饮食蛋白已被证明会影响长期健康结果,具体取决于其数量和来源。有人提出,肠道菌群与饮食蛋白的相互作用介导了饮食蛋白对健康结果的某些影响。但是,尚不清楚哪种特定宿主反应促进了不同动植物来源的饮食蛋白质的健康影响。此外,特定的宿主反应是由饮食蛋白质来源与肠道菌群的相互作用介导的,哪些宿主反应是由饮食蛋白直接引起的。我们使用元蛋白质组学来量化饮食,宿主和微生物蛋白在常规和无菌小鼠的粪便样品中,从六种不同的动植物和动物来源喂养纯化的饮食蛋白,包括酪蛋白,鸡蛋,鸡蛋,大豆,糙米,豌豆和酵母。我们表征了六种饮食蛋白质来源的宿主粪便蛋白质组的差异以及每个来源的常规小鼠和无菌小鼠之间的差异,以确定宿主对不同饮食蛋白源的反应以及肠道微生物群在介导这些反应中的作用。我们发现,饮食蛋白的来源和肠道菌群的存在或不存在繁殖剂对粪便宿主蛋白质组中饮食蛋白源的反应。与免疫反应,消化和屏障功能有关的宿主蛋白在带有和没有肠道菌群的不同蛋白质源中差异很大。宿主反应中的这些变化与微生物组成的变化和蛋白质消化率的差异相关。我们的结果表明,饮食蛋白质来源如何通过与肠道菌群的相互作用影响宿主生理的几个方面。