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使用优化的yarrowia脂溶液表达系统
yarrowia lipolytica是异源蛋白质产生的替代酵母。Based on auto-cloning vectors, a set of 18 chromogenic cloning v ectors w as dev eloped, each containing one of the excisa b le auxotr ophic selecti v e markers URA3 e x, LYS5 e x, and LEU2 e x, and one of six different promoters: the constitutive pTEF, the phase dependent hybrid pHp4d, and the来自PEYK1和PEYL1 deri v ati v es的红氨酸诱导启动子。这些V eTor允许提高感兴趣基因的克隆速度。同时，通过废除细丝并引入了赖氨酸（LYS-）的合理性，开发了一种新的RPROT受体菌株JMY8647，这是基因工程的附加标记。使用此克隆str at gy，这是根茎的最佳靶向序列，如确定。与用野生型ROL信号序列相比，在八个靶向序列中，SP6信号序列在脂肪酶活性中提高了23％。使用杂种Ythritol-inducib le pr opters phu8eyk和peyl1-5ab（1.9和2.2次）与constituti v e ptef pr emoter进行比较时，使用YTHRITOL-Inducib le premoters phu8eyk和Peyl1-5ab（Peyl1-5ab）进行。 两次拷贝str ains在PTEF单子镜菌株上产生3.3倍的脂肪酶活性（266.7对79.7 mu/mg）。。两次拷贝str ains在PTEF单子镜菌株上产生3.3倍的脂肪酶活性（266.7对79.7 mu/mg）。
氟康唑抗性的解脂耶氏酵母临床分离株 CBS 18115 的基因组序列草图
arrowia lipolytica 属于子囊菌门、酿酒菌亚门和双足菌科 (1)。除了工业用途 (2) 之外，Y. lipolytica 还广泛存在于食品、环境和动物中 (1)。由于其能够在 32°C 以上不稳定地生长，因此通常认为该菌种可安全用于工业用途 (1)。Yarrowia lipolytica 是一种机会性病原体，可引起侵袭性念珠菌病 (3)。在体外，该菌种被认为对氟康唑敏感 (4)。第一个 Y. lipolytica 基因组 (CLIB122) 于 2004 年发布 (5)。我们报告了对氟康唑有抗性的 Y. lipolytica 临床分离株的基因组草图，该分离株是从溃疡性结肠炎手术后的血培养中采集的。有趣的是，尽管之前曾接触过唑类药物，但使用梯度浓度试纸法（Etest；bioMérieux），该菌株的氟康唑 MIC 为 0.256 mg/mL。患者成功地用卡泊芬净治疗。该菌株在 35°C 的显色琼脂平板（CAN2；bioMérieux）上生长，并使用 Vitek 基质辅助激光解吸电离 - 飞行时间质谱 (MALDI-TOF MS) 仪器（bioMérieux）进行鉴定。在溶菌酶细胞壁消化后，使用 QIAmp DNA minikit（Qiagen）提取基因组 DNA。使用 Illumina DNA 制备标记试剂盒（Illumina）构建文库。简而言之，使用珠状转座子技术和集成 DNA 技术 (IDT) 的 Illumina DNA/RNA 独特双重 (UD) 索引集将 30 ng 总 DNA 片段化并进行索引。使用 Qubit 高灵敏度试剂盒 (Thermo Fisher Scienti ) 对文库进行扩增、纯化和定量。最后，将 9 pM 汇集和变性文库放入 2 250-bp v2 试剂盒 (Illumina) 中，并使用 MiSeq 仪器 (Illumina) 进行测序。使用 CLC Genomics Workbench v22.0 (Qiagen) 中的 Trim Reads v2.5 和 De Novo Assembly v1.5 工具对原始读取进行修剪、组装成重叠群并进行搭建。使用覆盖率与长度图丢弃覆盖率为 , 10 且长度为 , 500 bp 的重叠群 (6)。使用 QUAST v5.0.2 对最终的 scaffold 集进行质量分析 (7)。总基因组大小为 20,255,408 bp，分布在 521 个 scaffold 上（覆盖率为 100 ），N 50 值为 105 kbp（最长 scaffold，397 kbp），GC 含量为 49.03%。AUGUSTUS v3.4.0 (8) 使用白色念珠菌训练数据集预测了 6,151 个蛋白质编码基因，使用 tRNAscan-SE 2.0 检测到了 484 个 tRNA 基因 (9)。使用 BUSCO v5.3.2 和 saccharomycetes_odb10 谱系数据集 (10) 估计基因组完整性为 95.3%。平均核苷酸同一性 (ANI) 计算
Cas12a 在解脂耶氏酵母中起指导作用
摘要 全基因组功能性遗传筛选已成功发现基因型-表型关系并设计新表型。虽然广泛应用于哺乳动物细胞系和大肠杆菌，但在非常规微生物中的使用受到限制，部分原因是无法准确设计此类物种的高活性 CRISPR 向导。在这里，我们开发了一种针对所选生物体（在本例中为产油酵母解脂耶氏酵母）的 sgRNA 设计实验计算方法。在不存在非同源末端连接（主要的 DNA 修复机制）的情况下进行负选择筛选，用于生成 SpCas9 和 LbCas12a 的单个向导 RNA (sgRNA) 活性谱。这种全基因组数据作为深度学习算法 DeepGuide 的输入，该算法能够准确预测向导活性。 DeepGuide 使用无监督学习来获取基因组的压缩表示，然后通过监督学习来映射具有指导活性的 sgRNA 序列、基因组背景和表观遗传特征。全基因组和选定基因子集的实验验证证实了 DeepGuide 能够准确预测高活性 sgRNA。DeepGuide 提供了一种生物体特异性的 CRISPR 指导活性预测因子，可广泛应用于真菌物种、原核生物和其他非常规生物。
通过动态稀疏分布式内存
摘要高保证加密术的领域很快就已经成熟，但对于端到端的端到端验证了效果有效的加密实现，仍然缺失了尚未确定的基础框架。为了解决此差距，我们使用COQ证明助手正式连接三个现有工具：（1）Hac-特定的紧密加密规范语言； （2）用于效果，高保证加密实现的茉莉语； （3）模块化加密证明的Ssprove基础验证框架。我们首先将HACSPEC与Ssprove连接起来，通过设计了从HACSPEC规范到命令式Ssprove代码的新译本。我们通过考虑从HACSPEC到纯粹的功能性COQ代码的第二次，更标准的翻译来验证这一翻译，并生成两个翻译产生的代码之间的等价性的证明。我们进一步定义了从茉莉蛋白到ssprove的翻译，这使我们能够在ssprove中正式推理有关茉莉蛋白中有效的加密信息。我们证明，相对于Jasmin的操作语义，在COQ中正确地证明了这一翻译。最后，我们通过给出有效的AES的基础端到端COQ证明，证明了方法的有用性。在此案例研究中，我们从使用硬件加速的AE的现有茉莉实现开始，并证明它符合HACSPEC编写的AES标准的规格。我们使用Ssprove基于AES的Jasmin实施来形式化加密方案的安全性。
雅苒 2024 年第四季度报告
2023 收入及其他收入 3,419 3,598 13,934 15,627 营业收入/（亏损） (3) 276 686 392 EBITDA 360 586 1,889 1,709 不含特殊项目的 EBITDA 519 576 2,051 1,712 净收入/（亏损） (290) 246 15 54 每股基本收益/（亏损）5) (1.14) 0.96 0.05 0.19 不含每股基本收益/（亏损）外币兑换收益/（损失）和特殊项目 5） 0.36 0.88 1.73 1.11 经营活动提供/（使用）的净现金 96 93 1,286 2,288 投资活动提供/（使用）的净现金 (287) (367) (1,080) (1,197) 净债务/股权比率 0.53 0.49 0.53 0.49 净债务/EBITDA（不包括特殊项目）（过去 12 个月）比率 1.82 2.16 1.82 2.16 平均流通股数（百万） 254.7 254.7 254.7 254.7 投资资本回报率（ROIC）6） 0.5 % 8.1 % 5.0 % 2.9 % 关键统计数据
解脂耶氏酵母中 DNA 复制起点的指定
尽管与高等真核生物存在差异，但解脂耶氏酵母由于其基因组较小，为研究复制提供了一个简化的模型，使其成为识别起源指定所涉及的关键步骤和成分的理想系统。在这项研究中，我使用高通量测序、基因操作和生化方法表征了解脂耶氏酵母所有六条染色体上的复制起源。结果揭示了一种新的序列基序 YATR......C.AWTT......Y.YAA，其中包括对 ORC 和 CDC6 结合至关重要的大沟和小沟接触。功能分析证实，破坏这些接触会消除起源活动，强调了该基序在复制起始中的关键作用。结构特征（例如 DNA 弯曲）也被发现对起源功能至关重要，突出了序列背景和结构可塑性在复制起始中的重要性。这些发现弥补了复制生物学中的关键知识空白，使解脂耶氏酵母成为理解真核 DNA 复制的宝贵模型。
1上的RNA膜型蛋白组Michael Yarus ...
选定的核糖核苷酸序列与zwitterionic磷脂双层膜良好结合，尽管随机RNA却没有。在选定的膜结合RNA中没有明显的重复序列。这意味着负责膜亲和力的小小的和多样化的图案。此类子序列已被部分定义。绑定的RNA需要Mg 2+和/或Ca 2+之类的分隔线，更喜欢有序的磷脂：凝胶，波纹或筏膜，以此顺序。rNA还结合并稳定弯曲或急剧变形的双层。相比之下，没有二线的RNA结合扩展到由简单的阴离子磷脂形成的负电荷的膜，并具有合理的益生元脂肪酸双层。RNA膜还保留RNA功能，例如碱基配对，色氨酸的被动转运，对肽侧链（如精氨酸）的特异性亲和力以及核糖酶连接酶的催化。具有生化功能的多个膜结合的RNA，通过特定的碱基对链接。鉴于这些实验事实，遗传效应似乎是合理的。RNA的功能通常驻留在几个核苷酸中，并且很容易连接在一个小的RNA中。这些基础对基团可以演变为有目的的，连接相关的RNA函数。这样的RNA组允许复杂的基因组功能，但仅需要复制短RNA。RNA膜促进细胞分裂的精确RNA分离，并通过附加新的碱基配对功能迅速发展。因此，古代RNA-膜可以充当原始组，支持在DNA和DNA基因组之前有序编码的RNA表达，遗传和进化。
折断的线和扭曲的纱线：立法时尚改革
供应链，但大多数温室气体排放量在第2、3和4层的上游29中。根据麦肯锡的报告，上游的70％的时尚温室气体排放30可以减少多达60％。目前，品牌可能会提供建议，或指示其供应商贷款以资助脱碳，但希望其供应商能付款。31个工厂主要是在紧张的利润率上工作，并且没有资本来改变其设施32。，即使他们这样做，他们也必须筹集成本，从历史上看，品牌只是将其业务带到其他地方。33减少供应链排放取决于品牌和零售商在其供应中共同投资
Deskpass 与 Yardi 携手革新灵活工作空间解决方案
除了 Deskpass，Yardi 还收购了英国领先的联合办公和灵活工作空间在线市场 Hubble。将 Deskpass、Hubble 和 CoworkingCafe 等市场领导者聚集在一起，扩大整个市场的规模、质量和预订便利性，对于满足专业人士和企业对灵活空间日益增长的需求至关重要。Yardi 将继续与空间提供商和技术合作伙伴合作，提供行业领先的体验。