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sangerflow，一种基于桑格测序的生物信息学管道，用于害虫和病原体识别
为了在此处演示Sangerflow性能，我们使用了两个测试数据集，这些数据集由PCR Sanger测序前进和反向读取。首先，我们使用Geneious 6手动从前序列和反向序列中删除了模棱两可的核苷酸（表5），对它们排列，提取了共识序列，并最终使用Geneeious 6使用Web BlastN 16在NCBI数据库中搜索它们。然后，我们在同一数据集的FASTA文件上运行了Sangerflow管道，该数据集自动为每个示例提供了BLASTN输出（表6）。但是，由于sangerflow的输入和输出文件是FastA格式，因此对修剪序列没有可视化。最后，我们比较了sangerflow衍生的BLASTN输出与手动处理的输出（表7）。结果的比较证明了手动分析和桑格洛之间的一致性（表7）。
揭秘 Akkermansia muciniphila Akk11
ATCC BAA-835 T [9, 34] 中这些基因的存在进一步证明这些风险基因可能是 A. muciniphila 所固有的。使用 ISfinder 和 blastn 分析了移动遗传元件 (MGE)，包括质粒、插入序列 (IS) 和整合子。检测到 Akk11 中存在 IS，这与
DNA条形码分析（Anabas ...
摘要：Ikan Betok（Anabas testudineus，Bloch 1792）是FISHES之一，是Anabantidae家族的成员。Betok是Riau省的一种地方性鱼。关于Betok Fish的DNA条形码的科学研究仍然很少。这项研究旨在分析Betok Fish上细胞色素C氧化酶I（COI）的DNA条形码序列。方法，例如采样，总DNA提取，PCR，电泳，测序和数据分析。所研究的COI序列的大小为694 bp。BLASTN分析表明，Betok Fish的相似性最高为99.7％，而A. cobojinus的testudineus和最低的93.00％。有一个核苷酸基于COI序列（即核苷酸编号309）。这项研究可能会丰富Genebank中Betok Fish的DNA条形码数据库。关键字：Anabas testudineus，Betok Fish，COI，DNA条形码，RIAU。pendahuluan
基于 rbc L、mat K 和 ITS 序列对菲律宾 11 种特有万代兰进行 DNA 条形码编码
DNA 条形码因其在植物种类识别、鉴别和分类以及揭示近缘物种间的系统发育关系方面的潜力而备受关注。使用 BLASTn、遗传距离相似性和基于树的方法评估了三种条形码标记（rbc L、mat K 和 ITS）及其组合对菲律宾 11 种特有万代兰的有效性。使用通用引物成功扩增并测序了代表 11 种万代兰的 40 个种质的每个条形码区域。比对序列中可变位点的数量在 ITS 区域最多（30%），其次是组合区域（3%）、mat K（2%）和 rbc L（2%）。BLASTn 结果显示，基于 NCBI 数据库中可用的 rbc L、mat K 和 ITS 序列，大多数样本都被正确识别到属的水平。在 NCBI 数据库中，仅两个物种（Vanda sanderiana 和 Vanda luzonica）根据 mat K 和 ITS 序列在物种水平上被正确识别。从三个区域的组合计算出的遗传距离范围为 0.0000–0.01528。Vanda aurantiaca 和 Vanda lamellata var remediosa 之间的遗传距离最大（0.01528），这表明它们之间的遗传相似性较低。使用最大简约法和 1000 次引导重复测试为每个基因序列构建系统发育树。在从 rbc L、mat K 和 ITS 区域序列生成的系统发育树中，从 ITS 序列生成的系统发育树根据其当前基于形态学的分区分类完全区分了 11 个 Vanda 物种。基于这三个区域的组合序列构建的系统发育树与基于 ITS 区域构建的系统发育树相似，只是 MP 分析对聚类的支持更强。MP 树中呈现的分子数据支持 Vanda 的现有形态部分。单条形码 ITS 是菲律宾 Vanda 物种的合适条形码。因此，ITS 应与植物核心条形码、rbc L 和 mat K 结合使用，以区分和分类菲律宾特有的 Vanda 物种。本研究提供了菲律宾 Vanda 物种的条形码数据库，可能对保护兰科中这一宝贵属做出重大贡献。
phi29 样 Microbacterium foliorum podovirus 噬菌体的完整基因组序列 PineapplePizza
使用氯化锌沉淀法（7）从高滴度裂解物中提取 DNA，使用 NEBNext Ultra II 试剂盒（New England Biolabs，马萨诸塞州伊普斯威奇）制备用于测序，并使用匹兹堡噬菌体研究所（宾夕法尼亚州匹兹堡）的 Illumina MiSeq 仪器（v3 试剂）进行测序。对总共 1,056,847 个单端 150 bp 读数进行 9,214 倍覆盖度的测序。分别使用 Newbler v2.9 和 Consed v29.0 进行组装和质量控制检查（8, 9）。PineapplePizza 的基因组有 16,662 个碱基对，G + C 含量为 53.6%。没有测序读数超出基因组末端，基因组末端的 101 bp 反向重复与共价结合的末端蛋白一致，如 phi29（10）。使用 NCBI BLASTn (11) 进行全基因组比对，结果显示与其他 Microbacterium 噬菌体无显著的核苷酸序列相似性，PineapplePizza 被归类为单一基因。使用 Glimmer v3.02 (12) 和 GeneMark v2.5 (13) 自动注释 PineapplePizza 的基因组，然后使用 Phamerator (14)、DNA Master v5.23.6 ( http://phagesdb.org/DNAMaster/ )、PECAAN、BLAST (11) 和 HHPred (15) 手动细化。Aragorn v1.2.38 (16) 或 tRNAscan-SE v2.0 (17) 未鉴定出 tRNA 基因。所有分析均使用默认设置进行。
全基因组基于基础基因 - ...
微生物的品种对人类有益。益生菌微生物通过平衡肠道中的微生物菌群来起作用。整个基因组测序（WGS）技术已用于识别和表征新型微生物。在本研究中，WGS进行了枯草芽孢杆菌（枯草芽孢杆菌）菌株的遗传表征。分别使用Illumina和Nano-Pore产生的短读和长读数，得出了43.58 mol％g+c的43.58 mol％g+c的单个支架。核酸基因组注释管道（PGAP）通过基因注释导致鉴定4296个编码序列（CDS），86个TRNA，30 RRNA和5 NCRNA。组装基因组的爆炸表明，枯草芽孢杆菌KCTC 3135是最接近的菌株，表现出约99％的身份。对与安全性有关的基因（例如抗生素耐药性，毒力因子和毒素）的基因分析均未发现所鉴定的基因对人类健康构成风险。 存在定期间隔短的短文重复序列（CRISPR）和缺乏功能性预言序列的存在似乎在维持基因组稳定性方面是有利的。 此外，存在促成益生菌特性的基因，例如酸和胆汁盐的耐受性，锚定在肠粘膜上和PLSSC基因组中的抗微生物活性，确保菌株的生存能力，从而提高其定殖并降低肠道中的病原性依从性。 总体而言，基因组分析强烈表明枯草芽孢杆菌菌株PLSSC是一种安全的应变，可用作益生菌。均未发现所鉴定的基因对人类健康构成风险。存在定期间隔短的短文重复序列（CRISPR）和缺乏功能性预言序列的存在似乎在维持基因组稳定性方面是有利的。此外，存在促成益生菌特性的基因，例如酸和胆汁盐的耐受性，锚定在肠粘膜上和PLSSC基因组中的抗微生物活性，确保菌株的生存能力，从而提高其定殖并降低肠道中的病原性依从性。总体而言，基因组分析强烈表明枯草芽孢杆菌菌株PLSSC是一种安全的应变，可用作益生菌。
链霉菌属的杀虫潜力。反对登革热...
艾德斯·埃及林恩。（Diptera：culicidae）是登革热和基孔肯尼亚等最常见的引起疾病的arbovirus的载体之一。缺乏这些疾病的疫苗以及当前增加杀虫剂耐药性的问题加剧了寻找控制载体种群的新颖和有效方法的需求。因此，本文旨在研究菲律宾链霉菌与AE的生物学活性。埃及作为管理这些蚊子种群的潜在生物学剂。在测试生物学活性之前，使用其16S rRNA序列根据形态，文化和分子表征确定了八个放线菌分离株。生成的核苷酸序列的BLASTN结果显示出98–100％与不同链霉菌物种的相似性，并用GenBank登录号MZ317443 – MZ317450分配。在八个分离株中，针对3至5天的雌性艾迪斯埃及埃及成年人的CDC瓶生物测定法显示，CGS C13（92.68％），DK 5-10（85.53％）（85.53％）和CGS B11（81.91％）表现出最高的成人活性对照（均表现出较高的成人活动）。LC 50通过剂量反应生物测定测定表明，CGS B11的活性最高（2.838 ppm），其次是DK 5-10（6.083 ppm）和CGS C13（519.281 ppm）。这是关于这些链霉菌物种对AE的杀虫活性的第一份报告。埃及。
克隆复合物398甲氧西林 - 耐药葡萄球菌...
meCA -MRSA通过PCR靶向SA-442物种特异性片段和MECA基因（6，7）。我们使用PCR（8，9），与LUKF/ LUKS-PV基因的隶属关系和存在。我们通过使用磁盘扩散方法对抗生素抗性进行了表型检测，并根据欧洲抗菌敏感性测试版本14.0（10）提供的指南来解释结果。我们使用核素体微生物DNA隔离试剂盒提取DNA（Machery-Nagel，https://www.mn-net.com）。图书馆的准备和全基因组排序被外包给Eurofins（德国体育馆），其中使用了Illumina Novaseq6000技术（https：// www.illumina.com）。读取质量质量并通过使用Shovill v1.0.4（https://github.com/tseemann/shovill）来从头组装，我们通过使用quard v5.0.2（https://quast.sourceforge.net）评估了组装质量。We performed typing by using MLSTFinder v2.0.9 and spaTyper (Genomic Epidemiology Cen- ter, http://www.genomicepidemiology.org) and identified resistance and virulence genes by using ResFinder 4.1 and VirulenceFinder v2.0.3 (Genomic Epidemiology Center) (identity >95%) and confirmed resistance genes通过使用卡3.2.9。（https：//card。mcmaster.ca）。我们通过使用bakta 1.9.1（https：//bakta.computational.bio）来表征转座TN 554的遗传环境。要比较主体，我们使用了国家生物技术信息中心（NCBI）BLASTN工具（https：// bast。ncbi.nlm.nih.gov）。，我们通过使用Roary以前出版的繁殖（6）（Roary v3.13.0，Gubbins v2.4.1和SNP-Dist v0.7.0; https：/https：//github.com）在所有CC398 PVL-Posistive rypseques tripseq：
（Jurnal Ilmiah Perikanan Dan Kelautan）
一个淡水鳗（Anguilla spp。）被分类在Anguillidae家族中，并将其包括在Catadromous组中。这项研究旨在确定线粒体DNA的COI基因序列，分析遗传距离和系统发育学，并表征Kuari River Bengkulu中淡水鳗鱼栖息地的物理和化学参数。这项研究是从2020年11月至2021年4月进行的。条形码EEL物种中使用的方法是使用PCR（聚合酶链反应）的DNA分离，DNA扩增，电泳和MTDNA中COI基因区域的测序。在35个循环中，从PCR的结果中获得了COI mtDNA基因片段30秒。对EEL样品AM3和AM4的BLASTN分析与Anguilla Marmorata的相似性最高为99.82％-100％，而样品AB2-AB5表示，与Anguilla Bengalensis的标识最高99.84％-100％。系统发育物种表明Anguilla Marmorata和Anguilla Bengalensis形成了两个不同的亚群体。Bengkulu Kuari河的水品质是温度26.5-27.5°C，pH 7.1-8.7，溶解氧6.19-9.54 mg l-1，亮度21-47 cm，ammonia，ammonia 0.16-0.41 mg l-1，总碱性20–52 mg l-1，33-1，TDS 33-1，TDS M. 0.3-0.4 PPT和水速度0.5-0.8 ms-1。通过将COI基因的DNA序列与GenBank中的现有数据库进行比较，DNA条形码中的COI基因非常适合用于鉴定Anguilla SPP物种。
词典：对数百万...
与基因组数据库的一致性是生物信息学的基本操作，被BLAST推广了12。但是，测序的微生物基因组的速率持续增加，现在有13个数据集，现在数百万的数据集远远超出了现有的对齐工具的能力。我们14引入了词典，这是一种核苷酸序列比对工具，用于有效查询中度长度15个序列（> 500 bp），例如基因，质粒或长期读取数百万个原核生物16基因组。关键创新是构造一小部分探针K -Mers（例如n = 40,000）17“窗口覆盖”整个数据库的索引，从某种意义上说，每18个数据库基因组的每500 bp窗口都包含多个种子k -mers，每个k -mers每个都带有一个带有一个探针的共享前缀。19存储这些种子，并由他们同意的探针索引，在层次索引中可以实现20个快速和低内存可变长度匹配，伪有序，然后完全对齐。我们21表明，词典比BlastN能够与更高的灵敏度保持一致，因为查询≥1kb的查询差异从90％降至80％，然后在Small（GTDB）和大23（Allthebacteria和GenBank+GenBank+Repeq）数据库上基准基准。我们表明，与最先进的方法相比，词典词法可以达到更高的24个灵敏度，速度和较低的记忆。对25个基因的比对与来自Genbank和Refseq的234万个原核生物基因组的比对需要36秒26（稀有基因）至15分钟（16S rRNA基因）。词典MAP以标准格式27产生输出，其中包括BLAST的输出，可在MIT许可证28 https://github.com/shenwei356/lexicmap上获得。29 div>