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10-差分表达和丰度
基准研究Scrna-Seq中的差异表达方法：Squair，J.W.，Gauter，M.，Kathe，C。等。（2021）自然通信https://doi.org/10.1038/s41467-021-25960-2
全基因组碱基编辑器筛选鉴定酵母中蛋白质丰度的调节剂
摘要 蛋白质是细胞中的关键分子，其丰度不仅在基因表达水平而且在转录后水平受到广泛调控。在这里，我们描述了一种酵母基因筛选方法，该方法能够系统地表征蛋白质丰度调控在基因组中的编码方式。该筛选方法结合了 CRISPR/Cas9 碱基编辑器来引入点突变，并对内源性蛋白质进行荧光标记以方便流式细胞仪读数。我们首先使用单个 gRNA 以及正向和负向选择筛选对酵母中的碱基编辑器性能进行了基准测试。然后，我们研究了 16,452 种基因扰动对代表各种细胞功能的 11 种蛋白质丰度的影响。我们发现了数百种调控关系，包括 GAPDH 同工酶 Tdh1/2/3 与 Ras/PKA 通路之间的新联系。许多已识别的调节因子特定于这 11 种蛋白质中的一种，但我们还发现了一些基因，这些基因在受到扰动时会影响大多数测试蛋白质的丰度。虽然更具体的调控因子通常作用于转录，但广泛的调控因子往往在蛋白质翻译中发挥作用。总的来说，我们的新筛选方法为蛋白质调控网络的组成部分、规模和连通性提供了前所未有的见解。
不再方便？安全资产丰度和R
尽管通货膨胀退还，但金融市场的定价表明，维持价格稳定将比大流行前更高的实际利率。这种转变反映了两个关键观察。首先，随着地缘政治分散，气候变化和劳动稀缺的构成上行风险，通货膨胀持续下行风险的时代可能已经结束。第二，全球经济正在从“储蓄过多”转移到“债券过剩”，财政赤字和中央银行资产负债表归一化，降低了债券的便利率，逆转了在2010年代期间权重的关键驱动力，因此在2010年代降低了R*。对货币政策有三个影响：较高的R*要求仔细监控何时停止限制；资产负债表政策可能会通过便利收益率影响R*，从而降低其效果；随着过量流动性的下降，按需弹性提供储量是最佳的。
通过定量溶解动态核极化
摘要：超极化的核磁共振（NMR）提供了一组方法，可以显着解决NMR的灵敏度问题。溶解动态核极化（D-DNP）提供了一种独特而通用的方法，可检测13 C NMR信号，其灵敏度通过几个数量级增强。D-DNP的扩展应用范围现在涵盖了自然13 C丰度时对复杂混合物的分析。但是，在该区域中，它仅限于代谢物提取物。在这里，我们报告了自然丰度时生物氟-urine-的第一个DNP增强的13 C NMR分析，为这种具有挑战性的样本提供了前所未有的分辨率和敏感性。我们还表明，可以通过标准添加程序检索有关多个靶向代谢物的准确定量信息。
饮食蛋白的来源改变了丰富的蛋白酶...
饮食蛋白已被证明会影响长期健康结果，具体取决于其数量和来源。有人提出，肠道菌群与饮食蛋白的相互作用介导了饮食蛋白对健康结果的某些影响。但是，尚不清楚哪种特定宿主反应促进了不同动植物来源的饮食蛋白质的健康影响。此外，特定的宿主反应是由饮食蛋白质来源与肠道菌群的相互作用介导的，哪些宿主反应是由饮食蛋白直接引起的。我们使用元蛋白质组学来量化饮食，宿主和微生物蛋白在常规和无菌小鼠的粪便样品中，从六种不同的动植物和动物来源喂养纯化的饮食蛋白，包括酪蛋白，鸡蛋，鸡蛋，大豆，糙米，豌豆和酵母。我们表征了六种饮食蛋白质来源的宿主粪便蛋白质组的差异以及每个来源的常规小鼠和无菌小鼠之间的差异，以确定宿主对不同饮食蛋白源的反应以及肠道微生物群在介导这些反应中的作用。我们发现，饮食蛋白的来源和肠道菌群的存在或不存在繁殖剂对粪便宿主蛋白质组中饮食蛋白源的反应。与免疫反应，消化和屏障功能有关的宿主蛋白在带有和没有肠道菌群的不同蛋白质源中差异很大。宿主反应中的这些变化与微生物组成的变化和蛋白质消化率的差异相关。我们的结果表明，饮食蛋白质来源如何通过与肠道菌群的相互作用影响宿主生理的几个方面。
氮丰富的六二苯乙烯 -
曼彻斯特大学自然科学学院，曼彻斯特大学，M13 9PL，英国B化学系印度印度技术研究院哈拉格布尔，哈拉格布尔，哈拉格布尔，西孟加拉邦，721302，印度c国民石墨烯学院，曼彻斯特，曼彻斯特大学，曼彻斯特，M13 9PL，MANCERIENS，MANCERISIDE曼彻斯特，M13 9PL，英国E e可持续能源工程系，印度坎普尔，坎普尔，坎普尔，208016，印度F曼彻斯特生物技术学院，曼彻斯特曼彻斯特大学，曼彻斯特大学，M13 9PL 9PL，英国G化学系，印度坎普尔（Kanpur），坎普尔（Kanpur作者 *与Ashok.keerthi@manchester.ac.uk，kbiradha@chem.iitkgp.ac.in，dinachandrasingh.mayanglambam@manchester.ac.ac.uk关键字：共价有机框架，阴极材料，六余烯基，li-inyleny countries，/divaliese forightions，
商品互补性在混合捆绑策略中的作用
本文研究当垄断企业生产两种互补产品并可能采取捆绑销售策略时的最佳定价。为此，我们使用了 Yan 和 Bandyopadhyay (2011) 框架的修改版本，其中捆绑销售策略的有效性与互补程度正相关，并且独立产品需求的价格弹性可能不同。获得了三个主要结果。首先，混合捆绑销售被证明是最佳策略。其次，捆绑（非捆绑）产品的销售额和利润随着产品变得更加互补而增加（减少），这需要一种经验上合理的行为。第三，当产品高度互补时，弹性较小的产品和捆绑产品可以定价相同。关键词：混合捆绑；产品互补程度；价格弹性；多产品垄断 JEL 分类代码：D21，D42
TractLearn：用于脑束定量分析的测地线学习框架
基于深度学习的卷积神经网络最近已证明其能够基于弥散加权成像快速分割主要脑束结构。脑束的定量分析则依赖于来自纤维束成像过程本身或束上每个体素的指标。在疾病的背景下，对异常体素的统计检测通常依赖于单变量和多变量统计模型，例如一般线性模型 (GLM)。然而，在高维低样本量数据的情况下，尽管通常使用平滑过程，但由于解剖学差异，GLM 通常意味着对照的标准差范围较大。这可能导致难以在体素尺度上检测到脑束中细微的定量变化。在这里，我们介绍了 TractLearn，这是一个使用测地线学习作为数据驱动学习任务的脑束定量分析统一框架。 TractLearn 允许使用黎曼方法在图像高维域和脑束的减少潜在空间之间进行映射。我们通过重测采集多壳扩散 MRI 数据说明了该方法对健康人群的稳健性，表明可以分别研究不同 MRI 会话导致的整体影响和局部束改变的影响。然后，我们在 5 名年龄匹配的轻度脑外伤受试者样本上测试了我们算法的效率。我们的贡献是提出：1/ 一种捕捉控制变异性的流形方法作为标准参考，而不是基于欧几里得均值的图谱方法。2/ 一种检测体素定量值整体变化的工具，它考虑了结构中体素的相互作用，而不是独立分析体素。3/ 一种即用型算法，用于突出显示扩散 MRI 指标的非线性变化。在这方面，TractLearn 是一个可立即使用的精准医疗算法。
有限温度费米电荷和圆锥形空间中的电流密度
粒子宇宙学的巨大成功是与当前宇宙微波背景（CMB）温度t¼2的大爆炸宇宙学的一致性。7 k，测量值ωb，标准模型（SM）中三个光中微子的存在，以及测得的氦4（4 He）和氘（d）的原始量。这些元素的形成对物理敏感，温度范围为100 keV至〜10 meV，有时从几秒钟到宇宙寿命的几分钟。原始4和D的测量达到了精度百分比，因此我们能够询问有关该时代宇宙特性并获得定量答案的问题。这样一个问题涉及宇宙“黑暗辐射”的性质。现在是通过大爆炸核合成（BBN）和CMB建立的，即早期宇宙能量密度的相当一部分是黑暗辐射的形式。SM将这种辐射解释为SM中微子，它与光子浴中的热接触直至几MeV接近温度。有重要的理由来测试这种解释。例如，在早期与SM的热接触中的其他（近）无质量状态可能会增加此深色辐射。在Lambda冷暗物质中，BBN，CMB和BARYON声学振荡（BAO）的当前95％约束。4（BBN），△n eff≲0。33（CMBþBAO用于λCDMþNEFF），