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简介材料和方法结果
背景：塑性污染，气候变化和抗生素耐药性（AR）是互连的全球危机。微塑料提供了生物膜形成的底物，从而培养了抗生素耐药基因（ARGS）的水平基因转移（HGT）。气候变化加速了微生物活性，加剧了ARG传播。方法：该研究整合了全球数据集，统计分析和实验室实验。预测因子，包括温度，塑性密度，ARG患病率，紫外线暴露和抗生素浓度，分析了它们对ARG传播的影响。结果：在温度和arg传递速率之间观察到显着的相关性（R²= 0.987，p <0.05）。实验室实验显示，在升高温度（35°C）时，HGT增加了40％。该模型确认塑性密度，并成为强烈预测因子。结论：缓解ARG传播需要解决塑料污染，气候变化和抗生素使用调节的综合政策。版权所有©2025，Sagam Dinesh Reddy博士。这是根据Creative Commons归因许可分发行的开放访问文章，该文章允许在任何媒介中不受限制地使用，分发和复制，前提是原始作品被正确引用。
resfinderfg v2.0：通过功能宏基因组学获得的抗生素抗性基因数据库
宏基因组学可用于监测抗生素耐药基因的扩散（ARGS）。args在诸如分解和纸牌原理等数据库中发现的源自可培养和致病性细菌，而来自不可培养和非病原细菌的ARG仍然研究了。功能元素基于表型基因的选择，并且可以从具有与已知ARGS共享的潜在低认同性的不可培养的Bacteria中识别出ARG。在2016年，创建了ResfinderFG V1.0数据库，以从功能性研究中收集ARG。在这里，我们介绍了数据库Resfinderfg v2.0的第二个范围，该v2.0可在基因组流行语Web服务器中心（https：//cge.food.dtu.dtu.dk/ services/ resfinderfg/）中获得。它包括3913 ARG，由50个精心策划的数据集的功能性宏基因组学鉴定。我们评估了与肠道，土壤和水（海洋 +淡水）全球微型基因目录（https://gmgc.embl.de）相比，我们评估了其检测ARG的潜力。res- finderfg v2.0允许检测未检测到使用其他数据库检测的ARG。这些包括对β-甲酰胺，环素，苯酚，糖肽 /环烯烯和甲氧苄啶 /磺胺酰胺的抗性。因此，ResfinderFG v2.0可用于识别与常规数据库中发现的ARG，从而改善了抗抗性的描述。
基于CRISPR的方法增强了废水中抗生素耐药性的检测
废水包含许多不同的ARG与来自人类，病毒和细菌在内的各种来源的遗传物质混合在一起。因为ARG仅占总DNA含量的很小比例，因此在废水样品中发现它们需要敏感的检测方法。最常见的技术是定量聚合酶链反应（QPCR）。此方法使用称为引物的RNA指南来识别已知ARG的特定DNA序列，然后将其放大以进行检测。
异常微生物组与杂交小鼠中抗生素耐药性基因载量的增加有关
抗生素耐药性是由微生物群落内的生态进化动态及其在哺乳动物宿主界面或地理规模上的相互作用引起的公共卫生问题。在居住在异质环境中的自然种群中，必须更好地理解哺乳动物宿主遗传学，细菌肠道群落和抗菌抗性基因（ARG）含量之间的联系。杂交，遗传分歧的杂交影响了肠道微生物群落的不同组成部分。然而，它对细菌性状（例如抗生素耐药性）的影响尚不清楚。在这里，我们提出杂交可能塑造细菌群落并发生ARG。我们使用扩增子测序研究肠道微生物组并预测房屋小鼠天然种群（Mus musculus）中的ARG组成。我们比较了欧洲室内小鼠杂交区的纯纯和杂种基因型梯度的胃肠道细菌和ARG多样性，组成和丰度。我们观察到杂交小鼠中ARG的总体预测性增加。我们通过特异性细菌分类群和ARGS（主要是多药耐药基因）在杂化小鼠中的共同充足性和检测到的杂化小鼠的极端丰度的表型发现了细菌的相互作用。我们的工作表明哺乳动物宿主遗传变异会影响肠道微生物组和染色体ARG。但是，它提出了有关哺乳动物宿主遗传学如何通过微生物组动力学或环境协变量影响的进一步疑问。
普渡大学本科课程专业 2023-2024
学校分组 PWL UG AE - 航空与天文工程师 AAE-BSE BSAAE AAE 航空与天文工程 140201 Aerspc/Aeron/Astron 工程师 1282 航空航天 14030000 ERG PWL UG M - 管理 (商务) ACCT-BS BS ACCT 会计 DAMT 数据分析 520301 会计 1310 管理行政与指导学院 15000000 MRG PWL UG M - 管理 (商务) ACCT-BS BS ACCT 会计 FINC 金融 520301 会计 1310 管理行政与指导学院 15000000 MRG PWL UG M - 管理 (商务) ACCT-BS BS ACCT 会计 HMGT HTM 管理 520301 会计 1310 管理行政与指导学院15000000 MRG PWL UG M - 管理 (商务) ACCT-BS BS ACCT 会计 IBUS 国际商务 520301 会计 1310 管理管理与教学学院 15000000 MRG PWL UG M - 管理 (商务) ACCT-BS BS ACCT 会计 INMT 创新管理 520301 会计 1310 管理管理与教学学院 15000000 MRG PWL UG M - 管理 (商务) ACCT-BS BS ACCT 会计 MCON 管理咨询 520301 会计 1310 管理管理与教学学院 15000000 MRG PWL UG M - 管理 (商务) ACCT-BS BS ACCT 会计 MISY 管理信息系统 520301 会计 1310 管理管理与教学学院15000000 MRG PWL UG M - 管理 (商务) ACCT-BS BS ACCT 会计 MRKT 市场营销 520301 会计 1310 管理学院行政与教学 15000000 MRG PWL UG M - 管理 (商务) ACCT-BS BS ACCT 会计 OPMG 运营与供应链管理 520301 会计 1310 管理学院行政与教学 15000000 MRG PWL UG M - 管理 (商务) ACCT-UND DS PMGA 预管理/会计 520301 会计 1310 管理学院行政与教学 15000000 MRG PWL UG AB - 农业与生物工程师 AE-BSE BSAGE XEAG 农业工程 140301 农业/生物工程师与生物工程 1146 农业与生物工程项目 11040000 ARG PWL UG AB - 农业与生物工程 AE-BSE BSAGE ENRE 环境与国家资源工程 140301 农业/生物工程与生物工程 1146 农业与生物工程项目 11040000 ARG PWL UG LA - 文科 AF-AMER-BA BA AFAS 非裔美国人研究 050201 非裔美国人/黑人研究 1374 综合研究学院 17110000 LARG PWL UG A - 农业 AGECON-BS BS AGBS 农业综合企业 AGFN 农业金融 010101 农业商业与管理总论 1145 农业经济学 11030000 ARG PWL UG A - 农业 AGECON-BS BS AGBS 农业综合企业AGMG 农业综合企业管理 010101 农业商业和管理总论 1145 农业经济学 11030000 ARG PWL UG A - 农业 AGECON-BS BS AGBS 农业综合企业 AGMR 农业营销 010101 农业商业和管理总论 1145 农业经济学 11030000 ARG PWL UG A - 农业 AGECON-BS BS AGBS 农业综合企业 CMRK 商品营销 010101 农业商业和管理总论 1145 农业经济学 11030000 ARG PWL UG A - 农业 AGECON-BS BS AGBS 农业综合企业 FMRK 食品营销 010101 农业商业和管理总论 1145 农业经济学 11030000 ARG PWL UG A - 农业 AGECON-BS BS AGEC农业经济学 APAE 应用农业经济学 010103 农业经济学 1145 农业经济学 11030000 ARG PWL UG A - 农业 AGECON-BS BS AGEC 农业经济学 DAMT 数据分析 010103 农业经济学 1145 农业经济学 11030000 ARG PWL UG A - 农业 AGECON-BS BS AGEC 农业经济学 PLPL 政策与法律预科 010103 农业经济学 1145 农业经济学 11030000 ARG PWL UG A - 农业 AGECON-BS BS AGEC 农业经济学 QUAN 定量分析 010103 农业经济学 1145 农业经济学 11030000 ARG PWL UG A - 农业 AGECSL-BS BS SLMK 销售与营销 010101 农业商业与管理普通 1145 农业经济学 11030000 ARG PWL UG A - 农业 AG-ED-TCH-BS BS AGED 农业教育 ELL 英语学习者 131301 农业师范教育 1161 农业科学 教育与通讯 11130000 Y ARG PWL UG A - 农业 AG-ED-TCH-BS BS AGED 农业教育 HABL 高能力 131301 农业师范教育 1161 农业科学 教育与通讯 11130000 Y ARG PWL UG A - 农业 AG-ED-TCH-BS BS AGED 农业教育 SPEC 特殊教育 131301 农业师范教育 1161 农业科学 教育与通讯 11130000 Y ARG PWL UG A - 农业 AGRIC-BS BS AGCM 农业传播 010802 农业通讯/新闻学 1161 农业科学教育与通讯 11130000 ARG PWL UG A - 农业 AGRIC-BS BS FARM 农场管理 010104 农场/农场和牧场管理 1145 农业经济学 11030000 ARG PWL UG A - 农业 AGRIC-BS BS INAG 跨学科农业 010000 农业综合 1140 农业学院管理 11000000 ARG PWL UG A - 农业 农业 DS PPSC 植物研究 - 探索性 260301 植物学/植物生物学 1140 农业学院管理 11000000 ARG PWL UG A - 农业 农业 DS PABE 预农业与生物工程 140301 农业/生物工程与生物工程 1146 农业与生物工程计划 11040000 ARG PWL UG A - 农业 AGRMECH-BS BS ASM 农业系统管理 AGSM 农业安全 010201 农业机械化 Gen 1146 农业与生物工程项目 11040000 ARG PWL UG A - 农业 AGRMECH-BS BS ASM 农业系统管理 DAIS 数据与信息系统 010201 农业机械化 Gen 1146 农业与生物工程项目 11040000 ARG PWL UG A - 农业 AGRMECH-BS BS ASM 农业系统管理 LDMG 领导与管理 010201 农业机械化 Gen 1146 农业与生物工程项目 11040000 ARG PWL UG A - 农业 AGRONOMY-BS BS SUAS 农学 ABMK 农学商业与营销 010308 农业生态学/可持续农业 1150 农学11050000 ARG PWL UG A - 农业 农学-BS BS SUAS 农学 AMGT 作物与土壤管理 010308 农业生态学/可持续农业 1150 农学 11050000 ARG PWL UG A - 农业 农学-BS BS SUAS 农学 IAGR 国际农学 010308 农业生态学/可持续农业 1150 农学 11050000 ARG PWL UG A - 农业 农学-BS BS AMCL应用气象学与气候 400401 大气科学与气象学 Gen 1150 农学 11050000 ARG PWL UG A - 农业 农学-BS BS CPSC 作物科学 011102 农学与作物科学 1150 农学 11050000 ARG PWL UG A - 农业 农学-BS BS PGBB 植物遗传育种生物技术 260805 植物遗传学 1150 农学 11050000 ARG PWL UG A - 农业 农学-BS BS SHSC 土壤与水科学 011201 土壤科学与农学 Gen 1150 农学 11050000 ARG PWL UG LA - 文科 AMST-BA BA AMST 美国研究 050102美国/美国研究/文明 1374 综合研究学院 17110000 LARG PWL UG A - 农业 ANSC-BS BS ASCI 动物科学 ANAG 动物农业综合企业 010901 动物科学总论 1151 动物科学 11060000 ARG PWL UG A - 农业 ANSC-BS BS ASCI 动物科学 BEHV 行为/幸福感 010901 动物科学总论 1151 动物科学 11060000 ARG PWL UG A - 农业 ANSC-BS BS ASCI 动物科学 BISC 生物科学 010901 动物科学总论 1151 动物科学 11060000 ARG PWL UG A - 农业 ANSC-BS BS ASCI 动物科学 PRIN 动物生产与产业 010901 动物科学总论 1151 动物科学11060000 ARG PWL UG A - 农业 ANSC-BS BS ASCI 动物科学 PRMD 兽医学预科 010901 动物科学综合 1151 动物科学 11060000 ARG PWL UG LA - 文科 ANTH-BA BA ANTR 人类学 ANOH 健康人类学 450201 人类学 1371 人类学 17100000 LARG PWL UG LA - 文科 ANTH-BA BA ANTR 人类学 APAN 应用人类学 450201 人类学 1371 人类学 17100000 LARG PWL UG LA - 文科 ANTH-BA BA ANTR 人类学 ARCG 考古科学 450201 人类学 1371人类学 17100000 LARG PWL UG LA - 文科 ANTH-BA BA ANTR 人类学 BAFA 生物考古学与法医人类学 450201 人类学 1371 人类学 17100000 LARG PWL UG LA - 文科 ANTH-BA BA ANTR 人类学 BIAN 生物人类学 450201 人类学 1371 人类学 17100000 LARG PWL UG LA - 文科 ANTH-BA BA ANTR 人类学 CNTH 文化人类学 450201 人类学 1371 人类学 17100000 LARG PWL UG LA - 文科 ANTH-BA BA ANTR 人类学 EEAN 生态与环境人类学 450201 人类学 1371 人类学 17100000 LARG PWL UG LA - 文科 ANTH-BA BA ANHO 人类学荣誉 ANOH 健康人类学 450201 人类学 1371 人类学 17100000 LARG PWL UG LA - 文科 ANTH-BA BA ANHO 人类学荣誉 APAN 应用人类学 450201 人类学 1371 人类学 17100000 LARG PWL UG LA - 文科 ANTH-BA BA ANHO 人类学荣誉 ARCG 考古科学 450201 人类学 1371 人类学 17100000 LARG PWL UG LA -文科 ANTH-BA BA ANHO 人类学荣誉学位 BAFA 生物考古学与法医人类学 450201 人类学 1371 人类学 17100000 LARG PWL UG LA - 文科 ANTH-BA BA ANHO 人类学荣誉学位 BIAN 生物人类学 450201 人类学 1371人类学 17100000 LARG
表观型 - 基因型 - setD1a和setD2染色质疾病中的相关性
种系病原变异在编码赖氨酸特异性组蛋白甲基转移酶基因setD1a和setD2的两个基因中与神经发育障碍（NDDS）相关，这些神经发育障碍（NDDS）具有发育延迟和先天异常的特征。setD1a和setD2基因产物在染色质介导的基因表达调节中起关键作用。已经检测到一系列染色质基因相关NDD的特异性甲基化发作，并通过改善变异致病性的解释来影响临床实践。为了研究SETD1A和/或SETD2相关的NDD是否与可检测的发作相关，我们使用基于下一代测序的测定法进行了> 2 M CpG的靶向全基因组甲基化分析。比较setD1a变异患者（n = 6）患者甲基化谱的比较没有揭示出强烈的甲基化发作的证据。对SETD2患者组的临床和遗传特征的综述表明，如前所述，截断突变的患者（n = 4，卢斯坎·卢姆综合症； MIM：616831）和具有MISSense CODON 1740的coDON 1740变体[P.Arg1740trp（n = 4 = 4）和P.Argn和P.Argn = 2 grn = arg n = arg n = arg n = arg n = arg n = arg n = arg n = arg 1 grn = 2 grn = rgn = rgn = rgn = rgn = 2 gln = rgn = rgn = rgn = rg1，两个SETD2亚组都表现出甲基化发作，该发作分别以甲基化和高甲基化事件为特征。在密码子1740亚组中，甲基化变化和临床表型在患有P.ARG1740TRP变体的人群中都更为严重。我们还注意到，具有SETD2 -NDD的10例病例中有2例发生了肿瘤。这些发现揭示了SetD2-NDDS中新型的表观遗传型 - 基因型 - 表型相关性，并预测了SETD2密码子1740致病变体的功能获取机制。
冰川恢复后，天然原发性植被中的天然原发性植被
在过去的几十年中，抗生素耐药基因的传播对人类健康构成了重大威胁。尽管植物层代表了至关重要的微生物库，但对人类干扰较少的自然栖息地中ARG的概况和驱动因素知之甚少。为了最大程度地减少环境因素的影响，我们在这里收集了从初级植被继承序列的早期，中和晚期阶段收集的叶片样品，以研究植物层在自然栖息地中如何发展。拟层gr。细菌 - 养分和叶片营养素含量，以评估其对植物圈args的贡献。总共确定了151个独特的ARG，涵盖了几乎所有公认的主要抗生素类别。我们进一步发现，由于植物圈的波动栖息地和植物个体的特定选择效应，在植物群落继承过程中存在一些随机和核心集。由于植物群落继承过程中植物层细菌的多样性，综合性的复杂性和叶片养分含量的减少，Arg的丰度大大减少。虽然土壤和落叶之间的紧密联系导致叶子中的arg丰度比新鲜的叶子更高。总而言之，我们的研究表明，植物圈在自然环境中拥有广泛的ARG。这些植物层args由各种环境因素驱动，包括植物群落组成，宿主叶特性和植物圈微生物组。
对基于 AI 的质粒注释工具进行基准测试，以便从哥斯达黎加维里拉河的宏基因组中挖掘抗生素抗性基因
摘要 — 生物信息学和人工智能 (AI) 是快速发展的工具，它们促进了移动遗传元素 (MGE) 的注释，从而能够预测污染环境中的健康风险因素，例如抗生素抗性基因 (ARG)。本研究旨在评估四种基于 AI 的质粒注释工具 (Plasflow、Platon、RFPlasmid 和 PlasForest) 的性能，通过使用定义的性能参数来识别从哥斯达黎加维里拉河获得的一个沉积物样本的宏基因组中的 ARG。我们从样本中提取并测序完整的 DNA，组装宏基因组，然后使用每种生物信息学工具进行质粒预测，并使用抗性基因标识符网络门户进行 ARG 注释。计算了评估质粒的每个 ARG 预测结果的灵敏度、特异性、精确度、阴性预测值、准确度和 F1 分数。值得注意的是，Platon 在评估的工具中表现最高，获得了优异的分数。相反，Plasflow 似乎难以区分染色体和质粒序列，而 PlasForest 在处理小重叠群时遇到了限制。RF- Plasmid 表现出较低的特异性，并且其分类单元依赖的工作流程表现不佳。我们建议采用 Platon 作为抗性基因组研究的首选生物信息学工具
![arXiv:2209.01655v1 [stat.ME] 2022 年 9 月 4 日](/simg/e\ef0b60e3e17b419ee4c33a0e8a8dd3b263499764.webp)
arXiv:2209.01655v1 [stat.ME] 2022 年 9 月 4 日
µ ( dj ) 的后验估计与 φ S 最接近的水平，即 j ∗ S = arg min j ∈{ 1 , ··· ,d } | ˆ µ ( dj ) − φ S |
单次静脉注射合成外泌体递送的 CRISPR 基因后，成功将阿尔茨海默病模型小鼠脑中的载脂蛋白 E4 编辑为 E3
图 1 . ApoE4 gRNA 变体、PAM 位点和 E4 ARG 到 E3 CYS 的碱基编辑。（A）显示的是 gRNA #1 和 #2，它们以 APOE4 序列“C”为目标，并分别在位置 #8 和 #5 处将其与胞嘧啶脱氨酶胞嘧啶编辑窗口对齐（框出）。密码子 112 中的“C”到“T”碱基编辑导致 ARG 到 CYS 替换，从而产生 ApoE3。（B）显示了 CBE（Cas9n、evoAPOBEC1 和 UGI）、E4 特异性 gRNA 和 sgRNA 以及 ApoE4 基因复合物。目标胞嘧啶“C”显示在胞嘧啶脱氨酶 evoAPOBEC1 酶附近。选择了两个候选 CBE，pBT375 和 pYE1BE4max，34 进行合成和测试，