除杀灭。这些发现揭示了转基因 wmk 诱导杀戮的先前未被认识到的特征,并为转录后过程对雄性杀戮变异的影响建立了新的假设。我们得出结论,同义序列变化在具有生死后果的嵌套内共生相互作用中不一定是沉默的。
生态学。一级学士。现任职位:2016 年至今,德克萨斯理工大学生物科学系助理教授。先前的专业任职:2013-2016 年,俄勒冈州立大学综合生物学系博士后研究员 (AAUW) 和博士后学者。导师:Dee Denver。2011-2013 年,蒙大拿大学生物科学系博士后研究助理。导师:John McCutcheon。II. 研究 作者角色说明:1 表示共同第一作者;* 表示我在德克萨斯理工大学实验室的研究生;** 表示我在德克萨斯理工大学实验室的本科生。出版物 – 同行评议期刊上的文章:2019 Wasala SK、Brown AMV、Kang J、Howe DK、Peetz AB、Zasada IA、Denver DR(2019)植物寄生线虫田间种群中沃尔巴克氏体和 Cardinium 内共生体的丰度和分布变化。微生物学前沿 10:964。doi:10.3389/fmicb.2019.00964 2018 Howe DK、Smith M、Tom D、Brown AMV、Peetz AB、Zasada IA、Denver DR(2018)使用进化率不同的分子标记分析美洲剑线虫物种复合体中的线虫-内共生体共同进化。线虫学。 https://doi.org/10.1163/15685411-00003233
摘要疾病媒介的微生物群落可能代表了几种生物学功能的关键特征,因此鉴于气候变化,应特别关注,因此需要制定新颖的控制策略。然而,媒介传播的微生物网络仍然鲜为人知。评估向量的微生物相互作用和气候依赖性可能有助于更好地估计病原体传播特征和公共卫生风险。在全国范围内的气候代表性的调查中,ixodes ricinus tick是从匈牙利的17个地点收集的。使用shot弹枪元基因组测序,通过研究各种气候环境中的若虫和女性之间的关系来分析细菌组的组成。在属水平上的细菌组成显示女性和若虫的样品之间存在显着差异。在核心细菌组中,女性和若虫在以下属中显示出显着差异:arsenophonus,芽孢杆菌,念珠菌中氯酸酯,犀牛,鞘氨虫,鞘氨虫,葡萄球菌,葡萄球菌cus和沃尔巴基亚。发现了以下区分:cur虫,假单胞菌和鞘氨虫。没有女性降水类别有显着差异的属。covtobac terium在若虫中的各种降水水平上显示温度和芽孢杆菌之间的差异显着差异。矢量传播的细菌组成员的组成在具有不同气候条件和tick宿主的发育阶段的采样点显示出显着变化。我们的发现不仅为理解tick传播的细菌网络和相互依赖性铺平了道路,而且还阐明了存在可能存在的生物滴答控制物种的高潜力,tick寄生虫,ixodiphagus hookeri基于相关细菌组的模式。
少数寄生虫Mansonella Ozzardi和Mansonella Perstans,Mansonellelisois的病因,感染了全球数亿人,但仍然是人类官方病原体中最受研究所研究的人之一。M. Ozzardi在拉丁美洲国家和加勒比海群岛高度普遍,而M. Perstans主要在撒哈拉以南非洲以及南美的一些地区发现。除了其地理分布的差异外,这两个寄生虫还通过不同的昆虫载体传播,并且在其对常用的驱虫药物的反应上表现出差异。缺乏基因组信息阻碍了对Mansonella寄生虫的生物学和进化的研究,并了解物种之间临床差异的分子基础。在当前的研究中,报道了喀麦隆的两个独立临床分离株的高质量基因组和两个来自巴西的ozzardi分离株,另一个是委内瑞拉的。基因组的大小约为76 MB,每个基因编码约10,000个基因,并且基于BUSCO评分约为90%,与其他完整的基因组相似。这些序列代表了Mansonella寄生虫的第一个基因组,并实现了对Mansonella和其他细胞寄生虫之间相似性和差异的比较基因组分析。水平DNA转移(HDT)从线粒体(NUMTS)以及从内共生菌群沃尔巴氏菌(NUWT)转移到宿主核基因组的转移并进行了分析。序列比较抗合性药物的已知靶标二乙基钙化靶标(DEC),伊维沙素和梅本唑的序列发育分析表明,除GON-2基因编码的DEC靶标外,所有已知的靶基因均存在于GON-2基因中,而GON-2基因编码了GON-2基因,该基因在基因组中均来自M. ozzardi Inlecties。 这些新的参考基因组序列将为生物学,共生,进化和药物发现的进一步研究提供宝贵的资源。序列发育分析表明,除GON-2基因编码的DEC靶标外,所有已知的靶基因均存在于GON-2基因中,而GON-2基因编码了GON-2基因,该基因在基因组中均来自M. ozzardi Inlecties。这些新的参考基因组序列将为生物学,共生,进化和药物发现的进一步研究提供宝贵的资源。
(A) 果蝇 (Drosophila melanogaster) 和菠萝蜜 (D. ananassae) 中 Myc 基因组邻域的同源性比较。细箭头表示果蝇 (D. melanogaster) (顶部) 和菠萝蜜 (D. ananassae) (底部) 中目标基因 Myc 所在的 DNA 链。指向右侧的细箭头表示 Myc 在菠萝蜜 (D. ananassae) 和果蝇 (D.melanogaster) 中位于正 (+) 链上。指向与 Myc 相同方向的宽基因箭头相对于细箭头位于同一链上,而指向 Myc 相反方向的宽基因箭头相对于细箭头位于相反链上。果蝇 (D. ananassae) 中的白色基因箭头表示与果蝇 (D. melanogaster) 中相应基因的直系同源性。 D. ananassae 基因箭头中给出的基因符号表示 D. melanogaster 中的直系同源基因,而基因座标识符特定于 D. ananassae。(B)GEP UCSC Track Data Hub 中的基因模型(Raney 等人,2014 年)。D. ananassae 中 Myc 的编码区显示在用户提供的 Track(黑色)中;CDS 用粗矩形表示,内含子用细线表示,箭头表示转录方向。后续证据轨迹包括 NCBI RefSeq 基因的 BLAT 比对(深蓝色,D. ananassae 的 Ref-Seq 基因比对)、D. melanogaster 蛋白质的 Spaln(紫色,D. melanogaster 的 Ref-Seq 蛋白质比对)、TransDecoder 预测的转录本和编码区(深绿色)、成年雌性、成年雄性和沃尔巴克氏体治愈胚胎的 RNA-Seq(分别为红色、浅蓝色和粉色;D. ananassae 的 Illumina RNA-Seq 读数比对)以及使用 D. ananassae RNA-Seq 由 regtools 预测的剪接点(Graveley 等人,2011;SRP006203、SRP007906;PRJNA257286、PRJNA388952)。显示的剪接点的读取深度 >1000,支持读取为红色。(C)果蝇 Myc-PB 的点图(x 轴)与
GWAS方法的演变可以分为三个阶段:单标记分析的初始阶段(Risch和Merikangas,1996),其次是基于混合模型的方法的出现(Zhang等,2005; Yu等,2006; Yu等,2006; Kang等,2008; Kang et an。 Stephens,2012;当前,广泛使用了快速的单基因组基因组扫描和多基因座的两步方法。但是,拥护者倾向于混合模型加机器学习方法,例如3VMRMLM(Li等,2022),因为他们在控制所有多基因背景的同时全面考虑了所有效果。在大多数方法中,标记基因型QQ,QQ和QQ通常分别编码为2、1和0,表明它们在随机交配种群中的繁殖值。在这种情况下,要估计的参数是等位基因替代效应(a),控制
